此后米开朗琪罗又活了五十一年，在漫长创作生涯里创造出更多的绘画和大理石雕刻杰作。一五三六年，他甚至重回西斯廷礼拜堂绘制另一幅湿壁画，即祭坛壁上的《最后审判》（The Last Judgement）。到了晚年，生命出现奇崛的转折，出任圣彼得大教堂重建工程的工程局长；首任总建筑师布拉曼特死于一五一四年，享年七十岁。这座长方形廊柱大厅式新教堂，自尤利乌斯举行奠基典礼以后，拖了一百多年才建成，因而当时意大利有“兴建圣彼得大教堂”（la fabbrica di San Pietro）这样的语句，用以形容事情没完没了。拉斐尔继布拉曼特之后担任总建筑师，部分更改了恩师的原始设计。三十多年后的一五四七年，米开朗琪罗接手这项浩大工程，这时他已以许多杰出成就著称于世，是当时最富创意、最有影响力的建筑师。接下教皇保罗四世的委任后，他开始为这座长方形廊柱大厅式教堂设计雄伟的穹顶，一座不只雄霸梵蒂冈，而且耸立整个罗马天际线之上的穹顶。[1]不过他接这案子时极不情愿，称这建筑不是他的“老本行”。
拉斐尔的创作生涯则短了许多，甚至未能见到梵蒂冈诸室的绘饰完工就与世长辞了。尤利乌斯去世时，他正在绘制艾里奥多罗室的第三幅湿壁画《击退阿提拉》（The Repulse of Attila）。一五一四年，完成该室另一幅湿壁画《解救圣彼得》（The Liberation of St Peter）后，利奥十世立即委任他绘饰教皇居所的另一个房间。在大批助手的协助下，他于一五一七年完成绘饰，其中有幅湿壁画名为《波尔哥的火灾》（Fire in the Borgo），此室因此得名火灾室。
此外拉斐尔还接了许多其他案子，包括为挂毯设计图案，为廷臣、枢机主教绘肖像，以及当然会有的湿壁画绘制。除了担任圣彼得大教堂总建筑师，他还担任梵蒂冈建筑师，完成数年前布拉曼特所开启的凉廊工程及其上面的装饰。他替阿戈斯提诺·齐吉设计了一座丧葬礼拜堂，为新教皇兄弟朱利亚诺·德·美第奇在罗马城外起建了一座别墅。他搬离位于无骑者之马广场边较寒酸的房舍，住进自己出钱买下的卡普里尼宅邸——一栋由布拉曼特设计的豪宅。
拉斐尔工作之余也不忘谈情说爱。他虽然与面包店女儿玛格丽塔·鲁蒂厮混，一五一四年却与名为玛丽亚的年轻女子订婚。玛丽亚是枢机主教毕比耶纳的侄女，拉斐尔一生所绘的许多肖像画中有一幅的画中人就是这位枢机主教。但拉斐尔一直未履行婚约。据瓦萨里记述，他迟迟不履行婚约的原因有二：一是他希望当上枢机主教，而娶妻显然会让他失去资格；二是他热衷于“拈花惹草之乐”。[2]据说玛丽亚还因为拉斐尔迟迟不愿成婚，伤心至死。不久，一五二○年的受难节，拉斐尔也在一夜风流之后去世，据瓦萨里的说法，他这次风流时“纵欲过度”。[3]和莎士比亚一样，他死于生日那天，但享年三十七岁。
据当时某人所说，拉斐尔壮年早夭让皇廷“上上下下哀痛至极。在这里，众人谈论的全是这位不世之才的死。他年纪轻轻就结束了第一生命，而他的第二生命，即不受时间与死亡所限的名声之生命，将永世长存”。[4]对罗马人民而言，上天似乎也为这画家之死而哀伤，因为梵蒂冈数处墙面突然出现裂缝，吓得利奥和他的随从逃出似要崩塌的皇宫。不过这些裂缝大概不是上天哀悼的表示，反倒更可能是拉斐尔不久前修正梵蒂冈结构的结果。
拉斐尔的遗体被放在灵柩台上供人瞻仰，灵柩台上方挂了他生前最后的遗作《基督变容》（The Transfiguration）。随后他与他那心碎的未婚妻玛丽亚，合葬在万神殿。至于玛格丽塔，据说拉斐尔留给她不少的财产，后来她遁入修道院当女尼。不过她很可能带着一则秘密一起进入修道院。近年有人用X光检查《芙娜莉娜》，即拉斐尔于一五一八年为她所画的肖像，发现她左手第三指戴了一只切割方正的红宝石戒指，这说明了拉斐尔一再拖延成婚的另一个理由，即他已娶了玛格丽塔。当时一如今日，建议婚戒戴在左手第四只手指上，因为那时人们认为有一条特殊静脉——爱情静脉（vena amoris）——从该手指流往心脏。[5]这个戒指后来被人再上色盖掉，以维护他死后的名声（动手脚者很可能是拉斐尔的某个助手），直到将近五百年后才重见天日。
拉斐尔英年早逝时，君士坦丁厅里正在搭建脚手架，这是教皇居所里第四个也是最后一个待绘饰湿壁画的房间。如果说他在梵蒂冈诸室的湿壁画一直被米开朗琪罗在西斯廷礼拜堂的作品压得出不了头，那么他至少在死后打赢了劲敌一次。拉斐尔入土后不久，米开朗琪罗友人皮翁博向教皇利奥申请，让米开朗琪罗接手绘饰君士坦丁厅（其实他本人对此计划兴味索然），但最后却因为拉斐尔诸弟子（包括青年才俊朱里奥·罗马诺）拥有师父的草图，且有意按这些草图绘饰该厅，而遭驳回。一五二四年，这些助手如期完成了君士坦丁厅的湿壁画。
尤利乌斯陵墓做了很久，久到让米开朗琪罗希望能早日脱离苦海，痛苦程度甚至比西斯廷礼拜堂的湿壁画工程还大。他断断续续刻了三十多年，直到一五四五年才完工。陵墓最后未按尤利乌斯遗愿放进西斯廷礼拜堂，而是放在古罗马圆形剧场对面的圣彼得镣铐教堂耳堂。它也未如尤利乌斯预想的那么宏伟，因为在接下来几任教皇的旨意下，陵墓大小和雕像数目都大幅缩水。原规划安置在陵墓最顶端的雕像，即头戴三重冕的10英尺高“恐怖教皇”像，甚至连动工都没有。事实上，这件工程的许多地方最后是出自米开朗琪罗所雇用的其他雕塑家（如蒙特鲁波）之手。更糟的是，尤利乌斯的遗体也未按原计划移入这座巨大陵墓，反倒是继续留在圣彼得大教堂内，与西克斯图斯四世长相左右。
接下来的岁月，米开朗琪罗仍继续为家人烦心。不过他终于履行了对博纳罗托的承诺，一五一四年他借给三个弟弟一千杜卡特，在佛罗伦萨开了间羊毛店。这家店经营了约十二年，生意不差。博纳罗托，他唯一娶妻生子的弟弟，一五二八年死于瘟疫，享年五十一岁。他的死令米开朗琪罗哀痛不已。又二十年后乔凡西莫内去世，远航异邦、买卖珍奇商品致富的年轻梦想从未能实现。临终前他痛悔自己一生的罪过，米开朗琪罗因此坚信他将在天国得救。职业军人西吉斯蒙多在一五五五年死于塞提尼亚诺的家中农场。一五三一年鲁多维科以八十七岁高寿往生，米开朗琪罗有感而发，写下他生平的长诗之一，沉痛抒发他对这位不时反对、激怒他之人的“大悲”与“哀恸”。[6]
米开朗琪罗本人于一五六四年八十九岁生日前几星期死于罗马，遗体被运回佛罗伦萨葬入圣克罗齐教堂，瓦萨里所雕制的坟墓底下。立即有佛罗伦萨人在坟墓上别上悼诗和其他颂辞，大部分称颂他是有史以来最伟大的艺术家，在雕塑、绘画、建筑上的成就之高，无人能及。[7]举行国葬典礼时，这个看法得到正式认可，佛罗伦萨学园主持人、诗人暨史学家瓦尔基，在葬礼上发表演说，若没有米开朗琪罗，乌尔比诺的拉斐尔将是有史以来世上最伟大的艺术家。两人开始在梵蒂冈开始绘制湿壁画的五十多年后，世人仍鲜明记得他们相互较量的往事。
说到名气之响亮，米开朗琪罗的其他作品无一能比得上西斯廷礼拜堂拱顶湿壁画，如今他的名字几乎就相当于这座建筑的代名词。就像《卡西那之役》草图一样，西斯廷礼拜堂拱顶壁画几乎成为艺术家观摩学习的“重镇”，受到罗索·菲奥伦蒂诺（Rasso Fiorentino）、雅各布·达·蓬托尔莫（Jacopo da Pontormo）等新一代托斯卡纳画家的高度重视。日后成为矫饰主义运动代表人物的罗索、蓬托尔莫，于利奥十世在位期间数度南下罗马观摩这件作品，然后将他们在西斯廷礼拜堂拱顶上所见到的鲜亮色彩和有力人体如法炮制于自己的作品上。
更远的艺术家也注意到米开朗琪罗的作品。提香在该湿壁画未全部完成之前，就已开始模仿拱顶上的某些人物。一五一一年秋，这位时年二十六岁的威尼斯画家，在帕多瓦的圣徒会堂绘制了一小幅湿壁画，画中仿现了《亚当与夏娃的堕落》里斜倚的夏娃。[8]据现有史料，提香在这之前未来过罗马，因此他想必看过其他艺术家临摹并传阅的米开朗琪罗拱顶前半部湿壁画的某些人物素描。这类素描很快就出现市场需求，艺术界拿它当作临摹模板之类的东西来使用。整面拱顶湿壁画揭幕后，无名艺术家库尼为整面湿壁画画了一套素描。拉斐尔的助理之一瓦迦买下了这套素描，后来援用了其中某些主题于自己的顶棚绘饰中，包括罗马圣玛策禄堂某礼拜堂的顶棚绘饰（他在此制作了一幅《创造夏娃》湿壁画）。
一五二○年代，意大利杰出的雕版家莱蒙迪（Raimondi）根据拱顶上的某些场景，制作了一些版画。接下来的几十年里，又出现许多套重现米开朗琪罗笔下人物的版画，雕版师有远自荷兰者，其中一套版画于十七世纪在阿姆斯特丹拍卖，被著名画家暨收藏家伦勃朗买下。这类版画的问世以及艺术家亲往西斯廷礼拜堂观摩，促使米开朗琪罗的作品深深烙在欧洲人的心里，进而使透彻了解他的作品成为艺术教育的必修课。英国肖像画家雷诺兹（Sir Joshua Reynolds），曾在伦敦的皇家艺术学院劝勉学生要临摹米开朗琪罗的湿壁画（他称此作品为“诸神的语言”[9]，且他本人已在一七五○年走访罗马时临摹过），但在学生眼中，他的这项教诲几乎可说是多余之言。在这之前，艺术界早已拿西斯廷礼拜堂作为创意的宝库，在这之后，如此情形也持续了很久。因此，后来法国印象派画家卡米耶·毕沙罗（Camille Pissarro）说道，艺术家视米开朗琪罗的作品为可供他们“翻阅”的“画册”。[10]佛兰德斯画家彼得·保罗·鲁本斯（Peter Paul Rubens）于一六○二年画了数幅伊纽多像和《铜蛇》的粉笔素描；返回安特卫普后发展出“狂飙突进”的风格，以紧绷而豪壮的裸像为特色。英国版画家威廉·布雷克（William Blake，一七五七～一八二七）第一幅平面艺术作品，就是根据阿达莫·吉西（Adamo Ghisi）的西斯廷湿壁画版画临摹的铅笔/淡水彩仿作。墨西哥壁画大师迭戈·里维拉（Diego Rivera）一九二○年代初在意大利待了十七个月进行素描、研究湿壁画；他的第一件公共壁画，一九二二年为墨西哥市国立预备学校画的《创造》（ Creation），呈现裸身亚当坐在地上，左膝弯曲。从鲁本斯，到布雷克，再到里维拉，四百多年间，几乎每位著名画家都“翻阅”过米开朗琪罗那似乎取之不尽的“画册”，重现他笔下的手势和姿态（这些手势和姿态的轮廓和结构，在今日就和地图上的意大利国土形状一样为人所熟悉）。
但也并非每个看过米开朗琪罗湿壁画的人都是毫无保留的佩服。一五二二年一月，来自乌得勒支、极拘泥于教义的一位学者，继利奥十世之后出任教皇，成为哈德良六世。在他眼中，这件作品似乎只是马丁·路德用来煽起对教会之敌意的另一个罗马堕落腐败的例子。哈德良认为拱顶上的人物放在澡堂会比放在基督教礼拜堂更合适，他觉得在这些人物下面主持弥撒很不舒服，因此一度扬言要将湿壁画全部打掉。所幸，他上任仅十八个月就去世了。
米开朗琪罗的湿壁画经历数世纪岁月而仍保存完好，为瓦萨里那大胆的论断，即湿壁画“挡得住任何会伤害它的东西”，提供了有力的例证。它经历过多次破坏，包括屋顶漏水、墙壁崩塌[11]、一七九七年圣安杰洛堡爆炸事件，但几乎完好无缺地保存至今。一七九七年那次爆炸，西斯廷礼拜堂摇得非常厉害，拱顶上数块大灰泥壁，包括德尔菲巫女上面绘有伊纽多像的壁面，被震落地面。它还挨过了数百年来许多污染物不知不觉的危害，这些污染物包括数千次弥撒无数香火、烛火的烟熏；每次推选教皇秘密会议结束时，众枢机主教烧选票仪式所带来的烟熏[12]；罗马燃烧汽油的中央暖气系统和数百万辆汽车排放出的腐蚀性物质；甚至每日一万七千名游客呼出的气息，将四百多公斤的水汽释入礼拜堂的空气里，引发蒸发、凝结这一有害的水循环。
当然这整面湿壁画也并非毫发无伤。米开朗琪罗在世时，湿壁画就已因为烛火、香火的烟熏，以及冬天礼拜堂内供取暖用的火盆，而蒙上数层油烟和污垢，当时就曾多次试图恢复它原有的光泽。一五六○年代，卡内瓦列予以修补、润饰后，数百年来它还遭遇多次外力介入。一六二五年，佛罗伦萨艺术家西蒙·拉吉用亚麻质破布和不新鲜的面包，竭尽所能地去除积累的污垢。十八世纪，安尼巴莱·玛佐利（Annibale Mazzuoli）以海绵蘸希腊葡萄酒（当时意大利人用作溶剂）做了同样的清理工作，然后他和他的儿子如卡内瓦列一样，以干壁画法修润了某些地方，为整面湿壁画抹上保护性清漆。[13]
修补方式最后有了更精密的办法。一九二二年，拥有无价艺术作品的梵蒂冈认识到保护它们的重要性，创立了画作修复实验室。六十年后，这个机构迎来了它成立以来最艰巨的挑战。鉴于前人修补时所加上的黏胶、清漆可能开始剥落，并将米开朗琪罗涂上的颜料连带拔下来，一九八○年六月，梵蒂冈对该画展开有史以来最全面的介入。在日本电视台（NTV）的资助下，梵蒂冈修复工程总监科拉鲁奇启动了一项耗资数百万美元的修复工程，动员数十名专家，并将耗费比米开朗琪罗绘制这面湿壁画多一倍的时间。
在国际检查委员会的监督下，科拉鲁奇不仅像以往那样靠双手不辞劳苦地清除、修补，还采用了高科技，包括用电脑将拱顶上的图像数字化并储存在大数据库里。专家利用光谱科技找出米开朗琪罗所用颜料的化学成分，借以将它们与卡内瓦列等后来修补者所上的颜料区别开来，接着使用AB57（以碳酸氢钠等物质制成的特殊清洁剂）将这些修补者用干壁画法添上的部分，连同污垢和其他外加物质一起清除掉。修补人员用日本纸制的敷布盖住所要清理的部位，再将清洁剂抹在敷布上，静置三分钟，接着用蒸馏水清洗表面。灰泥壁上的裂缝用罗马灰泥（石灰和大理石粉的混合物）填补，腐蚀的部位则打进名叫Vinnapas的固结剂。
完成这些步骤后，湿壁画的某些地方再用水彩颜料修润。梵蒂冈修补人员站在特制铝质脚手架（仿米开朗琪罗设计的脚手架）上，以平行的垂直笔触补上水彩，方便后人辨别哪些地方是米开朗琪罗的原始笔触，哪些地方是这次修补添上的。最后，为保护颜料免再遭污染物污损，部分湿壁画表面涂上名叫Paraloid B72的丙烯酸树脂。
此外还采取了进一步的措施保护湿壁画。为保持礼拜堂内的微气候稳定，窗户牢牢密封，并安上低热度灯泡，以及可过滤空气、维持摄氏二十五度恒温的先进空调系统。从梵蒂冈诸室通往礼拜堂的楼梯均铺上防尘地毯（梵蒂冈诸室里的拉斐尔湿壁画也以类似方式修复）。整个修复作业于一九八九年十二月完成，全程以一万五千张照片和二十五英里长的十六毫米胶卷记录下来。[14]
对于如此全面修复西方文明伟大地标之一，外界有褒也有贬，特别是五百年的积垢除去后，露出如此出人意料的鲜亮色彩，有人因此抨击梵蒂冈的修补人员创造出了“贝纳通·米开朗琪罗”。[15][16]一九八○年代中期至末期，这项争议在报刊上引发了水火不容般的尖锐笔战，安迪·沃荷（Andy Warhol）和以鲜彩布料包裹建筑、海岸线而著称的保加利亚裔艺术家克里斯托（Christo）之类的名人，都被卷进论战之中。米开朗琪罗是否涂了许多以黏胶为基质的颜料、清漆，而在科拉鲁奇用清洁剂除去表面油烟时给连带除去？这个问题成为批评一方最后成败的关键。反对这次修复工程者主张，米开朗琪罗用干壁画法替湿壁画做了重要且大面积的添笔，以较深的色调加深暗部并统一整个构图。修复一方则主张，米开朗琪罗几乎全以“真正湿壁画法”上色，色调较深的部位是空气传播的污染物与不当修补的混浊清漆共同造成的结果。
梵蒂冈为这次清理所做的记录存有一些前后矛盾之处，而成为批评者——特别是美国哥伦比亚大学艺术史家詹姆斯·贝克（James Beck）——攻击的把柄。例如梵蒂冈起初报告说，Paraloid B72的涂敷是“彻底、全面而完整的”，几年后闻悉批评者称这种树脂可能最后转为乳浊后，又改口说除了位于弦月壁的某些地方，这整面湿壁画未涂上任何保护层。[17]关于米开朗琪罗是否用了群青，梵蒂冈的报告同样摇摆不定，而且如果他真用了这种颜料，那几乎可以肯定已被清洁剂洗掉。[18]
这次修复在方法上虽令人忧心，却进一步揭示了米开朗琪罗的技法、影响和合作情形。米开朗琪罗以干壁画法修润的地方到底是多还是少，历来莫衷一是，但似乎毋庸置疑的是，经过刚开始踉跄的摸索后，他使用“真正湿壁画法”——在吉兰达约（佛罗伦萨最擅长此画法的画家之一）门下就已习得的方法——越来越频繁。米开朗琪罗的助手们所扮演的角色，也因这次修复而更为清楚。米开朗琪罗既身为一群助手的头头，历来大家所认定的他独自一人仰躺在脚手架上辛苦作画的说法，如同一九六五年欧文·斯通（Irving Stone）的小说《痛苦与狂喜》（The Agony and the Ecstasy）改编的电影中查尔顿·希斯顿演绎的那样，也就不攻自破。这样的形象经证实只是个动人的谬见，在抹了AB57的敷布底下，这谬见随同障蔽住原画面的油烟和光油消失不见。[19]这则迷思的形成，米开朗琪罗、瓦萨里、孔迪维，以及更晚近的德国诗人歌德，要负大部分责任。歌德于一七八○年代走访罗马之后写道，未去过西斯廷礼拜堂，就无法了解人的能耐有多大。[20]如今我们知道西斯廷礼拜堂的湿壁画不是一个人的心血。但对于穿过梵蒂冈迷宫般的展馆和廊道进入礼拜堂，然后在一排排木质长椅上坐下，不知不觉间像先知乔纳像一样抬头仰望的数百万人而言，头顶上景象的壮观程度依然不减。
[1] 米开朗琪罗设计的圣彼得大教堂穹顶未及完工，他就辞世，随后由波尔塔（Giacomo della Porta）和丰塔纳（Domenico Fontana）于1590年合力完成，波尔塔修改了他的部分设计。
[2] 瓦萨里：《画家、雕塑家、建筑师列传》，第一卷，第745页。
[3] 瓦萨里：《画家、雕塑家、建筑师列传》，第一卷，第745页。瓦萨里这项说法是否属实，有待商榷。他写道医生误诊拉斐尔为中暑，于是予以放血，而这种治疗法常反而要了病人的命。
[4] 米兰多拉（Pandolfo Pico della Mirandola）致伊莎贝拉·贡萨加（Isabella Gonzaga）之语，引自克劳（J.A. Crowe）与卡瓦尔卡塞尔（G.B. Cavalcaselle）合著的两卷本《拉斐尔：他的生平与作品》（Raphael：His Life and Works，London：John Murray，1885），第二卷，第500～501页。
[5] 但在《婚礼》（Sposalizio）中，拉斐尔画了约瑟准备将戒指套入圣母玛利亚右手第四指的情景，佩鲁吉诺的《圣母玛利亚婚礼》（Marriage of the Virgin）也一样，玛利亚同样伸出右手给约瑟戴戒指。
[6] 《米开朗琪罗诗全集与书信选集》，第61页。
[7] 关于米开朗琪罗之死与丧礼，参见韦特考尔夫妇（Rudolf and Margot Wittkower）合编的《天才米开朗琪罗：一五六四年他死时佛罗伦萨学院的致意》（The Divine Michelangelo：The Florentine Academy’s Homage on His Death in 1564，London：Phaidon Press，1964）。
[8] 关于这项借用，可参见韦尔德（Johannes Wilde）《从贝里尼到提香的威尼斯绘画》（Venetian Painting from Bellini to Titian，Oxford：Oxford University Press，1974），第123页；以及吉尔勃特（Creighton Gilbert）的《提香与逆转的米开朗琪罗草图》（“Titian and the Reversed Cartoons of Michelangelo”），收录于《上下于西斯廷顶棚的米开朗琪罗》，第151～190页。