从汉末开始，中国分裂，战祸四起。两汉之际传入的佛教有关灵魂不灭、因果报应与转世轮回之说，在此时的中国南北迅速得到传播。晋室南迁后，中国南方相对比较安定，各地纷纷动用财力兴建佛寺，传授佛法。来自异域的僧人受到普遍的欢迎。当时因前往西天的陆路为北方割据政权阻隔，海路在中印交通之间的地位日益显得重要。
据唐代和尚义净记载，在印度那烂陀寺以东40余驿的地方，沿恒河而下，有鹿园寺。“去此寺不远，有一故寺，但有砖基，厥号支那寺”。故老相传当室利笈多大王时，有“支那国”即广州僧人20余人至此，室利笈多大王为他们建寺，“以充停息”，并赐给“大村封地二十四所”。直至唐代，还有3个村子的人属于此鹿园寺。唐时当地的东印度王提婆摩跋还有为新到来的中国僧人重建此寺的打算。（注：义净：《大唐西域求法高僧传》，王邦维校注本，中华书局，1988年，第103页。）据义净记载，室利笈多大王上距义净时代已经500余年。据学者研究，印度笈多王朝王统中最早的一位国王就叫Srigupta，即“室利笈多”，他曾被称为Maharaja，即“大王”。义净提到的室利笈多大王，很可能就是他，其在位时间应是3世纪末。（注：同上书，第105—106页。）这20余位中国僧人可能是从四川先沿水路至广州，然后乘船行至东印度的。（注：杨鹤书：《从公元3—7世纪佛教在广州的传播看中外文化交流》，载《广州与海上丝绸之路》，第114页。）
在这一时期为数众多的前往天竺取经的和尚中，最值得一提的是法显（337—420？）。法显是中国最早到天竺（今印度）取经求法的佛教大师之一，也是杰出的旅行家和翻译家。他是十六国时代山西平阳武阳（今山西临汾）人，本姓龚，出身贫寒，有兄三人，但都因灾荒连年，瘟疫流行而夭折。父母害怕“祸以次及”，当他刚刚3岁的时候，就把他度为沙弥（即送他到佛寺当了小和尚）。后秦弘始元年（399）63岁的法显从长安出发，沿陆路去天竺，历河西走廊、塔克拉玛干大沙漠、葱岭、中亚到达印度。他的摩揭陀国都城巴连佛邑，即今印度比哈尔（Bihar）邦之巴特那（Batna）留学三年，学习梵语，抄写经律。然后沿恒河而行，到古印度东北部著名海港多摩梨帝国，即今印度西孟加拉邦（West Bengal）加尔各答西南之坦姆拉克（Tamlak）。对研究亚洲航海史的人来说，法显在历史上最伟大的贡献是他从天竺求学的后半段开始，选择了海路来继续他的旅行，并继而乘海舶踏上归程。
义熙五年（409），法显“载商人大舶泛海西南行，得冬初信风，昼夜十四日到狮子国（今斯里兰卡）”。法显此行时正值初冬北风之时，扬帆顺风，沿印度东海岸南行。从加尔各答到斯里兰卡的当代航线长度约1200海里。法显所乘之“商人大舶”大约是印度船，平均每昼夜可行85海里（约157公里）。这个速度是相当快的。义熙七年（411）秋，他又乘另一条商舶自狮子国启程，计划横穿孟加拉湾东返故国。这是一条巨大的海舶，可载200余人。启程之初，“得好信风”，船顺利东行。但秋季乃印度洋东南季风与西北季风交替的时节，风向不稳定，船启行后两日便遇风暴。（注：章巽：《法显传校注》，上海古籍出版社，1985年。）法显一行被迫漂至一岛。（注：日本学者足立喜六认为可能是今印度洋东部尼科巴群岛（Nicoba Is.）中的一个岛。见其书《法显传——中亚，印度，南海纪行的研究》，第220页。）待潮退后，修补船只破损处，然后继续前驶。行九十日方至耶婆提。（注：印度史书《罗摩衍那》（Ramayana）提到，东方有一个大岛名Yava-dvipa（大麦岛）。托勒密的地理书提到过这个岛，他写作Iabadiou。《汉书》卷6、卷116也提到“日南徼外叶调国”，当即此耶婆提。章巽先生认为，古爪哇、苏门答腊两岛相连，耶婆提为其共名。见章巽《法显传校注》，第170页注29。）估计法显因为风暴和风向的改变，偏离了正确航道，沿苏门答腊岛的西南海岸而行，到达此岛的东部。法显在耶婆提停留了5个月等候季风。义熙八年（412）春，法显再一次搭乘一般可载200人的商船，携五十日粮朝广州开航。因途中再一次遭遇风暴，海舶误期错过广州，最后到达今山东海岸。法显开始从长安西行时，有宝云、慧应、慧景、道景等多人同行，归国时只剩下他一人。
法显归国后，回国后，与佛驮跋陀罗合译经、律、论共六部24卷。他还把自己在异域14年的经历写成《法显传》书，此书又有《佛国记》等其他名称。法显在其书中，生动地描绘了当时南亚、东南亚的风土人情，对于我们了解古代印度洋海上交通的诸方面，如船舶、航海术、航线、东南亚及南亚海上贸易等，都有重要价值。法显63岁从长安启程时是十六国中的后秦人。他沿陆路从中国走到印度，由海上乘船返归故土，前后历时14年，游历了31国。义熙八年法显在东晋控制下的山东登陆回到中国。所以后人又称他为晋法显。
法显取海道归国开辟了南海佛教之路的新纪元。这一时期往来于中国、南亚之间的僧人中取道海路的人越来越多。
特别值得注意的是，许多中国僧人首次从中国动身时，往往沿传统的陆路西行，但归国则常取海路。西凉僧人智俨曾赴克什米尔，与当地高僧觉贤一同从印度启航回中国，与法显一样在山东青州登陆。后来智俨又一次乘船赴天竺。（注：慧皎：《高僧传》卷2，第15页，见《高僧传合集》，上海古籍出版社，1991年；卷3，第20页。）同一时期还有幽州李勇，他也是沿陆路赴印度求学，后“于南天竺泛海达广州”。（注：慧皎：《高僧传》卷3，见《高僧传合集》，第19页。）高昌僧道普在印度随船舶回国，在青州登岸。（注：慧皎：《高僧传》卷2，见《高僧传合集》，第15页；卷3，第17页。）这说明当时中国的僧人与从事海外贸易的商人关系并不十分密切，对中国与南亚之间的海上交通尚不够了解。所以当他们启程赴西天时，首选的是传统的陆路。而当这些求法僧人到达印度之后，从当地人那里了解到中国与南亚之间已经有着相当频繁的海上交通时，往往舍陆路而求海道回国。这也是为什么南北朝时入华的外国僧侣中，有相当部分是泛海而来的原因。
与之不同的是许多域外僧人首次前往东方便循海路。中天竺僧人求那跋陀罗先至狮子国，然后由此国“随舶泛海”，元嘉十二年（435）至广州。（注：同上书，第24页。）甚至一些远居内陆的克什米尔僧人也弃陆路而求海路，前往东方。前面提到的高僧觉贤，就是在克什米尔遇到中国僧人智俨后，决定来华的。他们先行至交趾，再附海舶泛至山东。克什米尔王子求那拔摩先赴狮子国，从那里乘船到达爪哇岛，在那里传授佛法，名扬周邻，为刘宋僧人所知。宋文帝命交趾刺使泛舟至爪哇邀请，求那跋摩因此来华。（注：慧皎：《高僧传》卷3，见《高僧传合集》，第20—21页。）西天竺僧拘那陀罗（真谛），于梁中大同元年（546）取海道经狼牙修、扶南至南海郡（今广州）。后来他曾打算乘舟返回狼牙修国。（注：道宣：《续高僧传》卷1，见《高僧传合集》，第111页。）南天竺人菩提达磨亦从海路入华，后来被尊为禅宗之祖。除了印度佛僧以外，这一时期还有许多东南亚僧人从海路入华，其中著名者有扶南人僧伽婆罗（僧养）、曼陀罗（宏弱）等（注：均见于道宣：《续高僧传》卷1，见《高僧传合集》，第106页。），这说明两汉以后，在中国与东南亚与印度的交通中，海路日见重要。
除了法显之外，赴西天求法的僧人中还有许多带来了印度文化的新知识。梁人慧皎的《高僧传》是记述东汉至梁初著名僧人事迹的传记集。僧人传记杂录著作在晋梁之际已经出现多部，如宝唱的《名僧录》等。慧皎在前人的基础上，收集群作，比其异同，写成《高僧传》，记载了许多天竺、东南亚各地来华的僧人和中国赴海外求学的和尚的事迹，受到各国研究佛教传播史的学者的重视，被公认为是研究这一时期海上丝绸之路沿线国家历史和文化的最重要史料。