何偃，字仲弘，庐江人。司空何尚之的二儿子。州里征召他为辟议曹从事，举荐他为秀才，任命他为中军参军及临川王刘义庆平西府主簿。又征召他任太子洗马，未接受。元嘉十九年(442)，何偃任丹陽丞，升任太子中舍人、中书郎、太子中庶子。当时义陽刘昶为太子，让何偃处理义陽国的事务。
元嘉二十九年(452)，太祖想再次北伐，就此事征求大臣们的意见。何偃议论这事认为：“敌人终要灭亡，他们容易混乱，歼灭他们并非难事，这确实是天意。可如今虽然朝廷谋划得非常周到，然而士兵没有严格训练好。沿边镇守的部队装备充足的很少，边境地区的人民流亡逃散，大多数没有归附我们。而这两者正是我们生存和进攻所凭借的根本。损害根本应付边患，结局一定不会成功。索虏以往失败后继之而起的就是内乱，最后导致破亡的局面，这是必然的。淮、泗数州消耗巨大，在外面的民工都还没有返回，战争留下的创伤还未治愈。况且，攻与守的情况各异，敌我双方情形不同，我们要进攻他们非常艰难，包围他们又费时间，进退维谷之间会发生许多意想不到的困难。所以我认为现在的不利形势很容易导致挫折。敌人威胁并不大，因此我们应该革除自己的弊病，以顺应天道。”何偃升任始兴王刘浚的征北长史、南北海太守。
元凶杀君称帝，让何偃任侍中，负责起草诏书及其颁布。当时何尚之任司空、尚书令，何偃在门下省，父子二人同居权要之位，当时的人都为此心寒，因他们擅长权术，赚取了当时舆论的赞扬。世祖即位后，何偃的职位待遇都没有改变，任大司马长史，升侍中、领太子中庶子。当时皇帝责令百官直言进谏，何偃提出：“朝廷应该重视农业、体血阝根本，合并官职，减省事务，对官员进行考核来评定其能力高下，增加官员的俸禄以消除官吏贪敛。让好的官员长久任职。都督和刺史应各司其职。”
何偃改任领骁骑将军，皇上对他恩遇非同一般，比对前朝旧臣还要亲密。转任吏部尚书。尚之离开这铨选之职不满五年，何偃又继其父之后任此要职，世人都认为这是无上的荣耀。侍中颜竣也开始发迹，和何偃都在门下省，两人吟赏诗文，宴赏交会，相得甚欢。颜竣自以为皇帝格外宠幸他，而应该担任要职，但实际职位却与何偃等人没有什么差别，心里有些不高兴。到何偃代替他总领铨选时颜竣更加愤懑不平，因此与何偃就有了隔阂。颜竣当时的权势倾动朝野，何偃心中十分不安，因而有心悸的毛病，心事重重，性情乖僻。他上表给皇帝请求辞去职务，称要治病不能做官。世祖对何偃非常器重，为他精心治病，名医好药听他使用，何的病终于治好了。
当时皇上的长女山陰公主深得宠爱，皇上将她许配给何偃的儿子何戢。何偃平常喜欢谈玄，注释《庄子·逍遥篇》流传于世。
大明二年(458)死于官任上，时年四十六岁，世祖下诏给颜竣说：“何偃虽然死了，其美志长往不返。我和他相处很好，又加上儿女亲家，痛哭悲伤实在难以自已。他去了，有什么办法啊！应赠他散骑常侍、金紫光禄大夫，原来的官职不变。”偃谥号为靖子。儿子戢，开明末年任相国左长史。