申生显灵
惠公继位以后，按照相关的礼仪重新安葬了已故的太子申生。这年秋天，晋国的大臣狐突前往曲沃办事，竟然在那里遇见了申生的灵魂。申生让狐突上车，然后告诉他说：“我们现在的国君夷吾如此傲慢无礼，背信弃义，因此我打算请求天帝，把晋国送给秦国，让秦国来主持我的祭祀。”狐突回答说：“我听说神不会享用自己宗族以外的祭祀。如果你执意这样做，你的祭祀不等于断绝了吗？希望你认真考虑考虑这件事情，不要贸然行事啊。”申生听后顿时有些醒悟地说道：“好吧，我再重新和天帝谈谈这件事情。十天以后，我将会借助一个巫师的肉身，在新城西侧显现我的灵魂，到时你一定要去见我。”狐突答应到时候再见面，说完，申生便不见了。
十天以后，狐突准时前往指定地点与申生见面，果真看见了一个巫师。申生借助巫师的口告诉他说：“天帝答应了我的新的请求，他要惩罚有罪的人，让他在韩原战败。”此后，在晋国民间就开始广泛地流传着一首童谣，内容大致是这样的：“太子申生改葬了，十四年以后，晋国也不会昌盛。晋国的昌盛会在国君的兄长在位的时候。”惠公知道后非常生气，下令禁止人们再唱这首童谣。
韩原之战
惠公六年的时候，秦穆公率领军队讨伐晋国。晋惠公问他的大臣庆郑说：“秦军已经深入到了我国的国境，现在我们该怎么办呢？”庆郑对惠公的所作所为一直心有不满，便只好无奈地回答说：“当年，秦穆公曾经护送您回国继位，而您继位以后违背了当初许下的割地的诺言。前两年，我国发生饥荒，秦国运来粮食救助我们，而秦国饥荒的时候我国却乘人之危，发兵进攻人家。现在秦军深入我国境内，不也是理所应当的吗？”听了庆郑的话，惠公感到十分惭愧。为了保卫国土，他决定亲自领兵去迎击秦军。出征之前他命人为选择给自己驾车和护卫的人占卜，结果显示庆郑可胜任。但惠公认为庆郑这个人为人不恭顺，经常冒犯自己，于是便改用步陽赶车，家仆徒为护卫，没有按照占卜的结果行事。
秦晋两国军队在韩原展开激战。由于晋惠公的马车很笨重，所以陷在了泥里。秦军眼看就要追来了，形势非常急迫，而旁边没有人，惠公情急之下，只好召呼庆郑过来赶车。而庆郑则说：“您不按照占卜的结果去做，失败了不也是应该的吗？”说完他迅速地离去了。惠公侥幸逃脱后，便更换了自己的车夫与护卫，继续率军迎击秦穆公。秦军的战士们斗志昂扬，冒死打败了晋军，晋军全线败退，惠公也被秦军俘虏回国。
不久，秦人打算杀死晋惠公来祭祀上帝。晋惠公的姐姐是秦穆公的夫人，为了营救弟弟，她便穿上丧服，跑到穆公面前痛哭流涕。穆公平时非常宠幸夫人，见她这样便只好慨叹道：“我军俘虏了晋惠公，这本来是一件高兴的事情，而你却这样的悲痛，看来我是不能杀他了。我听说唐叔虞刚被封的时候，萁子就认为他的后代一定会昌盛。现在看来，晋国还不能灭亡啊！”于是，秦穆公与晋惠公在王城订立了盟约，答应释放他回国。晋惠公则派吕省等人先行回国，告诉国人说：“我虽然得以回国，但是已经没有脸面再见社稷宗庙和大臣百姓，你们选定吉日让太子圉继位吧。”晋国人听到惠公的话，全都感动地哭了。然后吕省又回到秦国，向惠公复命。秦穆公问他说：“晋国能和睦吗？”吕省回答说：“恐怕不能，有的百姓害怕失去国君而引起国家的内乱，殃及到自己的家人，他们对太子圉的继位与否并不关心，都说：‘我们一定要报仇，宁肯服侍戎狄也不能屈服于秦国。’另外一些人则爱护惠公，知道晋国有负于秦国，只希望秦国能大人大量，把惠公释放回国。他们说：‘如果秦国真能不计前嫌，我们一定会报答它的恩德的。’因为国内有这样两种不同的主张，所以不会和睦。”为了安定晋国，履行盟约，秦穆公把晋惠公安置到更高档的住处，并且馈赠了国君规格的饮食。不久，晋惠公便重新回到了自己的国家。