慧能有43名得法弟子，虽然比不上孔子72贤徒，但已经比释迦牟尼16大弟子要多很多。慧能去世以后，这43人的绝大多数要各据一方住持并传播禅宗心法，因此，慧能在临终前作最后开示以及告诉大家禅宗之路的发展方向。
三科法门
师一日唤门人法海、志诚、法达、神会、智常、智通、志彻、志道、法珍、法如等，曰：“汝等不同余人，吾灭度后，各为一方师。吾今教汝说法，不失本宗。先须举三科法门，动用三十六对，出没即离两边，说一切法，莫离自性。忽有人问汝法，出语尽双，皆取对法，来去相因。究竟二法尽除，更无去处。”
一天，慧能将门人弟子一起叫来，主要有法海、志诚、法达、神会、智常、智通、志彻、志道、法珍、法如等，对他们说：“你们和其他人不同，我去世以后，你们各去一方当禅师。我现在要教你们在讲说佛法时，如何不失去我的宗旨。首先必须讲说三科法门，再动用三十六对概念，言论一定要离开两个极端，解释一切事物时不要离开自性。当有人忽然问你佛法时，你们回答要成双成对，将正反两个方面都要讲到，前后相互关照对比，互为因果。最终是要彻底去除这成双成对的二法，此外，再也没有其它办法了。”
“三科法门者，阴、界、入也。阴是五阴：色受想行识是也。入是十二入，外六尘：色声香味触法；内六门：眼耳鼻舌身意是也。界是十八界：六尘、六门、六识是也。自性能含万法，名含藏识。若起思量，即是转识。生六识，出六门，见六尘，如是一十八界，皆从自性起用。自性若邪，起十八邪；自性若正，起十八正。若恶用即众生用，善用即佛用，用由何等，由自性。”
自性能够产生万法，所以又称之为含藏识或藏识。如果人们的心里思考问题，引起六识的转变，这就是转识。佛性生出六识，然后走出六门，接触到了六尘，这些共十八界，都是自性生起的作用。如果自性受到了邪念的障碍，就会起十八种邪恶；反之，如果佛性清净端正，就生起十八种正念，引起十八种正行。这十八界如果被恶念所用，这就是众生之行；反之，如果被善念所用，这就是佛行。究竟是被善念所用，还是被恶念所用，这是由什么决定呢？还是取决于自性是否被邪念覆盖所决定。