自17世纪中叶起，在中国大地发生了一起由耶稣会内部的争论，后发展为修会（天主教的修士、修女组织，一般须经罗马教皇批准后成立）之间的争端，进而演变成清帝和罗马教廷之间的争执，历时100年（1643-1742年），史称“礼仪之争”。
明末清初，自利玛窦之后，西方的传教士们都遵从“利玛窦规矩”——以学术作为在中国立足的方法，用西方的科学技术、新奇的工艺制品和美术作品引起清朝知识分子直至皇帝等统治阶层人物的好感，尊重并适应中国的风俗习惯，在天主教教义和中国传统的儒家学说之间寻找共同点，以“合儒”和“补儒”的策略，达到西方教会在中国传教的目的。这种方式在明末清初得到了中国封建统治者的默认，天主教在华的教区也慢慢扩大起来。利玛窦死后，他的继承人龙华民（Nicolas Longobardi）就对他的传教方式提出了质疑。西方教会在中国教区的扩大，使具有不同国家背景的、不同派别的教会纷纷来华，而这些教会为了扩大各自在华的势力，相互之间展开了激烈的斗争。罗马教皇也对中国天主教传教区加强了控制，教廷也越来越多地插手这一大教区的教务。此时的欧洲，宗教改革正在进行，所以对中国的礼仪与基督教教规不相容的地方比较敏感。后来修会为了加强自己在华的势力，取得教廷的支持，乘机对利玛窦开创的耶稣会所奉行的“利玛窦规矩”进行了全方位的攻击；这其中既有教义教规理解上的偏差，也有各修会间相互争斗的因素。
要不要祭祀祖先和祭祀孔子，这是“礼仪之争”的第一个方面。在中国，祭祖和祭孔是很普遍并且也是很隆重的活动，但在欧洲的一些传教士看来，这无异于是另一种宗教信仰。“礼仪之争”的第二个方面是“GOD”的翻译问题，“GOD”翻译成新词“天主”还是翻译成中国固有的概念“天”或“上帝”，不同的教士、不同的教派也有不同的看法。争论的第三个方面是神父如何给中国的女信徒洗礼。在中国封建社会，“男女授受不亲”，如何给中国的女教徒洗礼在实践中是十分困难的事情，必须有所变通才能顺利进行，但在不同的教派看来，这样做是不是天主教的礼仪是值得商榷的。
“礼仪之争”始于利玛窦的继承者龙华民，后来又有不同的教派也加入进来，并且使问题不断地复杂化，争论也不断升温，最后不得不诉诸教会的最高机构——罗马教廷。顺治十三年（1656年），教皇亚历山大七世做出裁决，准许耶稣会士按照他们的意见传教，对中国的祭孔、祭祖的礼节及丧葬仪式等，教徒在不妨害根本信仰的前提下，均可自由参加。虽然教皇如此裁决，但是反对派并没有放弃，而是固执己见。两派的矛盾愈演愈烈。
康熙三十二年（1693年），巴黎外方传教会派驻福州的主教颜铛（Charles Maigrot）忽然下令：在福建的教徒严格禁止举行祭孔、祭祖的仪式。这个命令把这场争论推向了高潮。奉行“利玛窦规矩”的耶稣会深知此事事关重大，就一面向教廷申诉自己的理由，一面请求康熙皇帝声明祭孔、祭祖的意义。这样，罗马教廷和康熙皇帝都卷进了争论的旋涡之中。
康熙三十九年（1700年），康熙皇帝正式发布上谕解释说：敬孔、敬祖仅仅是中国人表示爱敬先人和先师礼节，和宗教没有关系。他还派遣传教士百晋等到罗马谒见教皇，打算谋求一项折中的解决方案。
但是，罗马教廷和新上任的教皇克莱门十一世在审视了这些争论之后做出了禁止中国教徒祭孔和祭祖的决定，并派红衣主教铎罗（Charles-Thomasde Tournon）到中国传达此禁令。康熙皇帝心存和解的希望，热情而隆重地接待了铎罗。但当康熙皇帝得知铎罗此行的目的之后，非常失望和生气。康熙四十五年（1706年）十二月，康熙皇帝颁旨，在华的传教士必须领取“印票”。而得到“印票”和在中国居住的条件是传教士必须发誓遵循“利玛窦规矩”。
1707年，铎罗到南京后，对康熙皇帝的御旨做出了针锋相对的回应：宣布了教皇关于禁止中国的天主教徒祭孔、祭祖的教旨。这引起了康熙皇帝的愤怒，下令将铎罗遣送到澳门，他在那里被葡萄牙人投入了监狱，直至1710年病死。
尽管如此，康熙皇帝仍然信赖和支持奉行“利玛窦规矩”的传教士，并继续遣使和罗马教廷沟通，希望能够妥善处理这场争论。但是，罗马教皇克莱门十一世却一意孤行，于1715年3月19日，颁发了著名的《在登基之日》的教谕，主要内容是：
只准用“天主”一词，作为中文标准的统一用词，不得再用“天”和“上帝”的字眼（后来，在传教士的中文著作版本中，“天”和“上帝”都被换成“天主”，即使在引证中国典籍时也不能例外）；
入教之人不得参加祭孔仪式，不得进入孔庙；
入教之人不准进祠堂行礼，家中不得摆设祖宗牌位；
入教之人无论在家中或坟地都不得行磕头跪拜礼；
停止中国的礼仪之争。
同时，罗马教廷还指使一些教会派别公然对抗中国法令，排挤遵循“利玛窦规矩”的耶稣会士，加大在中国南方的传教活动，其所引发的矛盾越来越尖锐，引起了中国地方官员的反教情绪。
1720年，又一位教皇特臣嘉乐（Carolus Mezzabarba）带着执行礼仪禁令的任务抵达北京，声称要清洗耶稣会的“异端邪说”，使原本已激化的形势火上浇油，被更加激怒的康熙皇帝在这份公文上批道：“览此条约，只可说得西洋人等小人，如何言得中国之大理。况西洋人等无一人通汉书者，说言议论，令人可笑者多。今见来臣条约，竟是和尚道士异端小教相同，彼此乱言者，莫过于此。以后不必西洋人在中国行教，禁止可也，免得多事。”
1742年7月12日，教皇本笃十四世宣布《自登基之日》必须严格遵守。直到1939年12月8日，教皇庇护十二世才发布命令，取消了禁令。
现代学者对这场“礼仪之争”曾评论说：“康熙皇帝在位共61年，1720年是第59个年头，他从教皇的来信中看到罗马教廷不尊重中国的习俗，干涉中国的内政，才决心禁教，这是他对天主教政策的大改变。在此情势下，康熙皇帝的禁教政策趋于严厉。大批教士被驱逐出境，教堂教产被剥夺，一些教士弃教从商或潜伏内地。即使领有‘印票’的耶稣会士，也不像从前那样受到器重。中国人的信教也受到阻止。”
“‘礼仪之争’由教会内部的争论演化成教皇与康熙皇帝的冲突，由礼仪习俗之争发展到传教与外交之争，可以说绝非双方意料所及，其中颇多偶然性的因素，推使事态步步激化难以转圜，导致了天主教在中国发展的顿挫。”
（巴文泽）