孔子生在鲁国的昌平乡陬邑。他的祖先是宋国人，叫孔防叔。防叔生了伯夏，伯夏生了叔梁纥。叔梁纥年老时和颜氏少女野合而生下了孔子，是他们到尼丘山向神祈祷后才得的孔子。鲁襄公二十二年，孔子出生。他刚出生时头顶中间下凹四周隆起，所以起名叫丘。字仲尼，姓孔。
孔丘出生不久叔梁纥就去世了，埋葬在防山。防山在鲁国的东部，因此孔子无法确知父亲的墓在何处，是母亲没有把父亲的墓地告诉他。孔子小的时候做游戏，常常摆设俎豆等祭器，模仿祭祀的礼仪动作。孔子的母亲死后，就把灵柩暂时停放在曲阜五父衢的路边，出于慎重没有马上下葬。陬邑人挽父的母亲把孔子父亲的坟告诉了他，然后他才把母亲的灵柩迁到防山和父亲合葬。孔子腰上还系着孝麻时，季氏举行宴会款待名士，孔子前往赴宴。阳虎阻拦说：“季氏款待的是名士，不敢让你入席。”孔子因此退出。
孔子十七岁时，鲁大夫孟矨子病重，告诫嗣子懿子说：“孔丘，是圣人的后代，先辈在宋国败落。他的祖先弗父何当初本是嗣子，让位给弟弟厉公。等到正考父时，先后辅佐戴公、武公、宣公，三次接受使命一次比一次恭敬，所以鼎的铭文说：‘第一次受命时鞠躬而受，第二次受命时弯腰而受，第三次受命时俯身而受，走路时靠墙根而行，也没有人敢侮慢我。我就用这个鼎煮些面糊稀粥糊口度日。’他就是这样的恭谨节俭。我听说圣人的后代，虽然不一定能当国君执政，但必定会有才德显达的人出现。如今孔子年少而好礼仪，他不就是要显达的人吗？我危在旦夕，你一定要拜他为师。”等到矨子死后，懿子和鲁人南宫敬叔便到孔子那里学礼。这一年，季武子去世，季平子继位。
孔子家境贫穷而且社会地位低贱。到成年后，曾在季氏门下做管理仓库的小吏，出纳钱粮计量公平准确；又曾担任管理牧场的小吏，牲畜蕃息。因此，升为管理营建的司空。不久，他离开鲁国，在齐国受到排斥，到宋国、卫国遭到驱逐，在陈国、蔡国之间被围困，于是又返回鲁国。孔子身高九尺六寸，人们都称他为“长人”，而觉得他和一般的人不同。由于鲁国再次善待他，所以返回鲁国。
鲁国人南宫敬叔对鲁君说：“请让我和孔子一块到周去。”鲁君给了他一辆车、两匹马、一名童仆，到周去学礼，在那里见到了老子。告别时，老子送行说：“我听说富贵的人送别时赠送财物，品德高尚的人送别时赠送言辞。我不是富贵的人，只好冒充品德高尚的人，用言辞为你送别，这几句话是说：‘聪明深察的人常常受到死的威胁，因为他好议论别人的缘故；博学善辩见识广大的人常常遭受厄困危及自身，因为他好揭发别人罪恶的缘故。做人子女的要忘掉自己去一心想父母，做臣子的要忘掉自己去一心想君王。’”孔子从周返回鲁国，门生渐渐多起来。这个时候，晋平公淫乱，六卿专擅朝政，不断出兵攻打东边的诸侯；楚灵王的军队强盛，经常进犯中原各国；齐是大国靠近鲁国。鲁国弱小，归附楚国就惹怒晋国；归附晋国就招致楚国讨伐；对齐国侍奉不周，齐军就进犯鲁国。
鲁昭公二十年，孔子大约三十岁了。齐景公和晏婴来到鲁国，景公问孔子说：“从前秦穆公国家小，又处在偏僻的地方，他能称霸是靠什么呢？”孔子回答说：“秦国虽然小，但它的志向却很大；所处地区虽然偏僻，而施政却很得当。他亲自推举用五张羊皮赎回的百里奚，授予他大夫爵位，把他从拘禁中解救出来，和他深谈三天，随后让他执掌国政。用这种精神治理国家，就是称王于天下也能做得到，他称霸还小了点。”景公听后很高兴。
孔子三十五岁时，季平子和絥昭伯因为斗鸡的缘故得罪了鲁昭公，昭公率领军队攻打季平子，季平子和孟孙氏、叔孙氏三家联合攻打昭公，昭公的军队败北，逃亡到齐国，齐国把昭公安置在乾侯。其后不久，鲁国发生变乱。孔子来到齐国，做了高昭子的家臣，想通过高昭子的关系接触景公。他和齐国的乐官谈论音乐，听到《韶》乐，就学起来，三个月竟然尝不出肉味来，齐国人称赞他这种专心致志的精神。
景公问孔子如何施政，孔子说：“国君要像国君，臣子要像臣子，父亲要像父亲，儿子要像儿子。”景公说：“好极了！假如国君不像国君，臣子不像臣子，父亲不像父亲，儿子不像儿子，即使有很多粮食，我怎么能吃得着呢？”另一天景公又问孔子施政的原则，孔子说：“施政最重要的是控制支出，节省财力。”景公听了很高兴，打算把尼溪的田地封给孔子。晏婴劝阻说：“儒者能说会道、圆滑，不能用法来约束他们；高傲自以为是，作为臣下很难驾驭；重视丧礼，竭尽哀情，追求厚葬不惜破产，不能让这种做法形成风气；四处游说求取官禄，不能让这种人治理国家。自从大贤圣相继谢世后，周室随着也衰微，礼崩乐坏已有很长的时间了。如今孔子过分讲究仪容服饰，详订繁琐的上朝下朝礼仪，刻意于快步行走的规矩，这些繁文缛节，几代人都研究不完，一年连礼仪都学不会。君王想用这一套改变齐国的风俗，恐怕这不是引导百姓的好办法。”后来，景公虽然很有礼貌地接见孔子，但不再向他问礼仪了。有一天，景公慰留孔子说：“给你季氏那样高的待遇，我做不到。”于是就给孔子以上卿季氏、下卿孟孙氏之间的待遇。齐国的大夫有人想谋害孔子，孔子知道了。景公对孔子说：“我老啦，不能任用你了。”孔子就辞行，返回鲁国。孔子四十二岁时，鲁昭公在乾侯去世，定公继位。定公继位的第五年，夏天，季平子去世，桓子继位为上卿。季桓子挖井时得到个大肚小口的陶器，里面有一只像羊的东西，对孔子谎称“得到一只狗”。孔子说：“据我所知是羊。我听说，山林中的怪兽是单足的‘夔’和山精‘罔阆’；水中的怪物是‘龙’和水怪‘罔象’；土中的怪物是雌雄不分的‘坟羊’。”
吴国讨伐越国，摧毁了越都会稽，得到一节骨头，长度和车相等。吴国派使臣问孔子：“什么骨头最大？”孔子说：“大禹召集群神到会稽聚会，防风氏迟到，大禹就把他杀了陈尸示众，他的骨头一节就有车那么长，这就是最大的骨头了。”吴使问：“那谁是神呢？”孔子说：“山川的神灵能兴云致雨足以造福天下，负责监守山川按时祭祀的就是神，守卫社稷的就是公侯，他们都归属于王者。”吴使问：“防风氏是监守什么的？”孔子说：“汪罔氏的君长负责监守封山和禺山的祭祀，是矨姓。在虞、夏、商三代叫汪罔，在周代叫长翟，现在叫作大人。”吴使问：“人的身高是多少？”孔子说：“僬侥氏身高三尺，是最矮的。高的不过三丈，数得上最高了。”于是吴使说：“了不起呀圣人！”
季桓子有个名叫仲梁怀的宠臣，和阳虎有怨仇。阳虎想驱逐仲梁怀，公山不狃阻止了他。这年秋天，仲梁怀更加骄横。阳虎就把他拘捕了。季桓子很生气，阳虎就把他也关押起来，直到季桓子被迫和阳虎订立盟约才把他释放出来。阳虎从此更加轻视季氏。季氏本来也越分凌驾于鲁君之上，他的家臣就执掌了国家政权，因此鲁国自大夫以下都不守本分，背离了正道。所以孔子不再做官，退出政界，专心研究整理《诗》《书》《礼》《乐》典籍。他的学生很多，直到很远的地方，无不前来虚心受业。
鲁定公八年，公山不狃失宠于季氏，就利用阳虎作乱，打算废掉季氏、孟孙氏、叔孙氏“三桓”的嫡长子，改立平日为阳虎喜欢的庶子，于是逮捕了季桓子。桓子用计骗他，才逃脱出来。定公九年，阳虎作乱失败，逃奔齐国。这时，孔子五十岁。
公山不狃凭借费城反叛季氏，派人召孔子去帮忙。孔子探索依循的治国之道已经很久了，却抑郁无处施展，没有人任用他，就说：“当初周文王、武王兴起于丰、镐而建立王业，现在费城虽然小，或许差不多吧！”想应召前去。子路不高兴，阻止孔子。孔子说：“他们召我去，难道能让我白跑一趟吗？如果重用我，我将在东方推行周朝的礼仪制度啊！”然而最终也没能去成。后来，定公任命孔子为中都的长官，到任一年，四方的官吏都效法他的治理办法。孔子便由中都长官提升为司空，又由司空提升为大司寇。
定公十年春天，与齐国和解。夏天，齐国的大夫黎鉏对景公说：“鲁国重用孔丘，观察他的趋势，必定会危及齐国。”于是派使臣告诉鲁定公举行友好会盟，约定在夹谷相会。鲁定公将毫无戒备地乘车前去会盟。孔子以大司寇的身份兼办理会盟事务，孔子说：“我听说办理文事必须有武备，办理武事必须有文备。古代诸侯出自己的疆界，一定配备齐全文武官随从。请你安排左右司马一起去。”定公说：“好。”就带了左右司马随从。定公在夹谷和齐侯相会。在那里修建了会盟的土台，台上准备好席位，设有三级登台的台阶，两君以简略的礼节相见，拱手揖让登台。双方馈赠仪式过后，齐国的有司快步上前请求说：“请演奏四方各族的舞乐。”景公说：“好。”于是齐国的乐队以旌旗为先导，头戴羽冠，身披皮衣，手执矛、戟、剑、楯等兵器，喧闹着蜂拥而上。孔子快步上前，一步一个台阶，还差一个台阶时，举起袖子一挥，说道：“我们两国国君友好相会，为什么让夷狄的舞乐在这里现丑，请命令有司叫他们下去！”有司让乐队退下，他们不走，左右看看晏婴和景公的眼色。景公心里惭愧，挥手让乐队下去。不一会，齐国有司快步上前说：“请演奏宫中的乐曲。”景公说：“好。”于是齐国的戏谑艺人和矮小的侏儒边舞边唱走上台。孔子快步走上前，一步一个台阶，还没有上最后一个台阶，就说：“百姓迷惑戏弄诸侯，论罪当斩！请命令有司去执行！”有司依法执行腰斩，这些人当即手足异处。齐景公大为恐惧，深受触动，知道自己在道义上不如鲁国，回国后非常恐慌，告诉他的群臣说：“鲁国的大臣用君子的道理辅佐他的国君，而你们却用夷狄的办法教我，使我得罪了鲁国的国君，这该怎么办呢？”有司上前回答说：“君子有过借，就用实际行动向人家道歉认错；普通人有过错，就用花言巧语谢罪。君子如果痛心，就用具体行动赔不是。”于是齐景公就把侵占的郓、汶阳、龟阴土地归还给鲁国，以此向鲁国道歉。
定公十三年夏天，孔子对定公说：“大臣不准收藏武器，大夫的封邑不准营建高一丈长三百丈的城墙。”于是就派仲由去当季氏的管家，打算拆掉季孙、孟孙、叔孙三家封邑的城墙。这时，叔孙氏先把絥邑的城墙拆了。季孙氏将要拆毁费邑的城墙，公山不狃和叔孙辄率领费邑的人袭击鲁国。定公和季孙、孟孙、叔孙三人进入季氏的住宅，登上季孙武子的高台。费邑人进攻他们，没有打进去，但有人已逼近定公的台侧。孔子命令申句须、乐颀下台反击费人，费人败退。鲁国人乘胜追击，在姑蔑把他们打败。公山不狃和叔孙辄逃奔齐国，就把费邑的城墙拆了。接着准备拆毁成城，成城的长官公敛处父对孟孙说：“拆毁了成邑的城墙，齐国人必将进逼我们的北大门。况且成城是孟氏的屏障，没有成城也就没有孟氏了。我不打算拆毁它。”十二月，定公率军围攻成城，没有攻下来。
定公十四年，孔子五十六岁，他由大司寇代理丞相职务，脸上流露出喜悦的神色。弟子说：“听说君子大祸临头不恐惧，大福来到不喜形于色。”孔子说：“有这个话。但不是还说‘乐在身居高位而礼贤下士’吗？”于是就把扰乱政治的鲁国大夫少正卯杀了。孔子参与国政三个月，贩卖猪、羊的商人不敢哄抬物价；男女都分路行走；掉在路上的东西没有人捡拾；四方的旅客来到鲁国的城邑，不必向有司求情送礼，都给予接待和照顾，直到他们满意而归。齐国听到这个消息感到害怕，有人说：“孔子主持政治，鲁国一定会称霸，一旦称霸，我国离它最近，我们会先被吞并。何不先送给它一些土地呢？”黎鉏说：“请先试着阻止它强大，如果阻止不成，再送给它土地，难道算迟吗？”于是从齐国挑选了八十名漂亮的少女，都穿上华丽的衣服，并会跳《康乐》舞，还有身带花纹的马三十驷，一并送给鲁君。齐国先把女乐和纹马彩车安置在鲁城南边的高门外。季桓子身穿便服再三前去偷看，打算接受，就告诉鲁君外出巡游，以此为名，整天在城南观赏齐国的美女、纹马，连国家的政事都懒得管了。子路见此情形，说：“先生，我们可以离开这里了。”孔子说：“鲁国现在就要郊祭，如果能按礼法把祭肉分给大夫，那么我们还可以留下来。”季桓子终于接受了齐国送的美女，一连三天不过问政务；郊祭结束，又没有把祭肉分给大夫们。孔子于是离开鲁国，在屯地住宿过夜。鲁国的师己赶来送行，说：“先生是没有罪过的。”孔子说：“我唱首歌可以吗？”于是唱道：“那些妇人的口，可以把大臣赶走；亲近那些妇人，可以使人国破身亡。悠闲啊悠闲啊，我只有这样安度岁月！”师己返回，桓子问：“孔子说了些什么？”师己照实告诉。桓子长叹一声说：“先生是怪罪我接受齐国那一群女乐队的缘故啊！”
孔子于是到了卫国，住在子路大舅子颜浊邹家里。卫灵公问孔子说：“在鲁国的俸禄是多少？”孔子回答说：“俸粟六万小斗。”卫国也给他俸粟六万小斗。居住不久，有人对卫灵公诽谤孔子。灵公就派公孙余假带兵仗监视孔子的出入。孔子害怕无端获罪，居住了十个月，便离开卫国。将要去陈国，路过匡城，弟子颜刻赶车，他用马鞭指着城墙的一处说：“从前我来这个城，是由那个缺口进去的。”匡地人听说，误以为是鲁国的阳虎。阳虎曾经残害过匡地人，于是匡地人围困了孔子。孔子的长相颇似阳虎，所以被困了整整五天。颜渊后来赶到，孔子说：“我以为你死了。”颜渊说：“老师还健在，颜回怎么敢死！”匡地人围困孔子越来越急，弟子们都很害怕。孔子说：“周文王已经死了，周代的礼乐制度不是在我们这里吗？上天如果要毁灭这种制度，就不应该让后死的人认识和承担维护它的责任。天意既然没有要毁灭这种制度，匡地人又能对我怎么样？”孔子派随从向卫国宁武子称臣，然后才得脱离险境。
离开匡城，孔子来到蒲地，一个多月后，又返回卫国，住在蘧伯玉的家里。卫灵公有个叫南子的夫人，派人对孔子说：“各国的君子凡是看得起我们国君，想和我们国君建立兄弟情义的，必定来会见我们夫人。夫人愿意会见你。”孔子开始推辞，最后不得已才去见她。南子夫人在细葛布帷帐中等待，孔子进门，面北跪拜行礼。夫人在帷帐中两次回拜答礼，她披戴的环佩玉器首饰撞击出清脆的丁当声。事后孔子说：“我本来不愿意见她，既然见了，就要按礼节行事。”子路还是不高兴。孔子发誓说：“假如我做得不对，上天一定厌弃我！上天一定厌弃我！”在卫国住了一个多月，灵公和夫人同坐一辆车，宦官雍渠陪侍在车右，出宫后，让孔子乘坐第二辆车跟随，大摇大摆地从市上走过。孔子说：“我没有见过喜好德行能像喜好美色那样的人。”于是对灵公的作为感到厌恶，便离开卫国，到曹国去。这一年，鲁定公去世。孔子离开曹国到了宋国，和弟子在大树下演习礼仪。宋国的司马桓魋想杀害孔子，就把大树砍了。孔子只好离去。弟子催促说：“可以快点走了。”孔子说：“上天既然赋予我传播道德的使命，桓魋能把我怎么样！”
孔子到达郑国，与弟子走散了，孔子一个人站在外城的东门。郑国有人对子贡说：“东门有个人，他的额头像尧，他的脖子像皋陶，他的肩膀像子产，然而从腰部以下比禹短三寸，狼狈得像一只丧家犬。”子贡如实地告诉孔子。孔子高兴地说：“他形容我的相貌，这无关紧要。要说我像一只丧家犬，真是这样啊！真是这样啊！”
孔子到达陈国，住在司城贞子的家里。过了一年多，吴王夫差率军攻打陈国，夺取了三座城邑才撤军。赵鞅攻打朝歌。楚军围攻蔡国，蔡国迁都到靠近吴的地区。吴王在会稽打败了越王勾践。
一天，许多只隼落到陈国宫廷，死在那里，有眓木做的箭贯穿鸟身，箭头是石制的，箭长一尺八寸。陈盡公派使臣问孔子。孔子说：“隼是从遥远的地方飞来的，这箭是肃慎部族的箭。从前周武王灭商后，沟通了和九夷百蛮各少数民族的联系，让他们各自贡献地方特产，叫他们不要忘记自己的职责和义务。于是肃慎族贡献眓木杆石箭头的箭，长一尺八寸。周武王为了显示他臣服远方的功德，就把肃慎献的箭分给长女大姬，大姬嫁给了虞胡公，后来就把胡公分封在陈国。那时把珍宝玉器分赠给同姓诸侯，表示重视亲族；把远方的贡品分赠给异姓诸侯，使他们不忘服从王命。所以把肃慎献的箭分给了陈国。”陈盡公派人试着到收藏贡物的仓库查找，果然找到了这种箭。
孔子在陈国住了三年，正巧遇上晋、楚争霸，两国轮番讨伐陈国，至于吴国也侵犯陈国，陈国时常遭受侵袭。孔子说：“回去吧！回去吧！我家乡的弟子志向远大，只是行事疏阔一些，他们有进取心，没有忘记自己的初衷。”于是孔子离开陈国。
经过蒲地时，刚好遇上公叔氏凭据蒲地反叛，蒲人就扣留了孔子。弟子中有个叫公良孺的，自己带着五辆车随孔子周游各地。他身材高大，有才德，有勇力，对孔子说：“我从前随先生在匡地遇到危难，现在又在这里遇到危难，这是命里注定的吧？我和先生一再遭受灾难，宁愿搏斗而死。”拼搏十分激烈。蒲地人害怕，对孔子说：“如果你们不去卫国，我就放你们走。”孔子和蒲地人订立了盟约，他们放孔子从东门出去。孔子于是到了卫国。子贡说：“盟约可以违背吗？”孔子说：“受胁迫签订的盟约，神灵是不会认可的。”
卫灵公听说孔子来，非常高兴，亲自到郊外迎接。灵公问道：“蒲可以讨伐吗？”孔子回答说：“可以。”灵公说：“我的大夫们认为不可以。因为现在的蒲地，是防御晋、楚的屏障，用卫国的兵讨伐它，恐怕不可以吧。”孔子说：“蒲地的男子有誓死效忠卫国的决心，妇女有保卫这块西河土地的愿望。我所说要讨伐的，只不过是四五个叛乱的头目。”灵公说：“好。”然而却没有派兵讨伐蒲地的叛乱。
灵公年老，自己懒得处理政务，也不用孔子。孔子感慨地叹气说：“如果有人用我主持国政，一年就可以变样，三年就会大见成效。”孔子只好离去。
佛筭做中牟邑的长官。赵简子进攻范氏、中行氏，讨伐中牟。佛筭反叛赵简子，派人召请孔子。孔子想前往。子路说：“我听先生说过，‘亲身做坏事的人那里，君子是不去的’。现在佛筭自己占据中牟反叛，先生想前去，这是为什么呢？”孔子说：“是有这样的话。但我不是也说过坚硬的东西，是磨不薄的；不是也说过洁白的东西，是染不黑的。我难道是中看不中吃的瓠瓜吗？怎么只能挂着不给人吃呢？”
孔子敲击磬，有一个身背草筐的人从门前经过，说：“有心思啊，这个敲磬人！磬敲得丁丁当当直响，既然没人赏识自己，那就算了吧！”孔子向师襄子学弹琴，一连十天没学新曲子。师襄子说：“可以学习新曲了。”孔子说：“我已经熟习曲子了，但还没有掌握弹奏的要领。”过了些时候，师襄子说：“你已经掌握了弹奏的要领，可以换新曲子了。”孔子说：“我还没有领会到乐曲蕴藏的志向。”过了些时候，师襄子说：“你已经掌握了乐曲的志向，可以换新曲子了。”孔子说：“我还没有体察出曲作者是什么样的人。”过了些时候，孔子肃穆深思，随后又心旷神怡，显出视野宽广、志向高远的神态，说：“我体察出曲作者是什么样的人了，他的皮肤黝黑，身材高大，目光明亮而高瞻远瞩，好像统治四方诸侯的王，除了周文王谁能够如此呢！”师襄子离开座位向孔子拜了两拜，说：“我老师原先说过，这首曲子叫《文王操》。”
孔子既然不被卫君重用，打算西去会见赵简子。到达黄河岸边，听到窦鸣犊、舜华被杀的消息，面对黄河叹气说：“壮美的黄河水，浩浩荡荡盛大异常！我所以不能渡过黄河，也是命运吧！”子贡快步上前问：“冒昧地请问，这话是什么意思？”孔子说：“窦鸣犊、舜华，是晋国有才德的大夫。在赵简子还没有得志时，需要依靠这两个人然后才能掌握政权；等到他得志以后，竟然杀了他们才执掌政权。我听说过，剖腹取胎、杀害幼兽，麒麟就不会到郊外来；排干池水捉鱼，蛟龙就不肯调和阴阳、兴云致雨；倾覆鸟巢毁坏鸟卵，凤凰就不愿来这里飞翔。为什么呢？君子忌讳杀害他的同类。鸟兽对于不义的行为尚且知道躲避，更何况我孔丘呢！”于是便回到老家陬乡休养，创作了《陬操》琴曲以哀悼窦鸣犊、舜华两位贤大夫。而后又返回卫国，住在蘧伯玉家里。
有一天，卫灵公询问打仗列阵的事，孔子说：“祭祀的事曾经听说过，排兵布阵的事未曾听说过。”第二天，灵公和孔子谈话时，看见雁群飞翔，就抬头仰望雁群，神色不在孔子身上。孔子于是离开卫国，又到陈国。这年夏天，卫灵公去世，他的孙子辄继位，这就是卫出公。六月，赵鞅把流亡在外的卫灵公的太子蒯聩送到戚邑。赵鞅指使阳虎让太子蒯聩身穿孝服，又让八个人披麻带孝，伪装成从卫国来迎太子回去奔丧的样子，哭着进入戚邑，因为没有成功就住在了戚邑。冬天，蔡国迁都到州来。这一年是鲁哀公三年，孔子已经六十岁了。齐国帮助卫国攻打戚邑，因为太子蒯聩在这里的缘故。
同年夏天，鲁桓公、矨公的庙失火，南宫敬叔去救火。孔子在陈国，听到鲁庙失火的消息，说：“火灾一定在桓公、矨公的庙吧？”不久得到证实，果然如他所说的一样。
到了秋天，季桓子病重，乘辇车望见鲁城，长叹一声说：“从前这个国家几乎强盛起来，因为得罪了孔子，所以没有强盛起来。”回头对他的继承人季康子说：“我要是死了，你必然会当鲁国的丞相。当丞相后，一定召回仲尼。”几天后，季桓子去世，季康子继承了他的职位。办完丧事，季康子想召仲尼回来。公之鱼说：“从前我们先君用他没有善终，最后招致诸侯耻笑。现在又任用他，如果仍然半途而废，是会再次被诸侯耻笑的。”康子说：“那么召谁合适呢？”公之鱼说：“一定召冉求。”于是派人去召冉求。冉求准备前往。孔子说：“鲁国派人召回冉求，不会小用，将会重用他。”就在这一天，孔子说：“回去吧！回去吧！我家乡的这些弟子志向高远而行事疏阔，他们富于文采，我真不知道从何处下手教育他们。”子贡知道孔子思归，送冉求时，叮嘱过“你如果被重用了，设法把孔子招回去”的话。
冉求离去以后，第二年，孔子从陈国移居到蔡国。蔡昭公打算去吴国，是吴国召他去的。以前昭公欺骗大臣迁到州来，这次前往，大夫们害怕再次迁都，公孙翩就在路上把昭公射死了。楚国进犯蔡国。秋天，齐景公去世。
第二年，孔子从蔡国到叶邑。叶公向孔子问政治，孔子说：“为政在于招纳远方的贤人，使近处的人归服。”有一天，叶公向子路问孔子的情况，子路拒绝回答。孔子知道这件事后，说：“仲由，你为什么不回答说‘他这个人，学习道理从来不知道疲倦，教导别人从来不知道厌烦，发愤学习时忘记吃饭，快乐时忘记忧愁，以致不知道衰老将要到来罢了’。”离开叶邑，返回蔡国。路上遇见长沮、桀溺并肩耕作，孔子认为他们是隐士，就让子路前去打听渡口在哪里。长沮说：“车上那位拉着缰绳的人是谁？”子路说：“是孔丘。”长沮说：“是鲁国的孔丘吗？”子路说：“是啊。”长沮说：“他该知道渡口在哪里了。”桀溺问子路说：“你是谁？”子路说：“我是仲由。”桀溺说：“那你是孔丘的门徒吗？”子路说：“是啊。”桀溺说：“天下到处都动荡不安，谁能改变这种局势呢？况且你跟随为躲避暴君乱臣的人到处奔波，还不如跟我们为躲避乱世而隐居呢！”说完继续干起活来。子路如实告诉孔子，孔子失望地说：“我们不能居住在山林里和鸟兽同群，要是天下太平，我孔丘也就不用为改变这种局面四处奔波了。”
另一天，子路一人行走，遇见肩负除草器具的老农，说：“你见到我的老师吗？”老农说：“你们这些人四肢不劳动，五谷辨认不清，谁是老师我怎么知道！”拄着拐杖拔起草来。子路把事情的经过告诉孔子，孔子说：“他是位隐士。”等子路回去找时，老农已经走了。
孔子迁居到蔡国的第三年，吴国讨伐陈国。楚国发兵救陈国，军队驻扎在城父。听说孔子住在陈、蔡边界上，楚国就派专人去聘请孔子。孔子准备应聘前往答礼，陈、蔡的大夫暗中商议说：“孔子是有才德的贤人，他所讥讽的无不切中诸侯的弊病。如今他久居陈、蔡之间，大夫们的施政方针，都不合仲尼的意思。如今的楚国，是个大国，却来聘请孔子。如果孔子被楚国重用，那么陈、蔡掌权的大夫就危险了。”于是两国派遣服劳役的人把孔子围困在野外。孔子无法行动，粮食已经断绝，随从的弟子饿病了，都无精打彩。但孔子却照样不停地给弟子讲学、诵诗、唱歌、弹琴。子路面带怒色地见孔子说：“君子也有困窘的时候吗？”孔子说：“君子面对困窘仍能坚守节操不动摇，小人遇到困窘那就什么事都可能干得出来。”
子贡气得脸色都变了。孔子说：“赐啊，你认为我是博学强记的人吗？”子贡说：“是啊。难道不是吗？”孔子说：“不是的。我是用一种基本原则把全部知识贯穿起来的。”
孔子知道弟子们心怀愤怒，于是叫子路问道：“诗》说‘不是犀牛也不是虎，它却徘徊在旷野上’。难道我们的学说不对吗？我们为什么会落到这种田地呢？”子路说：“想必是我们的仁德还不够吧？所以人家不信任我们；想必是我们的智谋还不够吧？所以人家不放我们走。”孔子说：“有这样的道理吗！仲由，假如有仁德的人必定受人信任，怎么会有伯夷、叔齐饿死在首阳山呢？假如有智谋的人就能够畅通无阻，怎么会有王子比干被剖心呢？”
子路出去，子贡进来相见。孔子说：“赐啊，《诗》说‘不是犀牛也不是虎，它却徘徊在旷野上’。难道我们的学说不对吗？我们为什么落到这种田地呢？”子贡说：“先生的学说博大到极点了，所以天下没有哪个国家能容纳先生。先生何不稍微降低点要求呢？”孔子说：“赐，有经验的农民虽然会种庄稼，但却不能保证准有收获；好的工匠虽然手艺精巧，但他制造的器具未必能令人人称心如意。君子能够研修自己的学说，就像结网先有纲一样，然后依序疏理结扎，但不一定为社会所容纳。现在你不去研修自己的学说，反而想降低标准求人容纳。赐，你缺乏远大的志向啊！”
子贡出去，颜回进来相见。孔子说：“回，《诗》说‘不是犀牛也不是虎，它却徘徊在旷野上’。难道我们的学说不对吗？我们为什么落到这种田地呢？”颜回说：“先生的学说博大到极点了，所以天下没有哪个国家能容纳先生。虽然这样，先生还要推行自己的学说，不被天下容纳又有何妨。不被容纳，然后才显现出君子的本色！学说得不到研修提高，那才是自己的耻辱。至于研修成的学说不被采用，那是国家当权者的耻辱。不被采纳有什么关系呢？不被采纳，然后才显现出君子的本色！”孔子欣慰地笑着说：“是这样啊，颜家的子弟！假使你成了大富翁，我愿意做你的管家。”于是派子贡到楚国。楚昭王派军队迎接孔子，这才从窘境中解脱出来。
楚昭王想把有户籍登记的七百里地封给孔子。楚国的令尹子西说：“大王派往诸侯国的使臣，有像子贡这样的吗？”昭王说：“没有。”子西说：“大王的辅佐丞相，有像颜回这样的吗？”昭王说：“没有。”子西问：“大王的将帅，有像子路这样的吗？”昭王说：“没有。”子西问：“大王的各主事官员，有像宰予这样的吗？”昭王说：“没有。”子西接着说：“况且楚国的始祖从周天子受封时，封号才是子男爵，土地只有五十里。如今孔子讲述三皇五帝的治国方法，申明周公、召公辅佐周天子的事业，大王如果任用他，那么楚国还能保住世世代代统治方圆数千里的土地吗？当初周文王在丰，周武王在镐，从统辖百里的君王，最终称王天下。现在孔丘如果拥有七百里土地，又有众多的贤能弟子辅佐，这不是楚国的福音。”昭王于是打消了原来的想法。这年秋天，楚昭王死在城父。
楚国装狂的接舆，一天唱着歌经过孔子的车旁边，说：“凤凰啊，凤凰啊，你的学说和道德为什么如此不受重视！过去的已经不能挽回，未来的还可以追求。算了吧，算了吧！现在从政的人都很危险啊！”孔子赶快下车，想和他谈谈，但他却快步走了，没能和他交谈。于是孔子从楚国返回卫国。这一年，孔子六十三岁，是鲁哀公六年。
第二年，吴国和鲁国在缯会盟，吴国要求鲁国提供百牢祭品。吴太宰嚭召见季康子。季康子派子贡前去交涉，然后吴国才放弃违礼的索求。
孔子说：“鲁国、卫国的政治，同兄弟一样相似。”这时，卫出公辄的父亲蒯聩没能继位，流亡在外，诸侯对此事屡加指责。而孔子的弟子很多人在卫国做官，卫君辄想让孔子来执掌政事。子路说：“卫君等待先生前去执政，先生打算先抓什么呢？”孔子说：“一定要先正名分！”子路说：“有这样的事吗，先生太迂阔了，为什么要正名呢？”孔子说：“鲁莽啊，仲由！名分不正说话就不顺耳，说话不顺耳就办不成事，办不成事礼乐就不能兴盛，礼乐不兴盛刑罚就不会准确适度，刑罚不准确适度百姓就会手足无措。君子办事必须符合名分，说话必须切实可行。君子对于自己说的话，应该毫不苟且不马虎才行啊。”
次年，冉有为季氏统率军队，和齐国在郎地作战，打了胜仗。季康子说：“先生的军事才能，是学来的呢？还是天生的呢？”冉有说：“从孔子那里学来的。”季康子说：“孔子是什么样的人呢？”冉有回答说：“用他必须有正当的名分，让他把德政传播给百姓，这样做即使对质于鬼神也没有遗憾。如果让孔子像冉求我一样去打仗，即使封给他千社，先生也不会干的。”季康子说：“我想召他回来，可以吗？”冉有回答说：“如果你想召他回来，只要不让小人从中阻碍他，就可以了。”这时卫国孔文子想攻打太叔，向仲尼问计策。仲尼推辞不懂军事，回去他当即命令备车离开卫国，说：“鸟能选择树木栖息，树木怎么能选择鸟呢？”孔文子坚决挽留他。正巧季康子使公华、公宾、公林，携带厚礼迎接孔子，孔子就回鲁国去了。
孔子离开鲁国共经历十四年才返回鲁国。
鲁哀公向孔子问政事，孔子回答说：“为政最重要的是选择大臣。”季康子向孔子问政，孔子说：“推举正直的人，抛弃心术不正的人，这样心术不正的人也会慢慢变为正直的人。”季康子忧虑盗窃，孔子说：“如果你自己没有贪欲，就是给予奖赏，也不会去偷盗。”然而鲁国最终没能重用孔子，孔子也不追求官位。
孔子的时代，周室衰微，礼崩乐坏，《诗》《书》残缺不全。于是孔子追溯夏、商、周三代的礼仪制度，删释《书传》，上起唐尧、虞舜之际，下至秦缪公，依照顺序整理编排。他说：“夏代的礼仪制度我还能讲述，只是夏代的后继杞国没有足够的文献证实这些制度。殷代的礼仪制度我还能讲述，只是殷代的后继宋国没有足够的文献证实这些制度。如果杞国、宋国的文献充足，我就能以充分的依据证实这些制度了。”孔子考察了殷代对夏代礼乐制度的增减后，说：“虽然往后一百代，增减的情形也可以预知，因为一是重视文采，一是重视质朴。周代的礼仪制度是借鉴夏、殷两代的礼仪制度制定的，多么丰富多彩呀！我遵从周代的礼仪制度。”所以，《书传》《礼记》是孔子编定的。
孔子对鲁国的乐官太师说：“音乐的演奏规律是可以通晓的。开始演奏时，五音要协调一致，接下去节奏要和谐，声音要清脆，连续不断地演奏，这样，直到整首曲子完成。”又说：“我从卫国返回鲁国，然后开始考订残缺的诗乐，使《雅》《颂》都能配上原有的曲调。”
古代留传下来的《诗》有三千多篇，到孔子时把重复的删掉，选取可以用于礼仪教化的，上采自殷代的始祖契、周代的始祖后稷，中述说殷、周两代的盛世，直到周幽王、周厉王的政治缺失，而开头第一篇则是叙述男女夫妇关系和感情的诗，所以说：“关雎》篇作为《风》的开始，《鹿鸣》篇作为《小雅》的开始，《文王》篇作为《大雅》的开始，《清庙》作为《颂》的开始。”三百零五篇诗孔子都配乐歌唱，以求合于《韶》《武》《雅》《颂》乐曲的音调。先王的礼乐制度从此才恢复了旧观而得以称述，王道完备了，并完成了《诗》《书》《礼》《乐》《易》《春秋》六艺的编修。
孔子晚年喜欢钻研《易》，并详细解释《彖》《系》《象》《说卦》《文言》等篇。他读《易》卷不释手，以致把串联竹简的皮绳磨断了三次。他说：“再让我多活几年，要是这样，我对《易》的文辞和义理就能充分掌握了。”
孔子用《诗》《书》《礼》《乐》作教材，就读的弟子大约有三千人，其中精通六艺的达七十二人。至于像颜浊邹那样的人，多方面受到孔子的教诲而不在七十二人之列的弟子非常多。
孔子教育弟子注重抓四个方面：学问、言行、忠恕、信义。他要弟子严格执行四禁：不揣测、不武断、不固执、不自以为是。他认为应该谨慎处理的是：斋戒、战争、疾病。孔子很少谈利，如果谈利，就和命运、仁德联系起来。孔子授课，不到弟子难得发急时，不去启发开导他；不能举一反三、触类旁通，就不再讲授新课。
孔子在自己的家乡，谦恭得像个不善言谈的人。他在宗庙祭祀和朝廷议政时，却言辞明晰通达，滔滔不绝，但很恭谨小心。上朝时，和上大夫交谈，态度和气，中正自然；和下大夫交谈，理直气壮，和乐轻松。进入国君的宫门，就保持低头弯腰的恭敬姿势；快到国君跟前时小步快行，两臂后伸，恭敬有礼。国君命他迎接宾客，表情十分庄重认真。国君召见，不等车驾备好，就先出发了。
鱼不新鲜，肉已变味，或不按规矩切割，孔子都不吃。席位不正，就不坐。在有丧事的人旁边吃饭，从来不吃饱。
在一天里哭泣时，就不唱歌。看见穿丧服的人和盲人，即便是小孩，必定改变面容以示悲戚同情。
孔子说：“三个人同行，其中必有可以做我老师的。”又说：“道德的不修明，学业的不探求，听到正义的事情不能前往学习，对于缺点错误不能马上改正，这些都使我忧虑。”请人唱歌，如果唱得好，就请人再唱一遍，然后自己也跟着一块唱。
孔子不谈论：怪异、暴力、淫乱、鬼神。
子贡说：“先生在文献方面成就卓著，我们是知道的。先生讲的天道与人生命运的深奥见解，我们就不知道了。”颜渊感慨地说：“对老师的学问越敬慕，越觉得它无比崇高。钻究越深，越觉得它坚实深厚。看见它在前面，忽然间又在后面了。先生善于循序渐进地诱导人，用典籍文章丰富我的知识，用礼仪道德规范我的言行，使我想停止学业都不可能。已经竭尽了我的才力，好像有所收获，而老师的学问却依然高立而不可及。虽然我想追赶上去，却不可能追得上。”达巷这个地方的党人对我说：“伟大啊孔子，他博学多才却不专一名家。”孔子听到这些话后说：“我要专于什么呢？是专赶车？还是专于射箭呢？我还是专于赶车吧。”子牢说：“老师曾说‘因为没被世主所用，所以才有闲功夫学了许多技艺’。”
鲁哀公十四年春天，在大野地方狩猎。给叔孙氏赶车的8商猎获了一头怪兽，他们认为这是不祥的兆头。孔子看见它，说：“这是麒麟。”于是将它取走了。孔子说：“黄河上再不会看见神龙背着图出现，洛水再不会看见神龟背着洛书出现，我的命就快完啦！”
颜渊死后，孔子说：“这是天老爷要我死啊！”等到去西边狩猎见到麒麟，说：“我的主张到头了！”感慨地说：“没有人能了解我了！”子贡说：“为什么没有人知道老师呢？”孔子说：“我不抱怨天，也不怪罪人。下学人事，上通天理，知道我的只有上天啦！”
孔子说：“不降低自己的志向，不使自己的人格受侮辱，只有伯夷、叔齐两个人吧！”又说：“柳下惠、少连降低了志向，使自己的人格受到侮辱。”又说：“虞仲、夷逸隐居，不言世事，行为合于清高纯洁，自我废弃合于权变。”“我和他们就不同了，既没有绝对的可以，也没有绝对的不可以。”
孔子说：“不是吗！不是吗！君子最怕的是死后不能流芳百世。我的主张不能实行，我靠什么贡献给后人留下好名声呢？”于是根据鲁国的史记作了《春秋》一书，上起鲁隐公，下至鲁哀公十四年，记载了鲁国的十二公。以鲁国为中心记述，尊奉周王为正统，借鉴殷代的旧制度，上推继承三代的法统。文辞简约而旨意广博。所以吴、楚国君自称为王，《春秋》贬称他们为子爵；践土会盟，实际是晋君召周王去的，而《春秋》却避讳说：“周王巡狩来到河阳。”依此类推，《春秋》以此为准绳，褒贬当时的人和事。后代有的国君加以倡导推广，使《春秋》的义法通行，那样天下的乱臣奸贼就会感到恐惧了。
孔子任职期间审理诉讼案件，文辞上如有可和别人商议之处，绝不独自决断。至于写《春秋》，该写就写，该删就删，就连子夏这些长于文字的弟子，一个字都不能增删。弟子们学习《春秋》，孔子说：“后世人知道我孔丘的因为《春秋》，怪罪我孔丘的也因为《春秋》。”第二年，子路死在卫国。孔子病了，子贡请求探望他。孔子正拄着拐杖在门口悠闲地散步，说：“赐，你为什么来这么晚啊？”孔子因而叹息，随即唱道：“泰山要倒塌了！梁柱要折断了！哲人要凋谢了！”因而落下了眼泪。对子贡说：“天下失去常道已经很久了，没有人能遵循我的主张。夏人死了棺木停放在东台阶，周人死了棺木停放在西台阶，殷人死了棺木停放在厅堂的两柱中间。昨晚我梦见自己坐在两柱中间受人祭奠，我原本就是殷人啊。”过了七天，孔子就死了。
孔子享年七十三岁，在鲁哀公十六年四月己丑日去世。
鲁哀公为他作的悼辞说：“老天爷不仁慈，不肯留下这位老人，使他丢下我一个人在位，我既孤独又伤痛。啊！多么悲痛！尼父，我顾不得用礼法约束了！”子贡说：“鲁君难道他不能终老于鲁国吗？先生的话说：‘礼法丧失就会昏乱，名分丧失就会出现过失。丧失意志就会昏乱，失去所宜就会出现过失。’生前不能重用，死后写祭文哀悼他，这是不合礼法的。以诸侯自称‘余一人’，是不合名分的。”
孔子埋葬在鲁城北的泗水岸边，弟子们都服丧三年。三年心丧完毕，相互告别而去，大家相对哭泣，各又尽哀；有的又留了下来。只有子贡在墓旁搭了一间小屋，守墓共六年，然后才离去。弟子们与鲁国的其他人，前往墓地居住的一百多家，因而把这里命名叫“孔里”。鲁国世世代代相传，每年按时到孔子墓地祭拜，而儒生们也在孔子墓地讲习礼仪，举行乡饮、射箭等活动。孔子的墓地有一顷大。孔子故居的堂屋及弟子们居住的内室，后来就改成庙，收藏孔子用过的衣冠、琴、车、书籍等物，直至汉代二百余年没有废弃。高皇帝刘邦经过鲁地，用太牢礼祭祀孔子。诸侯卿相一到任，常常先去拜谒孔子墓，然后才去处理政务。
孔子生了鲤，字伯鱼。伯鱼享年五十岁，比孔子死得早。
伯鱼生了伋，字子思，享年六十二岁。曾受困于宋国。子思作了《中庸》。
子思生了白，字子上，享年四十七岁。子上生了求，字子家，享年四十五岁。子家生了箕，字子京，享年四十六岁。子京生了穿，字子高，享年五十一岁。子高生了子慎，享年五十七岁，曾做过魏国的丞相。
子慎生了鲋，享年五十七岁，做过陈胜王的博士，死在陈县。
鲋的弟弟子襄，享年五十七岁。曾做过汉孝惠帝的博士，后提升为长沙太守。他身高九尺六寸。
子襄生了忠，享年五十七岁。忠生了武，武生了延年和安国。安国为当今孝武皇帝的博士，官至临淮太守，短寿早死。安国生了卬，卬生了驩。
太史公说：《诗》里有这样的话：“像高山一样令人瞻仰，像大道一样使人遵循。”虽然我不能达到这种境界，然而心里却向往这种境界。我读了孔子的书，可以想见他的为人。到鲁地，参观仲尼的庙堂、车服、礼器，目睹了儒生们按时在孔子旧宅演习礼仪的情景，我怀着敬仰的心情留恋不愿离去。天下的君王直至贤人很多，当他们活着时荣耀显赫，一旦去世就烟消云散了。
孔子是布衣平民，他的名声和学说流传十几代，学者仍然尊他为宗师。从天子到侯王，全中国谈六艺的人，都把孔子的学说看做是判断衡量的最高标准，可以说孔子是至高无上的圣人了。