“有人已经在地狱为自己准备了位置”
国王查理八世在1494年11月17日这一天经圣弗雷利阿诺门（Porta San Freliano）进入佛罗伦萨。他穿着镀金的铠甲和金线缝制的斗篷，头戴王冠，像个得胜的英雄一样。按照当时军队统领进入被攻占城市的方式，他手中还握着长矛，横在身侧。4名骑士为他举着豪华的顶棚，他的左右各有一位将军，身后则跟随着100多名衣着华丽的皇家保镖；再后面是200多名步行的骑士；骑士后面则是拿着钢戟的瑞士护卫和穿着用繁复羽毛装饰的铠甲的官员们。另有5000名加斯科涅步兵和5000名瑞士步兵步行前进，他们后面是3000名穿着刻花铠甲和刺绣斗篷，举着用金线刺绣的天鹅绒旗帜的骑兵。骑兵后面还有4000名布列塔尼弓箭手和2000名石弩手。最后是各种武器和大炮，由骏马而不是牛或骡子拉着前进，这可是佛罗伦萨人从来没见过的景象。
胸甲骑兵的形象有些凶恶吓人，他们胯下战马的耳朵和尾巴都被剪得很短，看着像怪物一样。后面的弓箭手都来自苏格兰或其他北欧国家，个子高得出奇，与其说是人，不如说他们更像未开化的野兽。
太阳下山时查理国王抵达了主教堂广场，从他巨大的黑色战马上跳了下来。夹道欢迎的人一直在欢呼致敬，因为他们被萨沃纳罗拉说服了，认为法国国王是来解放他们的；然而当人们惊讶地注意到他矮小的身材和笨拙的动作时，欢呼声渐渐小了。不过据观察者说，这只是一个短暂的插曲，很快就恢复了先前的欢呼声势。之前一些佛罗伦萨市民的房子被用粉笔做了标记，作为法国军需官们指定的接待士兵的住处。当国王的士兵们忙着在这些焦虑的市民家中安顿下来的时候，查理则去做了弥撒，然后骑马直奔美第奇宫，沿途“法国万岁”（Viva Francia）的喊声不绝于耳。
事实证明，不情愿的接待者们对这些北方士兵的疑虑是没有必要的。在一万二千名法国士兵驻扎佛罗伦萨的11天里，只发生过几次骚乱，不超过10个人丧生。总体来说，这段时间平静得出奇；直到法国军队准备离开但不肯承担这段时间的吃住开销时，才引发了广泛的不满情绪。
同样也是因为钱的问题，查理国王和执政团之间发生了一次激烈的争吵。本来查理要求执政团许可他继续使用其军队已占领的堡垒，同意他暂时占领比萨直到“事业”获得成功，同意向他支付十五万达科特的赔款以补偿这次远征的开销。但是查理在11月25日与佛罗伦萨的代表会面时，宣令官当场宣读的合约条款中赔款数额变为十二万达科特。查理愤怒起身打断了宣令官，并威胁说赔款必须维持原定的十五万达科特，否则他就要让军号手吹号集结军队，把整个城市洗劫一空。查理的叫嚣让皮耶罗·迪·吉诺·卡波尼（Piero di Gino Capponi）怒不可遏。曾经作为佛罗伦萨驻法国大使的皮耶罗在查理幼儿时就认识他了，如今却被这个不招人喜欢的年轻人如此威胁。皮耶罗一怒之下抢过宣令官手里的条约，撕了个粉碎。按照圭恰迪尼的形容，皮耶罗用“因愤怒而颤抖的声音”毫不畏惧地朝着查理大喊：“如果你吹号，我们就敲钟！”这句话后来成为佛罗伦萨的一句谚语。
考虑到为了这点儿钱财而冒险攻城不太值得，查理国王决定让步，于是不疼不痒地开个玩笑说：“卡波尼呀卡波尼，你可真是个铁公鸡。”说完就签了条约，离开佛罗伦萨前往罗马去了。
查理离开两天后，市政厅广场上召开了一次市民议会，多数票通过建立一个最高司法委员会。之后人们又任命了20名选举官取代各个美第奇委员会，并负责选举今后的执政团成员。不论宪法上有什么变动，萨沃纳罗拉的支持者们迫切想让大众知晓，佛罗伦萨的统治权现在属于圣马可修道院的院长，一个教会控制的神权政府即将建立，这个国家实质上将要依照经文来管理。
萨沃纳罗拉本人对此直言不讳，在12月21日的布道中他宣称：
上帝已经把我的船推进了大海，海风吹着我向前。上帝不允许我退缩。昨天晚上我与上帝交谈时说：“主啊，请您怜悯我吧，让我回到我的避风港去。”但是主回答说：“这不可能。你难道看不出风是朝着另一个方向吹吗？”“我可以布道，但是为什么让我参与佛罗伦萨的政务呢？”“如果你要让佛罗伦萨成为一座圣城，你就必须把她建立在坚实的基石之上，并且为她组建一个看重美德的政府。”
萨沃纳罗拉为遵循主的意愿而义无反顾。在布道中，他以不可抗拒的力量指出了前路的方向，而信众们也坚定地追随着他。萨沃纳罗拉手中握着十字架，敦促人们将所有鼓吹美第奇家族复兴的人赶尽杀绝。上帝命他改革这个城市和教会，上帝的意愿一定会实现。斋戒必须延续下去；无论是金质的装饰物和闪闪发亮的手抄本，还是银制的圣杯和烛台，还有珠宝装饰的十字架都必须从修道院中搬走。“受神佑护”的孩子们必须剪短头发，在街上唱着圣歌游行，为穷人收集救济品，并且搜查违禁的胭脂盒和镜子，还有淫秽的画作和邪恶的图书；因为此类“虚荣之心”就是魔鬼诱人向恶的请帖。这些孩子一定要让成人体会到耻辱，这样他们才能抛弃赌桌，走进忏悔室；孩子们还要向当局报告所有违法行为、所有不适当或招摇卖弄的穿着以及那些扔石头的坏孩子。
将来的节庆必须是赞颂上帝荣耀的宗教盛典，所有“虚荣”都要以上帝的名义投入献祭的篝火。事实上也是如此：在一次被人们深深铭记的庆典中，穿着白袍的孩子们在街上游行，手里举着橄榄树枝和红色的十字架，唱着圣歌翩翩起舞，在奇诺齐（Cinozzi）看来“仿佛是天使降临人间与人类的孩子一起庆祝”。多纳泰罗制作的一座少年耶稣手举荆棘王冠的雕塑被从一座教堂抬到另一座教堂。后来在市政厅对面还搭起了巨大的金字塔形脚手架，底部堆着各种过分华丽的服装、镜子、天鹅绒软帽、假发、面具、扇子、项链、手镯和各种小饰品。在这些东西上面是一摞摞可能诱发淫秽思想的亵渎神灵的图书和画作；还有棋盘和骰子盒，一副副的纸牌和魔术指南；名媛的半身像和画像；连洛伦佐·迪·克雷迪（Lorenzo di Credi）、波提切利和教士巴尔托罗梅奥（Fra Bartolommeo）这些被改造了的艺术家也把自己以前创作的充满肉欲的画作送来销毁。而在这堆东西的最顶端，是一个威尼斯商人花20000斯库多银币（scudi）订制的雕塑作品，现在它们全都要被扔进火中。堆积如山的物品周围有侍卫把守，执政团从他们宫殿的阳台上看着这些东西被点燃，在合唱团的诵经声、小号声和铃声中熊熊燃烧。
当然也有人反对这种表示虔诚的方式，他们谴责萨沃纳罗拉忠诚的支持者是“跟屁虫”（masticapaternostri）或“伪君子”（piagnoni）。每当萨沃纳罗拉布道时，反对者们会用敲鼓等方式制造“各种噪音”来压过萨沃纳罗拉说话的声音，他们还怂恿淘气的小孩子们向萨沃纳罗拉的追随者扔石头。不过，更多的人还是把萨沃纳罗拉视为伟大的改革家；他们认同他关于重建一个质朴纯洁的世界的梦想，相信人们都会信仰基督，他们也认可奇诺齐关于那时的佛罗伦萨将是个“荣耀之地”的说法；他们像卢卡·兰杜奇一样为自己的孩子能加入那些“受神佑护的孩子的队伍并受到所有改邪归正之人的尊敬”而无比骄傲；他们也像航海家的叔叔乔焦·韦斯普奇（Giorgio Vespucci）和斯特罗齐兄弟一样渴望有一天佛罗伦萨将成为“新的耶路撒冷”。
查理八世一路向南的过程中没有受到任何阻挠。罗马未做抵抗就沦陷了；而费兰特的儿子，国王阿方索二世，受到各种噩梦和预言的惊吓，被因自己的无情和残暴而受到残害的鬼魂追索，甚至听到脚下的石头都在呼喊着：“法国！法国！”他于是选择退位并逃进了西西里岛上的一家修道院。法国军队跨过了那不勒斯的边境，屠杀了圣乔瓦尼山（Monte di San Giovanni）的居民并且放火烧了整个镇子，以此警告反对者。整个王国都笼罩在巨大的恐惧中，如圭恰迪尼所说，法国人作战的方式是“意大利人几个世纪来都不曾见识过的”。那不勒斯人也选择将查理视为帮助他们脱离阿拉贡家族统治的救星，于是向佛罗伦萨人一样热烈欢迎他的到来。事实上，那不勒斯人的盛情款待和这座城市的美好令查理如此陶醉，以至于将继续进军耶路撒冷的打算完全抛到了脑后。法国国王在自己的新领地乐不思蜀，终日玩乐享受，和无数佳人厮混，甚至还把她们的画像收集起来装订成册。不过当法国国王在那不勒斯的艳阳下玩物丧志时，北方的敌人们则忙着筹划推翻他的大计。
查理的所有敌人中，最积极的莫过于新教皇罗代里戈·博尔贾（Roderigo Borgia），即亚历山大六世（Alexander Ⅵ）。他是个秃顶的大胖子，其貌不扬，喜欢奢华炫耀，对女人有巨大的吸引力。这当然不仅仅是因为他的富有和权势，更因为他有一种令人无法抗拒的魅力和充沛的精力，甚至在他的放荡和挥霍中都带着一种孩子气的热切，这为他赢得了无数情妇的钟爱。和众多前任一样，博尔贾也决心利用职务之便为自己的六个儿子谋取福利。在所有儿子当中，邪恶而迷人的切萨雷·博尔贾（Cesare Borgia）最具才干和野心。教皇意识到要想实现这些野心，就必须先让整个意大利团结起来抵抗外国侵略者。于是他打算建立一个致力于将法国人赶出意大利的联盟，并且自作主张地称其为神圣联盟。
洛多维科·斯福尔扎迫切地想要加入这个联盟。现在他已经为自己唆使法国入侵意大利而产生不良后果感到悔恨，因为奥尔良公爵嫉妒查理八世占领那不勒斯，进而也主张自己对米兰公国的权力。和米兰一样，威尼斯也加入了教皇的神圣联盟，此外还有君主马克西米利安及阿拉贡和卡斯蒂利亚国王费迪南德（King of Aragon and Castile，Ferdinand）。尽管法国军队在那不勒斯的驻扎已经受到了威胁，他们却没有立即撤出这座城市。事实上，直到神圣联盟成立7周之后，查理才在留下一支庞大的驻军镇守那不勒斯的前提下，带领军队重新向北行进。
这真是一段漫长的行军过程。5月过去了，6月也过去了，直到进入1495年7月，法国军队竟然还没有翻过亚平宁山脉。因为满载着各种财物，每两个人就需要一头骡子拉的货车。与此同时，神圣联盟已经组建起了一支强大的军队，由面相凶猛、双眼突出的曼图亚侯爵（Marquis of Mantua）弗朗切斯科·贡扎加（Francesco Gonzaga）带领。两支军队越来越靠近，战事一触即发。这次他们可不会像以前文艺复兴风格的战争一样，有什么灵巧地避免对抗一说了。按照弗朗切斯科·圭恰迪尼的观察，法国人的入侵彻底终结了以前的雇佣军首领所钟爱的那种拖延、迂回的作战方式。雇佣军首领雅各布·皮奇尼诺（Jacopo Piccinino）就曾经承认，这样拖延作战时间的策略是为了获取更多的报酬；为了保护自己人马的安全，他们作战时把“大部分时间都花在退回河边或壕沟的安全地带”；即便是不得不交战之时，他们也是以俘获而不是杀死敌人为目标。当然，把法国入侵以前的意大利战争描绘成一滴血都不流的大行军也未免夸张了些。比如1440年的安吉亚里战役中就有大约900人被杀，而不是如马基雅维利所说的“只有一人丧命”。不过，几千人交火的大战斗中，无一人战死沙场，靠两军将领握手言和就结束战争的情况倒也并不稀奇。意大利军人在需要的时候自会英勇迎战；但是在更多情况下，将领会让他们忙于掠夺财物而不是短兵相接，让他们用长矛赶牛放羊而不是用石弩射击敌人。那一时期的编年史中偶有提及穿着无袖上衣和颜色艳丽的紧身裤，随着鼓乐声行军的步兵，偶尔喊喊支付他们酬劳的王公贵族的名号，与其说是去打仗，不如说是巡游演出。与他们形成鲜明对比的是查理八世的军队。他的士兵训练有素、身经百战，上阵就是为了杀敌。“他们面对敌人时像一堵无法攻破的墙。”最重要的是，如圭恰迪尼所说，
他们配备了意大利人见都没见过的先进武器，能让之前所有用于攻击的武器都相形见绌……这种武器就是火炮，它用炮弹而不是石头为弹药，而且口径和威力都是以往的武器不可比拟的。除此之外，这些大炮还都是放在马车上而不是像意大利的传统那样用牛车来拉……它可以以惊人的速度被安置在城墙下并做好开火准备。而且，这种可怕的武器不仅可以用来攻城，还可以用于战场之上。
1495年7月，法意两军终于在塔罗河（Taro）河岸上正面交锋了。神圣联盟的雇佣兵根本不是查理国王的炮手和骑兵的对手。交战时间短暂，场面残酷，比意大利十三世纪末以来的任何一场战争都更野蛮和血腥。意大利一方的伤亡非常惨重。当人数明显占优的法国军队继续向北前进时，落在后面的数以百计的法国随军人员竟然还拿着尖刀和斧头跑到战场上砍杀已经受伤、痛苦尖叫的意大利士兵。不过后来意大利人还是收复了战场，并且拦截了法国人的行李车，收缴了据说是属于查理曼大帝的宝剑和铠甲，还有珠宝、银盘、皇室印玺、一个神圣的十字架、一根神圣的荆棘、一件圣母的背心、一段圣丹尼斯（St Denis）的肢体和一本女子裸体画册——是在“不同的时间和地点描绘的……各个城市里面淫乱交媾的素描”。曼图亚侯爵就此宣布战争获胜。到了8月底，查理和他那支虽然疲惫但仍不乏强大战斗力的军队已经翻过了阿尔卑斯山，安全地回到了法国。意大利人才震惊地发现，凭着他们的美德、才干、财富、曾经的辉煌和经验以及所有的军事技能，竟然完全阻挡不了北方军人的无情践踏。
佛罗伦萨人并没有加入这场惨痛的战役。萨沃纳罗拉对自己作为“上帝旨意执行者”的身份坚信不疑，不愿与神圣联盟有半点儿瓜葛。一个多明我会的无名小卒竟然能发挥这么大的影响力，这令教皇感到惊讶；而他在布道中支持入侵者以及自称是上帝选定的代言人的说法更让教皇愤怒。于是教皇要求萨沃纳罗拉到罗马来向他做出解释，而萨沃纳罗拉却回复说佛罗伦萨离不开他，他的健康情况不允许他远行，最重要的是前往罗马是违背上帝意愿的。自此双方之间通信的言辞越来越激烈，最后教皇直接禁止萨沃纳罗拉继续布道。起初萨沃纳罗拉遵守了教皇的命令，改由他虔诚的门徒，多梅尼科·达·帕夏（Fra Domenico da Pescia）代他登上神坛传教。但是到了1496年2月，萨沃纳罗拉认为教皇的禁令已经失去效力，于是又开始每天在大教堂布道直到4月3日。
教皇用尽所有办法强迫萨沃纳罗拉服从他的命令。他先是下令将本来获许可独立的托斯卡纳地区的多明我会重新收归罗马教廷统治，这样他就有权将萨沃纳罗拉派遣到一个远离佛罗伦萨的修道院去，但是萨沃纳罗拉拒绝承认教皇在这一问题上的管辖权。亚历山大甚至承诺只要他肯放弃布道，就封萨沃纳罗拉为枢机主教，但是萨沃纳罗拉回复说，另一种红帽子才更适合我，即“用鲜血染成的”。
最终，在1497年6月，教皇采取了最后一个办法，就是将萨沃纳罗拉逐出教会。萨沃纳罗拉花了6个月的时间思考自己的处境，每天斋戒祈祷，直到上帝指引他做出最终的决定——他要违背教皇的命令。在圣诞节这一天，萨沃纳罗拉公开在大教堂主持大弥撒。亚历山大要求执政团要么把“萨沃纳罗拉这个邪恶之子”遣送到罗马，要么将他关押在佛罗伦萨。如果执政团不照办，教皇将下令封锁整个城市。
对此萨沃纳罗拉回复教皇：
你根本没有听取我的陈述，我已经不能再把我的信仰寄托于教皇您，而是要把我自己完全地交付给我主，是他决定了弱小也可以挫败强大。我建议教皇您也快为自己的救赎做准备吧。
至于执政团，萨沃纳罗拉认为他们对教皇威胁的反应太温和，给他们的警告也更加严厉。“告诉那些追求伟大和赞颂的人，他们的座位已经准备好了，不过是在地狱里……告诉他们惩罚已经降临，有人已经在地狱为自己准备了位置。”
不过，这次教皇算好了发出威胁的时机。萨沃纳罗拉的支持者们在佛罗伦萨越来越失去根基，而最主要的原因甚至不是政府内部的人员变动。当年托斯卡纳地区的收成很差；到处都是饥民，甚至有人饿死街头，还暴发了瘟疫。萨沃纳罗拉口中的英雄查理国王也没有按他承诺的那样把比萨还给佛罗伦萨，而是将控制权交给了当地的居民，比萨人借机拿起了武器守护自己的独立。随后发生的战争也都是由报酬不高的雇佣兵打的，自然又是无限期地拖延了下去。因为这些灾难的发生，反对萨沃纳罗拉的声浪越来越高，对他统治的批评也越来越直白。一群斗志昂扬的年轻人还组建了一个被称作“一百五十人政团”（Compagnacci）的组织，成员大多是富人家的孩子。为了示威，他们往大教堂的神坛上抹油，在神坛四周悬挂腐坏的驴皮，还在萨沃纳罗拉布道时把一个笨重的柜子砸到大教堂中殿的石头地板上，把正在听布道的会众吓得四散奔逃。
那也是萨沃纳罗拉最后几次布道之一了。佛罗伦萨考虑到教皇的警告，决定禁止萨沃纳罗拉继续传教。萨沃纳罗拉同意先停止传教，条件是给他机会证明自己的清白。他打算把3月18日这一天的布道用来为自己正名，在布道中他坚持说自己有权反抗不合法的当权者，还提及自己的预言都已经实现，并谴责教会是一个邪恶的机构，因为他们助长了通奸和恶习。他还说自己不是因为想要传教而传教，而是因为受到了深入骨髓的熊熊火焰的驱使：“我感到整个人都燃烧了起来，而上帝的精神就是这火焰。哦，心中的精神啊！你像风掀起海面的波涛一样，你的经过也会带来风暴。除了服从我别无他法。”
在这最后一次布道之后，方济会教士们——一直挑战声称与上帝存在特殊关系的多明我会——又一次提出让萨沃纳罗拉提供证据证明他受到了上帝的特殊偏爱。方济会教士弗朗切斯科·达·普利亚（Fra Francesco da Puglia）坚称萨沃纳罗拉收到神圣的启示是假的，因为他没有任何证据。为了揭穿萨沃纳罗拉的谎言，他愿意与萨沃纳罗拉一起从火焰中穿行，以证明这个多明我会教士根本没有受到上帝的保护。萨沃纳罗拉拒绝参加这种严酷的考验，辩驳说自己的存在是为了更高贵的工作。不过他同意让自己坚定的支持者多梅尼科·达·帕夏代替自己参加考验。多梅尼科热切地接受了挑战，然而弗朗切斯科则拒绝与萨沃纳罗拉之外的任何人一起挑战，于是他也安排了另一个方济会教士朱利亚诺·隆迪内利（Fra Giuliano Rondinelli）代为参加。
执政团的大多数成员为采用这种过时的野蛮方式而感到惊骇，甚至说祖先要是听到他们竟然还在讨论这种严酷考验的可行性，也会感到羞耻；还有成员提出，看谁能从阿诺河河面走过而不沾湿衣角也是一个“同样能证明真伪的奇迹”。然而，人们此时已经被烈火考验的计划挑起了兴趣，如果取消很可能会让民众失望。最终的决定是，如果多明我会教士多梅尼科死了，那么萨沃纳罗拉要被驱逐出佛罗伦萨；如果方济会教士隆迪内利丧身火海而多梅尼科没有死，则弗朗切斯科·达普利亚要被逐出佛罗伦萨。考验将于1498年4月7日星期六早上10点到下午2点在市政厅广场上进行。届时所有外乡人必须离开佛罗伦萨，街上要设置路障，通往广场的道路也要由带武器的侍卫把守。
佣兵敞廊前面一条30码长、10码宽的走道被布置出来。走道两边堆积着大量浸了油的木柴，中间留下大约3英尺宽的空间让两个教士通过。整个佣兵敞廊被划分成两个区域，供双方的支持者预订位置。
方济会教士们率先进入了场地，并在那里等待多明我会教士们的到来。领头的多明我会教士举了一个十字架，其他人排成两队跟随在十字架后面，一路颂唱着应景的圣歌来到场地。队伍最后面是多梅尼科，他旁边是萨沃纳罗拉。让方济会教士们愤怒的是，这个“被驱逐出教会之人的手中”还拿着圣饼。而当多梅尼科要举着十字架走进火场时，众人更是难掩惊愕之情。最终他被说服不举十字架，但坚持不放下神圣的圣饼。众人为这个问题争论不休，直到一场暴雨倾盆而下，只好宣布当天的考验取消。
人们的忍耐已经到了极限。第二天正好是棕枝主日（Palm Sunday），一伙愤怒的暴徒们攻击了聚集在大教堂准备听萨沃纳罗拉的门徒之一布道的会众。一百五十人政团的成员们手持木棒追打会众，还向他们扔石头，口中还念着各种诅咒。会众们从大教堂里仓皇逃散，纷纷躲进圣马可修道院寻求庇护。虽然萨沃纳罗拉宣扬应当靠祈祷来寻求主的保护，可是这里的教士们却背着他储备了一些武器以防遭到围攻。一些教士把修道院教堂的塔尖拆下，扔向下面广场上的暴徒；另一些教士则把长矛掷向那些企图点燃修道院外墙的人。在攻击者们翻过修道院的围墙进入唱诗班席位之前，就已经有一些暴徒和修士丧生了。萨沃纳罗拉躲在藏书室中，但是很快就被执政团派来的侍卫们逮捕了。他被押着穿过大街，一路上都有民众对他嘲笑讥讽。最后他被关进了市政厅钟楼上的“小旅馆”里，也就是65年前科西莫·德·美第奇被关押的地方。
萨沃纳罗拉受到了严刑拷打，在吊刑刑具（strappado）的可怕折磨下，承认了所有安在他头上的罪名，可是一旦把他从刑具上放下来，他又会立即改口否认，然后拷问就会从头再来。最后，萨沃纳罗拉、多梅尼科以及另一个他最坚定的门徒西尔韦斯特罗（Fra Silvestro）一起被判定犯下了邪教异端和分裂教会罪并被处以死刑。市政厅广场上搭起了一个脚手架，上面还缠着各种易燃物。萨沃纳罗拉和两个同伴被链子吊在上面烧死了。初夏的天空下，火焰熊熊燃烧，有人大声喊道：“哦，先知啊，现在正是需要奇迹的时候！先知啊，救救你自己吧！”
“几个小时之内，几个受刑之人就被燃烧殆尽了，他们的胳膊和腿渐渐开始掉落到地上。”兰杜奇在日记中这样写道：
受刑者身体的一部分还被链子吊着，于是人们不断朝尸体扔石头，想让尸体掉进火里，因为他们担心会有人想要保存他们的遗骸。最后行刑人不得不砍断吊杆才让尸体都掉到地上，人们又往火堆里加了很多柴草并不停搅动，直到尸体彻底化为灰烬。然后有人在执权杖者的陪同下用马车把最后剩下的骨灰全部拉走并投进维奇奥桥附近的阿诺河中，这样就没有人能找到他们的遗骸了。