天主教派对1555年的形势极为不满。在特伦托宗教会议（1545—1563）后，一支革新的天主教教派试图东山再起。这个教派被称为耶稣会，它由西班牙人圣依纳爵·罗耀拉建立，在德意志境内积极传教，开办学校、神学院和大学，还打入各国的宫廷。维也纳的方济嘉布道会也同样积极。奥地利和巴伐利亚是反宗教改革的中心，政府试图压制德国南部和奥地利贵族的新教倾向。同时，新教内部也完全没有统一，在所谓的“第二次宗教改革”中产生了许多分歧。从普法尔茨伯爵和勃兰登堡公园领主、黑森—卡塞尔公国的领主先后改信加尔文教派开始，加尔文教派在16世纪末至17世纪变得尤其重要。在马丁·比塞（Martin Bucer）的影响下，斯特拉斯堡的宗教改革与众不同。而在其他地方，路德教、梅兰希通教派等各种教派的分歧仍持续存在。
16世纪末在所有的领地里，不管其人民的宗教信仰如何，宗教成了与邻区在文化上划清界限的工具。政府对个人行为准则的控制日益增强，同时也采取了很多措施来改善人民的福利，包括改善教育、帮助穷人，逐渐形成社会准则、降低私生率，并对男女关系做出了规定。教会守则和神职人员参与的家庭访问显然是社会管控的有效手段。宗教分歧同时促进了教育的主动性，因此有了建立大学的第二波浪潮。在巴伐利亚首府慕尼黑以北约五十英里处的英格施达特（Ingolstadt）设立了一所重要的耶稣会学校；新教建立了马尔堡大学（1529）、柯尼斯堡大学（1544）等；天主教也不甘示弱地建立了维尔茨堡大学、萨尔茨堡大学等。这些学校不仅为政府的行政机构培养世俗官僚，同时也培养神职人员、神学家和其他领域的学者。当时的教育普遍是死记硬背，虽然宗教改革也促进了基础教育的发展，但对普及读写能力并没有起到多大的作用。
16世纪德国经济和社会的改变渗透到了方方面面。总体来说，德国经济处于扩张时期。海外探索，尤其是美洲大陆的开放，不仅意味着大量贵金属的涌入（尤其是银）和随之而来的通货膨胀，也意味着国际经济关系的改变。欧洲贸易开始转向大西洋沿岸，英国成为海上霸主，西班牙和法国的地位也逐渐上升。欧洲经济越来越多元化，发达地区和欠发达地区之间的关系不断变化，中心与边缘也持续改变。德国波罗的海沿岸的一些城市和内陆贸易沿线城市的地位开始下降。16世纪末，中世纪晚期被城墙包围的许多德国城市的面积开始缩小。城市地位的下降一部分是经济原因，一部分是政治原因。谷物价格的上升抬高了土地贵族的地位，同时城市手工业者和商人的地位却下降了。在东部的殖民地区，许多贵族买下农民，甚至村庄，成为拥有大片土地和附属农民的地主。尤其是在德国的西部和西南部地区，城市的地位远远不如封建领主。在经历了中世纪时期经济、政治、文化和知识层面的繁盛之后，16世纪晚期的许多德国城市开始变得陈腐排外。当然也有例外，例如著名的贸易城市汉堡。
16世纪中期以后，德国人口的增长陷入了停滞的状态。16世纪90年代出现了经济萧条，接下来的17世纪的前二十年，欧洲经济整体衰退。16世纪晚期，德国内部的社会和经济矛盾不断，再次出现了农民起义和城市动乱，以至于17世纪早期欧洲人普遍认为会有战争爆发，因此他们开始筹备军队，建起坚固的城墙。曼海姆就是在1606年作为选帝侯的军事堡垒而建的。17世纪早期，太阳辐射量减少，地球平均温度也随之降低。在这所谓的“小冰河期”中，粮食的种植季节缩短，农作物产量下降。老彼得·勃鲁盖尔（Pieter Brueghel）画作中冰冷的冬天极好地刻画了这一景象。饥饿、赤贫甚至是杀婴行为都很常见，犹太人也遭到了集体迫害。不管是否还有其他原因，这些社会矛盾可能也导致了16世纪至17世纪早期的猎巫运动。女人成为包括盗窃、作物失收、牲畜和人类疾病等所有问题的替罪羊，同时也是性幻想和性偏见的对象。在精神文化层面上，这个时期有第谷·布拉赫（Tycho Brahe）和约翰内斯·开普勒（Johannes Kepler）在天文学上的巨大成就（他们都在布拉格的帝国法庭任职），还有对炼金术深信不疑。所谓的“现代性”在宗教改革时期并不多见，相反，更多的是对20世纪的人们来说非常陌生的事物。
图7 《犹太狙击手与金融家》。恶性通货膨胀时期，报纸以大幅版面批评犹太人的贪婪。“去掉边角”（Kippen）是当时的惯例，剪下钱币的边缘，用这些边角料制作更多钱币。最后，钱币必须以重量计，而不以数量计。144个正常尺寸的便士重一磅。（Augsburg: Elias Wellhofer, 1654）。沃尔芬比特尔的奥古斯特大公图书馆传单收藏室藏。