1627年，崇祯皇帝在罢黜全部阉党后，开始组阁。《崇祯长编》记载：十二月二十三日，崇祯帝要朝廷大臣推举内阁大臣，大家共推举出十位候选人，然后从中确定七位。由于旧的大臣大多因为是阉党而被罢黜，新的朝臣都是东林党人，这些人崇祯都不了解，他就采纳了《尚书》记载的“枚卜功臣”的办法，即通过占卜来最终确定人选。具体做法是，崇祯在小桌上摆设笔砚和十张红纸，将十位候选人的名字分别写在红纸上，每张纸写一人姓名做阄，团成一个小纸团，然后把十个纸团装进小金瓶里。崇祯亲自用筷子从里面夹取七个纸团，每夹出来一个，就展开遍示众臣，就这样选出了六个大臣。不是说需要选七个吗？那一个纸团崇祯刚夹出来，就被风吹走找不到了。当然，后来这个纸团又找到了，就这样崇祯的内阁大臣就齐装满员了。
此时内阁大臣是清一色的东林党人，然而这些人并没能使大明中兴。在此说一下我们究竟该如何看待东林党人，一方面东林党领袖品德高尚，但另一方面中下层东林党人败类很多；一方面东林党主张广开言路，减轻赋税，发展经济，但另一方面对明朝复兴大业，他们并没真正做出任何大的功绩。夏允彝的评论最为公允，他说：“平心而论，东林党人中也有很多败类，攻击东林党人的人当中也有很多节操清高独立的人，只是反东林党的人的领袖比起东林党的领袖的道德操守差若天渊而已。东林党人很在行清议，在筹谋杀敌制约胡虏上却完全没有实际行动；攻击东林党人的人说自己被孤立被怨怼，但是他们也没有为朝廷振兴哪怕一条法规或朝纲，只是以刻薄的攻击技巧取胜罢了。这些人都有什么好埋怨的呢？都是对国家大事于事无补的人啊！”6
内阁大臣搞定，崇祯开始任命六部大臣，别不多说，咱们只讲跟辽东战局有关的兵部。崇祯在罢免阉党出身的兵部尚书崔呈秀后，因两次宁远大捷的功劳而任命袁崇焕为兵部尚书，在接见袁崇焕时，崇祯问袁崇焕有何恢复辽东的良策。
袁崇焕说：“臣关于收复辽东的思路有三点：一，以辽人守辽土，以辽土养辽人。当前守辽部队来自四面八方，尤其南方士兵，既不适应北方天气，又不愿在边关久留，因为辽东和自己利益毫不相关，因此作战贪生怕死。而如果用辽东本地士兵，则他们为保护妻儿，退无可退，必然死战。圣上如果要和女真决战，就必须训练一支精兵，这非一朝一夕之功，因此守辽土用辽人是最佳选择，这样既省粮饷，又可克敌。”
崇祯：“好一个以辽人守辽土，朕准奏。爱卿接着说。”
袁崇焕：“第二点，守为正着，战为奇着，和为旁着。我军和女真贼寇作战，此前所以屡败就因为我军短于野战，女真铁骑天下无敌，我军强项是红夷大炮，但这只能用来守城，臣所以两次大败后金，全凭以己之长攻敌之短，在需要时出其不意，攻其不备，偶尔也可与女真野战，然而必需速战速决，不能拖延。另外所谓和为旁着就是要争取时间加固城防时甚至不得不主动与敌人议和，这是辅动性战略，一切都为以后彻底消灭敌人做准备，圣上以为如何？”
崇祯听到“议和”后稍稍迟疑了一下，但还是说：“或守或战，全凭爱卿。”
袁崇焕继续说，“三，法在渐不在急，在实不在虚，必须稳扎稳打，不能给敌人任何可乘之机。”
崇祯：“朕既然封爱卿为督师，节制天下兵马，自然相信爱卿，这些具体战术不必细陈，朕只关心一点，多长时间能收复辽东？”
袁崇焕：“只要圣上始终如一相信臣，五年复辽。”
崇祯：“好，请爱卿以国家天下为重，早日凯旋。”
袁崇焕：“可是臣还有事放心不下。”
崇祯：“什么事？爱卿只管奏来。”
袁崇焕：“臣在外带兵，必会遭小人妒忌和敌人的反间计，圣上在朝中，臣在关外，还请圣上与臣同心，臣不顾自己性命，一定要兑现承诺，请圣上在未来五年内不要听信他人挑唆，只等成败来对待臣。”
崇祯：“朕既然用爱卿，自然信任有加，至于说中敌人反间计，朕自信还是有明辨是非的能力，爱卿尽管放心。”
袁崇焕：“五年复辽是各方面都达到最佳时方能做到，这需要户部转运军饷，工部供应器械，吏部用人，兵部调兵选将，必须朝廷内外事事配合，才能有所成功。”
崇祯：“爱卿放心，朕会下旨让各部配合你的。”
袁崇焕：“既然圣上答应臣的一切要求，臣再没什么可说的，唯有以死报答圣上知遇之恩！”
袁崇焕所说的五年复辽如同儿戏，强大的后金岂是五年就能打败的？事实上，五年平辽梦未醒，后金铁骑已破关。当时在场的许誉卿就问袁崇焕，对于五年复辽有多大把握，袁崇焕说：“聊慰上意。”——只不过是想让皇上高兴一下而已。一言既出驷马难追，更何况君前更无戏言。袁崇焕把自己在皇帝面前做的承诺都当儿戏，试问这种人有什么可能去在明末力挽狂澜？
这次谈话结束后崇祯赐给袁崇焕尚方宝剑，袁崇焕带着尚方宝剑到达辽东，途中刚出山海关后他作《再出关》诗云：“重整旧戎衣，行途赋采薇。山河今尚是，城郭已全非。马自趋风去，戈应指日挥。臣心期报国，誓唱凯歌归。”字里行间透露着自信，然而后来的事实证明，袁崇焕其实并无可以自信的资本。
到辽东后袁崇焕让祖大寿镇守锦州，何可刚驻宁远，赵率教守山海关，袁崇焕自己也驻宁远，同时上书给崇祯极力称赞祖大寿等三人的才能，并说自己五年复辽的计划全靠这三人来实现，如果五年后没有实现，他亲手将这三人斩杀，自己则到刑部领罪服死。崇祯得到袁崇焕的保证后，非常满意，加封袁崇焕为太子太保。
袁崇焕说要五年复辽的第一年，他就先斩杀了毛文龙，关于袁崇焕与毛文龙的这段恩怨，袁崇焕为何杀毛文龙众说纷纭。
第一种说法：袁崇焕夸下五年复辽的海口后，自知没有能力达到，于是为了跟后金议和而杀毛文龙。由于毛文龙极力反对议和，上奏说：“从古有款虏之事，独此奴决不可款！”袁崇焕遂决心除之，他说：“关东款议，庙堂主张已有其人。文龙能协心一意，自当无嫌无猜；否则，斩其首，崇焕当效提刀之力。”此说记载在汪辑《崇祯长编》。
袁崇焕已经明确跟崇祯保证五年复辽，如果他要跟后金议和的话，也必然会偷偷摸摸的，就袁崇焕杀毛文龙后崇祯对袁崇焕的批示看，崇祯压根儿不知道袁崇焕在跟后金议和。而通过毛文龙写给崇祯的这封奏折，可以判明两点：一，崇祯因此奏折而知道袁崇焕在跟后金议和。二，毛文龙知道袁崇焕在跟后金议和。这显然跟前面崇祯不知道袁崇焕在跟后金议和的推论矛盾。由此，《崇祯长编》的说法不合逻辑。
除《崇祯长编》外，当时在中国的意大利传教士卫匡国在《鞑靼战纪》中也持此说。他说：“袁崇焕是个机智、善于耍手腕的人，长于谈吐和文笔；他以自己的军事经验，用巧妙的言辞打动了皇帝和所有的阁臣，他们对他深信不疑。这个狡猾的人自私、爱财，不顾公务，不忠于君王，如果不是他，他们的希望还不致破灭。他接受了鞑靼人大量的金钱，并邀请鞑靼人最畏惧、勇敢忠贞的将官毛文龙赴宴，在席上把这位大将毒死了。接着他与鞑靼人缔结城下之盟，献出了一切。当皇帝审视盟约时，很快发现握有全权的统帅出卖了他，因而拒绝批准或承认这些和约。在这个紧急关头，袁应该怎样做呢？他为了逼使皇帝接受条款，于1630年劝导鞑靼人从不在他辖区内的另一个地方侵入中国，并同意不用他的军队阻止他们进军。”关于《鞑靼战纪》的说法，后面我们在写到1630年时会详述此种说法为何不靠谱，在此按下不表。
第二种说法，袁崇焕秘密勾结后金，要跟后金议和，皇太极说议和没问题，我们的心腹之患是毛文龙，只要你杀了毛文龙，我们就可以讲和。这种说法见于下列记载：
先是降将李永芳，献策于大清主曰：兵入中国，恐文龙截后，须通书崇焕，使杀文龙，佯许还辽。大清主从之。崇焕答书密允，复以告病回籍，乃寝。至是，再任，思杀文龙，则辽可得。（计六奇《明季北略·卷四》）
初，天启间，崇焕抚辽东，遣喇嘛僧馏南木座往建州主款，会罢归，未就。至是再出，无以塞五年平辽之命，乃复为讲款计。建州曰：“果尔，其以文龙头来。”崇焕信之，且恐文龙泄其款计，遂身入岛诱文龙至……以尚方剑斩之。（谷应泰《明史纪事本末补遗·毛帅东江》）
督师袁崇焕事，适当女真主（努尔哈赤）病死，崇焕差番僧喇嘛镏南木座往吊，谋以岁币议和。女直许之，乃曰：“无以为信，其函毛文龙首来。”（张岱《石匮书后集·毛文龙列传》）
一至宁远，遂为讲款计。盖自崇焕自宁远奏捷之后，即令番僧往吊东夷以讲和，以罢归未就。再出无以塞平东夷之命，遂以平东夷自诡。虑岛帅毛文龙泄其计，遂身入岛，诱文龙斩之。（夏允彝《幸存录》）
这种说法是网上反袁派认可的说法，之所以这种说法出处众多，在于袁崇焕刚杀了毛文龙后，从来都是沿着辽西走廊进攻的后金绕开辽西走廊，从河北省西北部绕道千里远征，袁崇焕总共三次阻截后金军，只有去遵化阻截那次碰上了后金军，可是实行阻截的却不是袁崇焕的主力，只是赵率教的那部人马，赵率教还全军覆没了。袁崇焕去蓟州阻截，可是后金军没从蓟州过，袁崇焕去通州阻截，可后金军也没从通州过，就这样后金军来到了北京城下。此事史称“己巳之变”，后面我们会详细说。总之这一系列事情让人不得不怀疑袁崇焕与后金因为杀毛文龙之事有密约，所以袁崇焕故意多次绕开后金军，只是在北京城下做象征性抵抗。事实上无论是后金方面还是明朝这边，都没有袁崇焕议和密信的可靠记载，这是一种根据结果来倒推过程的说法，根据毛文龙死后后金的动向来推断袁崇焕与后金在杀毛文龙上的密约。这其实是一种诛心之论，袁崇焕虽然谈不上多么卓越的军事家，但是他两次宁远大捷的确战果是货真价实的，他虽然有种种缺点，也曾随大流而拍过魏忠贤的马屁，但是起码他是爱国的，绝非为议和而杀毛文龙，如果袁崇焕真的暗中勾结后金，皇太极为何还要用反间计来除掉他呢？留着这个内应岂不更好？所以第二种说法不能成立。
第三种说法：袁崇焕觉得东江毛文龙虽然能牵制清军，但毛文龙本人没有大略，经常吃败仗，而且耗费的钱粮实在太大，此外毛文龙还在东江走私货物来挣大钱，不打仗的时候就用布匹向女真买人参，打仗的时候毛文龙也不怎么靠谱。于是就有文臣上奏主张撤销毛文龙东江镇的建制，袁崇焕则主张朝廷派人去管管毛文龙的经济问题。毛文龙不喜欢有文官监制着自己，于是上书争辩。而后毛文龙前来拜谒袁崇焕，袁崇焕以上宾之礼接待毛文龙，毛文龙也不谦让，袁崇焕于是决定杀掉毛文龙。这种说法记载在《明史·袁崇焕传》里：
顾文龙所居东江，形势虽足牵制，其人本无大略，往辄败衄，而岁糜饷无算；且惟务广招商贾，贩易禁物，名济朝鲜，实阑出塞，无事则鬻参贩布为业，有事亦罕得其用。工科给事中潘士闻劾文龙糜饷杀降，尚宝卿董茂忠请撤文龙，治兵关、宁。兵部议不可，而崇焕心弗善也，尝疏请遣部臣理饷。文龙恶文臣监制，抗疏驳之，崇焕不悦。及文龙来谒，接以宾礼，文龙又不让，崇焕谋益决。
《明史》是清朝人编的，许多内容很不靠谱，比如说东江镇耗费钱粮大，纯属胡说八道，毛文龙在东江的七年里朝廷没有拨给他一分钱，他全都是自筹粮饷，如果不靠走私，东江的百万辽东人民怕是只能去跳海了。关于东江镇的情况，毛文龙在《东江疏揭塘报节抄》中有上奏：
山坳僻处之间，尽是白骨成堆，肝肠余汁。惨莫惨于此，痛莫痛于此。内地尚作观望，恬不忧愁。
臣实为受国厚恩，不忍卸担，自矢戮力，以完辽事。观今三月将尽，粮未来一粒，饷未到一分，啼号疾病，白骨满沟，而犹中哓哓污臣者不只。
朝廷不给钱却被《明史》说成“岁糜饷无算”，不走私的话根本活不下去却被《明史》说成“名济朝鲜，实阑出塞，无事则鬻参贩布为业，有事亦罕得其用”，故而本书中笔者一般不以《明史》的记载作为给人定性的资料。
那么袁崇焕究竟为何杀毛文龙呢？
岳飞曾说：“文臣不爱财，武将不惜死，则天下太平！”毛文龙与岳飞有着同样的想法。崇祯元年（1628年）五月，登莱总兵杨国栋问毛文龙：“辽东能够平定吗？”毛文龙说：“将领说谎的就斩杀，不办实事的就斩杀，贪财的就斩杀，这样辽东自然就平定了。”
毛文龙治军严明，赏罚必信，与兵士同甘苦，有古名将风。他为人正直，对于权贵从来不肯贿赂，又疾恶如仇，只要看见那些阿谀谄媚之徒，就破口大骂，因此引起当权者不满，朝廷许多人在背后说他坏话。（毛承斗《东江疏揭塘报节抄》）
于是，崇祯元年七月初十，毛文龙上书剖明自己的心迹，他说：
“臣幸而得到圣上的信任，希望有朝一日马革裹尸，乃有不平之鸣，心中很郁闷，不得不直喷心血，向陛下诉说。当臣克复镇江的时候，义旗一树，豪杰影从，招抚辽民，日以万计，精壮的辽民臣就把他编入军营，老弱的辽民臣就让他屯垦戍边，没有花国家一分钱，没有用国库一粒粮食，就凭着我这一旅之师对抗强敌。然而现在我的部下食不果腹，衣不蔽体，赤手空拳在锋镝之下出生入死，由于没粮食，只能吃老鼠，杀马，真是凄楚万状。跟内地坐着拿军饷，看不见一个敌人，不用打一仗的逍遥的将领比起来，臣真是心中感到不公呀！这是臣心中的第一个不公。”
“同样在战场效力，宁远的兵一个月军饷一两五钱，还给五斗米，而臣在东江这七年，一分军饷也没拿到（按：这个指的是毛文龙的俸禄，毛文龙在东江七年朝廷没给他发过工资，但给士兵的军饷是有的），在东江的百万军民只能从天津、登州、莱州得到二十万石米，而这些粮食有的因为被海水浸泡而发霉，也有的直接被扣了。臣在东江这七年得到的粮饷，能比得上宁远两三个月得到的粮饷多吗？这是臣心中的第二个不公。……”
“臣以孤忠自许，可以对得起君父，也可禁得住鬼神的质问，可是朝廷里却有人说我现在立大功是为了想当安禄山、史思明那样的人，今后反叛。臣想，天下没良心的人的确不少，但是到夜深人静的时候，应该良心发现了吧，真想不到还有如此丧尽天良之人。以臣忠君报国之心，他们却污蔑臣要谋反，这可是灭门绝户的事呀！这是臣心中的第四个不公。”
“丁卯之役，敌人打铁山和云从岛，臣手下有人要投降，臣拔剑在手，厉声说道：‘生死在此一举，富贵在此一时，必须放开手脚，大干一场，才能死中求生！’于是人心稳定，尽管饥寒交迫，但我们还是打赢了。可是朝中却有人说臣在敌人打铁山时在云从岛观望，不放一枪一弹。他们知道铁山和云从岛这一带的地理吗？这帮人在那隔靴搔痒，信口雌黄，站着说话不腰疼。这是臣心中的第五个不公。”
“臣还有话要说，自从今年正月到六月，臣无一日不对敌厮杀，弓箭和铠甲都坏了，火药也用完了，而且士兵的衣服都打烂了，现在赤身光脚，这是臣亲眼所见。皇上为了边疆，应该发给我们粮饷、弹药武器，如此，臣血枯力竭，尽鸡肋之力，或许可以转败为功，收拾辽东残局。不然的话，恐怕转眼间东江就会成为绝地，而天下事未可知。臣老了，身体不好，每到阴雨天，身上的箭伤就痛入骨髓，加上看到这满目疮痍的现状，怎能不哽咽悲鸣，与将士相向痛哭呢？”
从毛帅的奏折中，我们看到的是一颗爱国者的心呀！毛帅在孤悬海外的东江一直牵制敌人，可是却遭到朝臣嫉恨和污蔑，天道居然如此？真让所有人心寒！
毛文龙是平辽总兵官、太子太保，一品大员，但他却不置私产。朱溶《表忠录》记载，毛文龙死的时候“室无赢财”，只有两顷地。这在当时的社会风气下，实属难得。
毛文龙在辽东屡立战功，得到当时许多有识之士的称赞，如钱谦益《寄东江毛总戎文龙》：
鸭绿江头建鼓旗，间关百战壮军威。青天自许孤忠在，赤手亲擒叛将归。夜静举烽连鹿岛，月明传箭过鼍矶。纷纷肉食皆臣子，绝域看君卧铁衣。
崇祯元年（1628年）九月，皇太极因“丁卯之役”不胜，派莽古尔泰、济尔哈朗、副总兵刘兴祚等率两万大军进攻东江，被毛文龙击败，“降者二千人”，刘兴祚率四百骑兵于阵上投诚，刘兴祚成为后金立国以来，归正明朝的最高级别将领，引起后金方面的极大震动。
毛文龙接受刘兴祚投降时说：“足下不忘中国，输心来归，敢不推心相待，共成大功！”刘兴祚归正以后，向毛文龙献计：其兄弟亲族等人都在萨尔浒城中，可约为内应，袭而破之。萨尔浒是后金囤积粮草之所。毛文龙派大将耿仲明率军千里奔袭，昼伏夜行，遇到后金士兵就杀，于十月初八日抵达萨尔浒城下，派细作入城，暗通城中刘兴祚之弟刘兴贤、刘兴治等，里应外合，一举攻破城池。耿仲明等入城后，对城中八旗军民，大开杀戒，“斩级三千，擒生六十九人”（朱溶《表忠录》）。昔日明朝四路大军在萨尔浒损伤惨重，今日毛文龙算是旧地重战，为大明报仇雪恨了。
皇太极在对毛文龙的作战中屡战屡败，只得遣使往东江议和。毛文龙将计就计，要皇太极派重要官员来谈判，以示对等，皇太极为表示对毛文龙的重视，派遣爱将固山额真（一个旗的一把手）可可及三个牛录额真往东江，毛文龙即将来人绑送京师。皇太极闻讯气急败坏，致书毛文龙大骂：“以虚言诱致差人几名，有何好处？”此后，毛文龙又多次以归顺后金为饵，甚至放出话来，“尔取山海关，我取山东”（这封诱敌信毛文龙同时奏报朝廷，但后来被袁崇焕搞到，由此彻底决定杀毛文龙），挑逗、诱骗皇太极派遣使臣，但皇太极都不再回信。
毛文龙的用间手段，使得后金方面寝食难安，手足相残，努尔哈赤、皇太极两代首领都曾被其玩弄于股掌之上，展现了非凡的才智与谋略。
《表忠录》记载，一次清军夜袭毛文龙，毛文龙在后金间谍众多，自然提前侦知，后金铁骑会从冰上来打毛文龙的皮岛，毛文龙于是把冰都凿漏，天气严寒，他算准冰被凿漏后不久就会被重新冻上，但无论如何都没有原先未被凿开之前冻的结实。等到八旗铁骑杀到冰面中央时，毛文龙令部下擂鼓，鼓声的共振作用使得刚冻上不久的冰面塌陷，敌军死伤惨重。事后后金军都在传这样一句话：“无轻犯毛都督！”
此外，据明末在华的西班牙传教士帕莱福《鞑靼征服中国史》中记载：毛文龙“习葡文，并从葡人治军事学，亦闻公教忠君爱国之说，抗清诸将中，无如文龙勇毅者”。
针对毛文龙的战功，汪汝淳《毛大将军海上情形》说：
全辽之失封疆几二千里，其间与奴为敌者仅沈奉两战……余俱望风奔溃，未尝以一矢相加遗，以至于今。独将军自庚申（1620年）将二百余人，由三岔下海，遍历各岛，延揽同心，激奋忠勇，收双山，破镇江，孤悬绝岛者几三年，不得国家斗米尺布之济，仅以一片精忠收集辽民，依屯属国。……屡以数百人于宽、镇、凤、叆间，效戚南塘设空营地炮之伏，以擒奴骑，大战小战，以力以智，不可数计。
来自敌人的肯定才是真正的肯定，你自己说你自己有多少战功是不算数的，而据女真人当时的《满文老档》记载，毛文龙的确是被《满文老档》提及次数最多的人，要比熊廷弼、孙承宗多，当然，更比袁崇焕多，其中提到毛文龙有近百次，提到袁崇焕只有十二次，如果刨去跟袁崇焕议和的信件，那就只有六次提到袁崇焕了。如此，到底谁在抵抗后金，不言自明了。
后金的诸位汉官给毛文龙写信说：
我众汉官致毛文龙书曰：“今金国汗欲弃辽东之地移向本土。岂能弃其生身之地及父祖之骸骨而去耶？故我等众官商议，致书老爷乞一生路。老爷若以我等不得已而降之，被强迫而生之，怜悯于我等，则望亲书保问或札付寄来。我等若有可能，即夺一城池居之，若不能则登一千山。”（《满文老档》）
可见后金局面都到了什么样子，眼看后金就要被毛文龙搞得崩溃的时候，毛文龙却被袁崇焕杀了，于是一切都结束了。
以上出自在朝在野、中国外国无数史料，都记载着：毛文龙是伟大的民族英雄。那么袁崇焕为何杀他呢？该到我们还原历史真相的时候了。
此前无论是熊廷弼、王化贞、孙承宗，都对毛文龙处于放任自流的状态，他打得不错，走私就走私吧，但袁崇焕则不然，他要将东江列入自己“五年复辽”的战略中，决定让毛文龙听自己的指挥，而早在伊始，袁崇焕就对毛文龙动了杀心。崇祯元年七月袁崇焕还在京城时就对大学士钱龙锡说：“（毛文龙）可用则用之，不可用则杀之。”在袁崇焕眼里，不管你对抗击后金是不是起作用，收复辽东必须听我的，只有一切都按我说的做，我才能五年复辽，如果不能五年复辽，我杀了祖大寿、赵率教等三人后就要去领死，既然如此，现在谁要是不在我的通盘部署中，我就先杀了谁。
为了彻底让毛文龙听自己招呼，袁崇焕下令凡是运往东江的钱粮，不再由登州、莱州出海，而是经过袁崇焕控制的山海关，然后再运往东江。此外袁崇焕下令对登州、莱州实行海禁，所有要去往东江的船只必须归袁崇焕节制。事实上登州莱州的东西到了袁崇焕那里后都被袁崇焕扣押，毛文龙得知消息后说：“此乃拦喉切我一刀，必定立死！”
一连八个月的东江粮饷都被袁崇焕扣押，毛文龙派人到宁远与袁崇焕交涉，袁崇焕一看，你终于派人来了，他便将十艘船的粮食、猪羊、金银和酒拨给毛文龙。但如果东西总是被袁崇焕扣押，毛文龙再派人来交涉也不是办法，于是崇祯二年（1629年）五月，毛文龙亲自来宁远与袁崇焕见面，双方的会谈在亲切友好的气氛中进行，两人约定一个月后在毛文龙的地盘相见。此时袁崇焕早已安了杀心，因为据袁崇焕杀毛文龙后的奏折里说：“去年（1628年）十二月，臣安排已定，文龙有死无生矣。”但袁崇焕知道，如果在宁远杀害毛文龙，那么毛文龙东江镇的那些人要么投敌，要么就会作鸟兽散，只有在毛文龙的地盘上干掉毛文龙，袁崇焕才能善后。
在北京的时候袁崇焕还说毛文龙“可用则用之，不可用则杀之”，为什么此时袁崇焕彻底要干掉毛文龙呢？是袁崇焕嫉恨忠良吗？显然不是，袁崇焕虽然在军事上远远算不上战略家，也曾随大流歌颂魏忠贤，但就本性而言，可以说是个好人，中国历史上，身为知县，在百姓家房子着火时上房救火的只有他一个人。
之所以袁崇焕决意要杀毛文龙，是因为袁崇焕中了后金的反间计，得到了毛文龙“勾结”后金的证据，就是毛文龙给皇太极的书信，该书信见于《满文老档》，信中说：“汗凡有旨来，我皆领受，无不遵行。”“尔取山海关，我取山东，若从两面夹攻，则大事可定矣。”我毛文龙“牧马登州，取南京如反掌”。袁崇焕信以为真。
关于这种说法，有《国榷》卷九十的记载为证：
建虏以扼其背，甚忌之。阴通款崇焕，求杀文龙。而崇焕中其计不觉也，惜哉。
袁氏便宜从事，天下闻之，诧为奇举，居无何而郊原暴骨者如莽。袁氏身膺不道之罚，则杀岛帅适所以自杀也。才非周公，使骄且吝，又中建虏之诱，杀其所忌，能毋败乎？
等于说皇太极用计巧妙让袁崇焕得到毛文龙写给后金的书信，袁崇焕信以为真，最终下定杀毛文龙的决心。
崇祯二年（1629年）五月二十八日袁崇焕抵达毛文龙的地盘，六月初一与毛文龙会面，袁崇焕说：“如今辽东海外，只本部院与贵镇二人共谋恢复辽东大业，务须同心共济，本部院不避艰险到此，希望与贵镇商量一个进取辽东之计，国家大事，在此一举。”
毛文龙说：“我在海外八年，屡立微功，朝中不断有奸佞说我的坏话。我东江镇粮饷缺乏，器械马匹太少，只要钱粮充足，我们一起光复辽东，亦非难事。”
两人交谈了一会儿，毛文龙下令摆酒席，边吃边聊，酒席间，毛文龙喝多了，便说：“关宁兵马俱无用，只用东江二三千人藏云隐雾，一把火灭了东夷！”毛文龙的意思是袁崇焕手下的千军万马都没有用，有我这两三千人足矣，一句话把袁崇焕惹怒了，但袁崇焕没有当下翻脸，毕竟，杀毛文龙是既定政策，到时再翻脸不迟。
六月初三袁崇焕再次与毛文龙会面，袁崇焕说：“毛帅这些年在边塞很辛苦了，我劝你回杭州老家吧，那里风景好，你养老去吧。”袁崇焕的话已经很直接了，让毛文龙交出兵权。
毛文龙显然不愿交出兵权，便说：“我早有此心，只要灭了女真人，我就回老家。”
袁崇焕看毛文龙没明白自己的意思，又更进一步点明：“这些你不必操心，会有人来代替你的。”
毛文龙自信地说：“东江镇还有谁能代替得了我？”
袁崇焕没有接这句话，而是说：“我这次来是劳军的，你手下士兵每个人赏银一两，布一匹，米一石，按人头发放。”袁崇焕话里有话，“按人头发放”意思是让毛文龙告诉自己，你手下士兵到底有多少人。
毛文龙显然明白袁崇焕的意思，便故意瞒报说：“我这里有三千五百人，明天就去领赏。”实际上此时毛文龙手下有三万人。袁崇焕知道毛文龙说的不是实话，至此，双方彻底谈崩，只等着刺刀见红的那一刻了。
六月初五，袁崇焕与毛文龙第四次见面，告诉他明天自己就回宁远了，今天要在岛上看士兵比赛射箭，优者给赏。袁崇焕让部下传号令，命各营兵四面摆围。毛文龙及其随行官百余员，都被绕在围内，随行兵丁被截在营外。
至此，袁崇焕终于要行动了，他最后一次试探毛文龙，“我打算把东江镇一分为二，旅顺以西归我节制，旅顺以东归你节制。”
毛文龙：“我还是希望整个东江镇由我来带兵，毕竟我是东江镇总兵，你我同心合力，督师您的五年复辽目标方才能成功。”
袁崇焕：“你的意思是如果旅顺以西归我的话，还没在你手里对于恢复辽东作用大？”
毛文龙：“文龙不敢坚执己意，只是因为旅顺以西仍旧由我节制更便于指挥而已。”
袁崇焕这下急了：“难道我不是为国？你冒功冒饷，说谎欺君，我不处置你焉能对得起当今圣上？”
毛文龙：“督师如果说我冒功的话，我一个牛毛寨大捷就砍下女真三百七十一颗人头，而你所谓的宁远大捷号称歼敌一万七千人，可是也不过砍下二百六十九颗女真人头，到底你我谁是冒功？”
袁崇焕大怒：“你还敢强词夺理？本部院披肝沥胆与你谈了三天，望你回头是岸，哪晓得你狼子野心，你目中无本部院尚可，方今天子英武天纵，国法岂能容你？来人，把毛文龙绑了！”
说罢几个武士将毛文龙按倒在地，随后袁崇焕列了毛文龙十二当斩，下面咱们就看看毛文龙的这十二大罪行都有哪些。
一，祖制，大将在外，必命文臣监，尔专制一方，九年以来，军马钱粮不受核，一当斩！（按：朝廷先后数次查核毛文龙的兵马，就在崇祯元年才核查过一次，怎么就成了“军马钱粮不受核”了？）
二，文龙自开镇来，一切奏报，有一事一语核实否？捕零夷（后金军），杀降夷，杀难民，全无争战，却报首功。二当斩！（按：毛文龙的战功大多是兵部核准才确认，若毛文龙杀降人难民冒功，那孙承宗在奏折里说：“随行关外道袁崇焕逐一查验三次，首级三百七十一颗，俱系真正壮夷”是怎么回事？至于说毛文龙屡战屡败嘛，明朝方面没有任何记载说毛文龙屡战屡败，后金《满文老档》中近百次提到毛文龙，前文已详述，后金被毛文龙搞得焦头烂额。但是现在有的清史学者列了许多毛文龙的败绩，这些败绩从何而来呢？其实所谓毛文龙的败绩都是出自《清太祖高皇帝实录》，这部书是乾隆年间编修的，把所有后金方面的败仗都给写成了胜仗，乾隆年间正是篡改历史、篡改各种中华典籍的高峰，关于袁崇焕被美化就是乾隆年间的事，后面我们会讲到。你说关于毛文龙的后金方面记载，我们是该相信原始资料《满文老档》呢？还是该相信一百多年后被篡改出的秽史《清太祖实录》呢？不言自明。关于毛文龙的所有败绩都出自《清太祖实录》。）
三，文龙刚愎撒泼，无人臣礼。前后奏疏，俱在御前。近且有“牧马登州，取南京如反掌”等语。据登莱道申报，岂堪听闻？大逆不道，三当斩！（按：那些书信是毛文龙写给皇太极耍他们玩的，所有书信都上报朝廷备案了。）
四，文龙总兵以来，每岁饷银数十万，不以给兵，月止散米三斗又半，侵盗军粮，四当斩！（按：袁崇焕一上任就下令登州莱州海禁，所有运载粮饷的去往东江镇的船只必须先经过山海关，他克扣了东江镇八个月的粮饷，直到毛文龙派人交涉才结束，饿得东江镇“人皆菜色”。那么到底是谁在侵吞东江镇的军饷呢？至于说“每岁饷银数十万”嘛，从1621年到1625年朝廷总共拨给毛文龙五万两白银，而此番袁崇焕赴任，朝廷共给他四百八十万两白银、米一百八十万石，另发内帑一百二十万两白银、铠甲四十万具，红夷大炮十门，其他弓箭军械无数，到底是谁“每岁饷银数十万”则不言自明。）
五，擅开马市于皮岛，私通外番，五当斩！（按：开马市是得到朝廷许可的，不然谁敢开？）
六，部将数千人悉冒己姓，副将以下滥给札付千。其走使、舆台、俱参、游名色，亵朝廷名器，树自己爪牙，犯上无等，六当斩！（按：收家丁、养子是当时军队的普遍习惯，毛文龙的部下是有不少姓毛的，有的本来姓毛，有的是毛文龙的养子，改姓毛的，但难道这也是罪状？）
七，由宁远回，即劫掠商人洪秀、方奉等，取其银九百两，没其货，夺其船，仍禁其人，恬不为怪。积岁所为，劫赃无算，躬为盗贼。七当斩！（按：当时有些奸商私通女真，他们的船被没收是应该的。洪秀、方奉估计就属于这种情况，但由于历史没有记载，所以难说。）
八，收部将之女为妾，凡民间妇女有姿色者，俱设法致知，或收不复出，或旋入旋出。身为不法，故官丁效尤，俱以掳掠财货、子女为常，好色诲淫，八当斩！（按：没有其他旁证。）
崇祯初年，曾经担任登莱巡抚的武之望就攻击毛文龙贪财好色，而毛文龙在给崇祯的奏疏里是这么回答的：“臣细阅其疏，污臣通奴贪财好色数款，试问武抚从何处得来？嗟，嗟！臣居刀枪剑戟中，八载于兹矣！果贪，果淫，果通奴，此辈短发辽人，孰是善类？臣早为朝露，不待武抚今日下毒手也。污臣侵帑金钦赏入己，臣已有清算钱粮疏闻，可以无辩。”（《东江疏揭塘报节抄》）
毛文龙在东江这八年，环境艰苦卓绝，假如在此情况下毛文龙再奸淫妇女，那他不被兵变杀死还真是一个奇迹了！
毛文龙的家乡杭州西湖是什么地方？小桥流水人家的美女温柔乡，纸醉金迷之地，而东江镇是什么地方？朔风凛冽，前有强敌，后无军饷的孤悬海外打游击抗金之地。毛文龙不在杭州西湖搞女人，跑到东北冰天雪地的冒死来嫖女人？把脑袋别在裤腰带上，在几十万亡命之徒中，来贪财好色？这到底是毛文龙脑子有病，还是说毛文龙贪财好色的人脑子有病呢？
九，文龙拘锢难民，不令一人渡海，日给之米一碗，令往夷地掘参（人参），遭夷屠杀无算。其畏死不肯往者，听其饿死岛中，皮岛白骨如山，草菅人命，九当斩！（按：东江镇的军饷、粮饷朝廷是长期拖欠，1621年到1625年总共才给了五万两军饷，袁崇焕一上任就对登州莱州实行海禁，扣了毛文龙八个月军饷，毛文龙不得已才派人去后金的地盘挖人参，至于“听其饿死岛中，皮岛白骨如山，草菅人命”则纯属子虚乌有。）
十，拜魏忠贤为父，塑冕旒像于岛中，十当斩！（按：当时给魏忠贤立生祠是全国都有的现象，你袁崇焕在毛文龙丁卯之役血战的时候还写文章给魏忠贤歌功颂德，要求给魏忠贤建生祠呢，你还有脸说毛文龙。拜魏忠贤为父一事则完全没有任何证据，前文已详述。）
十一，铁山之败，丧军无算，掩败为功，十一当斩！（按：铁山之战，毛文龙的确败了，毛文龙在铁山一千多人跟后金军八万人打，谁能打赢？把你袁崇焕搁在那行吗？但铁山之战后毛文龙在丁卯之役建立奇功你怎么不说呢？）
十二，开镇八年，不能复寸土，观望养敌，十二当斩！（按：毛文龙的东江镇是白手起家，东江镇本身就是收复的土地，此外毛文龙在这八年期间还收复了金州和旅顺，而你袁崇焕又可曾收复一寸土地？）
综上，这十二条罪状，纯属污蔑的有七条，断章取义的有一条，根本就算不上罪行的有两条，没有确凿证据的有两条，就没有一条能坐实的。
连一直歌颂袁崇焕、骂毛文龙的金庸，在《袁崇焕评传》中都对袁崇焕捏造的这些罪状看不下去了：
袁崇焕以尚方剑斩他的方式，却也未免太戏剧化了些。毛文龙在皮岛，毕竟曾屡次出兵，骚扰满清后方，是当时海上惟一的一支机动游击队，满清对他也一直颇为重视忌惮。这十二条罪状中，有几条平心而论并不能成立。毛文龙说取登州、南京如反掌，只不过一时夸口，并非真的要造反；向外国买马，当是军中需要；擅自封官是得到朝廷授权的，部将喜欢姓毛，旨在拍主帅的马屁，也没有甚么大不了。
宣布完毛文龙十二当斩后，袁崇焕拿出了尚方宝剑，毛文龙见状，以为是皇帝下令杀自己的，于是最终服软，不再反抗。吴惟英对此评价道：
焕言文龙跪而请死，正见其从容就义，所畏者国家三尺。如蒙二心，不第目无焕，抑且目无朝廷，死生大矣，宁肯长跪以服上刑？况毛亦有赐剑，将亦曰有旨，崇焕将何以自保？幸毛之自持一片忠赤，不以白刃而稍有动摇。
这段话的意思是，毛文龙也有尚方宝剑，假如毛文龙拿尚方宝剑来杀袁崇焕的话，袁崇焕就没招了。其实吴惟英的这种解释说不通，毛文龙的尚方宝剑是明熹宗给的，而袁崇焕的尚方宝剑是崇祯给的，前者已经死了，而后者才是当今圣上，显然崇祯的尚方宝剑才更好使。话又说回来，崇祯在赐给袁崇焕尚方宝剑后，把此前明熹宗赐给满桂和王之臣（辽东巡抚）的尚方宝剑都收了回来，辽东只有毛文龙的尚方宝剑没收回来，崇祯的意思已经很明确，让袁崇焕与毛文龙精诚团结，而不是用尚方宝剑来压毛文龙，可袁崇焕连这层意思都没明白，反而拿尚方宝剑杀了毛文龙。
袁崇焕拿出尚方宝剑后，毛文龙的部下也纷纷跪在地上，袁崇焕对毛文龙的部下说：“毛文龙不过是一个匹夫罢了，因为他守卫边疆，官至都督，满门封妻荫子，酬劳足够了吧？他竟然欺骗朝廷，无法无天！我们要五年复辽，就要奉行列祖列宗制定的国法，今日不斩文龙，何以惩后？皇上赐给我尚方宝剑，正是这个原因。如果我不能五年复辽，请求圣上到时像我杀毛文龙那样杀我！”说罢将毛文龙斩首。毛文龙时年五十三岁。
杀毛文龙后，袁崇焕为了安抚东江镇的毛文龙部下，假惺惺地亲自到毛文龙灵柩前祭拜，并说：“昨日斩尔，乃朝廷大法，今日祭尔，乃僚友私情。”说着说着就哭了。袁崇焕此举比曹操祭祀袁绍还要假，曹操祭祀袁绍除了安抚袁绍旧部外，的确有些真情，毕竟二人是儿时玩伴，而袁崇焕祭祀毛文龙则纯粹是猫哭耗子。
袁崇焕居然有脸说“昨日斩尔，乃朝廷大法”，那我们就来说说什么是明朝杀人的朝廷大法。
在明朝要想杀一个人是很难的，所有人犯了罪都要先接受审讯，都察院与大理寺、刑部共同审理案件，刑部管审案子，都察院负责纠察，大理寺负责驳正，合称“三法司”。三法司共同审理完案子，定案后才能确定是否要处以死刑。只要不是谋反罪，那就不是斩立决，而是秋后问斩，而秋后问斩的人的名单必须拿到皇帝那里去复核，皇帝批准的方式是打钩，每年刑部官员会把判死刑的人的全部名单让皇帝打钩，打钩一个杀一个。一般情况下，明朝皇帝在打钩的时候不是全打钩，而是钩一部分，留一部分不打钩，以显得天恩浩荡，少杀生。当然，如果你真犯了死罪，这样想逃生的话，也是悬，万一皇帝把你的名字打钩了怎么办？有办法，贿赂皇帝身边的司礼太监，他们负责奏折，只要你给他们钱，他们就会钻空子，毕竟皇帝每天公务很多，不可能光打钩，太监可以把写着你名字的那份奏折放到一摞奏折的最下面，皇帝一份一份看，肯定今天看不完，明天再把新的一摞奏折放上面，写着你名字的那份名单永远在下面，就这样你就永远死不了，明朝就有一个人，从判处秋后问斩到死，用了二十多年，最后还是自己病死的。说这些就是想说，在明朝杀一个普通人都很难，然而袁崇焕却绕开三法司，擅自杀了一品武官毛文龙，可见他惹了多大祸，这为他自己的死埋下了祸根。
有人会说袁崇焕有尚方宝剑，所以可以替天子杀人，而明朝祖制规定，即便有尚方宝剑，杀三品以上官员也要奏报天子批准方可，毛文龙可是东江镇总兵、平辽总兵官、太子太保，朝廷的一品大员啊！整个明朝二百六十八年间，敢拿着尚方宝剑不经奏报就直接杀一品大员的，唯袁崇焕一人而已。
有人以崇祯在袁崇焕杀毛文龙后的批示，来作为崇祯支持袁崇焕杀毛文龙的证据：
毛文龙悬踞海上，糜饷冒功，朝命频违，节制不受。近复提兵进登，索饷要挟，跋扈叵测。且通夷有迹，犄角无资，掣肘兼碍。卿能周虑猝图，声罪正法。事关封疆安危，阃外原不中制，不必引罪。一切处置事宜，遵照敕谕行，仍听相机行。
其实不然，因为他已经把辽东全盘托付给了袁崇焕，将在外君命有所不受。崇祯本身是很器重毛文龙的，就冲辽东只有毛文龙的尚方宝剑还没收回就可看出，但现在毛文龙已经死了，人死不能复生，如果以此追究袁崇焕，势必会影响袁崇焕五年复辽，只要袁崇焕能实现五年复辽，那么一切都可以由着袁崇焕来。当然，也正因此袁崇焕更是把自己逼上了绝路，只要他不能实现五年复辽，那么他的下场一定比毛文龙更惨，历史果然如此。
毛文龙的死讯传开后，据一直抱着丑化毛文龙态度的《李朝实录》记载：“许监军者以经略差官来到椵岛（即皮岛），安顿军兵。岛中将卒闻其死，皆哭云……”
岛上的将卒听说毛文龙的死讯后，都哭了，朝鲜人自从丁卯之役要害毛文龙没成功，却被后金一顿痛揍后，就一直对毛文龙持丑化态度，因此他们不存在为了美化毛文龙而故意编造事实的问题。所以毛文龙死后岛上军民一起痛哭的事一定是真的。
可是岛上军民为什么要哭呢？是毛文龙生前给了他们什么物质上的好处吗？恰恰相反，他们在毛文龙手下一直是衣不蔽体，食不果腹，天天把脑袋别在裤腰带上。那究竟为什么毛文龙死后他们齐声痛哭呢？
毛文龙在自己的奏折里其实早就给出了答案，“看得奴之情与他虏异，辽人之情与各边异。御虏之法，复辽之方，其机括又不可恒情拘，须用水火之民，鼓之大义，动以良心，自可致其死力。”
毛文龙把辽东如同水火的民众晓以大义，凭着自己精忠报国的人格和侠肝义胆终于能让他们在东江“致其死力”。
毛文龙在天启七年的时候说“但恐臣在似无益于疆场，臣死未必不足为神京虞”，这句话一语成谶，就在毛文龙刚死三个多月，面对明朝的兵锋从来没出过辽宁省的后金在皇太极率领下长驱直入，杀到北京城下，这就是“己巳之变”，后面我们会详细说。有毛文龙在，后金不敢走远，一走远就会被毛文龙端掉老窝，于是一直只是在辽东辽西进攻，袁崇焕的关宁锦防线就能起到作用；毛文龙一死，后金再无后顾之忧，于是就可以绕开关宁锦防线，经蒙古从河北西北部直扑北京，此后这种事共发生过五次。足见毛文龙之重要性。
毛文龙死后，天下冤之，《明季北略》说：“袁崇焕捏造十二条罪状，矫制杀毛文龙，与秦桧以十二道金牌矫诏杀岳飞，古今如出一辙！”《明季北略》还记载，毛文龙死后，“清主大喜，置酒高会”。
《辽海丹忠录》说毛文龙：
以忠遭疑，以忠得忌，铁铮铮一副肝肠，任是流离颠沛，不肯改移；热腾腾一点心情，任是饮刃断头，不忘君父，寸心不白，功丧垂成，一时几昧是非，事后终彰他忠荩，这又是忠之变，忠之奇。
敌未亡兮弓已藏，令人挥泪吁苍苍。驱除未竟英雄志，萋菲犹污烈士肠。驱除未竟英雄志（没写错，原文如此），变生绕柱骇秦王。素车白马东溟上，一派雄心未易降。
八载艰辛固海东，神谋所向着奇功。旗骞夜月强胡缚，马蹴春冰丑虏空。百万黔黎歌德盛，千群铁骑泣恩隆。可堪功大还招忌。血洒平原野草中。
吴惟英《挽毛大将军》：
昨夜营星色黯然，讣音忽向路人传。但嗟韩信成擒日，不见蒙恬御敌年。功业已沉沙碛雨，精灵犹锁海门烟。好收战骨鸱夷里，归葬西湖岳墓边。
佚名《毛将军歌》：
八载艰辛拥铁衣，将军百战夺城池。旌飘杀气鼋鼍徙，帜卷腥风岛屿迷。赤手擎天扶日月，丹心报国靖边陲。尘沙猎猎吹人面，钲鼓填填动马蹄。慷慨一生浑是恨，悠游千古复何悲。东来未遂吞胡志，南下那堪蹈逆机。气压苍山云敛彩，魂摇白刃日含晖。穷荒剑瘗神仍在，绝海舟焚势与摧。事业已随烟尘灭，功名都逐浪涛归。明庭四纪空肝胆，青史千秋有是非。泪雨暗滋官路草，精灵虚拂故园薇。新蒲细柳春犹在，谁为招魂吊水湄。
《表忠录》：
呜呼！自文龙宿兵岛中，敌竟岁无一骑阑入关，马牛羊驴盈满野。洎文龙为奸刃所害，不数月入喜峰口，大破，杀总兵满桂、赵率教，遂长驱薄都城，万口匈匈，皆指谓崇焕蠚我，不可以谬一时，后世顾可得欺耶？且清兴非骨肉而王者四人，其一为吴三桂，其三人皆其所故部，彼非有盖世之劳而致是，所部若然，则文龙可知矣。
清朝开国将领中封王的汉人，除了吴三桂外，尚可喜、耿仲明、孔有德都是毛文龙的部下，可见毛文龙麾下战将之勇。
袁崇焕杀毛文龙后，毛文龙麾下孔有德、耿仲明诸将哗变，拒绝再听蓟辽督师袁崇焕号令，投奔登州莱州巡抚孙元化，孙元化接受了他们，孔有德被任命为骑兵参将，耿仲明则被派往登州要塞。
崇祯四年（1631年）八月，皇太极率清兵攻大凌河（今辽宁凌海），祖大寿受困城内（详见后文）。孙元化急令孔有德以八百骑赶赴前线增援，然登州辽东兵与山东兵素来不和，孔有德抵达吴桥时，遭遇暴雨，此时部队给养不足，有一士兵抢了山东望族王象春的家仆的一只鸡，本来不是什么大事，但是这个士兵也够水的，跟了毛帅这么些年，连一只鸡都没抢过来，当场被王象春的家丁按倒在地，而后被游街。
被游街现眼的滋味不好受，尤其是偷鸡贼，名声更差，这个士兵在游街过程中血性被激发出来，他拔刀杀了家仆，跑了。作为山东望族的王家自然不干，要求查明真相，孔有德怒了，辽东战局岌岌可危，你因为一只鸡跟我的部队过不去，于是他在吴桥发动叛变，把王家灭族，在山东境内连陷临邑、商河、青城诸城，率兵直趋登州。守登州的同为东江镇老将的耿仲明打开城门，于是孔有德攻陷登州。孔有德也算念旧之人，当初孙元化收留了他们，所以他也没为难孙元化，把他放了（后崇祯因登州兵变大怒，杀孙元化）。登州是明军制造新式火炮和训练炮兵的基地，有近百名葡萄牙等国外籍炮师与工匠，以及大批经过训练的炮兵，俱为叛军所获。
崇祯得知登州兵变后大怒，派大军镇压，与此同时东江镇也发生兵变，袁崇焕派来接替毛文龙的总兵黄龙被叛军割掉耳朵和鼻子，孔有德、耿仲明率军携带登州的二十门红夷大炮、三百门西洋火炮、三千匹战马乘登州的战舰渡海来到东江镇。而后他二人写信给皇太极，信中说：“本帅现有甲兵数万，轻舟百余，大炮、火器俱全。有此武器，更与明汗同心协力，水陆并进，势如破竹，天下又谁敢与汗为敌乎？”皇太极得信大喜，亲自出郊十里迎接。至此，明朝的红衣大炮等先进武器清国也有了，明朝在武器上也不占优势了。后金还因此而拥有了海军。在孔有德、耿仲明投敌后不久，东江镇大将尚可喜也投奔了后金，至此东江旧将悉叛。皇太极封孔有德恭顺王、耿仲明怀顺王、尚可喜智顺王。
这就是袁崇焕酿下的大祸。有毛文龙在，这些勇将都能为大明效力，毛文龙一死，群龙无首，东江镇无法维持，最终导致他们投敌。
有人会问，毛文龙把努尔哈赤打得都让部下写出“今金国汗欲弃辽东之地移向本土，岂能弃其生身之地及父祖之骸骨而去耶？故我等众官商议，致书老爷乞一生路”这样的话，那为什么长期以来毛文龙一直被历史忽视呢？为什么梁启超在《袁督师传》中也说毛文龙该杀呢？（“夫以举国不能杀，不敢杀之人，而督师毅然去之，若缚一鸡而探一彀也。指挥若定，声色不惊。呜呼！非天下之大勇，其孰能与于斯？”）
梁启超笔锋之下常带感情，关于他笔下的戊戌变法，本书最后一卷将会为您用翔实的史料证明，梁启超笔下的历史与历史真相有多大差距。多年后，梁启超自己都说自己写的不是“信史”，是在自己感情支配下写的。因为他是广东人，便自然把广东人袁崇焕捧得很高，毕竟在梁启超之前，广东出过的重量级名人也就只有洪秀全了，洪秀全自然没法歌颂，所以他就歌颂袁崇焕了，既然歌颂袁崇焕那就会贬毛文龙。再比如梁启超写《王安石传》时，也是犯了这个毛病，他跟王安石都是在变法，自然他也把王安石捧上了天。
近代学术大家除了梁启超、康有为（他歌颂袁崇焕的动机与梁启超相同）外，就再无大张旗鼓讨伐毛文龙之人了。之所以毛文龙的历史长期被掩盖，从《满文老档》中的毛文龙屡战屡胜，到《清太祖高皇帝实录》中的屡战屡败，是因为如果清廷把毛文龙的真相都写出来，那就等于告诉世人，自己曾经有一段时间因为毛文龙的存在而几乎快要灭亡，等毛文龙死后才能绕开关宁锦防线进行远征，最终入关。而如果把毛文龙的事迹抹杀，与此同时拔高袁崇焕，把袁崇焕塑造成能够使明朝避免灭亡的跟岳飞、于谦一样伟大的大英雄，而崇祯却把袁崇焕杀了，等于说是崇祯自毁长城。这样的话，就既可以断了汉人反清复明的念头（因为有宋高宗那样的君主，昏君当道下“我大清”入关替天行道，为袁崇焕平反，可见我们比明朝统治者英明），使其绝望，又可以彻底在历史上抹去清朝开国最黑暗的岁月，从而彰显“我大清”从一开始就顺应历史潮流，无比强大的合法性。于是就有了袁崇焕的神话和毛文龙的“罪行”，毛文龙在《满文老档》中出现百次，是该书出现次数最多的汉人，可到了乾隆年间编修的《明史》，却连个列传都没有，足见乾隆对于历史篡改之彻底，而今人若不详查，则定然上当！
之所以毛文龙长期被掩盖，还有一个原因，毛文龙镇江大捷中生擒并处斩的人中有三个重要人物：佟养真及其子佟丰年、其侄佟松年。此三人又是何方神圣呢？佟丰年和佟养真被毛文龙干掉后，佟养真之子佟盛年继承了佟养真的爵位，不久佟盛年改名佟图赖，佟图赖的女儿嫁给了顺治皇帝，顺治跟这个女人一起生了康熙。佟图赖的次子是佟国维，佟国维的儿子正是雍正年间赫赫有名的隆科多。佟国维有两个女儿都嫁给了康熙，其中一个女儿虽没给康熙生孩子，但康熙最喜欢的却是她，后来宫中一个出身低微的女人给康熙生了孩子，这个孩子就交给佟国维的女儿抚养，后来这个孩子在康熙死后继位，年号雍正，而佟国维的女儿则成了太后。
由于佟家的赫赫声望和人丁兴旺，朝中与佟家沾亲的人非常多，有“佟半朝”之称。
由此可以说，毛文龙杀了康熙的姥爷的父亲和两个兄弟，佟家数代人为清朝征战沙场，战死者有佟养真、佟丰年、佟松年、佟国纲，这四人有三人是被毛文龙干掉的，就从血缘关系而言，清朝岂能不恨毛文龙，岂能不把毛文龙尽全力抹杀？