瑞士士兵抵达罗马两星期后，米开朗琪罗在西斯廷礼拜堂的脚手架上，接待了一名大名鼎鼎的人物。这位就是前来罗马同教皇谈和的阿方索·德·埃斯特。法军突然撤出意大利后，他随之孤立无援，成为神圣同盟的瓮中之鳖。他的火炮虽然威力惊人，但面对教皇所能集结的强大兵力，终无获胜机会。因此，他不得不向昔日的朋友求饶，于七月四日在大使阿里奥斯托的陪同下，来到罗马。
阿方索的到来引起了全罗马轰动。尤利乌斯曾说天意要他严惩这位费拉拉公爵，而今严惩时刻已然降临。外界预期阿方索获教皇赦罪的场面，应该会和当年威尼斯人获赦一样隆重而羞辱。谣传这位公爵届时会跪在圣彼得大教堂的台阶上，身穿刚毛衬衣（忏悔者贴身穿的衣服），脖子缠上一条绳索。七月九日，这一天终于到来，群众抱着看好戏的心理，把大教堂前广场挤得水泄不通。结果，他们大失所望，根本没看到当世最伟大战士之一俯首称臣的好戏，因为仪式在梵蒂冈内关门举行，不见刚毛衬衣，也没有绕颈绳索。反倒是阿方索等着谒见“恐怖教皇”时，还得到小提琴手演奏、水果、葡萄酒的款待。然后尤利乌斯正式赦免他反抗教皇的罪过，仪式结束时还予以亲切拥抱。
阿方索似乎充分利用了这趟罗马之行。据曼图亚使节记述，几天后在梵蒂冈用完午餐，他询问教皇可否让他到西斯廷礼拜堂观赏米开朗琪罗的湿壁画。[1]阿方索的外甥，在罗马当人质进入第三个年头的费德里科·贡萨加，立刻安排了参访行程。除了放他自由身这件事，教皇对费德里科是有求必应。因此，有天下午，米开朗琪罗和其团队正在工作之时，阿方索和数名贵族登上梯子，爬上了工作平台。
阿方索看得目瞪口呆。距西斯廷礼拜堂顶棚绘饰工程复工已过了九个月，米开朗琪罗工作超快又娴熟，这时终于靠近拱顶最西端。距离祭坛墙，也就是距离完工，只剩下几面小块白色灰泥壁待完成，而在脚手架的另一边，绵延100多英尺的拱顶上，每一处都已布满耀眼的人像。
阿方索前来参观时，最后两幅《创世纪》纪事场景，《创造日、月、草木》（The Creation of the Sun，Moon and Plants）和《上帝分开昼夜》（God Separating Light from Darkness），刚完成不久。前一幅描绘上帝第三、第四日创造世界的场景。在左半边，上帝腾空，背对着观者，挥手创造草木（几片绿叶）；右半边，上帝以类似《创造亚当》中的姿势飘在空中，右手指着太阳，左手指着月亮。这时距伽利略以望远镜揭露月球坑坑洼洼的表面还有一个世纪，因而米开朗琪罗笔下的月亮，只是个直径约4英尺、平凡无奇的灰色圆弧。它浑圆的轮廓一如太阳的轮廓，系用圆规在因托纳可上描出来的。米开朗琪罗沿用过去绘制大奖牌的办法，将钉子钉进灰泥，系上绳子，然后绕固定点一圈，描出完美的圆。
《上帝分开昼夜》是九幅《创世纪》纪事场景中构图最简约的一幅，描绘第一天创造的情景，画中只见上帝一位人物在漩涡云里翻滚。上帝分开昼夜时呈“对立式平衡”姿势，臀部转向一边，肩膀转向另一边，双手高举头顶，与自然力搏斗。这名人物一如先前两幅《创世纪》场景，以利落的前缩法呈现，是米开朗琪罗自摸索仰角透视法以来最成功的作品，甚至是意大利境内最出色的此类手法作品之一。如果他运用类似阿尔贝蒂之“纱幕”那样的透视工具，那么想必他是将这工具立在躺卧的模特儿脚边，然后模特儿将身体扭向右边，双手高举过后仰的头上，米开朗琪罗得以透过格网，一窥他剧烈前缩的身躯。
这最后一幅《创世纪》场景，还有一点不寻常之处，即60平方英尺的灰泥面仅用了一天就画完。米开朗琪罗为扭曲的上帝形体拟了草图，且以刻痕法转描到湿灰泥上，但在上色阶段，他却不用已转描上的轮廓，而是徒手画出人像的部分部位。这幅画就位于教皇宝座正上方，也就是极抢眼的位置，意味着到了这项工程晚期，米开朗琪罗对自己的湿壁画功力已是信心满满。他的第一幅《创世纪》场景《大洪水》则被“藏”在相对较不显眼的地方，花了不顺遂的六个多星期才完成。如今，只一个工作日，且几乎是不费吹灰之力，他就完成了最后一幅《创世纪》纪事画。
米开朗琪罗虽埋头猛赶他的湿壁画，却似乎未反对费拉拉公爵——六个月前将他的青铜像作品送入熔炉、改铸大炮的那个人——突然现身脚手架上。或许是公爵的妙语如珠和深厚的艺术素养让他改变了看法，因为阿方索和他的妻子卢克蕾齐娅是慷慨而富有鉴赏力的赞助者。最近他才雇请伦巴尔多为费拉拉豪宅的某个房间雕饰大理石浮雕，在这同时，威尼斯大艺术家乔凡尼·贝利尼（Giovanni Bellini），也正为他另一个房间绘饰杰作《诸神的飨宴》（ The Feast of the Gods）。阿方索本人也尝试艺术创作。不铸造能叫敌人死伤惨重的巨炮时，他制造锡釉陶器（majolica）。
阿方索很高兴有幸一睹礼拜堂的拱顶绘饰，和米开朗琪罗相谈甚欢，其他访客都已下了脚手架，两人仍在上面谈了很久。这位使节描述道，他“恨不得吃下去地欣赏着这些人物，赞叹连连”。[2]湿壁画的精彩令阿方索大为叹服，于是他请米开朗琪罗也替他效力。米开朗琪罗是否当下答应，不得而知。从这件湿壁画工程把他搞得焦头烂额，加上他一心想雕制教皇陵来看，他大概不会想再接作画的案子。不过脾气火暴的阿方索和教皇一样，不轻言放弃。最后，米开朗琪罗的确为他画了一幅画，但是是在十八年后，即为装饰他的费拉拉豪宅而绘的《勒达与天鹅》（Leda and the Swan）。
同一天，有机会观赏拉斐尔作品的阿方索，却显得兴味索然，此事想必让米开朗琪罗很得意。这位使节记述道，“公爵大人下来后，他们想带他去看教皇房间和拉斐尔正在绘制的作品，他却不想去”。阿方索为何不愿去欣赏拉斐尔的湿壁画，至今仍不得而知。或许，艾里奥多罗室颂扬尤利乌斯的画作激不起这位战败的叛将一睹的念头。不管原因为何，阿方索这位骁勇的战将喜欢米开朗琪罗的“恐怖”（terribilita）更甚于拉斐尔的秩序、优雅，似乎是顺理成章的事。
阿方索大使，这段时间吃了不少苦头的阿里奥斯托，也是登上米开朗琪罗脚手架的众宾客之一。在《疯狂奥兰多》（四年后出版）中，他回忆起这次参观西斯廷礼拜堂之行，称米开朗琪罗为“米凯尔，超乎凡人，是神圣天使”。[3]这时阿里奥斯托正为公爵与教皇言和的细节问题忙得不可开交，参观西斯廷让他得以暂时摆脱烦人的公事，对他而言想必是趟愉快的旅程。公爵与教皇虽握手言和，但和平仍不稳固。尤利乌斯虽免除了阿方索本应承受的教会的惩罚，却未完全信任他。他深信只要费拉拉仍在阿方索手中，教皇国就不可能高枕无忧，不受法国的威胁。因此教皇下令让这位公爵让出该城，掌管别的公国，例如里米尼或乌尔比诺。阿方索听了大为震惊。他们家族管辖费拉拉已有千百年，要他交出与生俱来的土地，转而接受在他心目中较没分量的公国，他不愿意。
尤利乌斯挟着大胜余威，丝毫不肯让步。两年前，阿里奥斯托曾遭威胁若不滚出罗马，就要将他丢入台伯河。这一次，由于尤利乌斯的要求，教皇与阿方索的关系迅速恶化，公爵和阿里奥斯托当下担心起自身的安危。阿方索有充足的理由相信，尤利乌斯打算将他囚禁，然后将费拉拉据为己有。因此，七月十九日，即他们登上米开朗琪罗脚手架几天后，他和阿里奥斯托就趁着天黑，经圣乔凡尼门逃离罗马。他们过了数个月的逃亡生涯，栖身山林里躲避教皇密探的追捕，境遇和《疯狂奥兰多》中那些流浪的英雄相似。
不出众人所料，罗马教廷再度宣布费拉拉为叛徒，费拉拉人预期大概逃不掉和几年前佩鲁贾人、波隆纳人所受的类似对待。不过，教皇这时却将矛头指向另一个不听话的国家，即此前一直坚定支持法国国王而拒绝加入神圣同盟的佛罗伦萨。八月，教皇和神圣同盟其他盟邦向卡多纳和五千名西班牙士兵（一心想为拉文纳之败雪耻的一支部队）下达另一个作战令。这位总督于盛夏时节率部离开波隆纳，开始穿越亚平宁山往南推进，准备给不听从罗马教廷的佛罗伦萨一次教训。在佛罗伦萨吉贝里那路边的老家，米开朗琪罗的弟弟博纳罗托还有更为切身的烦心事。阿方索逃离罗马几天后，他收到哥哥来信，说他还得再等上更久时间，才能自己当老板经营羊毛店。米开朗琪罗最近买了一块农地，为此已花掉不少从西斯廷礼拜堂工程赚的钱。刚卸下在圣卡夏诺的职务返回佛罗伦萨的鲁多维科，代他办妥了买地的一切事宜。这块地名叫“凉廊”（La Loggia），位于佛罗伦萨北边几英里处帕内的圣史特法诺村，靠近米开朗琪罗小时候在塞提尼亚诺的住所。古罗马政治家暨哲学家西塞罗和当时的名人，为躲避政务的烦扰和罗马的暑热，在这处乡间兴建了爬满葡萄藤的豪华别墅，自此之后，在这里拥有一栋大宅第就是每个自命不凡的意大利人所梦寐以求的。但米开朗琪罗在这里置产，并非打算退休后到这里砍柴、种葡萄养老。他买下“凉廊”纯粹是想把手边的闲钱拿出来做更高回报的投资，而不想只放在新圣母玛利亚医院，赚那百分之五的利息。但他也深知，买地置产是在帮博纳罗蒂家族重拾他心目中的往日荣光。
博纳罗托一直不谅解哥哥的投资。已三十五岁的他急切想创业当老板，于是在七月写信给米开朗琪罗，说他很担心哥哥买了“凉廊”后就要背弃过去五年来对他的承诺。米开朗琪罗的答复很坚决，驳斥博纳罗托的失信指控，并让他别急。“从来没有人像我工作这么辛苦，”他愤愤地写道，“我过得并不好，为这繁重的工作忙得精疲力竭，但我任劳任怨，努力完成所要达成的目标。因此，日子过得比我好上万倍的你，应可以耐心等待两个月。”[4]
操不完的心，干不完的活，生不完的病，但仍坚忍不拔，任劳任怨，这就是米开朗琪罗笔下的自我形象。这种受苦受难的形象，博纳罗托早听腻了，每次佛罗伦萨家里对米开朗琪罗有所求，他就搬出这一套诉苦一番。不过，至少这时候，“繁重的工作”已到尾声，因为米开朗琪罗给了博纳罗托更新的预定完工期，说预计再有两个月就可大功告成。一个月后，他仍希望九月底前可以完工，但因为一再预测失准，他变得不想再预测完工日期。他向博纳罗托解释道，“真实情况是这实在太费工，两个星期内我无法给你预定完工日期。我只能说，万圣节（十一月一日）之前我一定会回到家，如果那时我还活着的话。我尽量在赶，因为我很想回家”。[5]
工程接近尾声之时，米开朗琪罗情绪低落而烦躁，而这时的心情就表现在礼拜堂北侧的一名人物上。先知耶利米完成于《上帝分开昼夜》后不久，描绘他垂着头，动也不动地坐在宝座上沉思。那份姿态和日后罗丹著名的雕塑《思想者》十分相似，但米开朗琪罗先着一鞭，且他的耶利米无疑影响了后者。长长的胡子，蓬乱的白发，上了年纪的耶利米，眼睛盯着地上，巨大的右手托住下巴，神情阴郁，陷入沉思。他所在的位置与利比亚巫女（拱顶上最后完成的巨大女先知像），正好隔着拱顶纵轴遥遥相对。两位坐者的肢体语言南辕北辙，利比亚巫女的姿势动作大而且富有动感，模特儿为她摆姿势时必须坐在椅子上，躯干大幅度扭向右边，双手举到头部的高度，同时弯曲左腿，张开脚趾。这是很别扭的姿势，想必让模特儿苦不堪言。
相反，模特儿摆起耶利米静滞的姿势大概一点儿也不辛苦。从某一点看，这的确是件好事，因为一般认为耶利米也是米开朗琪罗的自画像。耶利米与米开朗琪罗过去几个奇丑无比的自画像，例如位于礼拜堂另一边被砍离身体而一脸怪相的荷罗孚尼人头，不属同类。耶利米刻画的是米开朗琪罗本人性格的另一面，而且是在某些点上同样不讨人喜欢的另一面。
以怀忧罹愁而著称的耶利米在圣经里高呼道，“我有忧愁，愿能自慰，我心在我身体里发昏”（《耶利米书》第八章第十八节）。后来，他又哀叹道：“愿我生的那日受诅咒；愿我母亲产我的那日不蒙福！”（《耶利米书》第二十章第十四节）耶利米的悲观可从他所处的时代得到理解。他亲眼见到耶路撒冷陷入巴比伦王国之手，圣殿遭劫，犹太人遭放逐到巴比伦，民族前途一片黑暗。在圣经另一处，耶路撒冷的悲惨命运引来如下哀叹：“先前满有人民的城，现在何竟独坐！先前在列国中为大者，现在竟如寡妇！”（“耶利米哀歌”第一章第一节）
十多年前，萨伏纳罗拉自命为先知时，就已赋予耶利米一种叫人难忘的解读。他说他准确预言佛罗伦萨将遭法军入侵，就如耶利米预言耶路撒冷将陷入尼布甲尼撒手中一样。在遭处决前的最后一次布道中，萨伏纳罗拉更进一步自比为耶利米，说当年这位先知尽管饱受苦难，仍奋不顾身为民族命运呐喊，如今，他，吉洛拉莫修士，也要宁鸣而死，不默而生。“汝已委派我担任向全世间抗争之人，向全世间争辩之人”，他在死前几星期如此呼应这位先知。[6]
米开朗琪罗也自视为向世间抗争之人。他既以阴郁、不爱与人言而著称，拿自己与这位希伯来最忧愁的先知相提并论，就和拉斐尔将他画为坏脾气、不讨人喜欢的赫拉克利特一样贴切。甚至，因为西斯廷拱顶上的耶利米与拉斐尔《雅典学园》里的“沉思者”（低头垂肩、无精打采、双脚交叉、一手支着重重的头）太相似，有人因此怀疑米开朗琪罗画耶利米之前，去署名室看过对手的作品。是否真是如此，没有证据可以解疑，但一五一二年夏天之前，米开朗琪罗无疑已知晓拉斐尔为《雅典学园》增绘了一名人物。
米开朗琪罗将自己画成忧愁的“耶利米哀歌”作者，或许和拉斐尔一样意在开玩笑。不过，如此性格描绘还是有相当大的真实性。他一生所写的众多诗中，有许多诗里充满对老、死、衰败的深刻沉思。“我因沮丧而得乐。”他在一首诗里如此写道。[7]在另一首诗里，他说“凡诞生者都必走上死亡”，接着描述到每个人的眼睛会如何很快变成“黑而丑陋的”眼窝。[8]在五十五岁前后所写的一首诗中，他甚至以渴望的口吻写到自杀，说自杀是“正当之事，于生活如奴隶，痛苦、不快乐的他而言……”[9]
如果米开朗琪罗天生就是痛苦、不快乐的，那么西斯廷礼拜堂的工作，正如他在信中的诸多埋怨所表明的，更让他觉得人生悲惨。不只是脚手架上似乎干不完的活让他觉得痛苦，礼拜堂外纷乱的时局也让他无一刻觉得安心。他就像耶利米，无所逃于危险而纷扰的世间。而如今，在湿壁画工程进入最后几个月的阶段，又有一件忧心的事隐然逼近。
“我很想回家”，米开朗琪罗于八月底写信如此告诉博纳罗托。但不过数日，他的家乡就要被埋没在某编年史家所谓的“可怕的恐怖浪潮”之中。[10]
[1] 格罗西诺向伊莎贝拉·德·埃斯特的报告，引自德·托尔内的《米开朗琪罗》，第二卷，第243页。
[2] 格罗西诺向伊莎贝拉·德·埃斯特的报告，引自德·托尔内的《米开朗琪罗》，第二卷，第243页。
[3] 阿里奥斯托：《疯狂奥兰多》，第三十三章第二行。
[4] 《米开朗琪罗书信集》，第一卷，第70页。
[5] 《米开朗琪罗书信集》，第一卷，第71页。
[6] 关于萨伏纳罗拉之自命为耶利米，可参见里多尔菲《萨伏纳罗拉的一生及其时代》，第283页，以及韦恩斯坦《萨伏纳罗拉与佛罗伦萨》，第285页。
[7] 《米开朗琪罗诗全集和书信选集》，第150页。
[8] 《米开朗琪罗诗全集和书信选集》，第12～13页。
[9] 《米开朗琪罗诗全集和书信选集》，第31页。
[10] 圭恰尔迪尼：《意大利史》，第257页。