科举前期，考试文章允许自由发挥，并没有固定要求。这就使得评判考生文章的优劣难度很大。考生的观点、体例、行文习惯不同，考官们的标准也不同，总达不成人人满意的结果。总的来说，文辞华丽、行文流畅又有家学积淀的文章比较受欢迎。这种百家争鸣、没有统一标准的局面到明太祖朱元璋时期得到了逆转。朱元璋是从社会最底层打拼上来的草根皇帝，讲究实用且带有较浓厚的平等思想。据说他主持科举考试和听取大臣汇报的时候，总觉得儒生出身的大臣们写的文章华而不实、言之无物，堆砌的文辞和接连的典故让他抓不住重点。于是朱元璋萌发了统一文章体例格式的念头。也有说法是之前的科举考试有利于权贵富裕人家的子弟出头（他们往往熟悉政治话语、家学基础良好），而不利于文笔朴素、不事雕琢的贫寒人家子弟，朱元璋从平等的角度出发，规定了大家必须写同样规格、同样内容的文章，尽可能地去除家庭基础对考生的影响。朱元璋规定的标准文章就是“八股文”。
八股文有很多硬性要求。比如，文章的题目只能出自四书五经，选取其中的句子或者段落为题。考生们也必须根据四书五经的精神作答。朱元璋原来想冒认南宋理学大师朱熹为祖先（他自己的祖先拿不出手），大臣们赶紧劝谏说朱熹的年代离得太近了，不适宜当王朝的祖先。认祖不行，朱元璋就捧出朱熹对四书五经的解释来，作为全国读书人学习和考试的教科书。朱熹那些并不成熟或者零散的只言片语，摇身一变成了金科玉律。举子们只能运用朱熹之说，联系题义阐述道理。文章的格式也被限制得很死。全文分几个部分，每个部分怎么写、用什么句式，哪一句话亮出观点，哪一句话是引用都有规定。文章的主要部分分为起股、中股、后股、束股四个段落，每个段落要各写两段，因此得名八股文。这八个段落的句法、字数都是有限制的，每一股的内容必须要有一正一反、一虚一实、一浅一深的对比。如此一来，考官的工作量大为降低，一眼就把卷子看得清清楚楚。但如此千篇一律的应试文章能反映出考生的真才实学吗？
朱元璋的出发点是好的，但他高度规范的文章要求遇到现实趋利的中国人就变了样。八股文很快堕落为死板、保守的牢笼。读书人聚精会神地研究八股文的格式、句法，将四书五经和朱熹文章从头背到尾，什么秦歌汉赋、什么唐诗宋词都抛之脑后，更毋论民心国情了。每次考试结束，高中者的文章便被收集汇编起来出版售卖。读书人奉之如宝，逐字逐句研究。因为四书五经中可出试题的句落有限，有钱人更是在考试前聘请八股高手押题、写文章，然后给子弟们开“辅导班”、“加强班”，专门背诵这些押题文章应考，竟然屡屡有得手考中的。
清朝名人王士禛说过一则沉重的笑话：有个后辈书生在读《史记》，本乡一位前辈进士过来问他：“你在读什么书？”书生说：“《史记》。”进士问：“谁写的？”书生回答：“司马迁。”“司马迁是哪年的进士啊？”“司马迁是西汉太史令，没有功名。”进士不悦，说：“原来没有功名啊。那我拿他的书来看看。”他拿过《史记》翻了几页，扔在一旁说：“此书与科举无益，看它做什么？”由此可想而知，八股取士选择的大多是死背少数几本书，只会写八股文的书呆子。明清笔记留下了许多又呆又木、生活了无情趣、更无动手办事能力的八股高手的形象。朱元璋争取平等和提拔实干人才的本意算是彻底落空了。
徐大椿的《道情》对八股高手有形象的描述：“读书人，最不济。读时文，烂如泥。国家本为求才计，谁知道变作了欺人技。三句承题，两句破题，摆尾摇头，便道是圣门高弟。可知道‘三通’、‘四史’，是何等文章？汉祖、唐宗，是哪一朝皇帝？案头放高头讲章，店里买新科利器。读得来肩背高低，口角嘘唏，甘蔗渣儿嚼了又嚼，有何滋味！辜负光阴，白白昏迷一世。就教骗得富贵，也算是百姓朝廷的晦气！”顾炎武曾愤慨地说：“八股盛而《六经》微，十八房兴而二十一史废。”“愚以为八股之害，甚于焚书。”焚书坑儒活埋的只有数百人，而八股取士禁锢的是数百年读书人的智商和精神。
发展到最后，连皇帝本人也看不下去了。光绪皇帝有一次亲阅进士考卷，发现大多数考卷雷同，毫无用处，不禁感叹说：“以这种方式录用人才，也难怪学非所用。”（《清稗类钞》）
除了八股文外，还有其他技术性规定与择才而用的本意背道而驰。比如清朝中期后规定科举文章的字数以七百字为限，不能超过；又比如科举考试阅卷的时候偏爱卷面整洁、笔迹工整的卷子，带动读书人花大力气去练习楷书和行文布局。清朝中期后历届高中者无不写一手工整规矩的楷书。尤其不应该的是，道光朝后对文字笔画吹毛求疵，一竖没写直、弯钩没提好等细枝末节都能成为落榜的理由。至此，考试沦落为书法游戏，与考生的思想见解无关了。
除了技术性规定外，权力因素逐渐攻占科举的方方面面，埋葬公正公平原则。
科举兴起，权力因素在理论上被排除在外，但在实践中始终虎视眈眈，一有机会就渗透进来。考虑到科举关系国家权力要交给何人掌握，关系到王朝的长治久安，历朝历代都将科举制度视为天下政务的“根本”，领导重视、制度严密、奖惩鲜明。犯案者夺名、杀头、抄家、全家罚作奴仆。可犯案者依旧前赴后继。科场舞弊却治而不绝，从未断过。
明清科举彻底被权力因素所攻陷。《清稗类钞》向我们展示了清朝科举的实际情况：每科五六月间，是确定正副考官、同考官的时候。北京城和各省省城就炸开了锅，有权有势者开始预作准备，或晋谒、或贿赂已经或可能成为考官的官员。考生入场的时候，正副考官自己中意要录取的门生亲友、监考官员暗中答应录取的考生，再加上达官贵人们塞条子打招呼要求录取的考生，如麻如粟，占去了大部分的名额。考官们与其是在阅卷，不如说是在权衡各方关系。关系户很多，录取名额有限，考官们必须反复推敲，比真正按照真才实学来评定高下更加辛苦。他们先按照打招呼的人的官爵高低来录取嘱托的关系户，如果官爵一样高，那就先录取升官潜力大、党羽多的人嘱托的关系户；其次是按照贿赂的多少来录取关系户，如果考生给的钱一样多，那就兼顾一下名声的高低、答卷的优劣。最后的录取名单，写上那些必须录取的考生之后就没有几个名额了，再挑选几个有真才实学的孤寒考生，列名其上，以塞人口。顺天府的科举，因为地处京师，弊端最深。顺天府科举的正副考官和同考官们，一般是京城里的高官显贵，不用皇帝公布名单人们也能猜个八九不离十。有能力者早早的就有针对性地做这些人的工作，“辇金载宝，辐辏都下”，“按图而索”，“万不失一”。
科举的第三个大问题是助长了读书人的利禄之心，只知有举业功名，不知有天下和百姓，只知有官爵品级，不知有人格和善恶，进而连累全社会弥漫着浓郁的官本位思想。功名恶化为评判人生价值的唯一标准，腐蚀了社会的道德良知。一部《儒林外史》汇集了许多活生生的例子，书中满是触目惊心的话：“有操守的，到底要从甲科出身。”“如果有学问，为什么不中了去？”“只是有本事进了学，中了举人、进士，即刻荣宗耀祖……人生世上，除了这件事，就没有第二件可以出头。”
先秦时代的读书人就有很功利的利禄思想，将学问和能力作为追求富贵的工具，所谓“学成文武艺，货与帝王家”。有这样的想法，无可厚非，只要它没有充斥于整个脑袋，没有成为言行的主流就行。政府也很早就用高官厚禄来吸引士人。只是，科举制强化了这种做法，放大了读书人的利禄之心。它把科举入仕捧为官场正途，视其他途径都是异途，给予有功名的读书人极大的实利和虚名，让社会错误地在“荣华富贵”、“科举功名”和“读书应试”三者之间画上等号。宋朝的皇帝宋真宗赵恒就是宣传这一思想的急先锋。他写了一首流传甚广、宣传效果很不错的《劝读诗》：“富家不用买良田，书中自有千钟粟。安居不用架高楼，书中自有黄金屋。娶妻莫恨无良媒，书中有女颜如玉。出门莫恨无人随，书中车马多于簇。男儿欲遂平生志，六经勤向窗前读。”有了皇帝的提倡，有了金钱车马、良田美眷的现实诱惑，读书人一头扎进“学而优则仕”的追求中去。
清代畅销书《儒林外史》第十三回通过一个读书人之口讲述了对科举事业（举业）的态度：“‘举业’二字，是从古及今，人人必要做的。就如孔子生在春秋时候，那时用‘言扬行举’做官，故孔子只讲得个‘言寡尤，行寡悔，禄在其中’；这便是孔子的举业。到汉朝，用贤良方正开科，所以公孙弘、董仲舒举贤良方正；这便是汉人的举业。到唐朝，用诗赋取士；他们若讲孔孟的话，就没有官做了；所以唐人都会做几句诗；这便是唐人的举业。到宋朝，又好了，都用的是些理学的人做官，所以程朱就讲理学；这便是宋人的举业。到本朝（明朝），用文章取士，这是极好的法则。就是夫子（孔夫子）在而今，也要念文章，做举业，断不讲那‘言寡尤，行寡悔’的话。何也？就日日讲究‘言寡尤，行寡悔’，哪个给你官做？孔子的道，也就不行了。”这位读书人把整个读书人和官场的关系都用“举业”二字串起来，什么选拔标准在他看来都是“举业”，读书人要不断适应变化的标准只为求得一官半职，仿佛做官就是读书人的使命。话虽然直白，倒也坦诚，把明清社会的逐利之心、读书人的求禄之举暴露无遗。
几百年来，科举制度饱受诟病。但探本究源，科举的立意和出发点是无可指摘的。科举的三宗罪（程序误人、权力舞弊和助推官本位思潮）并非由它的内核必然衍生而来，绝非是它的本意。
在中国的环境中，又有哪项制度能摆脱这些问题呢？任何制度都不能保证后生的技术规定不会脱离制度内核；权力始终是飘荡在任何制度头上的一道阴影。而官本位思潮早于科举而生，科举助长错误思潮的确不应该，可它和其他制度一样，也是这股思潮的受害者。对官位的追逐、权力网络泛滥和人情世故是中国历史发展的顽疾，病因肯定不是科举制。相反，如果科举能够摆脱这些濡染，真正贯彻开放、公平、公正的理念，量才而用，那必能吸纳天下贤才，让寒士开颜、世家子弟奋发。它毕竟是古代中国人经过几千年的挑选，试验了多种选才制度后设计出来的成果。在看到科举流弊的同时，我们也应该发现它提高了社会流动性，选拔出来不少有真才实学的人物。许多人才并没有被科举的问题打倒，而是走出科举的羁绊，在这套制度中获得了实现价值的平台。