孔琳之字颜琳，会稽山陰人。祖父孔沈是晋朝的丞相掾。父亲孔貵，是光禄大夫。
孔琳之刚强正直，有志向有能力，喜爱读书作文，通晓音乐，特别会写草书和隶书。本郡任命他当主簿，没有应命，后来他被征用为本国的常侍。桓玄辅佐晋朝官拜太尉，用孔琳之为西阁祭酒。桓玄时朝廷议论，想废除金钱，用谷子和布帛交换。孔琳之论述此事说：“《洪范》中说的八大政事，把货币放在吃饭后面，难道不是因为交易行为是日常生活的最重要的一项吗？如果不让金银为货币，百姓把精力投在铸钱上，那么必定妨碍他们做其他事，所以禁止百姓造钱是对的。今日农民只管种谷物，手工业者只管制造工具，士农工商各人只管经营他们的事业。又有哪个人用心于造钱呢？所以圣人制造无用的钱，而使有用的物质流通，既没有浪费多余费用，又减轻运输的艰难。这就是货币表现为龟壳贝壳，历朝历代都没有废除的原因。谷物布帛是宝贝，用来作为吃饭穿衣。如果今天把其中一部分划分出来作为货币，那么必定有很多损害。而且谷物布匹在商贩的手中损坏，在加减乘除中消耗。这样做的弊端，古人已说得很清楚。所以钟繇说：‘奸诈的百姓，争着用湿谷物来抬高价值，制造薄薄的布帛充作货币。’魏代历朝用严刑惩治，但没有效果。所以司马芝认为用钱不仅使国家富裕，也可以减少刑罚。货币之所以没有采用完全由于战乱长期存在，以至废弃是有原因的，汉代末年便是这样。今日钱已使用，再废除它，那么百姓一下子便失去了他的钱财。如今搜集天下的谷物，以满足天下人的饮食需要，有的仓库充足，有的只是斗把左右的储存，自然是贫穷百姓依靠富人，达到这一步，完全依靠货币。一旦废除货币，那便是被抛弃的东西，有钱无粮的百姓都坐而待毙，这是废除金钱马上会产生的祸害。况且今日用钱的地方不穷，用谷的地方也不富。另外人民用钱已习惯了，改变它必然导致混乱。俗话说：‘获利不超过一百倍，人们是不会改换他的职业的。’况且钱比谷物用起来更方便，魏明帝时，废除货币用谷交换，三十年时间，因为不方便人民生活，于是朝中进行大讨论，深通政治经济的大人物，无不认为应该再用钱，人民没有反对意见，朝中没有异议。那个时代尚且舍弃谷物而用钱作为交换工具，足以说明用谷物交换的弊端，已被当年的人们深深认识。世人或者认为魏朝不用钱很长时间，积累了很多钱，所以最后又用了钱，有利公家有利于国。其实并非如此。当年晋文公之所以后赏赐舅犯，而先赏奖成季的忠信才谋，就是因为他认为权谋虽然有利于一时，不如诚信有利于万世。魏国时一些名臣贤人在朝，君子并列，仔细谋划天下，商讨有利有害的各种大事，决定经营国家的根本方法。如果谷物确实比货币方便，应该不只追求一时的方便，而离开永远有用的顺利，这是显而易见的。这实际上是因为积累的弊端太多而想变革，改造旧的方式罢了。晋孝武帝末年，天下安宁，风调雨顺，五谷丰登。百姓乐业，自然谷物丰收，布帛充满，几乎家家丰衣足食，从这时的史实来看，钱也不妨碍人民的富裕。近些年来战乱不断发生，饥荒交迫。贫寒没有解决，也是因为这个原因。明公既然拯救天下，拨乱反正，改革制度，崇尚根本的教化，重视增加农业投资，给人民因时制宜，顺其自然，游子荡夫迷途知返，追逐末利的人自然止息，基本上达到了大家努力种田种地，旷野没能多余的土地了。从这往前走，太平之日必然可以达到，更不用担心衣服饮食了。我认为拯救时代弊病，不需要废去金钱。”
桓玄又打算恢复肉刑。孔琳之认为：“唐尧虞舜制定刑律，夏禹建立法制。大概因为敦朴和刻薄的风俗不同，但是达到政治清平的方法一样，宽容和严厉交替使用，不断地改变政策适应时代。《尚书》说：‘刑罚有的时代重，有的时代轻。’说的是刑法随时代变化而变化。三代时期，风俗淳朴，政事简明，所以当时很少有人犯法；世纪末期，风俗巧伪而政事繁多，所以人们动不动便触犯刑法。如果三千条刑法在世纪末通用，必然导致鞋价上涨的问题，这正是五帝法律不一样，肉刑不可以全部恢复的原因。汉文帝表现他的仁厚心肠，感概重新做人的道路未能打开，于是改变古代的法令，在当时被称为刑法废除的时代。名义上是轻了，实际上刑法反而重了，反而更加伤害百姓。所以孝景帝即位后，继续缓和减轻刑罚。刑罚缓和以后而百姓又目无法纪。因刑罚又威慑不了邪恶的人，就要使刑罚达到适中。这也是古人加以称赞，历代详加商讨但又没有解决的问题。兵荒之后，人民犯法更多。斩首的刑罚，本来是斩去右脚趾。汉文帝一错，沿袭而没有改变，所以前人感到遗憾，研究它们而又没有得到解决。钟繇、陈群的看法小有不同，但都希望用斩去右脚趾代替砍头。如果按他们说的去做，必然使很多人活下去。免除死亡，刑法确实是减轻了，但人们对于明显的处罚总是谨慎的，对于看不清的东西总是忽视的，忽视远方的东西，注意眼前的现象，所以古人鼎盘之上刻有箴言，把用韦玉做的弦佩带在身上，用以警戒自己细微的地方。况且小人们尤其糊涂，眼中看不见的东西，便忽视而不戒备，每日呈现在眼前的，便心惊肉跳。由此看来，犯了重罪必须处罚，犯了轻罪也不能逃避惩处。这样就可以保全人们的性命，使人口增加，仁心救人，功效显著。另外今日所可忧虑的，逃犯首先需要考虑。多次反叛的没有消除，应该让那些逃亡的人无处藏身，用以警戒还未触犯刑律的人，永远铲除罪恶的根源。至于其他的法条，应该按老刑罚来。这还谈不上适中，可贵的是窥一斑而知全豹，立一条而增进全面地改革。”
桓玄喜欢别人依附顺从于他，但是孔琳之不能这样，所以不被其赏爱。孔琳之接着升任楚台员外散骑侍郎。遇到母亲去世，离官去职。守孝期满，被任为司徒左西掾。他又以父亲退休为名辞让了。当时司马休之当会稽内史、后将军，仍以孔琳之为长史。孔琳之父亲去世，他又辞官了。守孝期满，补任太尉主簿、尚书左丞、扬州治中从事史，在任上都很称职，成绩显著。
当时要求朝中大臣谈论和陈述建议。一些人认为应该修治学校，减轻刑罚，明确职责和赏罚条例，举荐人才，重视农业，缓轻征役。孔琳之在众人建议之外又提议说：“玺书和官印，为的是明确官职真假，向人们表示它的权威。官员中没有比皇帝更大的，爵位没有比公侯更显贵的。而传国玺宝，历代连续使用。继封的文印，也是代代相传，它的可贵在于古老和沿袭，而不需要改换制造。今日只有尉官这一职务，只用一种印绶。至于朝中内外各种官职，每次升任便全部改换印绶，研究它的本来意义，我还是不能明白为什么。如果认为每个官员姓氏不同，和继承的情况不同，那么还不像不同朝代的差异。如果谈官职的尊卑，虽然公卿的官职很高贵，但没有帝王那么重要。如果因为某官曾遭受斩杀的惩罚，同时也忌讳那个官职，那么汉朝用秦朝的传国玺，保存了四百年，没有听说秦子婴因为本身被杀国破家亡，而汉帝王便没有用传国玺的。以帝王公侯如此尊贵的身份在传国玺的使用上毫无怀疑，普通的卑小辟职，又为什么嫌恶前人用的官印呢？在古籍上没听说这种情况，按事推理也不合道理。反而一年到头，不断地刻印铸印，浪费工夫，消耗物质。金银铜铁的花费，简直说不清有多少，这是不能继承优良传统使政治简明易行的。我认为各个官职都各用一种印绶，不需反复改铸。如果有新设置的官，或者官员多印绶少，或者印文消失，然后才能铸造，那么上则有利于国家，不仅是小的好处。”
又说：“丧事的办理，在古代的典籍中没有记载，完全是从后世兴起的。老习惯成为规矩，成为一般的风俗。上自天子，下至百姓，这样做确实有原因，突然改革必然惊骇耳目。然而这些习惯如果不和人情相关，反而害了百姓。保存它们未必有用。去掉它们未必有害。而且该严格遵守古人礼法，改革后来的弊端。况且又损害人们的财物，成为人们的负担呢。凡是士人的丧事仪式，都从百姓的里巷中传出，每次有这样的事，动不动便花费几十万，损害人民的财产和气力，但是并没有好处。至于寒族平民，则家家竭尽全力。虽然有的家徒四壁，无不倾家荡产。而所谓的葬礼，怎么到这步田地呢？我认为应该遵守古代的葬礼，罢除过分的礼仪，惩罚那些不遵法规的人，向其余的人示儆。”又说：“当年战乱频繁，饥荒不断，米谷布匹绸缎都很昂贵，之后米的价格平复了，而绸布在今日反而贵了一倍。布帛绸缎价格既然昂贵，养蚕的人就多了，人们虽然加倍的勤劳，但它的高价总跌不下来。我认为导致这样的原因是有的。在大乱之前，军队衣服只用铠甲而已，至于军袍军袄和军衬衫必须打仗时才发，平时把它们放在仓库中，永远不会有损害。如今的仪仗部队和游行的使者，或者警卫士兵参加和迎送仪式的军人，都用军袍军袄，不仅某一军府，甚至其他各部队都是如此。布绸容易损坏，不能长久保存，而且白天用它们来防寒，夜晚用它们来寝睡，不用一年便会毁坏。每年蚕棉丰收，容易按租税折价购买，另外各军府纷纷收购，动不动有几千，所以布帛一直昂贵，确实因为如此，私人的衣服因此而缺乏，而官府又为它而亏空。我认为像待卫部队，是必需它们的，其余的部队则必须仍旧用铠甲，小小迎来送往的仪式，只应分配军仗器械，不用铠甲和军袄。用的人少了，布帛的价格自然跌落。”
他又说：“不以朴素的饮食为耻，只有君子能够做到。佳肴美宴，崇尚奢侈，已很长久了。今日虽然不断地改正，但这个风气仍未改变。他们真正喜欢吃的不过是一种菜肴，而吃起来却有一大桌子，除了满足口腹的欲望之外，都是为了悦人耳目。富人用它们夸耀自己，穷人因此而竭资殚产。这样本来是人们非常痛恨的，但谁也无法不做。我认为应该粗略地制定规则，使奢侈和节俭达到一个适中的比例，如果有人还不改正，加以贬斥；那么节俭美德的教化，马上便可传播。”
孔琳之迁任尚书吏部郎。义熙六年(410)高祖兼平西将军，用他当长史，又用他当大司马琅笽王的从事中郎，任命他为高祖的平北、征西将军长史，再升他当侍中。宋国刚刚建立。任他为宋国侍中。再出外当吴兴太守。又因公免职。
永初二年(421)，孔琳之当御史中丞。孔琳之通晓法律，执法严明公正。他弹劾尚书令徐羡之说：“我听说臣子侍奉上司以守法为恭敬，而对下人以威严为整齐，然后朝廷法律明白，任事必然严肃。这个规矩一被打乱，那么法制便会崩溃。我在本月七日参加皇太子的正会。会完了车准备回去，和其他人在门边等待。有一个人乘了一匹马在我的车前逮捕一个人并叫拉了开去。那个人一边骂一边捉人审问加以逮捕。每有公事，我常常担心引起麻烦，叫手下人不要多管。而那个人叫骂不止，我便叫人把他叫来。那人不肯下马，连叫大喊，有两个威仪士兵走来，打我的收逮那人的部下。尚书令省事倪宗又牵威仪士兵的手，打我的部属。倪宗说：‘中丞怎么能行凶，敢抓令公的人。凡是中丞逮捕的，威仪们都可以捆起带走。’我叫手下人，一点也不要动手，但他们气焰猖獗，好久才散去。又有一群人在我的车旁，逮捕樊马子，又一起按住马子叫他跪在地下，把他带走，不能回到御史台。我想他们抓人是不法的，又没有证据，而倪宗敢凭借权势肆无忌惮，带走有罪的人。尚书令徐羡之和我都乘坐车子。而闹出这样的事，凶气嚣张，有的说是徐羡之不禁止下人，有的说是徐羡之禁止了但没有效果。放纵罪人而不禁止，不符合国法，禁止而没有效果又说不通。罪犯侵犯法官，如此猖獗，容允倪宗等，一点也不纠弹，损害国家的权威，不成大臣的体统，不对他加以制裁，法律又有什么地位。徐羡之在朝廷为首要官员，外面管大小事务，朝廷寄巨大的希望于他，是官员的模仿对象。他却不能守朝廷的法规，严肃风纪，以致使部属放纵，凌辱法官。凶恶的气焰，从京城窜起，真是自己有矮墙而亲自逾越。而倪宗为抢夺的主犯。徐羡之放开不问，对这几种不法行为，应该加以惩罚。我请求免除徐羡之的官职，以公的身份回到自己家里。倪宗等人的抢走犯人的罪行，我已经叫掌故的御史根据实情加以控告。”高祖下诏书说：“小人们难以管制，司空不用牵涉，其余按奏文处理。”徐羡之当朝廷第一大官，不想让别人看他犯了法。当时徐羡之兼扬州刺史，孔琳之的弟弟孔璩之当他的治中。徐羡之叫孔璩之劝说孔琳之叫他算了。孔琳之不同意。孔璩之坚决要他这样。孔琳之说：“我触犯宰相，只不过我一人有害，你绝对不会被我株连，何必这么为人效劳呢？”于是朝中百官震动，不敢犯法。高祖很称赞他，经过兰台处时亲自看他。孔琳之又兼任本州大中正，再迁祠部尚书。他不经营财物，家中尤其贫困。
景平元年(423)，孔琳之去世，享年五十五，被追认为太常。他的儿子孔邈，有父亲风格，官至扬州治中从事史。孔邈的儿子孔..，另有传记，孔..的弟弟道存，在世祖大明年间，历任黄门吏部郎，临海王刘子顼前军长史，南郡太守。晋安王刘子勋开建伪府，孔道存当侍中，代管雍州事务，刘子勋失败后他自杀了。