冯道根字巨基，广平赞阝地人。冯道根幼时失去父亲，家境贫寒，靠帮工、租赁养活母亲。路上得到好吃的，不敢先吃，一定急忙回家把它进献给母亲。十三岁时，因为孝顺在乡里闻名。郡里召冯道根为主簿，道根推辞不受。冯道根十六岁时，乡人蔡道斑任湖陽戍主，蔡道斑攻打蛮、锡城，反而被蛮人围困，道根去解救他。道根单槍匹马左右迎战，杀伤的敌人很多，蔡道斑因此幸免于难，冯道根由此而知名。
齐朝建武末年(498)，魏朝皇帝拓跋宏侵犯攻陷南陽等五郡，齐明帝派太尉陈显达率众军再收复五地。部队进入氵匀口，冯道根与乡人用酒肉犒劳陈军，进而劝说陈显达：“氵匀水快急，进难退易。魏军如果守在险要处，则首尾都危急。不如将船舰全部丢在赞阝城，并行而进，挨次建立营寨，击鼓前进。如果是这样的话，那么马上就可以攻破魏军。”陈显达不听，冯道根还派自己的私交跟随部队。等到陈显达为魏人所败，士兵夜里逃亡，多不识山路；道根每到险要之地，就停下马来指路，众人靠道根而得以保全。不久道根担任戍守氵匀水的副帅。
齐永元中(500)，因为母亲去世，冯道根回到家乡。听说高祖建立义师，道根便对亲友说：“战事夺去礼节，古人不避讳，扬名后世，这难道不是孝顺吗？时机不可丧失，我走了。”道根领着能够打仗的乡人子弟，全部归附高祖。当时蔡道福跟随高祖担任将领，高祖派冯道根做副帅，都隶属于王茂。王茂讨伐沔地，攻打郢城，攻克加湖，道根常常冲锋陷阵。恰逢蔡道福死于军中，高祖令冯道根一并统率众军。大军驻扎新林，冯道根跟随王茂在朱雀航发动大战，斩杀的敌人、获得的器械特别多。高祖即位，委任道根为骁骑将军。封增城县男，食邑二百户。兼任文德统率，后又迁任游击将军。这年，江州刺史陈伯之谋反，冯道根跟随王茂讨平了陈伯之的叛乱。
天监二年(503)，冯道根被封为宁朔将军、南梁太守，兼任阜陵城戍。刚到阜陵时，修城池，远派侦察兵，就像敌人将来一样，众人都取笑他。冯道根说：“小心地防守勇敢地作战，这便是我那样做的道理。”城池还未修好，遇到魏将党法宗、傅竖眼率兵二万，铺天而来，道根修的壕沟堡垒尚不坚固，城中人又少，大家都大惊失色。道根令大开城门，慢慢整装登上城门，选出精兵二百人出城与魏军作战，打败魏军。魏军见梁人闲适，况且作战又不利，于是退军。这时，魏军分散兵力在大、小砚、东桑等地，几座城市连接起来与梁军处于相峙状态。魏国将领高祖珍将三千骑兵驻扎在其中，冯道根率一百骑兵从中间攻破高祖珍部，获得高祖珍军的鼓角军器。既然粮道已经中断，魏国各军便自退去。高祖升迁道根为辅国将军。
豫州刺史韦睿围攻合肥，攻下合肥，冯道根同各军一道前进，每到一地立下战功。天监六年(507)，魏军攻打钟离，高祖又诏令韦睿解救钟离，冯道根率三千兵士充当韦睿的前军。到达徐州，计划占据邵陽州，修筑堡垒挖掘壕沟，以威胁魏城。冯道根能跑马丈量土地，根据马的脚步来分配事情，城沟马上修好了。等到淮河水增加，冯道根乘战舰，攻断魏军连接起来的数百丈桥梁，魏军大败。高祖增加冯道根食邑三百户，晋封爵位为伯。回京升迁为云骑将军，兼任直..将军，改封地为豫宁县，食邑如同从前。多次迁任中权中司南、右游击将军、武旅将军、历陽太守。天监八年(509)，冯道根迁任贞毅将军，晋封假节称号，都督豫州诸军事、豫州刺史、兼任汝陽太守。冯道根为政清廉简省，所辖之州安定。天监十一年(512)，冯道根被召为太子右卫率。天监十三年(514)，外任信武将军、宣惠司马、新兴、永宁二郡太守。天监十四年(515)，高祖征召冯道根为员外散骑常侍、右游击将军，兼任朱衣直..。天监十五年(516)，担任右卫将军。
冯道根性格谨慎敦厚，少言寡语，做将领能够约束驾驭士卒，从村边小道经过，将领士卒不敢掳掠。每征伐一地，始终不谈及自己的功劳。众将领喧闹着向上邀功，冯道根只是沉默而已。他的部下有人埋怨责备他，道根解释说：“明主自会明白功劳的多少，我们操什么心呢？”高祖曾经将冯道根指给尚书令沈约看，说：“这个人不谈论自己的功劳。”沈约说：“这便是陛下的大树将军。”在州郡，冯道根温和地管理，清静太平，为部下所思念。在朝廷，虽然地位显达而性格不奢华，他居住的房屋墙壁不加粉饰，没有兵器、服饰、侍卫，进入室内则空空的，像质朴的士兵中贫贱人的家一样。当时人们佩服他的清廉忍让，高祖也十分器重他。冯道根贫贱时没有读书，已经贵显了，粗粗地读了一点书，自己认为文墨不多，常常仰慕周勃的器重。
天监十六年(517)，再封冯道根假节称号，都督豫州诸军事、信武将军、豫州刺史。准备起身，高祖领着众臣在武德殿为他饯行，令画工看着道根，将他的形象给画下来。冯道根不安地谢道：“我可以报答国家的，只有一死；但天下太平，我恨没有用得着我献身的地方。”豫州重得冯道根，人人都很高兴。高祖常常称赞说：“冯道根在的地方，能使朝廷不再想起有一州。”
冯道根担任豫州刺史时间不长，得病，上表请求回京，高祖召他回京任散骑常侍、左军将军。返回京都后病情更重，中使多次探视道根。普通元年(520)正月，去世，终年五十八岁。这天高祖祭拜二庙，已经出宫，有司将冯道根去世的消息告诉高祖。高祖问中书舍人朱异说：“吉凶在同一天，今天去吗？”朱异回答说：“从前柳庄去世，卫献公应去祭祀，向尸体询问说：‘有大臣柳庄，不是我的大臣，是社稷的大臣，听说他去世，请让我去拜祭他。’不脱祭服而往，就把祭服赠给柳庄。冯道根虽不为社稷之臣，也对王室有功，去拜祭他，也是一种礼节。”高祖便到了冯道根的家，哭得十分伤心。高祖下诏说：“豫宁县开国伯、新授散骑常侍、兼任左军将军冯道根，侍奉皇上能够一片忠诚，立下战功从不自我夸耀，安抚百姓留下一片爱心，镇守边地敌人不敢侵犯，祭遵、冯异、郭..、李牧都比不上他。突然去世，十分悲痛。可赠信威将军、左卫将军，给鼓吹一部。送给办丧事的礼钱十万，布百匹。谥号威。”冯道根的儿子冯怀继承。