萧摩诃字元胤，兰陵人。其祖父萧靓，梁右将军。父亲萧谅，梁始兴郡丞。摩诃随父到始兴郡，他数岁丧父，姑夫蔡路养当时在南康，收养了他。年龄稍大，他果敢坚毅勇力过人。侯景之乱，高祖赶赴京师援助，路养起兵拦截高祖，摩诃当时才十三岁，单槍匹马出战，军中没人能与他相比。等到路养失败，摩诃归附侯安都，安都待他甚厚，从此常随安都征讨。到了任约、徐嗣徽勾结北齐兵寇掠陈境，高祖遣安都北进在钟山尾部和北郊坛阻截北齐军。安都对摩诃说：“卿骁勇有名，百闻不如一见。”摩诃回答说：“今日让公见识见识。”交战后，安都坠马被围，摩诃独骑大呼，直冲北齐军，齐军惊慌失措，很快撤退，安都因而获救。天嘉初年，任本县县令，因平留异、欧陽纥乱有功，累迁至巴山太守。
太建五年(573)，众军北伐，摩诃随都督吴明彻渡江攻打秦郡。当时北齐派大将尉破胡等率十万兵众救援，北齐军前锋为有“苍头”、“犀角”、“大力”之称的猛士，全都身长八尺，体力超群，锋芒势不可挡。又有西域胡，工于箭矢，弦无虚发，众军尤其害怕他。交战前，明彻对摩诃说：“若能射死此胡人，齐军丧气，君有关羽、张飞之名，可斩杀此人。”摩诃说：“请描述其人外形，必当为公取。”明彻便召投降之人中认识西域胡的人，说胡着深红色衣，持桦皮装的弓，弓两端有骨弭。明彻派人窥视，看到胡在军列中，便亲自给摩诃酌酒。摩诃饮罢，骑马直冲齐军，胡挺身而出离开队列十多步，弓已拉满未发，摩诃遥掷铣钢，击中其头，胡人随即倒下。齐军“大力”十多人出战，摩诃又斩杀了他们，于是齐军退逃，因功授职为明毅将军、员外散骑常侍，封为廉平县伯，食邑五百户。不久晋爵为侯，转任太仆卿，其他没变。七年又随明彻围攻宿预，击败齐将王康德，因功任晋熙太守。九年明彻进军吕梁，与齐人大战，摩诃率七骑为前锋，亲手夺走齐军大旗，齐军大败。因功授职为持节、武毅将军、谯州刺史。
周武帝灭北齐后，遣其将宇文忻率众军争夺吕梁，战于龙晦。当时宇文忻有数千精骑，摩诃带十二骑兵深入北周军，纵横驰骋奋力拼杀，斩首甚众。到了北周派大将军王轨来援，兵连成长围封锁吕梁下段，截断大军退路。摩诃对明彻说：“听说王轨才封锁下段，他两头筑城垒，现未完全筑好，公若现在遣兵攻他，周军一定不敢抗拒，我军水路未断，贼军阵势不够坚固，等到周军城垒建好，则吾等将为俘虏。”明彻振髯便说：“拔取敌旗冲锋陷阵，是将军你的事；运筹帷幄深谋远虑，乃老夫之事。”摩诃不好意思地离开。十天之内，北周兵众剧增，摩诃又请示明彻说：“今求战不行，进退两难，如若潜军突围，不足为耻。愿公率步兵，乘马车慢行，摩诃率数千铁骑兵，于前后护卫，必当让公安全抵达京都。”明彻说：“弟之计，乃为良策。然而老夫受帝命征伐，不能取胜，今被围逼，惭愧得无地自容。且步兵多，吾任总督，必须位居军后，率军同行。弟骑兵应该为前锋，事不宜迟。”摩诃便率骑兵连夜出发。在此之前，北周军包围之势已形成，又在交通要道埋伏重兵，摩诃挑选精骑八十，率先突围，其后大部骑兵紧随，天亮时刻到淮南。高宗诏令征召回京，授右卫将军。十一年，北周兵寇掠寿陽，萧摩诃和樊毅等率众军支援，无功而回。
十四年，高宗崩，始兴王陈叔陵在宫内亲手杀后主，后主伤而未死，叔陵逃奔东府城。当时人心犹豫不决，没有讨贼之人，东宫舍人司马申启请后主，速召摩诃，摩诃入见受敕，便率骑步兵数百，首先直赴东府城西门驻军。叔陵惊慌失措，从南城门出逃，摩诃率兵追杀他。因功授散骑常侍、车骑大将军，封为绥建郡公，食邑三千户，叔陵所蓄聚的巨万金帛，后主全都赐给他。不久改授侍中、骠骑大将军，加任左光禄大夫，旧制三公听政之所黄阁用鸱尾装饰，后主特赐摩诃建黄阁，门以行马装饰，处理政务之所以及寝堂都以鸱尾装饰。接着立其女为皇太子妃。
到了隋总管贺若弼镇守广陵，对江南蠢蠢欲动，后主委派摩诃负责防御，授任南徐州刺史，其他不变。祯明三年(589)正月初一，征陈书摩诃回朝，贺若弼乘虚渡江，袭击京口，摩诃请求出兵作战，后主不答应。到了若弼进军钟山，摩诃又请战说：“贺若弼孤军深入，援军又远，且其军城垒战壕不坚固，人心惶惶，出兵偷袭，定能大败若弼军。”后主又不答应。到了隋大军已到，要出战，后主对摩诃说：“公可替我决一死战。”摩诃说：“我从来带兵打仗，为国为己，今日作战，同时为妻儿。”后主拿出众多金帛，赏给众军，令中领军鲁广达陈兵白土岗，位于众军之南，镇东大将军任忠在其后，护军将军樊毅、都官尚书孔范次之，摩诃军居最北边，众军南北长二十里，首尾进退，各不相知。贺若弼未战之前，带轻骑兵，登山观望阵势，见了众军后，便迅速设阵。广达首先率军进攻若弼军薄弱之处，若弼军屡次被击退，旋即又振阵列，分兵往北突击诸将，孔范出战，则一交战便退走，于是诸将分散，阵列不合，步骑溃败，人马停止不前，摩诃无可奈何，被隋军俘获。
京城陷落后，贺若弼把后主囚在德教殿，令兵把守，摩诃请求若弼说：“今为囚虏，性命由你们主宰，希望能见一眼旧主，死而无憾。”若弼同情摩诃就答应了他。摩诃拜见后主，伏地痛哭，接着在旧厨中取食吃，辞诀而去，守卫者都不敢仰视。同年入隋，授任开府仪同三司。不久随汉王杨谅到并州，与谅一同谋反，被杀，时年七十三岁。
摩诃不善言辞，恭敬长辈，至于在戎寇面前，义气奋发，一往无前。他未成年随侯安都住京口，酷爱射猎，每天必田猎。到了安都东征西伐，战胜攻取，摩诃居功最多。