沈君理字仲伦，吴兴人。祖父沈僧繱，梁左民尚书。父沈巡，向与高祖交好，梁太清年间为东陽太守。侯景之乱平定后，元帝征辟他为少府卿。荆州陷落，萧鮞署之为金紫光禄大夫。
君理容仪俊美，博览经史典籍，善于鉴察识别事物。初官湘东王法曹参军。高祖镇南徐州，沈巡派君理从东陽出发去见高祖，高祖很器重他，命他与会稽长公主成婚，征辟为府西曹掾。渐次升迁为中卫豫章王从事中郎，不久加明威将军，兼尚书吏部侍郎。迁任给事黄门侍郎，督管吴郡。高祖受禅称帝后拜为驸马都尉，封为永安亭侯。出任吴郡太守。当时战争未止，百姓生计艰难，军国之用度，全都靠东境供应，沈君理招集士卒，修造用具，治下百姓心悦诚服，沈君理以治事之才略颇受众人称道。
世祖继位，征辟为侍中，迁任左民尚书，未拜，为明威将军、丹陽尹。天嘉三年(562)，再授职为左民尚书，兼步兵校尉，不久改为前军将军。四年，侯安都移镇江州，君理以本官督管南徐州。六年，出任仁威将军、东陽太守。天康元年(566)，因父丧而离职。君理因而自请往荆州迎取灵柩，朝议认为他是在职之重臣，不便让他出境，于是派其长兄沈君严前往。等到运回，将要下葬，诏赠沈巡为侍中、领军将军，谥号敬子。同年起用沈君理为持节、都督东衡衡二州诸军事、仁威将军、东衡州刺史，兼始兴内史；又起用他为明威将军、中书令。先后三次夺情起用，他都不曾就职。
太建元年(569)，忧满除服，任太子詹事，执掌东宫事务，迁任吏部尚书。二年高宗以君理女为皇太子妃，赐君理以望蔡县侯爵，食邑五百户。四年晋升为侍中。五年迁任尚书右仆射，领吏部、侍中如故。同年染病，皇上亲临探视，九月卒，时年四十九岁。诏赠侍中、太子少傅。丧事所须费用，随由官府供给。又赠翊左将军、开府仪同三司，侍中如故。谥号贞宪。君理子沈遵俭早死，以弟沈君高子沈遵礼为继嗣。
君理第五叔沈迈，也是品行正直，颇有治事之才干，仕梁为尚书金部郎。永定年间(559)，累迁官至中书侍郎。天嘉年间(566)，历任太仆、廷尉，出任为镇东始兴王长史、会稽郡丞，执掌东扬州州务。光大元年(567)，任尚书吏部郎。太建元年(569)，迁任通直散骑常侍，侍奉太子。二年去世，时年五十二岁。赠散骑常侍。
君理第六弟沈君高，字季高，少时就已出名，性情刚强正直，有为政之才能。因家门为外戚，早年即居清要显达之位，历任太子舍人、洗马、中舍人、高宗司空府从事中郎、廷尉卿。太建元年(569)，东境发大水，百姓饥饿疲惫，于是以君高为贞威将军、吴县令。不久任太子中庶子、尚书吏部郎、卫尉卿。出任宣远将军、平南长沙王长史、南海太守，执掌广州州务。因侄女为王妃，坚持推辞不就，又为卫尉卿。八年诏授持节、都督广州等十八州诸军事、宁远将军、平越中郎将、广州刺史。岭南俚、獠世代互相攻伐，君高本为文官，没有军事才干，于是以诚心相待加以抚驭，深得民心。十年(578)死于任上，时年四十七岁。赠散骑常侍，谥号祁子。