萧允字叔佐，兰陵人。其曾祖父萧思话，为宋征西将军、开府仪同三司、尚书右仆射，爵位封陽穆公。祖父萧惠..，任散骑常侍、太府卿、左民尚书。父亲萧介，为梁侍中、都官尚书。
萧允少时出名，他神采庄重，性情豁达有鉴赏力，举止含蓄不露，行为合符礼法。初任邵陵王法曹参军，转任湘东王主簿，迁任太子洗马。侯景攻陷台城，百官逃散，萧允独自衣冠齐楚端坐在官署，侯景军人很是敬佩他，因而没有威逼他。不久出京师居京口，当时寇贼恣肆横行无所忌惮，百姓騷动不安，百官士族，四出逃散，独萧允安然不动。
有人问他缘故，他回答说：“性命之历数，自天意，岂能出逃就活命呢？只是患难的产生，皆起于利欲熏心，如果不追逐名利，灾祸怎么能产生呢？方今百姓振臂而起以此建立大功，因一句善言而取卿相之位，我一书生会有什么作为呢？庄周像躲避自己的影子一样而顾虑重重，我不会这样。”便闭门静处，隔日而食，最后避免了灾祸。
侯景乱平后，高祖镇守南徐州，致信召引他，萧允又称病推辞。永定年间，侯安都任南徐州刺史，亲自临庐拜访，表达他尊敬长辈之意。天嘉三年(562)，征辟为太子庶子。三年授职为棱威将军、丹陽尹丞。五年兼侍中，出使北周，回朝任中书侍郎、大匠卿。
高宗即位，迁任黄门侍郎。五年573出京任前晋安王长史。六年(574)，晋安王治南豫州，萧允再次任王长史，当时晋安王年纪还小，不能亲自管治民政事务，所以委托萧允代理府州事务。入京任光禄卿。萧允性情敦厚，未曾因追求名利影响自己的情绪。晋安王出镇湘州后，又苦求携萧允同行，萧允年少时和蔡景历要好，景历的儿子蔡征送干肉给萧允以表对父亲朋友的敬意，听说萧允要随行，便对萧允说：“公年岁已高德高望重，为国家的元老，从容镇守，早晚会做高官，何需再辛辛苦苦到地方陈书为官！”萧允回答说：“已答应晋安王，岂能食言。”他对荣誉坦然到如此地步。
至德三年(585)，任中卫豫章王长史，历任通直散骑常侍、光胜将军、司徒左长史、安德宫少府。镇卫鄱陽王出镇会稽，萧允又任长史，兼会稽郡丞。萧允行经延陵季子庙，摆放..藻祭祀延陵，假托为异代之交写诗以表达自己的心意，文辞清丽典雅，后主曾问蔡征说：“卿父子与萧允为挚友，你认为此公志操如何？”征回答说：“他那种清净无为玄远高深的思想，深不可测，至于文章，看了这首诗后就不用说了。”于是背诵萧允的诗来对答，后主深为叹赏，同年任光禄大夫。
隋军渡江后，萧允迁到关右。那时陈朝官吏到长安的，一概照例授官，只有萧允和尚书仆射谢亻由以年老多病推辞，隋文帝觉得他俩德行高尚，便厚赐钱帛。不久因病于长安去世，时年八十四岁，其弟为萧引。