司马休之，字季豫，本来是河内温人，是晋宣帝司马懿最小的弟弟谯王逊的后代。司马睿在江南称帝，又让司马逊的子孙承袭其封授，直到司马休之的父亲司马恬，任司马昌明的镇北将军、青兖二州刺史。
天兴五年(402)，司马休之任司马德宗的平西将军、荆州刺史。司马休之被桓玄逼迫，就投奔了慕容德。刘裕杀掉桓玄以后，司马休之回到建邺，刘裕又任他为荆州刺史。司马休之颇得长江、汉水一带的人心，刘裕怀疑他有背逆之心。司马休之的儿子司马文思继承司马休之之兄司马尚之的爵位为谯王，图谋除掉刘裕，刘裕捉住了他，将其送给司马休之，令他自己进行处置。司马休之给朝廷上表请求废黜司马文思，并写信给刘裕谢罪。神瑞年间，刘裕逮捕了司马休之的儿子司马文宝、侄子司马文祖，并把他们杀掉，于是率军讨伐司马休之。司马休之上表给司马德宗陈述自己的事，并同司马德宗的镇北将军鲁宗之、鲁宗之的儿子竟陵太守鲁轨等人起兵讨伐刘裕。刘裕的军队进至江陵，司马休之不能抵挡，就与鲁轨一道奔往襄陽。刘裕又进军征讨襄陽。太宗派遣长孙嵩在河东驻军，准备作为司马休之的援军。当时姚兴的征虏将军姚成王、冠军将军司马国..也率军前往援救，还没有到达就退了回去。司马休之只得与其子司马文思和鲁宗之等人投奔姚兴。
刘裕消灭了姚泓之后，司马休之与司马文思以及司马德宗的河间王之子司马道赐，辅国将军温楷，竟陵内史鲁轨，荆州治中韩延之、殷约，平西参军桓谧、桓遂及桓温之孙桓道度、桓道子，渤海人刁雍，陈郡人袁式等数百人，都带着妻子儿女到长孙嵩那里归降。一个多月之后，司马休之死于长孙嵩军中。太宗下达诏令说：“司马休之率领与他义气相同的人，不远万里前来归诚，其美好的节操未能实现，中年殒丧，朕甚感怜惜。现追赠他为征西大将军、右光禄大夫，谥号为始平声公。”
司马文思与淮南公司马国..、池陽子司马道赐不和，但表面上却装得非常友好，请他们一同饮宴。司马国..性情粗疏率直，因为喝醉了酒，就告诉司马文思，说自己准备同温楷以及三城胡人头领王珍、曹栗等人反叛朝廷，并说出京师中的豪强可以参与、为其同谋的数十个人。司马文思告发了他们，这些人全部被杀。世祖任司马文思为廷尉卿，赐爵位为郁林公。司马文思能很好地履行自己的职责，处理诉讼判断案子，百姓不敢再隐匿他们的实情。刘义隆派部将裴方明在仇池攻击杨难当，世祖任司马文思为假节、征南大将军，晋爵为谯王，督率洛、豫诸军向南直指襄陽，阻截裴方明的归路。司马文思回京之后，被任为怀朔镇将。司马文思死于兴安初年(452)。
司马文思的儿子司马弥陀，承袭父亲的爵位。他被皇帝选中要将临泾公主嫁给他，但他因为事先娶了毗陵公窦瑾之女而加以谢绝。后来他和窦瑾一起因祈诉鬼神降祸于人而获罪被杀。