裴蕴，河东闻喜人。
祖父裴之平，梁国的卫将军。
父亲裴忌，陈国的都官尚书，与吴明彻一起，被北周俘虏，赐爵江夏郡公，入隋十几年后去世。
裴蕴生性明辩，有吏才。
在陈国时，历任直阁将军、兴宁县令。
裴蕴因其父亲在北方，偷偷奉表给高祖，请求当内应。
平定陈国后，皇上全部看了江南文士的材料，到裴蕴，皇上因他向有向化忠隋之心，越级提拔他当仪同。
左仆射高赹未领会皇上的意图，劝谏说：“裴蕴无功于国，但他得到的宠爱超过了同辈人，我看不出这样作有什么合适。”皇上又加授裴蕴上仪同。
高赹又劝告，皇上说：“可加授裴蕴开府。”高赹才不敢再说，当即授他开府仪同三司，礼遇优宠。
裴蕴历任洋州、直州、棣州三刺史，俱有能干之名。
大业初，裴蕴的政绩，经过考察，连年第一。
炀帝听说他善于为政，调他当太常少卿。
起初，高祖不好声色，派牛弘定乐，只要不是正声、清商及九部四亻舞之色，全部不要，让其到民间去。
到现在，裴蕴揣摩到炀帝的意思，上奏炀帝，把天下周、齐、梁、陈各国的乐家子弟，都搜来当乐户。
六品官以下，一直到庶民百姓，凡有善于音乐和倡优百戏的，全部到太常当值。
此后异技婬声全部汇集到乐府，各行各当都设博士弟子，让其转相教习，把乐人增加到三万多人。
炀帝很高兴，升他为民部侍郎。
那时，尚承高祖和平之后，法网疏阔，户口多有遗漏。
有的已经成年，仍说还小；有的还未年老，就已免除了赋税。
裴蕴历任刺史，素知其内情。
因此逐条奏告皇上，让一个个目测。
如有一人情况不属实，那么有关官员就要被解职，乡正和里长都要被流放到远方。
又允许百姓互相告状，如纠察到一个谎报年龄的壮丁，就让被纠察的那一家，世世代代为他交税和代他作劳役。
这一年是大业五年(609)。
诸郡计算，增加壮丁二十四万三千，新近归顺的人口有六十四万一千五百。
炀帝上朝看了报告，对百官说：“前朝没有好人，以至被蒙骗。
现在增加户口都从实的原因，全因裴蕴一个人用心。
古话说，得到贤人，天下就大治了。
看来真是这样啊！”因此，裴蕴渐渐被亲近重用，授他为京兆赞治。
他即使连一丝一毫的问题都要处理，官吏百姓都很怕他。
不久，提拔他当御史大夫，与裴矩、虞世基参予掌管机密。
裴蕴善于揣摩炀帝细微的心理活动，炀帝想加罪的，他就曲法顺情，构成其罪。
炀帝想原谅的，裴蕴就随之减轻处罚，因而释放别人。
此后大小案件都交给裴蕴办，司法部门不敢与他争夺，总是按他的意思，然后作出判断。
裴蕴也很机灵善辩，说起法理来，口若悬河，或重或轻，都由他口里决定。
他又很会剖析案情，时人不能反问他。
杨玄感造反时，炀帝派裴蕴追究他的党羽，对裴蕴说：“杨玄感一呼，而随从他的有十万之众，更知天下人不要多，多了只是相聚为盗罢了。
不都杀掉，那么以后就无法劝戒。”裴蕴因此就严法究治，所杀的有几万人，都登记没收家财。
炀帝大称很好，赐他奴婢十五口。
司隶大夫薛道衡因忤逆炀帝旨意而被责备。
裴蕴知道炀帝厌恶他，于是上奏说：“道衡恃才气，靠旧恩，有无君之心。
每次看到诏书下来，便不以为然，而私下议论，把错处都推给皇上，妄造祸端。
论其罪名，好像不太好定，但追查他的心意，实际上他深为悖逆。”炀帝说：“对。
我小时和这个人一起行役，他轻视我年幼不懂事，与高赹、贺若弼等人外擅威权，自知有诬陷之罪。
我即位后，他心里不安。
好在天下太平无事，未能造反罢了。
你论他的叛逆，非常符合我的心意。”于是杀了薛道衡。
另外，炀帝问苏威讨伐辽东的计策，苏威不希望炀帝再去打辽东，而且想让炀帝知道天下多有造反的盗贼，于是回答说：“现在去打仗，不要调兵，只要下诏书赦免群盗，自可得几十万人。
派关内的奴贼和华山东边的历山飞、张金称等头领组成一支人马，出辽西道；黄河南的反贼王薄、孟让等十几个头领，都给舟楫，浮沧海道，他们必定高兴被免罪，竞相立功，一年之间，可以消灭高丽了。”炀帝不高兴说：“我去尚未打下来，鼠辈怎能成大事？”苏威出去后，裴蕴上奏道：“他这么说真是太不应该，天下哪里有这么多反贼？”炀帝明白过来说：“老东西很奸猾，用反贼来威胁我。
想和他搭个口争辩吧，他又隐晦得很，我真是很难忍耐。”裴蕴知道皇上的心意，派张行本告苏威有罪，炀帝把苏威交给裴蕴推问，裴蕴于是想把他处死。
炀帝说：“还不忍心马上杀他。”于是把他家父、子、孙三代都除名为民。
裴蕴又想加重自己的权势，让虞世基报告罢了司隶刺史以下的官吏，增加御史一百多人。
于是，裴蕴招致奸猾之徒，一起结成朋党。
郡县有不依附他的，就偷偷地中伤人，害别人。
当时国家多事，凡是兴师动众，京师留守，及与各蕃国互作买卖，都让御史监视。
裴家的门客和依附的隶人，遍布在郡国。
他们侵扰百姓，炀帝不知道。
因辽东战争，他升任银青光禄大夫。
到司马德戡将造反作乱时，江陽县张惠绍夜里奔驰而来报告情况。
裴蕴与惠绍谋划，想假传圣旨调发郭下的兵民，都交给荣公来护儿指挥，逮捕在外的逆党宇文化及等，再调羽林军殿后，派范富娄等从西苑进来，交给梁公萧钜和燕王指挥，守住爆门，扣押皇上。
谋划已定，派人报告虞世基。
世基怀疑反叛事不可靠，没支持这一计谋。
过了不久，大难发生了。
裴蕴感叹说：“原想与你(李昭徽)这个博学之士谋划，你却误了大事！”于是被杀。
儿子裴忄音为尚书辇直长，也同日被杀。