于仲文，字次武，是建平公于义之兄的儿子。
父亲于萛，北周大左辅、燕国公。
仲文小时就聪明机灵，很小上学，就沉溺书中而不知疲倦。
他父亲感到很奇异，说：“这个儿子肯定会振兴我们于家。”他九岁时，曾在云陽宫拜见北周太祖。
太祖问他：“听说你爱读书，书上有些什么？”仲文回答说：“帮助父亲，侍奉君王，只有忠孝而已。”太祖非常赞赏他。
这以后他跟博士李祥学习《周易》、《三礼》，略知大义。
长大后，倜傥风流而胸有大志，气度超凡，当时称他是名公子。
开始当赵王的部下，不久升任安固太守。
任、杜两家都丢了牛，后来找到一头牛，两家都说是自己的，州郡无法决断。
益州长史韩伯隽说：“安固于太守年少时就很聪明，可让他决断这事。”于仲文说：“这事很容易解决。”于是让两家各赶牛群来，放出那头牛，那头牛就奔向任家的牛群中。
他又偷偷让人轻轻地伤了那头牛，任家人叹惜不已，而杜家人却没事一般。
于仲文于是诃责姓杜的，姓杜的认罪而去。
始州刺史屈突尚，是宇文护一党的，以前因事入狱，无人敢治他结党之罪。
于仲文到郡后，穷追究治，终于让他坐牢。
蜀中人因此传语说：“明断无双有于公，不避强暴有次武。”不久，调他任御正下大夫，封为延寿郡公爵，食邑三千五百户。
几次随军出征，累功升迁到当仪同三司。
北周宣帝时，他任东郡太守。
隋高祖为北周丞相后，尉迟迥造反作乱，派部将檀让攻占黄河以南地区。
尉迟迥还派人诱招于仲文，仲文拒绝了。
尉迟迥恨他不听自己的，派仪同宇文威进攻他，于仲文迎战，大破宇文威，斩首五百多级。
仲文因功被授为开府。
尉迟迥又派其部将宇文胄渡过石济，宇文威、邹绍从白马，两路俱进，又进攻于仲文。
贼人的势力更大，东郡人十分害怕，郡中人赫连僧伽、敬子哲率人响应尉迟迥。
于仲文估计不能挺住，抛妻别子，带六十多个骑兵，打开城西门，冲破重围而逃走。
他被贼人追赶，且战且行。
跟随他的骑兵，十之七八都战死。
仲文独得免祸，到达京师。
尉迟迥于是杀了他的三子一女。
高祖见仲文，引他到内室，为他下泪。
高祖赐他采帛五百段，黄金二百两，提拔他当大将军，兼任河南道行军总管。
给他鼓吹，让他乘驿车到洛陽发兵，以讨伐檀让。
当时韦孝宽在永桥一带抵抗尉迟迥，仲文到孝宽处与他商议。
当时，总管宇文忻颇有自疑之心，因此对仲文说：“你刚从京师来，你看丞相的意思怎么样？尉迟迥实在不值得一打，只担心事情完了以后，又有鸟死藏弓的忧虑。”仲文怕宇文忻发生变故，就对他说：“丞相宽弘大度，明识有余，我们如能尽力为国，他必定不会有二心。
我在京师三天，常见他有三个好处，以此看来，丞相不是一般的人。”宇文忻说：“三个好处怎样？”于仲文说：“有个叫陈万敌的，新近从贼人中来，丞相马上叫他的弟弟陈难敌召集人马，随官军讨伐贼人。
这是丞相有大度的第一个长处。
上士宋谦，奉命调查一些事，宋谦于是要调查陈万敌别的罪过。
丞相责备他说：‘上当入网的，自可推求，何必又去调查访问，有亏大礼！’这是他不管人隐私的第二个长处。
说到我于仲文的妻子儿女，丞相没有不潸然落泪的。
这是丞相有仁爱之心的第三个好处。”宇文忻从此才安下心来。
于仲文的部队到汴州的东倪坞，与尉迟迥的部将刘子昂、刘浴德等相遇，仲文进击而破之。
仲文军驻扎在蓼堤，离梁郡七里，檀让拥众几万。
仲文用老弱挑战，檀让军全部来拒战。
于仲文假装失败逃跑，檀让军很骄傲轻敌。
仲文于是派出精兵在左右两翼出击，大败檀让军，活捉五千多人，斩首七百级。
仲文军进攻梁郡，尉迟迥的守将刘子宽弃城逃走。
仲文率军追击，活捉、斩杀敌军几千人，刘子宽独个逃走。
当初，仲文在蓼堤时，诸将都说：“我军从远方来，人马疲劳，不可立即决战。”仲文却令三军立即吃饭，摆阵大战。
破贼以后，诸将都请教道：“此前，我军疲劳，按道理不可交战，最后反而克敌制胜，这是用的什么计？”仲文笑着说：“我所率领的将士，都是华山以东地区的人，他们善于速战速决，不应该打持久战。
乘势进军，我们所以能克敌制胜。”诸将都认为他们赶不上仲文。
仲文军进击曹州，活捉了尉迟迥所署的刺史李仲康和上仪同房劲。
檀让率余部驻在城武，部将高士儒率万人驻扎在永昌。
于仲文装模作样下公文到各州县说：“大将军来了，你们可以积集点粮食。”檀让还以为于仲文不可能马上到，正在那里杀牛犒赏人马。
于仲文知道他太大意，挑选骑兵袭击他，一天便赶到了。
于是，于仲文攻占了城武。
尉迟迥的部将席毗罗，拥众十万，驻扎在沛县，将要攻打徐州。
他的妻子儿女在金乡。
于仲文派人假装是席毗罗的使者，对金乡城的守主徐善净说：“檀让明天午时到达金乡，将要宣布蜀公的命令，犒赏将士。”金乡人信以为真，都很喜欢。
于仲文挑选精兵，打起尉迟迥的旗帜，加速前进。
徐善净远远望见于仲文军将到，还以为是檀让来了，于是出城迎接。
于仲文活捉了他，于是占领金乡城。
诸将大多劝仲文屠城，仲文说：“这里是席毗罗起兵的地方，我们应宽待他们的妻子儿女，那么，他的部下会自动回来。
如果屠城，他们就绝望了。”众人都说好。
于是席毗罗仗着人多势众，来逼近官军。
于仲文背城布阵，在离阵几里远的地方，在麻田里设下埋伏。
两下里刚刚交手，仲文的伏兵就动手了，他们都扌曳着柴，鼓噪呐喊，尘埃升得很高。
席毗罗的部队溃逃了，于是仲文乘机追杀，贼人都投洙水而淹死，洙水因此而断流。
仲文活捉了檀让，用囚车把他送到京师。
黄河以南地区全部平定。
席毗罗藏在荥陽一户民家，被捉来杀了，把他的首级传到京师。
朝廷为于仲文刻石纪功，碑就树立在泗水之滨。
于仲文回到京师朝见高祖，高祖引他到内室，一起饮宴，极尽欢乐。
赐他杂采一千多段，妓女十人，又授他柱国、河南道大行台。
刚好这时高祖受北周之禅，他就留在了京师。
不久，他的叔父、太尉于翼因罪下狱，于仲文也被有关官吏抓到牢里去了。
他在狱中上书高祖，说：我听说春生夏长，是天地平分之功；子孝臣忠，是人伦不易之道。
过去尉迟迥作乱，所在之处，如影随物地都追随他。
我地处险要的函谷关和黄河之间，地方是要冲。
我尝胆枕戈，誓死为国。
尉迟迥当时收买我，用大将军的官位和万户侯的爵禄。
我不顾妻子儿女，不爱惜自己的生命，冒着白刃，突破重围。
我的三个儿子、一个女儿，相继惨死。
我披肝沥胆，跑到京师。
承蒙陛下授我高官，委我兵权。
那时黄河以南的贼人，如狼似鸱。
我以八千疲弱兵卒，扫除妖雾，在梁郡打败刘子宽，在蓼堤打败檀让，平定曹州，收复东郡、安城、武定、永昌，解了亳州之围，消灭了徐州的贼人。
席毗罗的十万之众，一战便土崩瓦解；黄河南边的蚁聚之徒，我都按时消灭了。
在群凶问鼎之时，百姓无主之日，我的二叔于翼先在幽州，总管燕赵，他南邻反贼，北防胡人。
他内外安抚，辖区才得以免遭祸害。
我的五叔于智，在黑水一带树起大旗，与反贼王谦为邻。
五叔他遏制蛮人，镇守蜀道。
我的兄长于岂页，任州牧于淮南，受命杀敌，他乘机剿贼，传贼人首级到京师。
王谦窃据二江，背叛于蜀。
我的第三个叔父于义，受命于朝廷，替天讨逆。
我家此外的父叔兄弟，都受到文武重任，或受命于危难之际，或侍卫于战阵之前。
我们于家全家忠诚，望能查明真相。
请陛下垂泣辜之恩，降云雨之施，追草昧之始，录点滴小宝。
这样，那么就能死灰重燃，枯骨生肉，不胜感激之至，谨冒死上闻。
皇上看了表章，将于仲文和于翼都放了。
不久，皇上下诏，让于仲文率兵屯扎在白狼塞，以防备胡人。
次年，授他行军元帅，统帅十二总管，以进攻胡人。
出兵服远镇，遇到胡军，打败了他们，斩首一千多级，得到牲畜数以万计。
于是，从金河出白道，派总管辛明瑾、元滂、贺兰志、吕楚、段谐等二万人出盛乐道，到那颉山去。
官军到了护军川北边，与胡人军相遇，可汗见于仲文的军队军容整肃，不战而退。
于仲文率领精干的五千骑兵，越山追击，没追上而回还。
皇上因尚书省文书多而杂，官吏多行奸诈，让于仲文调查尚书省的事。
他所揭发的尚书省的问题很多，皇上嘉奖他的明断，厚加慰劳赏赐。
皇上每每担心运输跟不上，于仲文请求挖掘疏通渭水，开通水运。
皇上以为然，让仲文总管这件事。
到伐陈战争时，授他行军总管，率水军从章山出汉口。
陈国的郢州刺史荀法尚、鲁山城主诞法澄、邓沙弥等请求投降，秦王杨俊都让于仲文率兵接受他们投降。
高智慧等人在江南作乱，他又以行军总管身份讨伐他们。
当时三军缺粮，米价猛涨，于仲文私下里卖军粮，因此被除名。
次年，他被恢复官爵，率领兵马驻扎在马邑，以防备胡人。
过了几十天，就作罢了。
晋王杨广因于仲文有将帅之才，常注意他。
到这时，晋王上奏，要于仲文去，朝廷于是下令让他监督晋王军府之事。
后来突厥进犯边塞，晋王任元帅，让仲文率领先头部队，大破贼人而回。
仁寿初年，授仲文为太子右卫率。
炀帝即位后，升他为右翊卫大将军，参与掌管选用文臣武将之事。
随炀帝讨伐吐谷浑，仲文升任光禄大夫，很被亲信。
辽东战争爆发，于仲文率军直指乐浪道。
部队驻扎在乌骨城，于仲文挑选瘦弱的马、驴几千头，放在军后。
接着率部往东。
高丽人出兵袭击他的后部，仲文回军打击，大破敌军。
到鸭绿江，高丽将领乙支文德诈降，来到于仲文的军营。
仲文早就接到密旨，如遇到高元和乙支文德，一定要抓住。
到这时，乙支文德来了，于仲文将要活捉他。
当时尚书右丞刘士龙任慰抚使，坚持劝阻他。
仲文于是放了乙支文德。
接着又后悔，派人骗文德说：“还有话要说，你可再来一下。”文德不听，于是渡江。
于仲文选拔骑兵渡江追他。
每次作战，必破敌军，乙支文德送诗于仲文说：“神策究天文，妙算穷地理。
战胜功既高，知足愿云止。”于仲文回信叫他投降，文德烧掉军营而逃走。
当时宇文述因粮尽想退军，于仲文说要以精兵追杀乙支文德，可以立功。
宇文述坚持阻止他，于仲文发怒说：“将军率十万之众，不能破小贼，有何脸面见皇上？而且这么一退，我于仲文此行，就无有战功了。”宇文述也厉声说：“何以见得无功？”于仲文说：“过去周亚夫为将时，看见天子，军容不变。
这是因为决定权在他一人手里，所以他能功成名就。
现在我们却人各一心，怎能赴敌？”起初，炀帝因于仲文有谋略，下令各部听他节制，所以仲文才有这番话。
因此，宇文述等人不得已而听他的，于是前行。
往东到了萨水，宇文述以士兵饥饿为由而退回，所以隋军失败。
炀帝把这事交给有关部门处理，诸将都把罪过推给于仲文。
炀帝大怒，放了诸将，独关仲文。
仲文忧愤发病，病很重了才出狱，死在家里，时年六十八岁。
仲文撰有《汉书刊繁》三十卷、《略览》三十卷。
有九个儿子，于钦明最有名。