冯道根字巨基，广平郡赞阝县人。少年丧父，家贫，给人作帮工以奉养母亲。在外面得到好吃的东西，从不自己先吃，一定要赶紧拿回家来送给母亲。十三岁时，以孝行闻名。郡里征召他作主簿，他不去，说：“我应当封侯享受祭祀，怎么能作个小小的文吏呢！”
十六岁时，同乡蔡道班作湖陽戍军主，攻蛮人锡城，反而被蛮人围困，道根去援救他，单人独骑驰骋疆场，手提双剑左右奋击，杀伤敌人甚多，道班因此幸免，他也因此而知名。
齐建武末年，北魏孝文帝攻陷南陽等五郡。齐明帝派太尉陈显达去争夺，军队到氵匀口，道根对显达说：“氵匀水流急，不如把船都丢在赞阝城，并道步行前进。”显达不听。道根仍带领他自己私人的队伍从军而行。等到显达军败夜间逃跑，靠了道根指路而得保全。不久他作了氵匀口戍的副军主。
他因为母丧还家时，听说梁武帝起兵，于是对亲近人说：“遇到兵戎之事就放弃礼节，古人也不避这样做，建立功业扬名后世，难道不是孝吗。”于是率领乡人归附武帝，隶属王茂指挥，经常作为前锋。武帝即位后，作骁骑将军，封增城县男。
天监二年(503)，任南梁州太守，统率阜陵城的军事。初到阜陵时，修治城防，远远地布置上侦察人员，好像敌人马上就要到来一样。众人都笑话他，道根说：“防要怯，战要勇，说的就是这个道理。”城还没修好，魏将党法宗、傅竖眼率兵二万忽然来到城下，道根的城防尚未坚固，城中兵少，众人莫不失色。道根命令打开城门，身着宽松的官服登上城头，选出二百精锐与魏军交战，打败了他们，魏军退去。他迁升为辅国将军。
天监六年(507)，魏国攻钟离，武帝下诏命豫州刺史韦睿救援。道根作韦睿的前锋，到徐州，向韦睿献计兵据邵陽洲，在这儿筑垒掘壕逼迫魏城。道根能跑马丈量土地，数马步来分派任务，很快就把城墙修了起来。等到淮河涨水，道根乘战舰攻断魏军连桥，魏军大败。朝廷晋其爵位为伯爵，改封豫宁县。天监八年(509)，拜为豫州刺史，统领南汝陰太守之职。为政清廉简约，境内平安。逐步升迁为右卫将军。
道根生性谨慎宽厚，不善言谈，作为将领能够约束部下，所经过村庄，将士不敢掳掠。每次出征作战，从不谈论自己的功绩。他的部下有人对此口出怨言，道根开导他们说：“圣主自能明察功劳多少，我们作将士的管这干什么。”武帝曾指着道根向尚书令沈约宣示，赞誉他口不谈功劳。沈约说：“这是陛下的大树将军冯异啊。”道根历任州郡长官，为政和顺清静，为下人所怀念。在朝廷虽然位置尊贵显要，但生性俭朴，所居住的宅院房屋墙壁都不加修饰，没有华贵的器物服饰与侍卫跟随，回到屋里冷冷清清地如一介寒士。当世之士都佩服他的清廉退让，武帝也很推重他。他寒微时不学习，富贵以后多少读了一点书，自己说没有多少文化，常常仰慕周勃的器量。
天监十六年(517)，又任豫州刺史。将要赴任时，武帝带领朝臣在武德殿设宴与道根饯别，叫来画工给他画像。道根诚惶诚恐地谢恩说：“臣能用来报答国家的，只剩下一死了，但现在天下太平，遗憾没有可死之处。”豫州又得道根为长官，人们都很高兴。武帝常常称赞说：“冯道根在哪州任职，能让朝廷不再考虑那一州的事情。”
在豫州不久得病，请求还朝。朝廷就征召他还朝为散骑常侍、左军将军。死在任上。那天，武帝备车驾要去春祀父祖二庙，出宫后，有关官员奏报冯道根死讯。武帝问中书舍人朱异说：“吉凶赶在同一天了，还能去祭祀吗？”朱异回答说：“以前柳庄病死，卫献公赶上祭祀，向神主报告说：‘有臣子柳庄，并非寡人个人之臣，而是国家栋梁之臣，现在听到他的死讯，请让我去吊问。’没有脱祭服就前去，向死者赠送衣被。道根虽算不上国家栋梁之臣，也对王室有功，亲临凭吊也是合于礼的。”武帝于是亲临其家，哭得很悲痛。谥为“威”。