孔琳之，字叫彦琳，会稽山陰县人。曾祖孔群，是晋朝的御史中丞。祖父孔沈，是丞相掾。父亲孔貵，是光禄大夫。
孔琳之坚强正直有志向，少年时代喜爱文章，懂音律，能下棋，善于写一笔极妙的草隶。桓玄辅佐朝政担任太尉，任用他为西阁祭酒。桓玄当时议论打算废除钱币而用谷帛代替，孔琳之发表议论说：
“《洪范》中讲八政，把财货仅次于食物，难道不是因为交易所用的手段，是一种极重要的实用物品么？所以圣王制造出无用的货币，用来流通有用的财物，既没有毁坏的耗费，又省去了难以运输的苦处，这正是钱之所以能继承龟甲贝壳的地位，历代都不废弃的原因。谷帛成为宝贝，本来是因为它可以做为衣食，现在再分出一个功能作货币，则带来很多损害，又烦琐地经由商贩的手，在割截使用之中耗费抛舍，这些弊端，自古时候就是很明显的。所以钟繇说：‘取巧伪诈的人，竞相弄湿谷物以捞取好处，织造稀薄的帛以充当货币。’魏朝的时候曾用严厉的刑罚加以管制，也不能够禁止。所以司马芝认为‘用钱贸易不仅可以富国，也是减少刑罚的方法’。现有已经用了而又废除它，则老百姓马上就要失去用它的利益，这样有钱无粮的人，都会因此而饥饿窘困，这是截断它的弊端。魏明帝的时候，废除钱币而使用谷物实行了四十年，因为对人们不方便，于是整个朝廷议论大起，精通经济明达政治的士人，莫不认为应该重新使用钱币进行贸易。他们尚且舍弃谷帛而使用钱币，足以证明使用谷帛的弊端在过去的试验中已经很显著了。”桓玄又谈论恢复肉刑，孔琳之认为：
“唐尧虞舜时代以特异的服饰象征五刑，夏禹时代建立刑法是因为世风淳厚浇薄的不同，导致教化手段的不同。《尚书》中说“要根据世道来定刑罚轻重”，是说要随着时代而变化。夏商周三代风俗淳厚、事情简单，所以很少触犯刑法。末代风俗机巧而事务繁多，所以常常陷入法网。如果孔门的三千弟子处在乱世，必然会有用刑太多的指责，这正是五帝不互相因循效法，肉刑不可全部恢复的原因。汉文帝发了仁慈恻隐之心，感伤犯人没有自新的道路，改革古代的办法，创立新制度，号称刑措；然而名义上轻而实际上重，反而更加伤害人。所以孝景帝继承皇位，用宽缓的措施来减轻它，宽缓则人们怠慢，又不能禁止邪恶。当时希望能找到适中的刑法，因而受到过去人们的称赞，历代详加讨论而没有获得适当的措施。兵乱发生以后，遇到的刑法更多，弃市的刑法，本来是截断右脚的脚趾，汉文帝发生谬误，后世继承而不加以改革，以前的贤者因此十分遗憾，进行了议论而没有深入辨析。钟繇、陈群的意思虽然小有不同，都是企图以截断右趾代替弃市。如果依照他们的话去办，那么所救活的人就多了。降低死罪让犯人能够生存，的确是较轻的刑法，可以保全他的生命，增加他的产育，仁慈既可以对人生有利，功劳也可以有益于大众。又现在所忧虑的，罪犯逃亡是第一项，屡次逃跑而不悔改的，应该让他们无处可逃，也以此警诫没有犯罪的人，永远根绝罪恶的根源。至于其余各条，应该仍然依据过去的法律。”
桓玄喜欢别人附和逢迎，而孔琳之不能顺从他的意旨，所以不被赏识。逐步调任尚书左丞、扬州中从事史，所在之处都有显著的政绩。
当时责成各级官吏献计提出应该办理的事情。有人提议应该修缮地方学校，减缓国家刑法，审察官员表现，明确升降标准，举荐隐逸，提拔人才，加强农业，减轻税收。孔琳之在众人的议论之外，另有提议说：
“印玺，是用来辨别官爵，提供凭信依据的。官职没有大于皇帝的，爵位没有高于公侯的，而传国的印玺，历代顺次使用，世袭封号的印章，代代相传。可贵处在于保持旧貌，不另外改作。现在世上只有尉这一官职各自单独使用一种印章，以至朝内外的众官吏们，每次调任都要改换，追寻其中的含义，自己还没有弄懂。如果说是因为官吏各自姓氏不一，与传玺不同，则这还不如不同的时代差别更大；如果论物品有名，它虽然有公卿的尊贵，却没有帝王的重大；如果是因为有的居此职位的大臣受过诛杀，忌讳它的不吉利和晦气，那么汉朝用了秦国的印玺，传位四百年，没有听说因为子婴自身被杀国家灭亡而抛弃不佩。以帝王公侯的尊贵，并不怀疑传玺，而以大臣众官的卑下，为什么却要嫌弃印章呢？书籍记载中没有听到过这种说法，引用例证自己违背了准则，而终年不断地在刻铸，费工费料，金银铜炭的消耗，不去说它，关键在于这并不是遵循旧轨、力求简易的做法。在下请求众位官员都用同一枚印章，不要再费事去改制。如果是新设置的官员，而又官多印少，或者有的文字损毁，然后再铸，那么这对于皇家府库，将补益不小。”他又说：
“丧事牌楼，并不出自关于礼的典籍，而是起自衰亡的末代，习惯积累，产生常规，于是成为旧的风俗，起自天子直到百姓。如果的确这样实行很有道理，突然改掉必然引起震惊；然而如果是与人情无关，而又违背礼度，保存它也没有什么好处，去掉它也没有什么损失，当然就应该遵守从前的典籍，革除后世的谬误，况且又有许多虚浮的花费，实在是成为人们的一种忧患啊！凡是人们的丧葬仪式，大多出在民间，经常都有这种需要，常常要花十几万，损耗人们的财力，而在意义上并无什么可取。至于贫寒的平民人家，则人人都想竭尽自己的能力，即使是房室好像倒悬的钟磬一样空空，也无不倾尽自己的家产和微薄的钱财，所谓“按礼埋葬”，难道就是像这样的吗？我认为应该完全罢免丧事牌楼的仪式。”
后来调他担任尚书吏部郎。义熙十一年(415)，任命他为宋武帝平北、征西长史，调任侍中。宋台刚刚建立的时候，任命他为宋国侍中。永初二年(421)，担任御史中丞，光明正直维护法令，绝不屈从任何压力，曾奏表弹劾尚书令徐羡之违背法典。当时徐羡之兼任扬州刺史，孔琳之的弟弟孔璩之为中从事，徐羡之让孔璩之劝解孔琳之，让他放弃弹劾此事。孔琳之不答应，说：“我触犯了宰相，应当是仅只我一人获罪。你必定不应该跟着连坐，哪里需要这样辛勤游说呢？”从这件事百官受到了震惊，没人再敢违犯禁令。武帝非常称赞他，路过兰台时，亲自去看望他。后来调任祠部尚书，不营办财产，家中特别贫寒。景平元年(423)逝世，追赠为太常。
他的儿子孔邈具有他父亲的风格，官职升至扬州中从事。