马仙鴘字灵馥，扶风县人。父亲马伯鸾，是宋朝的冠军司马。马仙鴘少年时期以果敢闻名，父亲去世，他哀伤瘦损超过礼仪，自己背土成坟，亲手种上松柏。在齐朝做官位至豫州刺史。
梁武帝起兵，让他的旧友姚仲宾去劝说他归降，马仙鴘先为他设了酒宴，然后就在军门把他斩首以殉其职。武帝又派他的族叔马怀远去劝说他，马仙鴘说：“大义灭亲。”又下令把他斩首。马怀远大声哭喊，军中众人为他请求才得以赦免。
武帝到了新林，马仙鴘还在江西每天抄录水路运粮情况。建康城被平定，马仙鴘举行哀悼对众人说：“我受别人的信任委托，道义不容投降，现在众寡不敌，其形势必然被屠杀灭绝。各位虽然没有二心，可是对父母老人怎么办呢？我为忠臣，君为孝子，各尽其道，不是也可以的吗？”于是把城内的兵士全部遣送出城去投降，余下壮士数十人，闭门独自守卫。很快敌兵就进来了，把他们包围了几十层。马仙鴘让士兵都把弓拉满，敌兵不敢接近。天晚的时候才把弓扔在地上说：“诸君只管来抓，我义不投降。”于是便用囚车把他送往建康，到了石头城而从车中放出来。武帝让等袁昂到了一起进城，说：“让天下人见见这两位义士。”武帝慰劳他说：“射中衣勾、斩断袖口的旧怨，古人就不忌讳，卿不要因为杀死使者、抗拒天命的事而记着旧怨，不肯和解。”他感谢道：“小人像失去主人的犬，后来的主人饲养，便又为所用。”武帝笑着加以称赞。不久他母亲去世，武帝知道他很贫穷，赠送了很多东西。马仙鴘大哭着对弟弟马仲艾说：“承蒙再生的大恩，还没有报答，现在又受到了特殊的恩惠，应当和你以忠心和全力好好效劳。”
天监四年(505)，出师侵伐魏国。马仙鴘每次作战，总是勇冠三军，和诸将议论，口中不曾谈起自己的功劳。别人问是什么缘故，他说：“大丈夫为时代所知晓，应当进不求名，退不逃罪，这就是平生的志愿，有什么功可论呢？”他做南义陽太守，屡次打败山蛮，本郡境内秩序清平。因功封为氵含..县伯。升任司州刺史，晋升封号为贞威将军。
魏国的豫州人白早生派人送上悬瓠这个地方来投降。武帝派马仙鴘前往接收，又派直阁将军武会超、马广率军援助。马仙鴘进驻楚王城，派副将齐苟儿帮助守卫悬瓠。魏国的中山王元英攻悬砖瓠，捉住了齐苟儿，又进军擒了马广送往洛陽，马仙鴘无力救他。武会超等人也相继退散，魏军进占了三关，马仙鴘因此而被征调回去担任云骑将军。
天监十年，朐山人杀死了琅笽太守刘晰，带着县城投降了魏国，诏令授予马仙鴘节杖前往讨伐。魏国的徐州刺史卢昶率领军队十几万开往那里，马仙鴘多次作战把他打败赶走。受封晋升爵位为侯，调为豫州刺史，加任都督。
马仙鴘自从当了将军和做了州郡长官，能和士卒同劳共逸，身上穿的不过是布帛衣服，所住的地方没有帷幕屏障，行动饮食和最下等的杂役相同。他在边境上，常常单身潜入敌境，侦察掌握壁垒村落的险要处所，攻击战斗多能打胜，士卒也甘心为他所用，武帝对他十分喜爱和依赖。他死在豫州，追赠为左卫将军，谥号为刚。起初，仙鴘幼名叫仙婢，长大后认为婢的名字不典雅，便以玉字旁代替了女字旁。他的儿子马岩夫承袭了爵位。