却说刘裕既商定密谋，遂与何无忌托词出猎，号召义徒。共得百余名，最著名的约二十余人，除何无忌、刘毅外，姓名如左：
刘道怜即刘裕弟。魏咏之魏欣之咏之弟。魏顺之欣之弟。檀凭之檀祗隆凭之弟。檀道济凭之叔。檀范之道济从兄。檀韶凭之从子。刘藩刘毅从弟。孟怀玉孟昶族弟。向弥避义之周安穆刘蔚刘珪之蔚从弟。臧熹臧宝符熹从弟。臧穆生熹从子。童茂宗周道民田演范清
这二十余人各具智勇，充作前队。何无忌冒充敕使，一骑当先，扬鞭入丹徒城，党徒随后跟入。桓修毫不觉察，闻有敕使到来，便出署相迎，无忌见了桓修，未曾问答，即拔出佩刀，把修杀死。随与徒众大呼讨逆，吏士惊散，莫敢反抗。刘裕也驰入府署，揭榜安民，片刻即定。当将桓修棺殓，埋葬城外。召东莞人刘穆之为府主簿，更派刘毅至广陵，嘱令孟昶刘道规，即日响应。
昶与道规，伪劝桓弘出猎，以诘旦为期。翌日昧爽，昶等率壮士数十人，佇待府署门前，一俟开门，便即驰入。弘方在啜粥，被道规持刃直前，劈破弘脑，死于非命。当即收众渡江，来会刘裕。
徐州司马刁弘，闻丹徒有变，方率文武佐吏，来至丹徒城下，探问虚实，裕登城伪语道：“郭江州已奉戴乘舆，反正寻陽，我等奉有密诏，诛除逆党，今日贼玄首级，已当晓示大航。诸君皆大晋臣，无故来此，意欲何为？”刁弘等信为真言，便即退去。
可巧刘道规、孟昶等自广陵驰至，众约千人，裕即令刘毅追杀刁弘。待毅归报，又令毅作书与兄，即遣周安穆持书入京，促令起事。原来毅兄刘迈留官建康，桓玄令迈为竟陵太守，整装将发。既得毅书，踌躇莫决。安穆见迈怀疑，恐谋泄罹祸，匆匆告归，连王元德、辛扈兴、童厚之等处也未及报闻。迈计无所出，意欲夤夜下船，赴任避祸。忽由桓玄与书，内言北府人情，未知何如？近见刘裕，亦未知彼作何状，须一一报明。此书寓意，乃俟迈抵任后，令他禀报。偏迈误会书义，还道玄已察裕谋，不得不预先出首。这叫作贼胆心虚。遂不便登舟，坐以待旦，一俟晨光发白，即入朝报玄。
玄闻裕已发难，不禁大惧，面封迈为重安侯。迈拜谢退朝，偏有人向玄谮迈，谓迈纵归周安穆，未免同谋。玄乃收迈下狱，并捕得王元德、辛扈兴、童厚之三人，与迈同日加刑。一面召弟桓谦，及丹陽尹卞范之等，会议拒裕，谦请从速发兵，玄欲屯兵覆舟山，坚壁以待。经谦等一再固请，始命顿邱太守吴甫之，右卫将军皇甫敷，北遏裕军。
裕闻桓玄已经发兵，也锐意进取，自称总督徐州事，命孟昶为长史，守住京口。集得二州义旅，共千七百人，督令南下。且嘱何无忌草檄，声讨玄罪。
无忌夜作檄文，为母刘氏所窥，且泣且语道：“我不及东海吕母，王莽时人。汝能如此，我无遗恨了！”兄弟之仇，不可不报。至无忌檄已草就，翌晨呈入。裕即令颁发远近，大略说是：
观檄中所载，如毛璩以下，多半是虚张声势，未得实情。郭昶之何曾反正，王元德并且被诛。就是诸葛长民，亦未能据住历陽，不过讹以传讹，也足使中土向风，贼臣丧胆。桓玄自刘裕起兵，连日惊惶，或谓裕等乌合，势必无成，何足深惧？玄摇首道：“刘裕为当世英雄，刘毅家无担石，樗蒱且一掷百万，何无忌酷似若舅，共举大事，怎得说他无成呢？”恐亦惭对令正。果然警报频来，吴甫之败死江乘，皇甫敷败死罗洛桥，那刘裕军中，只丧了一个檀凭之，进战益厉。玄急遣桓谦出屯东陵，卞范之出屯覆舟山西，两军共计二万人。裕至覆舟山东，令各军饱餐一顿，悉弃余粮，示以必死。刘毅持槊先驱，裕亦握刀继进，将士踊跃随上，驰突敌阵，一当十，十当百，呼声动天地。凑巧风来助顺，因风纵火。烟焰蔽天，烧得桓谦、卞范之两军，统变成焦头烂额，与鬼为邻。桓谦、卞范之，后先骇奔，裕复率众力追，数道并进。玄已料裕军难敌，先遣殷仲文具舟石头，为逃避计。至是接桓谦败耗，忙令子升策马出都，至石头城外下舟，浮江南走。裕得乘胜长驱，直入建康。
京中已无主子，由裕出示安民，且恐都人惶惑，徙镇石头城，立留台，总百官，毁去桓氏庙主，另造晋祖神牌，纳诸太庙。更遣刘毅等追玄，并派尚书王嘏，率百官往迎乘舆。一面收诛桓氏宗族，使臧熹入宫，检收图籍器物，封闭府库。司徒王谧本系桓玄爪牙，玄篡位时，曾亲解安帝玺绶，奉玺授玄。当时大众目为罪魁，劝裕诛谧，偏裕与谧有旧，少年孤贫时，尝由谧代裕偿债，至此不忍加诛，仍令在位。未免因私废公。谧又向裕贡谀，愿推裕领扬州军事。裕一再固辞，令谧为侍中，领扬州刺史，录尚书事，谧更推裕都督八州，扬、徐、兖、豫、青、冀、幽、并。兼徐州刺史，裕乃受任不辞。令刘毅为青州刺史，何无忌为琅琊内史，孟昶为丹陽令，刘道规为义昌太守，所有军国处分，均委任刘穆之。仓猝立办，无不允惬。
惟诸葛长民愆期未发，谋泄被执，刁逵尚未得建康音信，把长民羁入槛车，派使解京。途次闻桓玄败走，建康已为刘裕所据，那使人乐得用情，即将长民放出，还趋历陽。历陽军民，乘机起事，围攻刁逵。逵溃围出走，凑巧遇着长民，兜头截住，再经城中兵士追来，任你刁逵如何逞刁，也只好束手受缚，送入石头，饮刀毕命！
桓玄逃至寻陽，刺史郭昶之，供玄乘舆法物，可见刘氏前次檄文，纯系虚声。玄仍自称楚帝，威福如故。嗣闻刘毅等率军追来，将到城下，玄又惊惶失措，急遣部将庾雅祖、何澹之堵住湓口，自挟一主即晋安帝。二后，一系穆帝后何氏，一系安帝后王氏。西走江陵。刘毅与何无忌、刘道规诸将，至桑落洲，大破何澹之水军，夺湓口，拔寻陽，遣使报捷。刘裕因安帝西去，乃奉武陵王司马遵为大将军，入居东宫，承制行事。再饬刘毅等西追桓玄。
玄至江陵，收集荆州兵，有众二万，复挟安帝东下。行抵峥嵘洲，正值刘毅各军，扬帆前来。刘道规望玄船，麾众先进，刘毅、何无忌，鼓棹随行。此时正是仲夏天气，西南风吹得甚劲，道规乘风纵火，毅等亦助薪扬威，烧得长江上下，烟雾迷濛。玄所督领诸战舰，多半被焚，部卒大乱。玄慌忙改乘小舟，仍将安帝挟去，遁还江陵。
部将殷仲文叛玄降刘，奉晋二后还京。玄再返江陵，人情离叛，没奈何乘夜出奔，欲往汉中。南郡太守王腾之，荆州别驾王康产，奉安帝入南郡府，寻迁江陵。
益州刺史毛璩有侄修之，为玄屯骑校尉，诱玄入蜀。玄依言西行，至枚回洲，适上流来了丧船数艘，船首立着一员卫弁，与修之打了一个照面，便厉声呼道：“来船中有无逆贼？”修之不答，桓玄却颤声说道：“我是当今新天子，何处盗贼，敢来妄言！”此时还想称帝，太不自量。道言未绝，那对船上又跳出二将，拈弓搭矢，飞射过来，玄嬖人万盖、丁仙期，挺身蔽玄，俱被射倒。玄正在惊惶，突有数人持刀跃入，为首的正是对船卫弁。便骇问道：“汝……汝等何人？敢犯天子！”卫弁即应声道：“我等来杀天子的贼臣！”说至此，即用刀劈玄，光芒一闪，玄首分离。看官道卫弁为谁？原来是益州督护冯迁。
益州毛璩有弟毛璠，为宁州刺史，在任病殁。璩使兄孙祐之，及参军费恬，扶榇归葬，并派冯迁护丧。恰巧中流遇着玄船，由修之传递眼色，便一齐动手，杀死贼玄。看官不必细问，就可知对船发矢的二将，便是费恬、毛祐之了。冯迁既枭玄首，执住玄子桓升，杀死玄族桓石康、桓浚，令毛修之赍献玄首，及槛解桓升，驰诣江陵。安帝封毛修之为骁骑将军，诛升东市，下诏大赦，惟桓氏不原。
玄从子桓振，逃匿华容浦中，招聚党徒，得数千人，探得刘毅等退屯寻陽，即袭击江陵城。桓谦亦匿居沮川，纠众应振。江陵城内，只有王腾之、王康产二人守着，士卒无多，径被两桓掩入。腾之、康产战死。安帝尚寓居江陵行宫，振持刀进见，意欲行弑。还是桓谦驰入劝阻，方才罢手，下拜而出。为玄举哀发丧，谦率百官朝谒安帝，奉还玺绶，所有侍御左右，一律撤换，改用两桓党羽，乘势攻取襄陽等城。
刘毅等还居寻陽，总道是元凶就戮，逆焰消除，可以高枕无忧，哪知死灰复燃，复有两桓余孽，袭取江陵。急忙令何无忌、刘道规二将，进讨两桓。师至马头，已由桓谦派兵扼住。两下里杀了一场，谦众败退。无忌、道规，直趋江陵。桓振令党徒冯该，设伏杨林，自率众逆战灵溪，无忌恃胜轻进，被贼军两路杀出，冲断阵势，大败奔还。幸亏刘敬宣聚粮缮船，接济无忌、道规，复得成军，蹶而复振。
敬宣即刘牢之子，前时逃往山陽，拟募兵讨玄，未克如愿。再往南燕乞师，南燕主慕容德，不肯发兵。敬宣潜结青州大族，及鲜卑豪酋，谋袭燕都，事泄还南。时玄已败死，走归刘裕，裕令为晋陵太守，寻又迁授江州刺史。他因刘毅等讨玄余党，所以筹备舟械，随时接应。补笔不漏。
无忌、道规得此一助，再进兵夏口。毅亦督军随进，攻入鲁城。道规亦拔偃月垒，复会师进克巴陵。号令严整，沿途无犯，再鼓众至马头。桓振挟安帝出屯江津，遣使请和，求割江、荆二州，奉还天子。以皇帝为交换品，却是奇闻。毅等不许。会南陽太守鲁宗之，起兵袭襄陽，振还军与战，留桓谦、冯该守江陵。谦遣该守豫章口，为毅等击败，谦弃城遁走。毅等驰入江陵，擒住逆党卞范之等，一并枭斩。
安帝时在江陵，未被桓振挟去。毅得入行宫谒帝，由帝面加慰劳，一切处置，悉归毅主持。毅正拟追剿两桓，适振回救江陵，在途闻城已失守，众皆骇散，振亦只好逃匿涢州。既而召集散众，复袭江陵，为将军刘怀肃所闻，伏兵邀击，一鼓诛振。振为桓氏后起悍将，至此毙命，桓氏遗孽垂尽，惟桓谦等奔入后秦。
安帝改元义熙。再下赦书，除桓谦等不赦外，独赦桓冲孙胤，徙居新安，令存桓冲宗祀，保全功臣一脉。冲系桓玄叔父，有功晋室，封丰城公，详见《两晋演义》。刘裕闻报，使刘毅、刘道规留屯夏口，命何无忌奉帝东归。安帝乃自江陵启銮，还至建康。百官诣阙待罪，有诏令一并复职。授琅琊王司马德文为大司马，武陵王司马遵为太保，且封赏功臣，首刘裕，次及刘毅、何无忌、刘道规。诏敕有云：
这诏下后，裕上表固辞。再加录尚书事，裕又不受，且乞请归藩。安帝不允，遣百僚敦劝，裕仍然固让，入朝陈情，愿就外镇，乃改授裕都督荆、司、梁、益、宁、雍、凉七州，并前十六州诸军事，仍守本官，裕始受命，还镇丹徒。封刘毅为左将军，何无忌为右将军，分督豫州、扬州军事，刘道规为辅国将军，督淮北诸军事。余如并州刺史魏咏之以下，皆加官进爵有差。
先是刘毅尝为刘敬宣参军，时人推毅为雄杰，敬宣道：“有非常的材具，必有非常的度量，此君外宽内忌，夸己轻人，设使一旦得志，亦恐以下陵上，自取危祸呢。”为后文刘裕杀毅张本。裕闻敬宣言，尝引以为憾。及得授方镇，遂使人白刘裕道：“敬宣未与义举，授为郡守，已觉过优，擢置江州，更足令人骇惋，恐猛将劳臣，不免因此懈体呢。”裕迟迟不发。敬宣得知消息，心不自安，乃表请解职，因召还为宣城内史。刘毅再与何无忌，分道出讨桓玄余党，所有桓亮、符玄等小丑，一概诛灭，荆、湘、江、豫皆平。晋廷命毅都督淮南五郡，兼豫州刺史。何无忌都督江东五郡，兼会稽内史。毅自是益骄，免不得目空一切，有我无人了。小子有诗叹道：
古有一言须记取，谦能受益满招灾。
过了一年，追叙讨逆功绩，又有一番封赏，待小子下回说明。
桓玄一乱，而刘裕即乘九而起，是不啻为渊驱鱼，为丛驱雀，玄死而裕贵，玄固非鹯即獭也。大抵枭桀之崛兴，其始必有绝大之功业，足以耸动人心，能令朝野畏服，然后可以任所欲为，潜移国祚于无形。莽懿之徒，无不如是。裕为莽懿流亚，有玄以促成之，玄何其愚，裕何其智耶！至于安帝返驾，封赏功臣，裕为功首，而再三退让，成功不居。周公恐惧流言日，王莽谦恭下士时，假使当年身便死，一生真伪有谁知？”我读此诗，我更有以窥刘裕矣。