一、北京政府的平乱决策及川滇
两军的作战部署
正当西藏亲英分子驱赶驻藏川军之际，川边地区的藏族上层分子，由于赵尔丰实行的“改土归流”政策危及他们的统治，加之受西藏亲英分子的指使①，于1912年5月也发动了叛乱，并得到西藏叛乱武装的直接支持。两月之内，川边地区的不少州县先后落入当地和西藏的叛乱武装之手。巴塘、昌都被围，乍丫（今西藏察雅东）、江卡（今西藏芒康东）、乡城、稻城、理塘相继失陷，河口（今四川雅江）岌岌可危，川藏交通因之断绝。滇、川两督屡请北京政府出兵西征。全国各族人民一致谴责英国勾结西藏亲英分子分裂中国的罪行，猛烈抨击北京政府的对外妥协政策。在舆论的压力下，北京政府于1912年6月14日正式电令四川都督尹昌衡率川军入藏平乱，令云南都督蔡锷派滇军入藏增援；同时，通告英国驻华公使，声明“此次川军入藏全为平乱，至希英国严守局外中立”①。
尹昌衡接电后，迅速作了西征的准备。其作战计划共分两个阶段。第一阶段：采取南北两路“首尾夹攻”的方针，首先控制川边重镇理塘和进藏咽喉要地昌都，而后分别南下，夺取稻城、乡城、乍丫、江卡等地，以巩固川边地区。第二阶段：从打箭炉（今四川康定）以西的十余营边军中，选拔“有志之精兵”数百名为前锋，其余各军继后，乘胜直趋拉萨。同时派得力喇嘛前往拉萨劝说达赖脱离英国的羁绊，维护祖国的统一。
蔡锷接令后，命滇军参谋厅总长殷承为西征军司令，率队进发。蔡锷考虑到川滇两军如先会师巴塘，再行进藏，不仅粮秣难继，而且可能扩大由辛亥革命以来所引起的川滇两军之间的矛盾，因此主张滇军经维西及西藏东南地区直趋拉藏。这样，既可缩短路程，又可形成军事上的有利态势，使“滇犄其南，川捣其东，首尾策应，形势都归掌握”②。北京政府不同意蔡锷的主张，而令滇军取道中甸北上，先支援巴塘，以固滇边门户。
二、击退藏军向川边的首次进攻
1912年初秋，川滇两军按既定计划分路开进。
7月上旬，尹昌衡率川军从成都出发。原计划出兵八个团，因“器械不备，师皆未练，饷亦无储”①，遂先以朱森林团为先锋，尹自率三个营为本队，总兵力约三千人（一说五千人），兼程西进。其部署是：朱森林率所部两个营及先遣队陈步三一个营为南路，由打箭炉直趋理塘；副官刘瑞麟率蒯书礼营为北路，经甘孜进援昌都；本队三个营驻雅安，相机应援。朱森林以南路藏军势大，设防坚固，力请集中兵力于南路，尹昌衡未允。朱部至打箭炉后，以军孤势单，迟疑不敢前进。尹
昌衡遂亲赴打箭炉进行动员，指出：今川边部队尽被围困，损失甚重，急需支援，只要川军进展神速，出藏军之不意，兵力虽少，必能起到救援作用。经过动员后，川军遂分两路并进。
8月，被尹昌衡破格提升为北路督队官的刘瑞麟，率蒯书礼营由打箭炉出发，日行百余里，往攻道坞（今四川道孚）。沿途扬言尹都督率师十万亲征，即将到达。藏军闻讯，不战而溃，道坞、瞻对（今四川新龙）之围遂解。刘瑞麟便令边军牛运隆部守道坞，刘筱廷部守瞻对；令杜培基、刘赞廷率部从间道驰援巴塘；自率所部及顾复庆、时传文、朱宪文等营往援昌都。当时，驻守巴塘的顾占文部四五百人，已被围三月有余，
粮弹将尽，水源断绝，处境十分危急。援军到后，内外夹击，迅速解围。刘瑞麟率部突然逼近昌都时，藏军不战而逃，防守昌都的彭日升立即率全部三百人出城追击，缴获辎重无算，并俘藏军首领呼图克图①。与此同时，朱森林率南路各营亦顺利完成了既定任务。其先锋部队两个营，先在河口击败藏军，又于8月12、14两日收复了麻盖宗、剪子湾、西俄洛三要隘，继而向理塘进逼。围攻理塘之藏军闻风溃逃。至是，川军西进未及三月，即以破竹之
势收复了理塘、巴塘、昌都诸要地。于是，尹昌衡令顾占文部守巴塘，刘瑞麟部守昌都，分援乍丫、江卡、盐井等地；令营长邹衍贵肃清河口一带残存藏军。
在川军进军川边之际，滇省西征军司令殷承率新军一混成协、防军十九营，从滇西北取道盐井支援巴塘。8月15日，前卫司令李学诗率部进至溜筒江附近。该地藏军依险据守。经李部奋力攻击，藏军退守隔江之墨里村，并斫断江上溜索，以阻滇军前进。李学诗派人另架溜索，命防军、土军各四个排溜渡过江，迂回墨里村。藏军又将村外木桥砍断，据险死守。16日，滇军发起猛攻，于下午3时将该村攻占。
8月19日，殷承率部抵丽江，随即作了如下部署：以郑开文为左纵队长，率步兵四大队，骑兵一分队，炮兵、机槍兵各一小队①及李学诗的西防国民军，取维西大道直趋盐井；以姜梅龄为右纵队长，率步兵三中队，骑兵一分队，炮兵、机槍兵各一小队及杨汝盛的西防国民军，取中甸大道直趋乡城；司令部及其余各队暂驻丽江，相机进止。
滇军经充分准备后，于8月26日夜突袭侵占盐井之藏军。经激烈战斗，将藏军击溃，并俘其指挥官鲁宗甲约，遂克盐井。
当滇军向川边进军时，怀有军阀割据思想的尹昌衡竟发电阻止，声称“川军围攻理塘，不日可下，滇军无须由维（西）援巴（塘），请由原议，直抵拉萨”②。滇军收复盐井后，尹再次电阻，并令顾占文部向盐井一带开进。蔡锷则连电北京政府，以速克巴塘、理塘，“早日规复西藏”为由，要求继续向川边进军。川、滇两军互相攻讦，矛盾加深。后尹昌衡以“若滇军兼进，酿成（英国）交涉，则咎不在川”①为辞，要挟中央。北京政府恐“两军逼处，别生枝节”，遂于9月致电蔡锷，令滇军酌留陆军一大队及防军一、二营，专顾滇省门户，余悉撤回。滇军的平乱作战至此遂告结束。
当川军第一阶段的作战计划基本完成后，尹昌衡认为：“控边制藏，非同时并举，无以全领土、维国权”②。根据这一方针，他对下一阶段的军事行动作了如下部署：命邹衍贵营驻打箭炉、河口，保护川军的后方供应线；命朱森林团为南路，驻巴塘、理塘，相机进攻稻城、乡城；命团长向树荣率所部两个营及陈步三营为北路，进攻甘孜、登科（今四川邓柯）；从朱、向两团中各抽一营驻昌都，作为机动部队；以打箭炉为大本营，随时策应南北两路。不久，南北两路部队连战皆捷，惟乡城久攻不下。之后，尹昌衡任命黄煦昌为司令，由他指挥集中于昌都一带的川边部队，命张茂林为前锋，率部进据江达，待命入藏。
三、英国胁迫北京政府停止向西藏进军
西征军在川边作战中取得重大胜利，引起了英帝国主义和西藏亲英分子的极度恐慌。为了制止川军入藏平乱，英国于1912年8月17日令驻华公使朱尔典出面干涉，以“不承认中华民国，并以实力助藏‘独立’”①相威胁。袁世凯的北京政府正急欲获得各帝国主义国家的“承认”，遂屈从于英国的威胁，于9月下旬一再电令川军停止入藏，以江达为界，“先行肃清川边，万勿越境深入，致启外衅”①，从而丧失了进军西藏的良机。
四、击退藏军向川边的第二次进攻
1912年底至1913年初，藏军经波密窜至川边，再次向川军发动进攻。乍丫、江卡、盐井等地首当其冲。川军陈桂亭营败退巴塘，舒云山营被围于南墩（盐井东北约四十公里）。巴塘守军粮食已绝，正欲撤退。尹昌衡急令嵇廉率部驰援，才守住巴塘。不久，黄煦昌率部至乍丫，与顾占文部夹击东犯之藏军。激战十余次，将其击退，乍丫、江卡、南墩之围遂解。藏军战败后，在嘉裕桥（今西藏洛隆东北之嘉玉桥）以西密布碉卡，驻扎重兵，进行防御，并派人四出煽动藏民，准备伺机再行进攻。尹昌衡根据北京政府提出的“步步稳进，以期慎固封城”②的方针：令刘瑞麟部守昌都，西遏藏军，南控江卡；顾占文部守巴塘，南防盐井，东控乡城、稻城；朱森林部守理塘，西援顾军，南防稻坝；刘筱廷部驻甘孜，镇守北路。以上各部，有事互相救援，无事坚守不动。另由嵇廉率兵六百于乡城一带游动，以牵制该地藏军。
1913年初春，藏军连续向嘉裕桥、江卡发动进攻，均被川军击败，遂退守烟袋塘（乍丫西），并继续增兵。刘瑞麟见藏军势众，遂调昌都彭日升、时传文两营由西北方向，傅青云、牛运隆两营由乍丫方向，对烟袋塘藏军实行夹攻。2月28日，傅、牛两营首先发动进攻，将凭借碉房、哨卡顽抗的藏军击退。3月3日，彭、时两营进至距烟袋塘十余里处，发现藏军据守山顶，碉卡密布，难以从正面进攻，遂派数十人绕至山后，实行偷袭。藏军猝不及防，惊惶逃窜。彭、时率部追击，与傅、牛两营会师，将烟袋塘之藏军击溃。上万藏军纷纷西撤。至此，藏军的第二次进攻又被粉碎。