一、《恰克图协约》的签订
在沙俄政府的压力和日、法、英、德等国的“调停”下，中俄两国从1912年11月起开始就蒙古问题举行谈判。由于沙俄政府态度蛮横，提出种种无理要求，谈判曾一度中断。1913年9月，在北京重开谈判，于11月5日签订了《中俄声明文件》。在《声明》中，袁世凯卖国政府承认外蒙古“自治”，声明不干涉外蒙“内政”，不在外蒙驻军、移民和派置文武官员。在中俄互换的照会中，还规定以后“凡关于外蒙古的政治、土地交涉事宜，中国允许和俄国政府协商，外蒙古亦得参与其事”，实际上承认了沙俄对外蒙古的控制。俄国则承认了中国对外蒙古有名无实的宗主权。
根据《中俄声明》，于1914年9月8日在恰克图举行了中俄蒙谈判。在会议上，俄国代表名为“调停”，实则对中国北京政府代表进行刁难要挟。经过九个多月的谈判，于1915年6月签订了《中俄蒙协约》（亦称《恰克图协约》）。该协约实际上是《中俄声明文件》的进一步具体化，规定了中国在外蒙古行使宗主权的一些表面性条款，中国、俄国承认外蒙古“自治”，哲布尊丹巴取消“大皇帝”称号及“共戴”年号，由中华民国大总统册封，采用民国年历。北京政府则承认沙俄在外蒙古取得的各种特权，事实上承认了沙俄对外蒙古的殖民统治。
沙俄在策动外蒙古“独立”的同时，还派军队开入外蒙古西北部的唐努乌梁海地区，强行霸占了我国十七万平方公里的领土。1915年恰克图会议时，北京政府代表提出了唐努乌梁海问题，沙俄代表竟拒绝讨论。沙俄侵占我国唐努乌梁海地区，历届中国政府均未予承认，亦从未声明放弃对这一地区的主权。
二、击退巴布扎布匪军对内蒙的窜扰
在《中俄蒙协约》签订后，沙俄侵吞内蒙古的野心仍然不死，不断指使外蒙叛军进行武装騷扰。沙俄政府利用中国北京政府与它互换照会时所发表的对于叛逃外蒙参与库伦“独立”的内蒙人员，允许他们返回内蒙原籍，不予治罪的声明，于1915年冬派遣巴布扎布②率领叛匪数千人，以返旗名义窜入内蒙，大肆騷扰抢掠。当北京政府令其解散匪众，停止騷扰时，巴布扎布竟进行武力抗拒。北京政府遂令多伦、林西一带驻军进行围剿。在政府军的沉重打击下，巴布扎布于同年11月中旬率匪众逃到外蒙境内的游格吉庙。多伦镇守使萧良臣率部跟踪追击，于11月16日进占堪布庙（距游格吉庙百余公里），侦知巴布扎布准备进行反击。当时，萧良臣所率兵力仅及巴布扎布匪军的三分之一，若向后路调兵，相距千里，缓不济急，若采取守势，又将被动挨打。萧良臣考虑到与其“坐以待困，莫若先发制人”，遂一面发电请示上级，一面行文驰送巴布扎布，“以缓其攻我之心”。①同时，激励将士积极进行袭击巴匪的准备。萧良臣在得到上级允许后，于11月20日夜，冒风踏雪，率部由山间小道兼程前进。萧部昼匿沙窝涧谷，日落继进，越过匪卡堡垒，于22日黎明出敌不意地直捣匪巢游格吉庙。巴匪于睡梦之中突遭袭击，惊惶失措。萧部“奋勇直前，势如潮涌”，当场毙匪千余名。上午11时，巴匪向东北逃窜。萧良臣下令分头追击，又生擒七百余名，夺获大炮一门、机槍一挺、步马槍千余支，其它物资无算。
沙俄惟恐巴匪残部被全部消灭，便指使外蒙“自治”政府“总理”赛音诺颜汗及“外长”辅国公车林多尔济，到北京政府驻库伦的都护使公署进行交涉，要求政府军退出外蒙古。这种无理要求，当即遭到都护使的驳斥。事后，外蒙“自治”政府派出蒙兵一千名赴游格吉庙，另一千名赴乌得、巴尔虎东北各处，名为防堵巴匪，实为防堵政府军。11月28日，沙俄驻库伦总领事米勒尔又亲自出马，与中国驻库伦都护使进行交涉，胡说中国政府军进入外蒙违反了《中俄蒙协约》，狂妄声称“外蒙为中国领土，不过是条约上之名词，内外蒙本有界限，自不应随意侵越”②。米勒尔还以沙俄政府的名义，无理要求中国政府军退出外蒙古。库伦都护使当即给予批驳，并揭露沙俄支持巴匪的种种事实。沙俄领事无言对答，狼狈而返。后来，北京政府在沙俄压力下，下令政府军停止追剿。巴布扎布率残匪逃到外蒙与呼伦贝尔交界的喀尔喀河一带，受到沙俄侵略者的直接庇护。以后，巴布扎布又投靠日本，充当俄、日帝国主义的双重侵略工具。1916年10月，在其窜犯林西时，被政府军击毙，受到了应得的惩罚。
1917年，俄国十月革命推翻了沙皇的统治，外蒙傀儡集团失去了靠山。在这种形势下，外蒙古“自治”政府的王公大臣，于1919年11月联合上书民国政府，“情愿取消自治”，宣布与沙俄所订的条约、协定“概无效力”。1920年1月，呼伦贝尔副都统胜福亦要求撤销“特别区域”，废除与沙俄政府订立的“协定”与各种“合同”。沙俄妄图侵占我国蒙古地区的陰谋终以失败而告终。