一、袁世凯被迫取消帝制
袁世凯敢于冒天下之大不韪，进行复辟帝制活动，在国内主要依靠北洋军为后盾，在国外则主要依靠日、英等帝国主义国家的支持。
为了镇压云南护国起义，袁世凯调动了北洋军和地方部队的五个精锐师和十几个混成旅、团，分道进行“讨伐”。他原以为云南这支“兵仅万余，饷难月给”的军队，是不难一举荡平的。孰料经过三个月的较量，不但未能将云南护国军消灭，反使本身的军事力量受到了削弱。接踵而至的则是贵州、广西两省相继宣布独立，其它各省也在酝酿响应，人民群众的反袁烈火愈烧愈旺。袁世凯的反动统治日益不稳，财政经济情况更加恶化，日子越来越不好过。
在国际上，日、英等帝国主义在袁世凯开始酝酿复辟帝制之际，曾表示积极支持。但当袁积极推行帝制，中国各派政治力量都强烈反对时，帝国主义各国恐中国发生内乱，危及其在华利益，便一改初衷，由支持转为反对。1915年10月28日，日、英、俄三国公使对袁政府发出第一次警告，声称若骤立帝制，将立起变乱，望暂缓改变国体。然而利令智昏的袁世凯没有估计到局势的严重性，仍于同年12月12日正式宣布实行帝制。15日，日、英、俄、意、法五国公使联合对袁发出警告，宣布“以后对于中国决定执监视之态度”①。此时，袁世凯始感事态严重，决定派遣特使（农商总长周自齐）赴日，准备不惜出卖国家主权，换取日本的支持。日本政府不仅拒绝特使赴日，而且在通知中责备袁世凯“断行帝制，无视友邦劝告”，“日政府当然不能承认”②。各国外交公使还一致指出，以后凡具有“洪宪”年号的外交文书，一概拒绝接受。外交上接二连三的挫折，以及西南诸省护国起义的爆发，迫使袁世凯改变原定于1916年元旦或春节登极的计划。2月23日，不得不公开宣布延缓登极。后随着国内军事、政治形势的继续恶化，更使袁世凯陷入内外交困的境地，迫使他不得不于3月22日宣布撤销帝制，并于次日宣布废除“洪宪”年号，恢复“中华民国”纪年。袁世凯自1915年12月12日宣布承认帝位至3月22日取消帝制，前后仅一百零二天。其“皇帝梦”的破灭，充分表明了历史潮流不可逆，人民意志不可侮。
二、停战与备战
袁世凯取消帝制后，鉴于对西南护国军的作战未能取得预期战果，内政外交亦处于困境，为了求得喘息的时机，乃于3月25日借黎元洪、段祺瑞、徐世昌等人名义，致电护国军，要求停战，商议善后。护国军方面，经过三个月的战斗，兵员、槍械、弹药、饷糈都有很大消耗，急待补充休整，也需有一个休战时期。因此，从3月底开始，四川、湘西前线先后实行停火。到4月初，护国战争实际上已经停止。
对袁政府的停战建议，护国军方面有较高的警惕。蔡锷等认为：“袁逆之撤销帝制，一因兵事挫衄，外交逼紧，财政困穷，人心鼎沸，乃迫而出此；一因独立省份逐渐加多，护国军势力继涨增高，无力抗御。故借此下台，以和缓国人之心理，孤我军之势力，仍盘踞现位，以为卷土重来之地”①。因此，在同意停战之后，护国军的领导者仍加紧进行军事准备，扩大军队编制，补充训练新兵，筹集军械给养，并向日本订购军械，以备再战。到5月底，云南护国军即由原来的三个军扩编为八个军①，共约五万余人。
对于尔后的战略方针，护国军领导人进行了较充分的酝酿。唐继尧的战略设想是五路出兵，会师武汉。具体计划是：以第四军加强第一军兵力出川，第六军加强第二军兵力出粤，第五军由会理、宁远出陕西，第七军由桂林出长沙，唐继尧则自率第三军及警卫军经黔出湘，各路护国军会师武汉。这一设想，与起义之初的战略大致相似，其问题主要是多路分兵，张口太大。蔡锷则不同，他经过战争实践，对多路分兵所带来的不良后果已有所认识，故对下一步作战，坚持其“滇师举全力以出綦渝为当”的主张。他说：“凡大军作战，首在将其主力摧破，其余自迎刃而解。次在夺据其咽喉重地，……现逆军主力之七、八两师，悉集泸纳，我若将此军击破，则成、渝唾手可得。其次则重庆为逆军唯一之咽喉重地，我若得此，则在川逆军接济立断，久将不战自溃。故滇中增援之师，以全力趋泸或出綦渝为当。就现在形势论，兵出綦渝较易得手。”③
李烈钧则坚持以该军主力出湘，控制长江中游。他认为：“粤东方向，桂已独任，我军似可迅速出湘；果能冲断江流，则影响大局，获益犹巨。且川南得遥应之势，逆军将不战自溃。”①
比较起来，蔡锷的主张较之唐继尧的计划要实际可行一些。因为，袁世凯的主要征滇部队集中在川南，而在这一方向与袁军对峙的护国军，经过战争的消耗，兵员不足，饷弹缺乏，战斗力明显下降。在这种情势下，如能按蔡锷的主张，将增援的兵力集中于泸州或綦江正面，则进可以消灭袁军主力，控扼重庆，退可以阻截袁军入滇之路，因而比较符合客观实际。当然，李烈钧的主张也有其可取之处。此时，广西已经独立，滇省无后顾之忧，若以桂军攻粤，以李烈钧的第二军由广西进军湖南，如能攻下长沙、岳陽等要地，进而控扼长江，也足以威胁四川袁军之后路，使其进退两难。总之，蔡、李的主张较之唐继尧的多路分兵计划，都要高明一些。
此后，由于双方没有重新开战，蔡、唐、李的上述计划，均未受到实战的检验。
三、护国战争的结局
在停战期间，国内各种政治力量展开了紧张的纵横捭阖，焦点是袁世凯的下台问题①。
在这场政治斗争中，大致可分为以下三种较大的力量：一是袁世凯及其少数追随者。他们继续策划由川、湘向西南进攻，进行垂死挣扎，妄图继续保住最高统治地位。但是，历史的发展与他们的愿望完全相反。一是以孙中山为首的中华革命党。虽然由孙提出“保持民国，不徒以去袁为毕事”①的正确主张，表示要与所有同袁世凯一样的反动派斗争到底，但因无实力，且严重脱离群众，因而影响不大。一是掌握着护国讨袁的军事实力，并左右战局发展的进步党和西南地方实力派。他们除了“倒袁”和拥立黎元洪为总统外，没有提出任何别的政治主张，给护国战争的结局带来极为消极的影响。后随着形势的发展，袁世凯的一些顽固追随者也开始离袁而向护国军方面靠拢。1916年4月6日，广东将军龙济光在桂滇军的军事压力和广东革命党人领导的民军胁迫下，被迫宣布独立；4月12日，浙江也自下而上地轰走了将军朱瑞，推举嘉湖镇守使吕公望为都督，宣布独立。4月16日，冯国璋致电袁世凯，劝其退位。此后，不少军政头目也纷纷劝袁下台。袁世凯虽已处于四面楚歌之中，却仍死抱住大总统的宝座进行垂死挣扎。
南方已独立各省为了加强与袁政府的对抗，于1916年5月8日在广东肇庆宣布成立军务院，遥戴黎元洪为总统，推唐继尧为抚军长，岑春煊为副抚军长，梁启超为政务委员长，蔡锷、李烈钧和西南各独立省分的督军、总司令等为抚军。军务院的任务是指挥全国军事，筹办全国庶政，实际上是一个与袁政府相对峙的临时政府，其主要目的在于逼迫袁世凯交出政权。军务院将两广境内的军队统编为护国军，共五个军、一个师、一个旅和一个独立团，准备分别向湖南、江西、福建开进，大举北伐。同时，进行坚持要袁世凯下台的南北交涉。
军务院成立不久，又有陕南镇守使陈树藩、四川将军陈宧和湖南将军汤芗铭相继宣布独立。陈宧、汤芗铭本是袁世凯的忠实爪牙，他们的倒戈，使袁更加沮丧。1916年6月6日，袁世凯这个独裁者和卖国贼在全国人民的声讨和唾骂声中病死，结束了可耻的一生。
袁世凯死后，进步党和西南地方实力派开始与北洋军阀寻求妥协，加速了南北相持局面的结束。按照《中华民国临时约法》，由原副总统黎元洪于6月7日继任总统。29日，黎元洪召开国会，恢复国务院，任段祺瑞为国务总理。7月14日，护国军方面宣布撤销军务院。25日，中华革命党发出通告，宣布停止一切军事行动，护国战争至此正式宣告结束。