台湾是中国的第一大岛，南北延伸约三百八十公里，东西宽约二十至一百五十公里，面积三万五千七百六十平方公里，山地约占总面积的三分之二。中法战争之后，清廷鉴于台湾战略地位十分重要，改为行省，先后以刘铭传、邵友濂为巡抚。中日甲午战争爆发后，清政府命广东南澳镇总兵刘永福率兵两营、福建水师提督杨歧珍率兵十营渡台，加强台湾防御。刘永福至台北后，又增募六营，共八营，仍号“黑旗军”。刘永福奉命帮办邵友濂军务，但不久邵友濂署湖南巡抚，清廷以布政使唐景崧署理台湾巡抚。唐景崧派人回广东招募散兵游勇，作为亲军，驻守台北，而令道员林朝栋率部守台中，令刘永福率部守台南。当时，台湾驻军共有三万三千人左右，其中驻台湾北部者约一万三千人，中部约一万二千人，南部约八千人。
《马关条约》签订之前，日本大本营即已派遣由大佐比志岛义辉率领的混成支队（三个后备步兵大队），在联合舰队的配合下，于1895年3月下旬侵占了澎湖列岛，为进犯台湾岛作准备。
4月17日签订《马关条约》的消息传出后，全国各界群情激忿，纷纷谴责清政府的卖国罪行，主张继续抗战。台湾人民更是义愤填膺，纷纷举行罢市，有的拥入巡抚衙署，有的上书清廷，抗议割让台湾，坚决表示“愿人人战死而失台，决不愿拱手而让台”①。但清政府复电署台湾巡抚唐景崧，谓“台湾虽重，比之京师则台湾为轻。倘敌人乘胜直攻大沽，则京师危在旦夕。又台湾孤悬海外，终久不能据守”。②因此，根本不顾全国人民的抗议，竟于5月2日批准了《马关条约》，后又无耻地向日本新任驻华公使林董保证：“中国和议既定，断无嗾使台民自主之理。”③5月下旬，清廷委派李鸿章的儿子李经方为特派大臣，赴台与日本委任的“台湾总督”桦山资纪商办割台事宜。他们畏惧台湾人民的反对，到达基隆佰后不敢上岸，于6月2日在一艘日本军舰上匆匆办理交接手续。为了保卫祖国神圣领土，台湾军民在极其艰苦的条件下，开展了一场反对割让台湾的抗日战争（参见附图十九）。
一、台湾北部的作战
日本政府在李经方尚未办理交割台湾手续时，就迫不及待地要夺占台湾。早在1895年5月下旬，其近卫师团和常备舰队就已杀气腾腾地向台湾岛扑来。
台湾以台北为政治、经济中心，而基垄淡水又是台北的门户。日军经过侦察，发现基垄淡水都不易攻取，最后确定以基隆东面的三貂湾为登陆地点。由于福建水师提督杨歧珍已于5月26日撤兵内渡，基隆防兵甚单，其东路之三貂岭及澳底诸处，更是无兵防守，仅有少数新募成伍的“土勇”。5月29日，日近卫师团于三貂湾澳底附近的盐寮开始登陆，次日即占领三貂岭。6月2日，日军进占瑞芳，3日即分路进攻基隆，广勇溃散，基隆和台北要冲狮球岭均为日军所占。
唐景崧自5月下旬接到清廷“着即开缺，来京陛见，所有文武大小镑员，着即陆续内渡”①的电谕后，便惶惶不可终日，根本无心抗战。在基隆失守的次日，他即携带库银由台北逃往淡水，6日又乘德轮逃回厦门。日军由于不知台北虚实，不敢轻进，6月7日才派出八十人的先遣队，占领了台北，接着大举入城，并于9日攻占淡水。驻守彰化的林朝栋等得知台北吃紧，连忙发兵增援，行至新竹，听到台北已失，也步唐景崧后尘，逃回了大陆。
6月14日，以桦山资纪为头目的“台湾总督府”进驻台北，开始了日寇在台湾的殖民统治。
二、台湾中部的作战
在唐景崧等官绅畏敌内逃之前，台湾各地的爱国军民就开始组织起来，准备迎击日寇的进攻，因而在唐景崧等内逃之后，立即出现了以人民为主体的台湾军民艰苦抗日的局面。
台南绅民推举曾在援越抗法战场上屡建奇勋的刘永福统率各路抗日义军。刘永福在爱国军民的拥戴下，立誓死守台湾。他布告说：“本帮办则以越南为鉴，迄今思之，无日不抚膺痛哭，追悔无穷。”“自问年将六十，万死不辞。……愿合众志成城，制梃胜敌”。①他以黑旗军为骨干，团结各路义军，肩负起抗击日寇的使命。
鉴于台北陷落，台中空虚，台南孤立，刘永福作了如下部署：以知州刘成良（刘永福子）及提督陈罗、游击李英、都司柯壬贵等分别率部防守旗后（今高雄市）大坪山炮台及四草湖、白沙墩、安平等台南海口；台南内地的防守，则以副将袁锡中率部防后山埤南各处，参将吴世添率部巡守台南府城；各部勇营和各路义军也分别派员联络和统带，布防各地。
当时，台湾西北部的新竹一带义军云集。新竹附近各村庄，组织“民团”，公推生员徐骧为民团长；新竹北埔人姜绍租招募壮丁，组织义军，驻守大湖口（今湖口）；原淡水县吏胡嘉猷率地方武装驻新竹东北山海镇一带；苗栗县官员吴汤兴率数百人赶到新竹御敌；原林朝栋部下傅德星也率兵二营防守新竹城。
日近卫师团攻占台北后，兵力单薄，无法南侵，于是抽调侵占澎湖的比志岛义辉混成支队约三千一百多人协同近卫师团作战。6月中旬，日军分东西两路南侵：东路循山路经三角涌（今三峡西南）、大科嵌（今大溪）、龙潭坡，西路沿大道经桃仔园（今桃园）、中坜、大湖口，合击新竹。东路敌军进入山海镇附近的竹林时，胡嘉猷率义军死拒，由于众寡悬殊，被日军包围。当时，大科嵌人民正举义起兵，徐骧率领的民团也已赶到龙潭坡，军势甚锐，于是三角涌、三峡庄一带人民群起响应，对敌军进行反包围。日军大佐樱井等六十余人被歼。台北日军为探听东路敌军被围情况而派出的二十名骑兵，也被歼灭，仅一人逃脱。最后，东路日军残部逃向大湖口，与西路日军会合。
西路日军于6月13日进犯大湖口，遭到吴汤兴、姜绍祖所部义军的阻击，退回中坜。19日，日军再次进犯，又遭吴汤兴义军和徐骧民团的夹击。但义军饷械缺乏，不能久支，遂撤出大湖口。23日，日军自大湖口攻新竹，义军为避开敌人主力，事先已主动撤出新竹城。
7月9日晚，义军分三路反攻新竹：傅德星率部攻东门，管带陈澄波率所部攻西门，吴汤兴率主力攻南门，姜绍祖、徐骧则各率所部从间道先进。但义军的反攻计划被汉奸侦知，以致日军预先在新竹四郊设下伏兵。攻西门的陈澄波部遭敌伏击败退。吴汤兴部攻南门不利，会合傅德星部，与据城东二三里之十八尖山的敌军展开激烈的争夺战。义军既无大炮，又缺子弹，因而十八尖山得而复失，终未能攻克。姜绍祖率部支援十八尖山战斗时，遭敌截击，不幸被俘，后自杀。义军反攻新竹失败后，退往苗栗以北的尖笔山部署防御。
8月初，日本大本营决定增调第二师团及白炮队、工兵队、要塞炮兵队、宪兵队等加强侵台日军。其第二师团之混成第四旅团于8月9日在基隆上陆完毕。8月12日，日近卫师团长能久亲王即率所部分路进攻尖笔山。义军不支，撤出了尖笔山一线。这时，刘永福已派营务处吴彭年率黑旗军一部（约七百人）北上助战，未等赶到，苗栗已失。吴彭年会合徐骧等义军退守大甲溪。
大甲溪是一道天然的屏障。8月22日，日军南犯。吴彭年率黑旗军埋伏于大甲溪南岸，乘敌刚过溪岸不备，发起猛攻，敌兵大败溃退。正当敌回逃半渡时，徐骧民军伏兵又大呼而出，堵截敌军。日军大乱，纷纷落水，死伤甚众。日寇大败后，不久又增调兵力来攻。当时，吴彭年已率部回守彰化，大甲溪一带由黑旗军管带袁锦清部与徐骧所率民团共同防守。由于日寇收买汉奸从后面偷袭，义军被敌包围。袁锦清力战阵亡。徐骧率民团与敌死战，冲出重围，退往彰化，大甲溪一线遂落入敌手。
大甲溪失守后，刘永福令各军在彰化境内选择大溪扼守，并据守八卦山，同时，派守备王德标统带亲兵七星营三百余人前往增援。八卦山位于彰化城东二里处，是县城的屏障，形势险要。8月27日，日寇自大肚进犯，分多路围攻八卦山。双方激战一天，日军仍不得进。夜晚，敌收买汉奸作向导，从山谷僻径爬上八卦山。义军与敌人白刃相接，展开了日军侵台以来最大的一次肉搏战。吴汤兴和吴彭年先后英勇牺牲，军士伤亡殆尽，民团也死伤过半。最后，徐骧率民团余部且战且退，突围南走。日军占领八卦山后，乘势攻陷彰化县城。同日（28日），日寇乘义军败退之机，抢占了鹿港。此后，日近卫师团按照桦山资纪命令，除向台南方向进行搜索、警戒外，暂停向南进军，以免孤军冒进，招致更大损失。29日，日军一部经员林街南下，相继占领云林（斗六）、斗南、大莆林（今大林），直迫嘉义。
日军所到之处，残杀乡民，焚烧房屋，奸婬妇女，无恶不作。广大人民极为愤慨，纷纷组织起来，配合义军杀敌。大莆林一带地方武装首领黄荣邦、林义成、简成功及其子简精华等，也都率部投奔义军，表示愿效死抗日。于是，抗日义军的力量又得到了补充，并准备向敌人展开反攻，收复失地。但因彰化失守，嘉义吃紧，台南为之震动，加之饷械不济，军队士气有所低落。刘永福“激以忠义，并亲赴嘉义前敌诸营，指授兵机，军威复振。”①他令王德标率七星营守嘉义，令副将杨泗洪率军五营赴前敌作战。
8月30日夜，杨泗洪率领所部进攻大莆林，简精华、林义成等率义民数千人助战。日寇占领该地后，散居民家，警戒疏忽。杨泗洪带领百余人摸到敌营附近，四处纵火。敌遭突然袭击，仓皇逃窜。义军乘胜追击，杨泗洪中炮身亡。管带朱乃昌率所部直趋大莆林，途中与敌遭遇，简精华亦率队赶来相助，激战半日，日寇大溃。朱乃昌挥兵急进，与抄敌后路的黄荣邦、林义成等义军前后夹击，一举收复大莆林。这次战斗，杀敌数百，但朱乃昌也中炮身亡。之后，刘永福令都司萧三发统福字军前敌各营，令简成功总统义民军，令黄荣邦率义民两千五百人，林义成率义民三千人，随简精华大队前进，收复失地。
9月1日，王德标率七星营与嘉义知县孙育万及简精华等义军进攻云林县城，日寇弃城狼狈溃逃。王德标等会合义军追击，简精华率队猛进，把日寇冲为两段。一股日寇窜入山林，被林义成部切断退路，予以全歼；另一股逃回彰化城。黑旗军和义军反攻获胜，极大地鼓舞了台湾人民的抗战热情和杀敌决心。
9月4日，萧三发督率各军包围彰化城。但由于彰化地势险要，日寇兵力集中，炮火猛烈，义军几次攻击均未能得手，只得就近择地屯驻。彰化日军也由于连遭打击，士气消沉，无力继续南侵，唯有等待增援部队的到来。
台湾人民抗战局势已有好转，但台湾孤悬海外，大陆同胞虽有心支援，却遭到清廷严令阻禁。清政府下令封锁海口，断绝大陆人民对台湾的一切支援。刘永福派文案吴质卿（吴桐林）回到内地向各省督抚请求接济，均遭拒绝，致使抗日义军在兵力、物力、财力特别是武器弹药等方面，遇到极大困难。
彰化围城义军数千人饷械不济，连日饥饿。萧三发与简精华等商议，认为“相持非久计，不如并力前进，夺回彰化，或可驻足”①，便于9月23日督率包围彰化的义军发起总攻。敌军负隅顽抗，义军不能克。24日，黄荣邦率部猛攻炮台，中炮身亡。25日，林义成也在率部进攻敌炮台时受重伤。其后，敌大队反攻，萧三发指挥部队力战，受创甚重。徐骧、简精华率义民往援，敌军始退。此时，前敌诸军求饷更急，刘永福束手无策，万分忿懑地说：“内地诸公误我，我误台民。”②
三、台湾南部的作战
日本侵略军自6月中旬开始南侵以来，受到抗日义军的节节阻击，付出了很大的代价，进展迟缓。9月中旬，日军援兵大至，使侵台总兵力累计达到八九万人。日军随即在台北组成“南进军司令部”，由率领增援部队来台的“台湾副总督”高岛鞆之助中将任司令官，大岛久直少将任参谋长，由近卫师团和第二师团共约四万兵力分三路进攻台南：陆军中将能久亲王率领近卫师团（约一万五千人），自彰化经嘉义顺大路直指台南；陆军少将贞爱亲王率领第二师团之混成第四旅团（约一万二千余人），在嘉义西部布袋嘴登陆，向台南翼侧推进；陆军中将乃木希典率领第二师团之第三旅团（约一万二千余人），于台湾南部的枋寮港登陆，经凤山（今高雄县）北指台南。
台湾抗日义军忍饥受饿，面对日寇的大举进攻，仍进行了不屈不挠、英勇顽强的抵抗。
10月初，自彰化出发的敌军大举南侵，各路抗日义军英勇阻击。战斗中，萧三发阵亡，黄荣邦等受伤；敌军也付出了重大代价，其近卫第二旅团长山根少将受了重伤，不久丧命。
10月7日，敌军开始进攻嘉义，被王德标部诱入城郊地雷区，半夜雷发，死伤数百人，能久亲王也受重伤，不久死去。①次日，敌军集中巨炮猛攻嘉义城，协同王德标防守该城的民军领袖徐骧亲上城楼持刀指挥作战，大量杀伤敌军。义军也伤亡甚众。午后，敌人冲进城内，经过激烈巷战，嘉义县城失守，王德标、徐骧等率队退守曾文溪。不久，日军进逼曾文溪，炮火齐发，马步并进。义军既无炮队、马队，又乏粮饷，但士气激昂。徐骧奋勇当前，王德标等率队跟进，在炮火连天中驱杀敌人。徐骧、王德标等先后英勇牺牲，为保卫祖国神圣领土流尽了最后一滴血。
日南进军司令官高岛鞆之助于10月6日自基隆乘“东京丸”出发，8日到达澎湖，与已经到达该地的第二师团会合。10日，混成第四旅团在布袋嘴开始登陆。11日，第三旅团在枋寮开始登陆。敌人一踏上陆地，就遭到台南义军和人民的拚死抵抗。侵略者供称：当其混成第四旅团在布袋嘴登陆之后，“东西南北，到处无不战斗”。“良民奔窜四方，不与我亲近，侦察敌情甚感不便”。①
10月15日，日舰“吉野”、“秋津洲”、“浪速”、“八重山”、“大和”等炮轰旗后炮台，守将刘成良亲自登台拒守。“奸民夜引倭由僻径登岸，突入大营陷之，进围炮台。”②守台将士死伤枕藉，不得已乘间突围，退守台南。
16日，由枋寮登陆北进的日第三旅团占领凤山，台南处于日寇南北夹攻的危险境地。
18日，南北敌军兵临城下，台南城中粮食断绝，守军开始溃散。早在8月23日，日寇“台湾总督”桦山资纪曾托英国领事持书劝刘永福投降，遭到刘永福的严词拒绝和驳斥。但时至10月中旬，刘永福面对嘉义等地相继失守，抗日义军领袖陆续牺牲，军粮弹药已告断绝的困难局面，抗战决心开始动摇，于是，向日方提出了厚待百姓、准许官兵内渡的“建议”，遭到日方拒绝。10月19日晚，刘永福在形势十分危急的情况下，违背其“万死不辞”的誓言，抛弃正在与日寇殊死搏斗的抗日军民，与其僚属十人从安平乘英国商轮逃回了厦门。
10月21日，敌军进入台南城。11月，日军在占领台湾所有重要城镇之后，宣告“全台平定”。但是，台湾人民并没有屈服，他们在与日寇“不共戴天”的誓言下，坚持了长达七年之久的游击战。即使在1902年以后，台湾人民反抗日寇的斗争也从未停止过。
台湾爱国军民抗击日本侵略军的战争，实际上是中日甲午战争的继续，是中日甲牛战争的一个重要组成部分。虽然这次抗战由于清朝政府的卖国政策，最后归于失败，但是，它在中国近代战争史上写下了中国人民反抗外国侵略的光辉篇章，有其不可忽视的重要地位。
台湾抗战证明，人民群众在战争中的力量是不可低估的。在整个抗战的过程中，台湾人民参加的踊跃，动员的广泛，斗争的英勇，战果的显著，都是前所未有的。他们虽然武器简陋，缺乏训练，但有着宁死不屈的决心。“日军被困于‘有全台皆兵之势’的猛烈的游击活动和疟疾之中，投入了五万兵力、两万六千名杂役人员以及联合舰队的大部分，对居民进行了无区别的屠杀，结果反而加剧了居民的反抗。”在不到五个月的时间里，“付出了近卫师团长北白川宫能久亲王以下四千八百名死亡和两万七千名负伤的巨大代价”。①台湾军民浴血奋战，用鲜血和生命写下了反抗外国侵略者的悲壮诗篇。被台湾军民击毙的日军近卫师团长能久亲王