驱逐阿古柏侵略军、收复新疆的战争，是维护祖国统一和领土完整的正义战争。这次战争的胜利，粉碎了英俄勾结阿古柏侵占新疆的可耻陰谋，收复和保卫了祖国西北的这一片大好河山，使新疆各族人民摆脱了遭受英、俄殖民主义者及其走狗阿古柏奴役的命运，重新回到了祖国的怀抱。这在一定程度上洗雪了两次鸦片战争失败所蒙受的耻辱，长了中华民族的志气，灭了侵略者的威风。
这次战争所以取得胜利，主要有以下原因。
一、战争的正义性和人民群众的积极支援
新疆各族人民饱受外国入侵者和地方割据政权的欺压，早就盼望祖国予以救援。他们得知清军出关作战，莫不欢欣鼓舞，奔走相告，并积极行动起来，准备支援战争。特别是清军进军南疆过程中，维吾尔等各族人民“相望于道，军行所至，或为向导，或随同打仗，颇为出力”①。当白彦虎败逃至拜城时，百姓紧闭城门，不许其进入，而刘锦棠所部清军一到，则立即开城欢迎。阿克苏民众也拒绝随敌西逃，“严守以待官军”①。西四城收复后，当地人民还积极协助清军肃清侵略者的残余势力和内部分裂叛乱分子。当年勾引阿古柏入侵的金相印等人及匿居喀什噶尔等地的英印辟员、土耳其军事教官等，都是在人民的积极配合下查获的。另一方面，清军也能注意安抚百姓，宽待俘虏。左宗棠曾指示各部：“各遵行军五禁，严禁杀掠奸婬”，“只打真贼，不扰平民”②。“安集延虐使其众，官军抚之以仁，安集延贪取于民，官军矫之以宽大”③。这对于争取民心，瓦解敌军，筹措军粮，保证“戎机顺迅”，无疑也起了很大的作用。
人民的拥护和支持，大大鼓舞了参战将士的战斗意志和战胜侵略者的决心。在整个作战过程中，清军士气高，勇于克服地形、天候等各方面的困难。如收复南疆东四城时，“官军整旅西征，于冰霜凛冽、弥望戈壁之中，一月驰骤三千余里，……诸将士踊跃用命”④。收复西四城时，同样是不顾疲劳，远程追击，其功成之迅，连力主西征的左宗棠也感到“非意料所及”⑤。除了将士用命之外，出关清军在装备和军事素养方面较以前有所提高，加之他们大多有在陕甘地区作战的经验，而新疆的某些自然条件又与陕甘相近，这也是克敌制胜的有利条件之一。
二、清政府决策正确，选将得当
在这次战争中，清政府对英、俄帝国主义的外交政策，基本上是正确的。英帝国主义对中国收复新疆曾多次进行干涉和阻挠，清廷采纳左宗棠等人的正确主张，断然予以批驳，拒绝其无理要求，坚决实施驱逐阿古柏、维护祖国领土完整的战争，并将其进行到底，是符合中华民族利益的。在索还伊犁问题上，清政府以武力为后盾，配合外交上的折冲，使伊犁得以索还。毫无疑义，如果没有左宗棠等的积极备战，单凭外交斗争，想叫贪婪成性的俄国侵略者吐出已经吞下的猎物是不可能的。
选将是否得当，直接关系到战争的胜负。此次收复新疆，清政府不但采纳了力主进军西北的左宗棠的正确意见，而且任命他为钦差大臣，督办新疆军务。同时，在战争准备和实施过程中，能授予左宗棠以应有的权力，使其事权专一，能实施集中统一的指挥。而左宗棠对于前敌指挥刘锦棠也能做到充分信任，不加遥制，使其有随机应变之权。这些，对于保证战事的顺利进行，无疑起了重要的作用。
三、战略方针和作战指挥正确
这次战争之所以能够取得胜利，军事战略和作战指挥的正确是一个很重要的原因。左宗棠提出的“缓进急战”、“先北后南”的作战方针，体现了因地制宜、稳扎稳打、积极主动的思想。有了正确的作战方针，加上负责前敌指挥的刘锦棠又能比较准确地判断敌情，灵活机断地进行指挥，因而基本上做到了每战必胜，兵锋所指，侵略者望风披靡。
清军在战争指导上的特点，突出地表现在以下几个方面：
（一）充分做好战前准备
“军事莫重于转饷，而转饷莫难于塞外。”①这次作战的地区，人稀地广，远离中原，交通不便，地形复杂，又是特殊的大陆性气候，雨量稀少，冬夏、昼夜的寒暑变化急剧。军队在这样的地形条件下运动和后勤保障有极大的困难。新疆产粮本来就不多，加之由于地方割据政权之间的混战和阿古柏等的入侵，人畜流亡，田园荒芜，就地补给不易。因此，筹集和运输粮食问题，自然成了保证整个军事行动的顺利进行必须首先解决的战略性问题。左宗棠强调“粮运两事为西北用兵要著”，正是把后勤保障问题提到战略的高度，集中力量加以解决，并在整个战争过程中始终予以重视。实质上，这就是“缓进”所包含的核心问题。为了准备好粮食、军械的屯集，清军对于需用多少兵力、多少粮食、多少经费、多少车驮，都作了周密的计算和积极的筹划。
整个战争中，清军的准备时间是较长的。从1874年9月开始，准备了一年半之后方正式发起进攻。战争历时一年半，其中实战时间不过半年多一点，其余大部分时间都用之于战前准备。收复北疆后到进军吐鲁番，准备了半年，利用冰雪严寒的冬天整训部队，到第二年春天才发起进攻。从收复吐鲁番到边军南疆又准备了四个月，避开了酷暑，等到秋天转凉后才继续西进。在进军过程中，清军一段路程一段路程地凿井开渠，备粮、备水、备草。在准备工作尚未完成之前，决不轻易对敌发起进攻。一旦完成了战前准备，则不失时机地发起进攻，力求速决。收复达坂、吐鲁番、托克逊之战，实战时间不到半个月；奔袭数千里，收复南疆八城，也只用了四个半月的时间。
粮运问题始终直接影响着战争的行动，这是当时进军新疆的一个重要特点。清廷认识到，“此次远道进兵，粮饷必须充裕”。“必须士饱马腾，方足以壮军威而张挞伐。”①左宗棠反复强调“担迟不担错”，其用意也主要在于充分做好粮运工作。每次作战开始的时机，总是以粮食问题为转移。如进军北疆，必待“占城储峙稍充”和“新谷遍野，有粮可因”时，才令各营“长驱大进，直捣贼巢”。②转兵南路和收复南疆八城时，也总是先考虑粮食是否充裕，确保前敌将士无悬釜待炊之虞，而后开始行动。
（二）正确选择战略方向
战略方向的选择，是一个胜败攸关的问题。进军新疆，清军有几个战略方向可以选择，一个是先北后南，另一个是先南后北，再就是南北两个方向同时并进。如果南北并进，势必分散兵力，即所谓“减后劲之军，增前路之贼，非计之得也”③。如果采取先南后北的方针，根据当时的态势和道路情况，即是以主力从哈密西攻阿古柏军的主要设防地域吐鲁番和托克逊，得手后，再由南而北夺占达坂，进取北疆。采取这一方针，弊病甚多。首先，不能利用清军已控制东天山北路许多城镇的有利条件，如果北路之敌乘机东进，即使这些城镇不失于敌手，也会造成白彦虎等回窜陕甘，扰乱后方，出现既要顾前又要顾后的不利局面。其次，吐鲁番、托克逊乃是阿古柏军的主力所在，如清军首攻南路，阿古柏势必倾全力抗拒。即使清军能进至吐鲁番，也将因师行戈壁，粮草难继，顿兵坚城而兵疲意沮。一旦北路之敌由古城南下抄袭后路，那么，清军非但不能速决，且有可能进退维谷，导致失败。再次，外蒙古是清军北路运粮的重要通道，又是清军进退的依托，如果清军主力配置在天山以南，敌军势必威胁清军这一重要翼侧。事实上，在战前，敌人已多次袭扰这一粮道。正是由于清军集结主力于北路，加强了后方供应线的保护，才阻止了敌人窜扰的行动，使其失去在北路广大地区回旋的余地。相反，清军采取先北后南的战略，则处处主动，措置裕如。阿古柏侵略军的巢穴和主力均在南疆，北疆（不含伊犁）则是刚归附阿古柏的白彦虎及马人得等的势力，他们虽然盘踞北疆的大部地区，但互有矛盾，指挥不统一，力量不集中，便于乘虚而入，各个击破。首先消灭北路之敌，进可打开南疆门户，迅速扩张战果，退可守住稳固的基地。因此，清军采劝先北后南”的方针是正确的。正是由于正确地选择了战略方向，从而做到了首战告捷，取得了主动，然后由北而南，节节深入，使阿古柏侵略势力节节败退，直至被消灭。
（三）灵活实施作战指挥
清军之所以能够速战速决，还由于作战指挥比较灵活，能审时度势，正确选择打击目标，集中兵力，各个击破敌人。如收复北疆的作战，攻乌鲁木齐以前，先打古牧地；在攻古牧地时，佯示敌以从大路进攻，而把主攻方向选择在黄田，采用奇袭战法，突然行动，打乱了敌军部署；得手后，立即以数倍于敌的优势兵力，从两个方向实施突击，并注意步、骑、炮兵之间的协同动作，形成拳头，迫使古牧地之敌纷纷溃降，从而动摇了北疆守敌的全局，保证了乌鲁木齐和北疆其它各城的迅速收复。进兵南路时，则采取分进合击的方针，“使贼备多力分，不至为所牵缀”①，取得了决战的胜利，歼灭了阿古柏的主力，为收复南疆奠定了胜利的基矗在进军过程中，清军还十分注意侦察敌情，善于抓住有利时机，大胆实施机动。如收复达坂、吐鲁番和托克逊后，本打算在做好更充分的准备之后再逐步西进，但经过侦察，发现敌人企图逃跑时，前线指挥刘锦棠能立即机断行事，挑选精壮，跟踪追击。在长途追击中，前锋部队不顾饥饿劳累，昼夜兼程，敢于以少胜多，勇猛冲杀，使敌人得不到喘息之机，后续部队也能快速跟进，紧密协同，从而保证了南疆八城的迅速收复和战争的最后胜利。
从敌人方面看，阿古柏依靠英俄帝国主义支持，进行投机冒险的侵略活动，其本质和基础自然是虚弱的，经不起为保卫祖国而战的优势清军的打击。阿古柏在军事上固然有其狡诈的一面，但毕竟还是愚蠢的。他在新疆进行了长达十四年的殖民统治，而战前准备却并不充分。当清王朝忙于镇压陕甘回民起义无暇西顾时，阿古柏未能控制哈密这个新疆通往内地的咽喉要地；在清军进疆之初，又未能趁清军主力尚未到达哈密及巴里坤、济木萨等地时，事先抢占这些战略要点，使清军陷于不利境地。阿古柏仗恃其主子英国的势力，寄希望于清政府屈从英国的压力，承认其所谓的“哲德莎尔”殖民统治，因而错误地判断了中国军民驱逐侵略者的决心。在作战指挥上，他基本上是实行一种被动挨打、消极防御的方针。在清军进攻古牧地时，他躲在托克逊；当清军进攻达坂时，他更远逃喀喇沙尔。这样，势必使其内部固有的矛盾迅速发展，以致互相观望，互不协同，为清军逐个歼灭提供了条件。