一、起义的爆发与发展
（一）陕西回民起义
继云南回民起义之后，在太平天国革命和捻军起义的影响下，1862年（同治元年）在我国西北的陕甘等地爆发了以回族人民为主的各族人民武装起义。这次起义的烽火遍及陕西、甘肃的大部地区，时间长达十二年之久，成为以太平天国革命运动为标志的全国轰轰烈烈的反清革命洪流的一个组成部分。
1853年太平天国定都南京以后，长江中下游各省大部为太平军所控制。清王朝为筹集浩繁的军费，镇压太平天国及其影响下的各族人民起义，加紧了对包括西北地区在内的尚未遭受战争破坏的所谓“完善之区”的搜括。陕西除每月向京师解饷银数万两外，还要协济用兵各省的大量军饷。这些负担全部落到了陕西各族人民的头上。随着协饷的加重，正税不够供给，苛捐杂税相继繁兴。贪官污吏乘机敲榨勒索，草菅人命。在残酷的剥削和压迫下，人民群众无以为生，被迫“聚众抗官”。 1861年，靠近省城西安的临潼就发生过杨生华“聚众抗粮”的斗争。
回族人民不但遭受沉重的封建剥削，而且还遭受残酷的民族压迫。陕西是回民比较集中的地区之一（主要分布在泾水和渭水流域），全省回族人口约百万。在历史上，回汉等族劳动人民杂居，虽然宗教信仰和风俗习惯不同，但都处在被剥削被压迫的地位，因而在共同劳动和反对封建剥削压迫的斗争中，保持着较好的关系。可是，清朝统治阶级为巩固其封建统治，实行反动的民族政策，极力破坏回汉人民的团结。他们一方面笼络回汉地主阶级和其他民族的上层分子，另方面极力挑拨各民族间的关系，以达到分而治之的目的。由于采取所谓“护汉抑回”、“以汉制回”的政策，回族人民政治地位低下，备受歧视和侮辱。在经济上，不但回族劳动人民要受残酷的封建剥削，回族地主、工商业者也因与汉族地主、工商业者争夺土地和市场而受到排挤打击，彼此矛盾很大。统治者有意制造和扩大矛盾，诱使汉人中的地主豪绅分子欺压回人。回民告之于官，官府偏袒汉民，“凡争讼斗殴，无论曲直，皆抑压回民”①。这样，在回民中逐渐形成一种仇视汉人的心理。回人积怨既久，起而仇杀汉人，清朝统治者便借口保护汉人，动兵杀戮回人。其结果，回汉两族人民往往认识不到他们共同的敌人是清朝统治者，而在两个兄弟民族之间埋下了不和的种子，“日积月长，仇恨滋深”，以致演成回汉械斗和仇杀事件。
由于原驻陕西的清军多调赴外省与太平军、捻军作战，为了防止人民的反抗，陕西当局命令各州县大力兴办团练。这些地方武装一般都掌握在汉族地主阶级手里，成为他们镇压人民的反动工具。督办陕西团练大臣张芾，就是泾陽的大地主，做过江西巡抚，因在九江镇压太平军失败被革职留任，1861年回省守制。他是一个大汉族主义者，极力主张镇压回民，这时便用团练来杀害回民群众。1862年5月，进入陕西的太平军扶王陈得才部联合捻军直逼西安，蓝朝柱起义军也已由四川进入汉中，全陕震动。陕西巡抚瑛棨和团练大臣张芾慌忙调集各地团练往南山堵御太平军；同时，加紧了对回民的迫害。
太平军入陕，给正处于水深火热之中的回民群众带来了希望。当年5月，训导赵权中所属团练中的数百名回勇，不愿和太平军作战，杀死带队的恶霸地主赵炳堃，散归家乡渭南。途中，部分回勇因砍购竹竿与汉人发生争执，被当地团练打死二人。回勇赴华州（今华县）控诉。知州濮垚竟然说：“尔回子与长毛（按：指太平军）勾通谋反，打死一回，即少一贼。”①回勇无奈，避居城外秦家村。不久，华州、华陰团练近万人突然将秦家村及附近回民村庄抢劫一空，又四处散发“陕西不留回民，天意灭回”的传帖。渭南、大荔、耀州（今耀县）、富平、同官（今铜川市西北）、高陵等地团练亦纷纷效尤，大杀回民。在生死存亡的关头，华州回民首先起义，渭河两岸的回民争相响应，未经旬日，各处回民俱行激变。从此，声势浩大的陕西回民起义迅速发展起来。
任武、赫明堂是领导渭南、华州、同州（今大荔）一带回民起义的著名人物。他们曾参加过云南回民起义，事败后逃匿渭南仓头镇，秘造武器，待机再起。在这次起义中，他们发动回民群众，杀死训导赵权中等。渭南胥吏洪兴还派人到西安东南太平军驻地尹家卫联系，引导太平军先后攻下渭南城和华州城。后太平军因回救庐州，很快离陕东征，回民军继续坚持斗争，打击地主武装。
面对迅速发展的回民起义，以巡抚瑛棨为首的陕西文武官员惊恐万状，不知所措，“筹剿无兵”，“不能不暂行抚慰”②，派遣官绅分赴各地“安抚”。6月4日，张芾等在临潼油坊街和回民谈判时，无理要求交出任武。回民甚为气愤，将他押往仓头镇，于6月9日处死。这一行动，沉重打击了陕省当局的“招抚”陰谋，显示出回民群众与清统治者斗争到底的决心。
同州府地区回民起义军主要以大荔的王阁村、羌白镇和渭南的仓头镇为据点，向清军展开进攻。6月17日至25日，起义军围攻同州城九昼夜不克，遂撤围西进。29日，各地回民军联合逼攻西安，次日即攻占城西金胜寺，歼灭大批团练。7月21日，起义军又攻占团练的根据地、距西安仅二十里的六村堡。从此，西安附近的团练武装精税皆尽，守城清军（陕西提督孔广顺所部三千余人）更形孤立。
回民起义的烽火迅速遍及八百里秦川，起义队伍扩大至二十余万。当时陕西回军主要首领除任武、洪兴、赫明堂外，还有马正和、马四元、白彦虎、马生彦、禹得彦、余彦禄、孙玉宝、二河州等。其中有的是富甲一方的地主、商人和阿訇等上层分子。起义军的领导权掌握在他们手中，虽然对发动和组织群众起过一定的作用，但其消极影响也是显而易见的。起义军的武器很原始，主要是菜刀、镰刀、铡刀等家具和农具，再就是用竹竿削制的竹竿槍。象抬槍、火炮之类的火器，开始时为数极少，而且是从敌人手中缴获来的。
陕西回民起义的迅速发展，严重威胁到清王朝在西北的统治。清廷急令荆州将军多隆阿率军入陕，可是他正被太平军牵制 在江淮之间，只得又命直隶提督成明率所谓精锐京兵，从山西驰援。1862年8月25日，成明率京兵和豫勇共五千人由朝邑“进剿”， 在洛水南岸为回民起义军所败。成明退至朝邑，豫勇逃往大荔。清廷催钦差大臣胜保率军入陕。9月上旬，胜保率军由潼关西进时，就不断遭到回民起义军的袭击。临潼一战，伤兵勇千余人，接着又于斜口镇（临潼西南）遭到起义军的堵截，只得缩回临潼，后绕道进入西安。当时，西安附近的回民军集中于咸陽渭河沿岸，以苏家沟、渭城为根据地，屡败清军。11月上旬，胜保“派兵勇及百姓马步兵共四万余人，大战于苏家沟，……及与回民战，望风逃窜，兵马自相践踏，死者数万”①。与此同时，回民军乘胜保军集中于西安，东部兵力空虚之机，于同州一带发动进攻，在敷水镇（华陰西）生擒署潼关协副将哈连升，夺取其营垒军械，并进逼澄城、郃陽（今合陽）、朝邑等地。胜保奉命赶回潼关，与新授西安将军穆腾阿等督军镇压同州一带起义军。由于粮道被起义军切断，军食不足，清军不敢出战。胜保不得不奏称：“陕回族类繁多，贼马过众，此剿彼窜，东突西驰。臣所部兵勇只有一万数千人，……非再添兵万余不能早就荡平。”②
清廷以胜保连战皆败，将其革职，解京问罪，改授多隆阿为钦差大臣，督办陕西军务。1863年1月中，多隆阿率部由河南入陕。当时，回民起义军正围攻同州城，突遭多隆阿军进攻，腹背受敌，被迫撤围。多隆阿于同州接受关防，连同胜保诸部，共有兵二万余人。接着，清军集中力量进攻回民起义军的重要据点王阁村和羌白镇。起义军采取游击战法，不断袭击敌军，并用骑兵截击清军运输线，使其饷械皆缺，进攻受阻。多隆阿一面筹备军火粮食，一面派人至王阁村“招抚”。起义军内部组织本来就很松散，领导人之间彼此争权，遇敌“招抚”，矛盾激化，以致相互攻杀，对敌人的进攻却缺乏应有的准备。在一切准备就绪以后，清军用突然袭击的方式，占领了羌白镇和王阁村。5月19日，筑有坚固防御工事的另一重要据点仓头镇也被清军攻占，回军遭到巨大挫折。
仓头镇失守后，陕西东部地区的回民军向西转移，集中于泾陽、高陵、咸陽一带。他们与西安地区回民起义军互相配合，共同战斗。当时，陈得才领导的太平军已由湖北竹山县一带再度攻入陕西，占领汉中；蓝朝柱起义军也在川陕边境活动。在这两支革命力量遥相呼应下，陕西回民军加紧围攻西安。甘肃提督马德昭和陕西提督孔广顺等率兵七千余人，困守西安，不敢出战。8月15日，清廷以陕西巡抚瑛棨“但知株守省垣，一筹莫展”①，下令将其革职，由四川布政使刘蓉接任（刘蓉未到任前，由按察使张集馨代理）。9月初，多隆阿到达西安，再次施展“招抚”伎俩，派人到回民起义军中诱降。瑛棨也利用西安城中的回绅频繁地在回民军首领中进行“招抚”活动。孙玉宝等经不起利诱，向敌投降。1863年10月初，多隆阿部向回民军发动进攻，13日攻占高陵县城。接着，多隆阿令新任陕西提督雷正绾部由泾陽渡泾而南，总兵曹克忠部渡渭而北，共同扼守咸陽，阻截回民军西退；多隆阿自率主力从高陵渡泾，逼近苏家沟。回民起义军“自渭达泾，纵横十余里，排列旌戟若林，严阵以待”。②22日，清军分两路发起进攻。起义军拚死抵御，终因伤亡甚众，从苏家沟和渭城撤退。白彦虎、马生彦、禹得彦、余彦禄率部向西北经醴泉（今礼泉）、乾州（今乾县）退至邠州（今彬县）。其后，一部南下凤翔，与崔伟领导的当地回民起义军联合作战。未几，凤翔、邠州分别为新任甘肃提督陶茂林和总兵曹克忠所部攻占，回民起义军大部退至陇东的董志原。其他回民军也在赫明堂等率领下，经武功、郿县、凤翔、陇州（今陇县）进入甘肃东部地区。从此，陕甘回民起义的中心由陕西转到甘肃，陕西回民起义斗争转入低潮。
（二）甘肃回民起义
陕西回民起义前后，曾派人前往甘肃，联络各地回民，共谋起事。待陕西回民起义发展到陕甘边境时，甘肃各地回民即纷纷起而响应。在很短时间内，起义就扩展到甘肃全境。1864年初，陕西回民军陆续进入甘肃，甘肃回民起义的声势更加壮大。清统治者惊呼：“现在甘肃之平凉、静宁、隆德、安定（今定西），省南之巩昌（今陇西）、秦州（今天水市）、伏羌（今甘谷）、清水，省北之宁夏（今宁夏银川市）、平罗、灵州（今宁夏灵武）、固原，莫不揭竿而起，蜂屯蚁聚，滋蔓难图，绵延地方数千里”。①
多隆阿准备由秦度陇，镇压甘肃回民起义。他为了解除西征时的后顾之忧，企图迅速攻下由蓝朝柱起义军固守的陕西盩厔。3月30日，多隆阿在亲自指挥攻城时为起义军击伤头部，不久死去。清军丧失了主帅，不能锐意西进，减轻了对甘肃回民军和已经进入甘肃的陕西回民军的压力。
1864年5月、6月间，清王朝调福建水师提督杨岳斌充任陕甘总督，刘蓉督办陕西军务，都兴阿督办甘肃军务。陕西提督雷正绾帮办甘肃军务，率同甘肃提督陶茂林及总兵曹克忠等“专讨”甘肃回民军。同年7月太平天国天京陷落后，清王朝得以把镇压太平军的清军抽调到西北来镇压回民起义军，以致“甘省一隅之地，而统兵大员专折言事者，已至八员之多”②，兵勇则达七八万人。但这些统兵将领派系不一，各自为政，意见分歧，且他们深恐与回民军硬拚，胜败难保，“不如击之使走，捷报频闻，可为幸功邀赏之地”①。所以，清军虽曾攻陷回民起义军占领的固原、盐茶厅（今宁夏海原）、平凉等地，而起义军的实力却未受到大的损失。陕西、甘肃回民军互相配合，采用避实趋虚、飘忽靡常的游动战法，仍打了不少胜仗。
9月中旬，雷正绾正率三十营清军进攻甘肃莲花城（秦安东北），闻知回民军再次攻下固原，便“欲急克莲花城以向固原”②。起义军利用莲花城附近山路崎岖、沟壑纵横的有利地形，在山沟内埋伏重兵，另以小队诱敌。待清军进至包围圈时，伏兵齐出。清军乱作一团，千余人被歼，雷正绾脸部也被刺伤。直至11月上旬，雷部才攻下莲花城。其后，雷正绾回军平凉，向固原前进；曹克忠部由莲花城南下，迫使正在围攻秦州的回民起义军撤围南走；陶茂林部则向西进军，于12月中旬玫下金县（今榆中），进入兰州。
1865年1月中旬，回民军计取灵台，雷正绾急忙由开城（固原南）回军东向，夺回灵台。其后，雷部仍北攻固原，直至2月26日方得手。6月，雷部由下马关（今宁夏同心东）经惠安堡、石沟驿北进，曹克忠部由同心城经宁安堡（今宁夏中宁）折向东北，会攻吴忠堡（今宁夏吴忠）西南的金积堡。回民起义军在马化龙领导下，不断袭扰敌军。他们阻截清军运道，并将沿途井泉水窖填塞。清军在金积堡南面十五里的强家沙窝等地被阻将及半月，吃喝艰难，为摆脱困境，乃于7月24日发起进攻；在攻占了回民起义军的几座堡垒以后，因所获无几，士气更加低落。29日，曹、雷两部从东西两面进攻，回民军以一部兵力从正面阻击敌人，另以万余马队从十里外绕至敌后。清军腹背受敌，军心动摇，狼狈逃窜。回民军乘胜追击，毙敌三四千人，并缴获大批军需器械。雷正绾腿中炮弹，曹克忠坐骑受伤，分别率残部退至预望城（今宁夏同心东南）和盐茶厅。
除了回民起义军外，当时在陕甘两省还有两种反清力量：一是饥民武装，如董福祥、高万镒、李双良等领导数十万饥民武装活动于甘肃庆陽府和陕西延安府、鄜州等地，张贵领导的饥民武装也众达二十八营之多，在甘肃东部的会宁、静宁、通渭、秦安一带同清军作战。一是哗变的清兵，如陶茂林部、雷正绾部以及兰州的督标兵等都曾发生哗变。饥民武装和哗变的清兵队伍，不仅间接地配合和支援了回民军的反清斗争，有的还和起义军有某种形式的联合，共同打击清军。
甘肃回民起义在不断发展的过程中，逐渐形成了四个反清斗争中心：一个是马化龙领导的以金积堡为中心，包括宁夏府和陇东在内的起义地区；一个是马占鳌领导的以河州为中心的回、撒拉、东乡族起义地区；一个是先后由马文义、马桂源和马本源领导的以西宁为中心的起义地区；一个是马文禄领导的以肃州（今酒泉）为中心的起义地区。陇东的董志原，则是陕西回民军的根据地。回民起义军不断向清军进攻，使其文报梗塞，粮饷奇绌，省城兰州处于孤立地位。清王朝在甘肃的统治力量处于风雨飘摇之中，以致陕甘总督杨岳斌在奏折中哀叹：“现在河狄之贼扰于南，平固之贼扰于东，宁灵之贼扰于北，凉肃之贼扰于西，几于剿不胜剿，防不胜防。臣若株守省垣，则饥军终虞坐困；若出省剿办，则根本时虞动遥外察赋势，内度兵力，实属不敷分拨。”①
同年11月，捻军首领张宗禹按照赖文光“前进甘陕，连结回众”，以成犄角之势的战略思想，率西捻军三万余众自河南进入陕西华陰、渭南境内。清廷害怕回民军与西捻军联合，急令湘军援陕。曾国藩派提督刘松山统老湘军十八营由河南前往。留陕帮办军务的前陕西巡抚刘蓉（时乔松年为巡抚），一面奏调防守中卫（今宁夏中卫）的穆图善部移驻甘陕交界的泾州（今甘肃泾川），防止回捻合势，一面率三十营清军从陕西西部的陇州、邠州一带东下，专力攻捻。1867年1月23日，西捻军在西安灞桥大败刘蓉部清军，取得灞桥大捷后，乘胜包围西安。在甘肃境内的陕甘回民起义军为西捻军入陕及其胜利所鼓舞，也在甘肃发动进攻，六七万回民军在庆陽将清军围困达一月之久，雷正绾部只得杀骡马为食。回民军在甘肃拖住大量清军，并乘刘蓉率部东下之机，由陇东分数路向陕西进军。其中张家川回民李得仓领导的一支回民军，从甘肃华亭进入陕西凤翔府；另一支回民军从甘肃宁州（今宁县）官河镇进至陕西三水（今旬邑）、淳化、宜君一带；马长顺等率万余回民军由董志原、庆陽经洛川进到澄城、韩城、郃陽、朝邑一带。陕北也有回民军和董福祥等领导的饥民武装在活动。
回民起义军由甘肃进入陕西以后，与西捻军协同作战，共同打击清军。他们为西捻军作向导，并为其购买新式槍炮，从物质上给予帮助。
1867年5月初，回、捻两军在同州许庄将尾追其后的刘松山所部老湘军包围，给敌人以重大杀伤后，即挥师西向，进逼西安。5月27日，刘松山等率军赶到，西捻军与清军接战十余次，终于失利。此后，回民军与西捻军虽然各自为战，但仍时离时合，在一定程度上起到了战略上相互配合的作用。
二、左宗棠入陕及其作战部署
由于杨岳斌对镇压陕甘回民起义束手无策，清王朝不得不另调闽浙总督左宗棠接任陕甘总督。1867年1月，左宗棠从福州取道江西到达汉口，随即进行各项准备工作。2月，清廷又授左宗棠为钦差大臣，催其迅速北上，督办陕甘军务。
左宗棠深知回民军和捻军联合后更加难以对付，因此，他向清廷进陈方略说：“方今所患者，捻匪回逆耳。以地形论，中原为重，关陇为轻；以平贼论，剿捻宜急，剿回宜缓；以用兵次第论，欲靖西陲，必先清腹地，然后客军无后顾之忧，饷道免中梗之患。”又说：“进兵陕西，必先清关外之贼，进兵甘肃，必先清陕西之贼，驻兵兰州，必先清各路之贼，然后饷道常通，师行无梗，得以一意进剿，可免牵掣之虞。”①这个方略的核心是“先捻后回”、“先秦后陇”，关键则是“不令捻回合势”。
7月，左宗棠所部楚军近二万人由湖北樊城分三路到达陕西（参见第五章《捻军起义战争》第四节）。按照其“先捻后回”的既定方针，以先期入陕的刘松山所部老湘军、郭宝昌所部皖军、刘厚基所部湘军和新到的高连升部楚军共二万一千余人进攻捻军，以帮办刘典所部楚军和黄鼎所部川军共八千余人驻陕甘边界，对付回民起义军。其余楚军万余人，分驻凤翔、宜君、华州、华陰、渭南、临潼等地，策应各军，为“兼讨回捻之师”。西捻军识破了左宗棠的陰谋，迅速跳出包围圈，在回民军配合下，向陕北挺进。与此同时，陕甘回民起义军仍不断从甘肃进入陕西，与西捻军共同抗清。
10月至11月间，西捻军和回民军取得了连克陕西安塞（今安塞南）、延川、绥德等城的胜利。左宗棠智穷力竭，不得不上奏“自请严议”。可是，由于民族和宗教信仰不同等原因，回民起义军和西捻军的联合没能得到进一步的发展，一直处于“时离时合”的松散状态，既没有统一的组织形式和集中领导，也没有共同作战的长远计划。更由于统治阶级施行分化离间政策，回民起义军的领导权又掌握在上层分子手里，个别回民军首领利用一部分群众的狭隘民族主义思想，有意挑起回民军与西捻军之间的互相攻杀事件，严重地破坏了这两支起义队伍的联合，致使左宗棠“不令捻回合势”的方略得以逐步实现。同年12月中旬，西捻军为救援东捻军，由宜川东面的壶口渡过黄河进入山西，回民起义军在陕西处于孤军作战的不利地位。虽然这时左宗棠率清军主力入晋追击西捻军，陕西清军大大减少，但由于回民军股数众多，互不统属，未能对清军实行有效的打击。在清军节节进逼下，起义军转取守势，十分被动，以致鄜州、宜君、三水、绥德等地相继失陷。
1868年11月，左宗棠参加镇压西捻军以后回到西安。他以陕西大局已定，遂加紧进行进军甘肃的各项准备。
第一，整顿部队。驻陕清军，除左宗棠所部楚军外，还有刘松山的老湘军、郭宝昌的皖军、黄鼎的川军等；驻甘清军更为庞杂。这些部队不但待遇差别很大，而且编制很不统一，有的名为一营，实际只有二三百人，有的则多至数倍。为了整齐划一，左宗棠下令淘汰疲弱，一律按楚军的编制加以整顿，统归其指挥。同时，在陕甘就地招募新兵。到1869年时，左宗棠和刘典直接统辖的楚军就有步队五十五营、马队十五营，共三万人左右。
第二，诱降饥民武装。在西捻军退出陕西、回民起义军大部转入甘肃以后，董福祥领导的饥民武装仍在陕北一带活动，对清军威胁很大。董福祥与金积堡和董志原的回民起义军都有联系，是左宗棠进攻甘肃的一大障碍。于是，左宗棠在榆林、绥德、延长各驻一军，截断董福祥东渡黄河之路；又派刘松山率部从山西渡过黄河，由绥德西行，直逼董福祥的根据地镇靖堡（今陕西靖边南）。刘松山通过收买董福祥的父亲董世有，诱使董福祥投降。刘松山收其众十多万人，从中挑选精壮，按楚军编制，编为“董字三营”，由董福祥、张俊和李双梁各带一营。董福祥的投降，不仅使回民起义军失去了一支同盟军，并直接威胁到金积堡和董志原的安全。以后左宗棠正是利用董福祥的“董字三营”为前驱，进攻金积堡、西宁和肃州等地的回民起义军。
第三，占据董志原。董志原在甘肃宁州境内的马莲河西岸，纵约一百五十里，横约二百八十里。这里自然条件优越，“地平旷饶沃，可耕可牧”，且“北通灵州，南达陕疆”①，扼陕甘两省必键。1864年以后，陕西回民起义军主要以董志原为根据地，其活动范围延袤三四百里。他们按原来的村寨或教坊关系择地而居，一个大的居住区叫做一营。营既是生产单位，又是作战组织。每营人数不等，多至数万，少则几千。营的领导者主要是阿訇和回族上层人物，也有一些是在斗争中涌现出来的得到群众拥护的农民和手工业者。陕西回民军在董志原共有十八大营，与金积堡回民起义军、陕北董福祥领导的饥民武装都有联系，曾攻陷庆陽、宁州、镇原、平凉等城和五百余个堡寨，并不时进入陕西活动。1869年3月，左宗棠派兵向正活动于正宁（今正宁西南）、邠州的回民起义军进击，回民军作战失利，退回董志原。由于重兵压境，加上伤亡很大，回民起义军决定进行改编，将原来的十八大营合并为四大营，并退出董志原根据地，撤往金积堡。4月3日，回民起义军一部护送家属辎重，分两路向驿马关、北汊河北撤，崔伟、马正和等率领万余人埋伏在董志原，阻击清军，掩护撤退。清军事先得到了情报，待起义军刚刚开始撤退时，即分路猛扑。回民军损失三四万人，由环县、固原两路经下马关退往金积堡地区。清军占据了董志原一带，打通了尔后进军金积堡的通道。
第四，兴办屯田，安定后方。左宗棠认为：“陕甘之事，筹饷难于筹兵，筹粮难于筹饷，筹转运尤难于筹粮。”①胜保、多隆阿、杨岳斌等人未认识用兵西北的这个特点，一味增兵猛进，结果后方不稳，兵多饷绌，粮运不继，屡遭失败。鉴于他们失败的教训，左宗棠决定实行稳打稳扎的方针。他首先把既占地区巩固起来，就地兴办屯田（分兵屯、民屯两种）。这是左宗棠解决军粮困难，稳定后方的一个重要措施。
第五，拟定“三路进兵之策”。左宗棠决定分三路向甘肃进军：刘松山率部由绥德西进，名义上进攻花马池（今宁夏盐池），实际上指向金积堡，是为北路；李耀南、吴士迈率部由陇州、宝鸡趋秦州，是为南路；左宗棠和刘典率军自乾州经邠州、长武赴泾州，是为中路。三路之中，北路是重点进攻方向；南路暂取守势，目的是牵制河州（今临夏）、狄道（今临洮）的回民起义军，切断其与金积堡之间的联系，并作进攻河州的准备；中路则以协助北路为主，照顾南路为辅。
三、金积堡之战
一切准备就绪之后，左宗棠开始向甘肃回民起义军大举进攻，矛头首先指向金积堡。
金积堡在灵州西南五十余里，东通花马池，南通固原，西枕黄河。当地回民起义领袖马化龙是伊斯兰教中新教的首领，世居金积堡，富甲一方。他有智有谋，在回民中有较高的威望。1862年他领导当地回民起义之后，陕甘回民纷纷投奔金积堡，以致势力大振，多次把进攻的清军打得大败。1865年，原多隆阿部将穆图善接任宁夏将军，督办甘肃军务。他采取招降政策，宁夏起义回民举城投降。马化龙虽然也接受了“招抚”，但仍保持相当大的独立性，地方公事及征收钱粮等向皆由他主持，拥有委任参领、协领以至知州等大小辟吏和管理军政事务之权。马化龙和他委任的官吏在金积堡地区执行团结汉民和“少杀人”、“重农事”的政策，领导回汉人民兴修水利，增加粮食生产，促进了经济发展，人民生活比较安定，受到当地群众的信任。左宗棠也承认：灵州一带回民素听马化龙之命，对清政府委派的地方官，极为藐视，“不受约束，官长坐视回众而莫可如何”①。当然，马化龙是知道清王朝决不会允许这种状况长期存在下去的。因此，他一方面向清朝地方政府输粮输款，表示“恭顺”；另一方面则在金积地区修仓储粮，筑寨建堡，购马造械，加紧进行防御清军进攻的准备。为了壮大自己的力量，马化龙与河州、西宁、肃州等地的甘肃回民起义军保持联系。陕西回民起义军退入甘肃后，马化龙不断在物质上给予帮助，“陕回败则资以马械，陕回穷则助以军粮”。因此，“自灵宁西达西宁，南通河狄，各回民无不仰其鼻息”。②
1869年秋，北路清军刘松山部进抵灵州。刘松山一面进行“官军只剿陕回，已抚之甘回安居无恐”①的欺骗宣传，一面派兵于9月8日攻占吴忠堡东面的郭家桥。中路清军则由固原、平凉北进，左宗棠本人也由泾州进驻平凉。这样，清军对金积堡形成了大包围的态势。
宁夏地区的回民不受刘松山的欺骗，与陕西回民起义军团结战斗，奋起抗击清军的进攻。当刘松山部从灵州向郭家桥进犯时，沿途回民堡寨“开放槍炮，且傍堡列队，呼杀官兵”，驻守在宁安堡、同心城、预望城等地的陕甘回民起义军也前来助战，清军被阻于吴忠堡一带。为牵制北路清军，灵州回民起义军破坏刘松山部的后方运输线，并趁虚攻占了灵州城。
在南线，马化龙派马万春率起义军一部前往预望城一带，阻击清中路军的进攻。在此之前，白彦虎、杨文治等已率陕西回民起义军从金积堡地区回到预望城、黑城子等地。当清中路军雷正绾部进至上述地区时，经过一番激战，回民起义军作战失利，先后失掉了预望城、黑城子、李旺堡等村堡。杨文治阵亡；陈林、马正和、余彦禄等部起义军退回金积堡；白彦虎、禹得彦、崔伟、马成彦等部起义军则相继撤离固原地区西行，经会宁、安定退往河州。陕西回民军撤离以后，马万春部起义军孤军作战，无法阻止清军前进，以致同心城、韦州堡一带起义的回民大部向清军投降。
中路清军打开金积堡的南面门户以后，于11月中旬先后进至金积堡西南秦渠一带，距金积堡仅十余里。北路刘松山部在中路清军的策应下，又夺取了灵州城，打通了后路。至此，清军完成了对金积堡的包围。
由于回民起义军顽强抵抗，清军的进攻难以得手，刘松山不得不将驻定边、花马池的四营湘军调赴前线。11月末，金运昌所部皖军也进至灵州。从12月起，刘松山和金运昌所部在北，雷正绾等部在南，会攻金积堡。回民军同清军在金积堡外围展开激战。清军采取步步为营的方针，相继攻占了吴忠堡周围和金积堡北面的堡寨。回军伤亡甚众，金积堡的形势逐步恶化；但由于战线缩短，兵力相对集中，加之穆生华率领平凉回民军退至金积堡地区，兵力有所增加。回军依托秦汉二渠，挖壕筑墙，步兵凭墙防守，骑兵则主动出击，忽东忽西，不断袭击敌人，给清军以很大打击。12月11日，总兵简敬临率楚军突入回民军阵地，被回军包围，士卒死伤甚众，简敬临等也被击毙。
金积堡有两个险要的地方：一是西面的峡口，它既是黄河青铜峡口，也是秦汉二渠的渠口；一是东面的永宁洞，它是山水沟（今山水河）通过秦渠涵洞的地方，秦汉二渠在此处会合，北流入黄河。峡口控制着进水口，永宁洞则控制着出水口，这两个地方对金积堡的安危关系甚大。清军一到金积堡地区，首先抢占了这两个要口。1870年2月12日，回民军从河西履冰而过，一举夺回峡口。雷正绾、周兰亭、张福齐等率部急攻，鏖战数日，伤亡惨重。19日，周兰亭、张福齐狼狈逃窜，雷正绾被围。左宗棠令黄鼎率部往援，又被包围。后黄鼎和雷正绾虽突围逃出峡口，但已溃不成军。回军乘胜攻占河西广武营堡，并阻截清军粮道。
与此同时，回民起义军在永宁洞一带也积极行动。2月9日晚，起义军千余人从金积东南的胡家堡突然进至秦渠南，占领了石家庄和马五寨几个村堡，抢修防御工事。石家庄在吴忠东南四五里，扼秦渠之要，与下桥永宁洞水口紧接，为双方必争之地。刘松山得知，连夜率部来攻，回民起义军退至马五寨继续抗击。该寨墙厚壕深，刘部连攻不下。2月14日，刘松山中弹，伤重而死。
清军先失峡口，继丧统领，士气顿挫，加之粮运不继，“军中缺粮，……各营兵丁弃甲夜逃”①，起义军遂乘机反攻。马正纲率部由宁州、正宁进入陕西三水，马朝元率部由金积堡出宁条梁（今陕西靖边西八十里）。这两支队伍在甘泉会合后，东攻韩城、郃陽，一时陕西吃紧，警报频传。与马化龙有联系的河州、狄道回民军也攻占渭源，直逼巩昌，使甘肃战局为之一变。左宗棠坐困平凉，受到清廷的“严旨斥责”。
这时的形势对回民起义军甚为有利，但由于起义军缺乏统一的领导和指挥，各自为战，不能有力配合，以致未能进一步发展大好形势。相反，再次进入陕西的起义军由于未能建立起可资依托的据点，在清军和民团的围追堵截下，被迫到处流动，有生力量遭到很大损失，最后又纷纷败退甘肃。在金积堡地区，马化龙由于对清军估计不足，又对清政府抱有幻想，没有利用大好时机集中兵力给敌人以致命打击，反而几次向清军“求抚”；在军事行动上，则是分兵四处出击，不能收到应有的效果，几次争夺永宁洞水口均未得手，因而虽然控制了峡口，多次放水淹灌，都未能对清军造成大的威胁。
清军方面，左宗棠一面调集兵力截击进入陕西的回民军，并奏调郭宝昌部进攻花马池、定边（清廷以山西河防吃紧，改调金运昌部前往），以打通金积堡东路粮道；一面令刘松山的侄子刘锦棠接统老湘军，重新组织力量向金积堡进攻。刘锦棠一面加强对永宁洞的防守，一面派兵在黄河两岸夹河筑垒，保护河西运道，逐渐稳住了清军的阵脚。同时，乘回民军出击陕西之际，重新发起进攻，将灵州至吴忠堡之间的堡寨逐一攻占，并夺取了金积堡北面秦渠上的蔡家桥水口，放水淹灌金积堡。9月，刘锦棠和金运昌部攻破东关和南门外回军寨卡数十处，将数千所铺屋尽行烧毁。
为从南面进攻金积堡，左宗棠令黄鼎、雷正绾率中路军夺取了峡口，并攻占金积堡西面汉渠内外二十余座回军垒卡，直逼金积西南洪乐堡。
回民起义军英勇抗击北路和中路清军的猛烈进攻，宁死不屈，“堡寨将破时，先刃其家属，或掷诸水火，乃解衣格斗，死而后已”①。清军付出了很大的代价，才攻下金积堡周围各堡寨。随后，清军以深沟高垒锁围金积堡，在四周挖掘长壕二道，一防金积堡内回军突围，一防堡外回军来援。壕沟距金积堡半里至三里不等，壕深一丈，宽三丈，壕边筑墙，高达丈余。清军分段驻守：金运昌部驻北面，刘锦棠部驻东、南两面，雷正绾部驻西南，黄鼎部驻西面，徐文秀部驻西北面。
河州地区回民军派出两队兵力救援金积堡，一趋平番（今永登）、镇番（今民勤），一走安定、静宁，均为清军截击，未能到达。
在粮尽援绝的情况下，先是陈林于1870年12月31日率众向黄鼎、雷正绾“求抚”。六天之后，马化龙亲赴刘锦棠营中请降，表示愿以一人“抵罪”。马化龙及其子马耀邦向清军交出各种火炮五十六门、各种槍千余杆，并写信向王家疃庄等地回民军劝降。1871年3月2日，清军攻入王家疃庄。刘锦棠随即按左宗棠的预谋，以从金积堡内挖出马化龙藏匿不交的洋槍一千二百余杆为借口，将马化龙父子一并处死。
金积堡是西北回民反清斗争的核心堡垒。马化龙领导回族人民武装起义，打击了清朝统治阶级在西北的统治，客观上支援了当时各地人民的反清斗争。马化龙作为这次回民起义的领袖，自有其一定的历史功绩。但是，马化龙是回族中的上层分子，他的反清同广大回族劳动人民的反清斗争，是有着区别的。马化龙之所以反清，是为了保持和加强其原来的宗教、政治特权和经济地位，并非真要推翻清朝的封建统治。这正是马化龙在领导金积堡起义期间没有提出鲜明的政治口号，并动摇妥协，多次向清军“求抚”的主要原因。
左宗棠虽然杀害了马化龙父子，镇压了金积堡回民起义，却付出了极大的代价。左宗棠在陕甘指挥的清军，总计十二万人左右。金积堡之战，执行其“三路平回之策”的北路军和中路军的大多数部队都直接参加了作战，其余则用于保护后方运道，如从平凉经固原到灵州的九百余里间，便用了三十余营兵力。在这次作战中，清军“死伤山积，屡失大将”①，仅刘松山所部老湘军，营官损失十分之四，官兵死亡千余，因伤致残者达二千余人。左宗棠不得不承认“十余年剿发平捻，所部伤亡之多，无逾此役者。”②
四、河州之战
河州在兰州西南，是一个多民族聚居的地区，除回族以外，还有撒拉、东乡等民族。1862年陕西回民起义爆发时，河州地区回民就起而响应，次年9月攻克狄道城。1864年，马占鳌领导当地回民起义军攻占了河州城。马占鳌是河州牟泥沟河家庄人，先世念经传教，他本人也是阿訇，有一定的号召力。河州回民起义军力量较强，当时的陕甘总督熙麟一时无法镇压，只得派人“抚谕”。1867年9月，河州回民起义军假降，署理陕甘总督穆图善出省受降，几被生擒。从此，河州一直在回民起义军的控制之下，成为甘肃回民起义军的四大基地之一。
1871年初，河州回民起义军乘驻甘南清军范铭部兵变之机，出击会宁、通渭、秦州、清水、两当等地。清廷命左宗棠进攻河州，但由于清军在金积堡之战中死伤甚众，“军心懈弛，将士思归”，左宗棠不敢贸然进兵。
为进攻河州，清军进行了一系列的准备：
第一，加强和整顿甘南部队。甘南清军冗杂，战斗力很差，屡为回军所败。左宗棠入甘时即派吴士迈等率部由陇州趋秦州，以加强甘南防军的力量，这就是执行“三路平回之策”的南路军。1869年底，又派周开锡以翼长名义总统南路诸军。周开锡到秦州后，即着手整顿甘南清军，遭到当地驻军的反对。由于他的暴戾骄矜，激成兵变。后周开锡病死，南路诸军由总理营务处陈湜接统。
第二，准备渡河器材。河州在洮河以西，从狄道、陇西、安定等地用兵，须渡过洮河，所以，左宗棠令清军先准备好渡河用的船只和架桥器材，同时，整修道路，以利部队调动和转运军需、传递文报等。
第三，筹集粮秣。清军进兵时，须经过渭源属境。这里人烟断绝，一片荒芜，粮草无处筹措，左宗棠便派出部队专事转运，令清军在静宁等地储存三个月粮草。河州一带夏粮秋粮分别在7月底和9月底收割，左宗棠遂把进军时机选定在收获季节，以便就地取粮。
1871年7月底，左宗棠认为一切准备就绪，便令四十余营清军分三路进犯河州：中路傅先宗率鄂军从狄道渡河，左路杨世俊率楚军取道狄道南面的南关坪进峡城（狄道南九十里），右路刘明灯率部由马营监经红土窑进康家崖（狄道北五十五里）。为防止回军袭击，规定中路以一半兵力留驻东岸，一半渡过洮河修筑堡垒，左右两路则待中路在河西扎稳脚跟以后再行渡河。此外，令提督徐文秀统领后路由静宁进会宁，策应右路。同时，派五营清军分驻河州东南的岷州（今岷县）和洮州（今卓尼东北）两城，并调土司杨元带“番勇”分驻各隘口，均受左路杨世俊节制。又调总兵徐占彪步队八营、马队三营，由中卫经靖远进至会宁西北和安定东北一带，防止河州回民军北进，并兼顾兰州。左宗棠自己也在1871年9月中旬由平凉经静宁抵达安定。
河州回民起义军加紧准备防御清军的进攻。白彦虎等率陕西回民军从固原州一带撤退到河州之后，曾与河州回民起义军一起在洮河西岸修筑了一些堡垒。以后白彦虎等率部前往西宁地区，河州回民起义军又陆续修筑了不少新垒。洮河东岸的康家崖和狄道，是河州回民军的两个出入口。自1870年6月狄道为清军所占之后，康家崖便成为起义军出入河东的唯一通道。因此，回民军着重加强了康家崖对岸一带的防御。
1871年9月18日，刘明灯、徐文秀两部从安定出发，分两路直插康家崖。清军“每进一处，各派队分支包扫而前”，企图将正在洮河东岸分散活动的回民军一并驱往康家崖，迫其背水一战，达到“聚而歼之”的目的。①回军为缩短战线，在洮河东岸进行了心要的阻击，给敌人以杀伤后，即撤往河西，驻扎于离洮河西岸十里的三甲集一带。
刘明灯、徐文秀部占领康家崖后，左宗棠令中路傅先宗部和左路杨世俊部在狄道用渡船搭造浮桥，派十二营清军过河结垒（分别在西坪、三岔河、陈家山顶等地立营），以牵制回民军，掩护右路清军渡河。回军以部分兵力在黑山头、高家集等地筑垒驻守，监视西坪、三岔河、陈家山顶的清军，防其偷袭；主力仍驻三甲集，以对付康家崖清军的进攻。起义军在洮河西岸掘壕数道，并筑有炮台，防守严密。康家崖近岸洲渚纵横，水深流急，人马难越，清军多次抢渡都被回军击退。11月中旬，前福建布政使王德榜率左宗棠亲兵等马步五营，由康家崖东南六十余里的站滩间道过狄道浮桥，与中路、左路清军配合，猛攻黑山头等处。徐文秀、刘明灯部乘机在康家崖、新添铺（康家崖南二十里）等地搭造浮桥，渡过洮河。
清军渡河后，从几个方向会攻三甲集。三甲集虽属狄道，却是河州的第一重门户。但为了诱敌深入，回民军有意放弃三甲集，采取节节阻击的办法，逐渐退至太子寺（今广河）。太子寺在三甲集西南三十余里，为河州总要关隘，河州州判即设于此。河州回民起义以来，太子寺成了起义军的重要据点。马占鳌领导回民军环绕太子寺挖掘长壕一道，深约二丈余，宽四丈余，并在险要处设置了许多垒卡，与广通河北岸的许多回民村堡互为犄角。
1872年1月，清军经大东乡和董家山直逼太子寺。回军在火红等处依托有利地形顽强抵抗，打退清军数次进攻。清军损失惨重，转而从南面进攻。回军又在太子寺寨外挖掘深壕二道，并派出小鄙部队从沙泥渡至河东，袭击清军运粮部队，截夺军粮。清军断粮，只得宰牛马为食。
进攻太子寺的清军四十余营密布于太子寺南面二十余里的新路坡。马占鳌亲自侦察，发现坡上有个稍低的山头没有清军驻守，便于2月12日晚派马海晏率回民军优秀射手数百人乘夜暗潜入新路坡，占领山头。马占鳌又密派千人挑运水和土坯上山，连夜浇水砌墙。当时正是隆冬季节，滴水成冰，一夜之间就筑成光滑坚硬的堡垒三座。第二天，清军发现回军堡垒突然出现在他们的阵地中间，大为震惊。傅先宗立即调派部队，亲自督攻，企图拔掉这个钉子。马海晏沉着应战。他把槍手一分为二，一半持槍射击，一半专装子弹，多次打退清军的进攻。14日，傅先宗亲掌大旗督兵猛攻，被起义军当场打死。清军丧失统领，军心动摇，防守滥泥沟的回民军乘机出击，抄至敌人后面。清军两面受敌，纷纷弃垒逃跑。徐文秀企图挽回颓势，也被回军击毙。
太子寺一战，清军损兵折将，全线溃退三十余里，而且粮运梗阻，几乎到了不可收拾的地步。面对这一辉煌胜利，多数起义军将领主张乘胜反攻，扩张战果。有的还提出了进攻左宗棠安定大营的具体计划。但是，马占鳌听说左宗棠正在调动军队，又听说西宁回军已降，想借起义军艰苦奋斗争得的胜利作为投靠清朝统治者的资本。他召集起义军将领议事，否定了他们的正确意见，力主向清军缴械投降，说什么“果如诸君所欲，往攻安定大营，即使一战而胜，席卷而东，百二山河，皆为吾所有，谁以一丸泥封函谷关，使关东将帅不复西来？去一左宗棠，将有无数左宗棠在其后。河州弹丸，何能与天下抗？！”他以太平天国虽曾扩展到十三省，攻占过六百余城，最后仍被湘军打败为例，强调“今日之事，舍降别无生机”。①随后，马占鳌派他的儿子马安良等人前往安定向左宗棠求降。因兵败而焦虑不安的左宗棠对马占鳌的这一举动喜出望外，但又颇感疑惑，害怕“其中或有别故”②。马占鳌为了表示诚意，后又亲向左宗棠“请罪”。马占鳌出卖了河州回民起义的成果，向清军交出骡马四千匹、槍矛一万四千余件，换取了左宗棠对他的赏识。马占鳌投降后，将部队按楚军的编制改编为三旗马队，转过头来镇压西宁等地的回民起义军。
五、西宁之战
西宁在清代是甘肃的一个府治，管辖西宁、碾伯（今青海乐都）、大通三个县和贵德、循化、巴燕戎格（今青海化隆）、丹噶尔（今青海湟源）四个厅。1862年11月，碾伯县地主武装“民团”杀死巴燕戎格回民三人，并扬言要尽洗米拉沟（今青海民和西）回民。巴燕戎格和米拉沟回民联合循化撒拉族，在马文义的领导下起义。马文义，又名马尕三，循化撒拉族人，在回族和撒拉族群众中有一定威望。起义军的力量迅速发展，屡次打败“进剿”的清军和民团，占领了碾伯至享堂（今青海民和北）的大道，截断了兰州至西宁的交通。西宁办事大臣玉通束手无策，只得以所谓“以贼攻贼”的方法，保举循化回绅马桂源署理循化厅同知，其兄马本源署循化营游击，后又保举马桂源署西宁知府，马本源署西宁镇标游击并代行总兵职务，企图利用马桂源、马本源与马文义的亲戚关系，缓和回民的反抗。但是，形势的迅速发展，把马桂源兄弟这样的回族上层分子也卷入了反清斗争的行列。西宁一带名义上仍属清王朝管辖，实际上是在马文义和马桂源的控制之下。马文义死后，马桂源、马本源即成为西宁回民的首领。1870年初，玉通死，豫师接任西宁办事大臣。他因害怕西宁回民的革命势力，不敢到西宁任所，而驻营于离西宁尚有三百数十里的平番，西宁镇总兵黄武贤也住在距西宁九十里的威远堡（今青海互助）。西宁周围完全为回民军所控制，成为甘肃回民起义军另一个重要基地。
1872年8月，左宗棠从安定移驻甘肃省城兰州，调刘锦棠所部老湘车进攻西宁。9月初，刘锦棠率步队十八营从平凉进抵碾伯。他为了离间“土回”（指当地回民）和“客回”（指白彦虎、崔伟、禹得彦等率领的陕西回民）的关系，达到各个击破的目的，“遂出示晓谕：土回安堵无恐，以便直捣陕回巢穴”①。
对于要不要同经河州来到西宁地区的陕西回民军一起抗击清军进攻的问题，西宁回军首领的意见并不一致。金积堡失败后，一种畏惧清军的失败主义情绪在起义军中蔓延滋长，一些领导人意志消沉，思想动遥当河州之战正在进行的时候，马永福等人就有投降之意。陕西回军崔伟、禹得彦、毕大才等人也曾托在金积堡投降的陈林向左宗棠乞降。只有白彦虎力主抵抗到底。他以马化龙投降被杀的沉痛教训说服了崔伟、禹得彦等人，使他们暂时放弃了投降的念头。9月12日，马桂源密约白彦虎、崔伟、禹得彦等在西宁东关家中召开紧急会议，一致主张西宁回军和陕西回军联合起来，共同战斗，并推举马本源为大元帅，统一指挥各部起义军迎战入侵之敌。
西宁在湟水南岸，东面从小峡到大峡之间八十余里的一段地方，湟水两岸高山对峙，一条岸路宽仅数尺，人马只能鱼贯而行。回民军在该处山上筑起坚固的堡垒，驻兵防守。刘锦棠率领清军刚出碾伯不远，就遭到起义军的迎头痛击。回军利用有利的地形条件，一方面坚守要点，一面派队偷袭敌人，阻截粮道，打了就跑，使清军穷于应付。左宗棠不得不向清廷诉苦：“土回与客回联成一片，每战则弥山塞谷，四出挠我，殊有应接不暇之势。又所需军粮子药运至前敌各营，均须派队往来护送，时有战事，兵力屡分而见单”①。从9月中旬到11月中旬，回军与清军接战五十余次。清军损兵折将，不能前进。左宗棠只得增调刘明灯率马步六营驻碾伯西南，专司护送；调杨世竣吴隆海率马步十一营增援刘锦棠部。同时，加紧进行策降活动。马桂源出城后，留在城中的马永福勾结西宁道郭襄之等汉族官绅闭城据守。马桂源、马本源没有分清主次，用相当大的力量去围攻西宁城，形成两面作战的局面。刘锦棠指挥清军用开花大炮猛攻起义军堡垒。回民军因两面作战，兵力分散，阻挡不住清军的强大攻势，以致大峡至小峡一段隘路逐渐失守。11月19日，刘锦棠部进至西宁，当地回军大部瓦解，陕西回军首领崔伟、禹得彦、毕大才等也率部投降清军，只有白彦虎率领的一部退至大通，与马寿领导的当地回民起义军一起继续坚持斗争。刘锦棠令已投降的崔伟、禹得彦、毕大才等所部回军为前导，北攻大通。
马寿率回民军坚守大通南面的向陽堡。1873年2月1日，清军进攻向陽堡，起义军始则凭堡放槍掷石，继则巷战。清军虽然攻占了向陽堡，但死伤枕藉，仅提督、总兵、副将被击毙者即达十人之多。继向陽堡之后，刘锦棠部又攻占了大通县城。白彦虎仍拒不投降，率众二千余北走，出扁都口（今民乐县南），向肃州退却。
西宁失陷时，马桂源、马本源曾率三四千人退至巴燕戎格。左宗棠命陈湜等率军从河州进攻，同时派马永福前往“招抚”马桂源、马本源的部众，使其纷纷离去。3月2日，在马占鳌的策划下，马桂源、马本源在巴燕戎格东山被俘，后在兰州遇害。陈湜所部清军占领巴燕戎格城后，不久又攻占循化，西宁之战遂告结束。
六、肃州之战
肃州是陕甘回民起义军最后一个基地。1865年初，陕甘回民起义的浪潮波及河西走廊，凉州（今武威）回民首先起义，接着马文禄在肃州起义，占据嘉峪关和肃州城。肃州邻近嘉峪关，西通新疆，是连接内地与新疆的边关重镇。新疆回民在前一年即已起义。清政府为镇压新疆回民起义，急图打通甘新通道，便命正在甘肃的新授乌鲁木齐提督成禄先率兵攻取肃州。由于马文禄和新疆、金积堡、河州、西宁等地的回民军都有联系，力量不断加强，加之肃州形势险要，清军的“进剿”都被回军击败。1868年，成禄和甘肃提督杨占鳌在“招抚”的名义下，与马文禄“媾和”，把肃州交给马文禄管制。
1871年7月，沙俄突然出兵侵占新疆伊犁，声言还要“代收”乌鲁木齐。在这样的形势下，清政府催促成禄迅即出关，并命左宗棠派兵驻防肃州。当时清军正进攻河州，左宗棠认为，“以陇中局势言之，自宜先规河湟，杜其纷窜，然后一意西指，分兵先扼玉关，断其去路，乃策全功。此时兴师远举，尚非稳著。”①然而关外形势毕竟紧迫，左宗棠就抽派驻在靖远担任截击河州回军和保卫省城兰州任务的徐占彪部先赴肃州。
徐占彪率十二营川军，从靖远出发，于1872年初进至肃州高台。马文禄得知大队清军前来，便再次起义反清，据城为守。徐占彪留兵一部保护运道，主力继续向肃州城前进。3月，清军夺占了肃州城南三十里的红水坝，并以之为据点，向塔尔湾和肃州外围的其它回民军堡垒进攻，企图逐步占领肃州外围。
塔尔湾在肃州西南二十里，地势较高，回军在此构筑了坚固的堡垒，周围挖壕筑卡，连接东北面黄草坝各村堡，与肃州城互为犄角。7月初，徐占彪令驻城东三仙洞的清军向雷台庙一带发动佯攻，以牵制城中的回民军，他则亲率五营清军夜袭塔尔湾。防守塔尔湾的回民军顽强抵抗，城内亦派队增援，使清军进攻受阻。徐占彪调开花大炮向塔尔湾一带的堡寨轰击，回军伤亡渐多，塔尔湾和黄草坝一带百余座堡寨先后失守。至8月初，近城的回军墩寨堡垒基本上为清军攻占，回军退入城内坚守。
由于兵力不足，徐占彪多次向左宗棠请求增兵。当时刘锦棠正进攻西宁，亦屡请增兵。左宗棠无兵可派，徐占彪只得把马步各营每营分作两营，在距城半里至一里的地方环城修垒扎营。尽避如此，北门一带仍无兵可驻，不能形成合围。后来，西宁之战渐近结束，左宗棠派陶生林率马步五营赴援，于1873年1月到达肃州。适清政府派往新疆的金顺一军二十营也来到肃州，进扎北崖头，参加围攻。这样，清军就完成了对肃州的合围。
开始，因金顺军刚到，指挥上也不尽统一，清军的合围并不严密。起义军在城西礼拜寺和北稍门一带修筑了堡垒，与城内互相联络配合。因此，回军仍能突破清军的合围出入肃州。2月7日夜，新疆回民派来的援军四千余人和运粮骆驼千余只，就是从北稍门进入城内的。以后，清军陆续把这些堡垒攻破，占领了城西礼拜寺，并在肃州城外挖了长壕，壕外筑起坚厚的炮墙，墙外置木栅，在几个要点上修筑了炮台，完全控制了肃州城出入通道。城内的起义军虽然可以出城，但很难越过清军的长壕和其它工事，从外面来的援军也难以冲破封锁进入城内，以致肃州完全成为一座孤城。白彦虎率领的陕西回民军出扁都口后，经山丹、甘州（今张掖）、高台等地，接近肃州，于4月初进入塔尔湾。白彦虎率众自外面袭击徐占彪的大营，马文禄率部从城里出南稍门夹攻，使徐占彪、金顺部清军伤亡很大。但因敌人防守严密，白彦虎和马文禄都无法突破清军的防线，不能内外会师，白彦虎便放弃与马文禄合作的计划，出走新疆。
这时西宁之战已经结束，除肃州外，甘肃各地的回民起义均已失败。白彦虎出嘉峪关西走后，肃州回民起义军已成孤军。在外援无望的情况下，马文禄为突围西行，出兵攻夺城西礼拜寺。礼拜寺是从肃州出嘉峪关的大路，清军派有重兵驻守，因此争夺非常激烈。回民军经过十昼夜的连续攻击，有生力量损失很大，不得不停止进攻。7月，东关为清军攻占，马文禄再次组织突围。由于清军兵多围紧，又装备有洋槍洋炮，起义军的突围终未成功。
肃州城固壕深，墙高三丈六尺，厚三丈有余，外环城壕，回军不易突围他走，清军也无法攻入。左宗棠只得不断增兵，使围城清军达六十余营。由于久攻不下，左宗棠亲至肃州督战。清军在城外所筑炮台，高出城墙，上安新式后膛炮。金顺军还在城东北角挖了地道，准备炸城。1873年10月6日，清军发起总攻。由于长期被围，城内粮食极度缺乏，起义军只得杀骡马充饥，但仍英勇不屈，严守城防。为防止清军从地道炸城，他们沿城墙横挖地道，使清军的地道往往被发现。他们又在城上加砌横墙，埋伏墙下。当清军越过城壕登至城腰时，城上一声令下，石块纷集如雨，登城清军纷纷抱头回窜。杨世俊曾在河州之战时弃营逃跑，受到降职处分，西宁之战奉命截击白彦虎又不力，来到肃州后贪图立功。10月10日，他亲自率部登城，刚登上城头，即中弹而死。10月底，刘锦棠奉命率湘军五营和在西宁投降的回民部队到达肃州。清军利用崔伟、毕大才等在城下喊话，告以“死期已至，善自为谋”①。马文禄终于经不起敌人的威逼利诱，于11月4日开诚投降。左宗棠将马文禄等九名回军首领和千余名起义军施以酷刑。肃州之战就这样以马文禄的投降和回民大量被残杀而告终。至此，前后坚持了十二年之久的陕甘回民起义战争以失败而结束了。