1772年，正是乾隆在位时期，有一天，安徽学政朱筠向乾隆上奏，请示对《永乐大典》重新进行整理，搜集更多的资料文献。乾隆很支持这件事，随后便下令在全国范围内征集书籍，鼓励老百姓把家中藏书贡献出来，乾隆还给这部新的巨著起了一个名字，叫《四库全书》。从中人们不难发现，《四库全书》是在《永乐大典》的基础上编修出来的，而对《永乐大典》的整理也成了《四库全书》能够编纂出来的原因。
圣旨一下，全国各地便开始忙碌起来，首先是征集书籍。从1772年开始，清朝政府一共征得12237种书籍，其中江苏进献了4808种，浙江进献了4600种，排在全国前列；还有一些私人藏书家，比如马裕、鲍士恭、汪启淑等，也都把自己的藏书贡献出来。征书工作一直到1778年才宣告结束，乾隆皇帝对结果非常满意，他为此还制定了奖励政策，即进献书籍达到500种，奖励进献人《古今图书集成》一部；进献书籍达到100种的，奖励《佩文韵府》一部，另外，凡是进献书籍达到100种，乾隆皇帝为了表示恩宠，会从中选一本最精华的书，在上面亲笔写一些鼓励的语句。同时，清朝政府还会把进献书籍的人的姓名写在功德簿上。
征书工作完成后，就开始对书籍加以整理、分类。《四库全书》不单单只有《永乐大典》的内容，还包括了朝廷藏书阁的藏书；清政府自行编纂的书籍，一些皇帝的著作；各省政府进贡的书籍；民间收集来的图书，以及民间流行的通俗书籍。负责编纂的文官对所有书籍进行筛选，被认可的书籍又分为三种，第一种是精华之作，不但要录入《四库全书》，还应该单独发行，在民间流传；第二种是能够录入《四库全书》，但达不到单独发行的条件；第三种就是既不能录入《四库全书》，也不能单独发行，只在《四库全书总目》中保存书名。对于前两种符合条件的图书，文官也要仔细选择，因为每种图书都有很多不同的版本，哪种版本最好，才能选进《四库全书》。一旦确定了入选的版本，文官们就要对这个版本进行加工润色，首先由低一级的文官对图书内容进行修改，有错别字的改错别字，有语病的改语病，或者是哪些词语用得不恰当，决定删掉还是替换，这些改动都要写在纸条上，然后夹在书里相对应的地方，呈给上级审查。上一级的文官如果同意某些修改内容，就用朱砂毛笔在书中进行修改；如果不满意，就不作改动。之后再把图书呈给最高一级文官，由他总体判断书中的修改内容是否恰当，如果有必要，高级文官可以否定中级文官的决定，而采用初级文官的修改。总之，一本书经过三道修改审查，最后呈给皇帝检查，要是皇帝同意了，这本书的修改就算确定下来。
接着就要把修改好的图书重新抄写一遍，别看说得轻松，抄书可是一件体力活。在选择抄书人的时候，就要特别仔细，务必征召那些字迹工整优美的人。在征召的时候，通常会让应征人当场写几行字，查验字迹好坏，择优录取。每人每天抄写的数量也有要求，每天必须抄写1000字，一年就是33万字，五年就是180万字，如果在五年时间内抄写完成200万字，朝廷就会给予官职作为奖励。第一等官职为州同，5年抄写165万字为第二等，官职为州判，第三等官职为县丞，第四等官职为主簿。《四库全书》的抄写工作前前后后一共征召了3826名抄写人，人数最多的时候一天有600人抄书，每天可以抄写60多万字，可谓工程浩大。
编纂的最后一步，就是校订。校订工作十分严格，清政府为此专门制定了奖罚条例，罗列了很多种可能发生错误的情况，分别对应不同的惩罚。校订需要进行两次，初校和复校，在这之后，总负责人会在校订好的图书中随意抽几本出来进行审核，直到不再发现错误的地方，才允许拿去装订。可以说，校订工序里的每一个官员都要非常认真，他们肩上的责任是最重大的。
编纂《四库全书》的同时，还编修了《四库全书荟要》、《四库全书总目》、《四库全书简明目录》、《四库全书考证》和《武英殿聚珍版丛书》，算得上是《四库全书》的衍生物。
《四库全书》共有4部44类66属。经、史、子、集4部中，经部有10类9属；史部有15类27属；子部有14类25属；集部有5类5属。《四库全书》涵盖面非常广阔，然而在编纂过程中，很多内容带有反清思想的图书都被清政府销毁了，有些虽然没被销毁，内容也经过了大幅度篡改，后世人无法得知其中的真实情况。而且清朝对西方的科研技术也不重视，一些科学技术都没有收录在《四库全书》中，从中我们也可以看出清朝政府的迂腐和目光短浅。