外敌稳定了，国家政策也制定好了，秦始皇又开始对如何治理这个庞大的国家感到头疼，丞相王绾带领一群大臣和官员请示秦始皇按照西周的分封制度，把几位皇子派到燕、魏、赵、齐等地为王。王绾觉得这么做可以巩固秦朝的统治，毕竟天下统一不久，秦朝根基还不是很稳固。这时，有一个人站出来反对，他就是李斯。李斯认为春秋时期诸侯国战乱的根本原因就在于分封制，要想坐稳江山，皇帝必须要拥有绝对的权力，如果秦朝继续沿袭分封制的话，一定会再次出现战乱的局面。
秦始皇很赞同李斯的看法，他利用郡县制来管理国家，并且封李斯为丞相。公元前214年，秦始皇进军岭南（今广东、广西），接着派蒙恬将军北上驱赶匈奴，至此，秦朝一共有四十个郡，全部归秦始皇直接管理。
秦始皇焚书坑儒图 这幅帛画向我们展现了秦始皇当年焚书坑儒的情形，图中在朝堂之上秦始皇巍然高坐，儒士战战兢兢求命于下，朝堂之外已有许多儒士被系，或被埋入坑中，或被押在坑边。
始皇三十四年（公元前213年），秦朝建立的第八年，秦始皇在咸陽宫举行宫廷大宴。朝廷官员淳于越在宴会上提出自己的治国政策，他请求秦始皇撤销当时的“郡县制”，重新启用分封制，认为只有这样才能让秦国真正强大起来。他还举例说任何一个国家都要按照古人的经验来处理事情，从没听说有谁违背老祖宗的训诫还能走得长久。秦始皇听后没有表示赞同或反对，而是把淳于越的主张说给诸位大臣听，他想知道大臣们对此事有什么看法。李斯坚决不认可淳于越的说法，他认为读书人不应该用那些陈旧的思想来禁锢一个崭新的国家，古人错误的思想会导致国家走向衰落和灭亡。李斯请求秦始皇严加管束人民的思想，若放任自流的话，总有一天会酿成大祸。秦始皇便问李斯有什么好一点的方法，李斯于是提出了几点建议：
一、《秦记》之外的各国史记统统烧毁，百姓家中的《诗》、《书》等书籍也要全部上交并烧毁，只保留医学、占卜和农业方面的书籍。要是一个月内不把书籍全部上交，一旦被搜查出来就处以黥刑，还要服刑五年做苦力。
二、全国任何百姓都不能私下讨论被禁书籍的内容，也不能宣扬禁书里的思想，违令者处以死刑。不能讨论当今国家政策，尤其是提议恢复以前的政策，认为现今政策不好的，同样要处以死刑。官员发现这些情况要及时上报，如果怠慢或者隐瞒的话，同死。
三、百姓不准私自学习法典，如果一定要学的话，应该请官员亲自指导。秦始皇听了，觉得这些措施很不错。他也知道，当时的百姓在经历了春秋百家争鸣的局面后，难免会存有不同的思想主张，何不趁此机会把全国百姓的思想统一起来？这样以后再也不会出现反对自己的人。于是他颁令把异于统治思想的书都烧掉。就这样，秦朝之前的许多古书化成了灰烬，不过秦始皇早已在朝廷的藏书阁里保存了复本。
第二年，也就是公元前212年，两个方士卢生、侯生和秦始皇说，他们可以找来不死仙药，这让秦始皇龙心大悦。因为在统一江山后，秦始皇手握大权，天天享受着荣华富贵，他害怕失去这一切，妄想长生不老，好让自己永远坐享富贵。他在全国下令寻找能让人永远不死的药，卢生和侯生就是在这时出现在秦始皇的面前。秦始皇给予他们丰厚的回报，但他们对仙药的事情一拖再拖，等到事情不能再拖下去之后，他们便悄悄地逃跑了。当时秦朝有明确律令规定，撒谎不能兑现者，或者进献的药品没有功效的话，都要被判处死刑。卢生和侯生在逃跑过程中还不忘四处散播秦始皇的坏话，百姓们从他们口中得知秦始皇是个荒婬暴虐、刚戾自用、贪图享乐和权势的人。秦始皇自认为已经很尊重这些方士，没想到他们如此诽谤自己。他暴跳如雷，以妖言惑众的罪名下令抓捕他们，还把咸陽城里的方士和儒生都抓起来严刑拷问，逼他们说出卢生和侯生的下落，可怜那些文弱的书生被折磨得死去活来。最后秦始皇命人挖了一个大坑，把相关联的460名方士和儒生统统活埋在坑里。这就是历史上记述的坑儒事件。
后世统称这两件事情为焚书坑儒。秦始皇本想统一全国百姓的思想和言行，遏制旧思想的复兴，但焚书坑儒带来了极大的恶劣后果：首先是秦朝以前的珍贵书籍许多被销毁，给中国文化造成巨大损失，还让春秋之后蓬勃发展的思想运动遭到了致命打击，很多学派也因此消失。