玄奘入住弘福寺后，开始了佛经翻译的准备工作。翻译佛经，是一项规模庞大的系统工程，他首先要做的是从全国范围内挑选合适的译经人员。很快，玄奘在长安佛教界高僧大德的帮助下，遴选了二十多位年富力强的高僧，然后由房玄龄奏请唐太宗，征召其齐集长安弘福寺。
译经的顺序是，先由译场的译主——奘师，依照梵文文本口译成汉语，由笔受[14]记录下来，然后由精通梵文的高僧对照过目；无讹之后，交由证义的高僧审查；不违佛经原义，再请大德将文字润色，最后交人抄写。
由于唐太宗对佛经翻译的支持力度远远逊色于后秦姚兴，所以玄奘的译经场人员配备，不及鸠摩罗什的十分之一。不过，由于玄奘思维缜密，充分发挥每个人的所长，分工合作，流水作业，所以效率极高，译经数量反而超越了鸠摩罗什的译场。
同时，佛经翻译是一项影响千古的工程，必须慎之又慎。所以，在最初的一年时间里，玄奘先是小心翼翼地挑选了一些篇幅短小、文意相对浅显的经论来热身、练兵，以磨合队伍、寻找规律、积累经验。
玄奘选拔来的这些高僧，个个都是精通大小二乘的硕德，为当代佛门所推崇，又有献身佛教的满腔热忱，所以很快就熟悉了翻译的分工与流程，译文质量日新月异。于是，贞观二十年（公元646年）二月，玄奘决定创译印度大乘有宗最重要的论著——《瑜伽师地论》。
《瑜伽师地论》是玄奘当初取经最重要的目标，也是他在那烂陀寺跟随戒贤大师学习时间最长的一部经典，更是他西行十九年最大的收获。《瑜伽师地论》共一百卷，是瑜伽行派的基本论书，主要论述了人们思想产生的过程，包括其中最细微的变化和原因。通过解读，可对如何认识事物的本质有一个彻底的了解，最终获得觉悟。
当译经数量达到一定规模之后，玄奘进表唐太宗，报告译经的经过，并请皇帝赐序。然而，他的上表如泥牛入海，没有任何消息。于是，在译经的同时，玄奘加快了《大唐西域记》的撰写。
晚上，当一天紧张的译经工作结束之后，夜幕轻轻笼罩着弘福寺后院的一间不起眼的寮房。疲惫不堪的玄奘斜倚在禅床上，半闭着眼睛，一边回顾着十九年中自己走过的那些国家，经历的山川风貌，接触的各族民众，看到的千奇百怪的风俗，一边娓娓道来——
床前一张书桌上，在昏黄的油灯下，文采出众的辩机法师奋笔疾书，将玄奘口述的西行游历整理成文。遇到不清楚的地方，辩机会停下笔来，询问几句。玄奘便重复一些片段，然后两人继续一同跋涉在他如梦如幻的回忆中……
碧落静无云，夜空明有月；自玉门关外传来悠悠的驼铃声，从凌山之巅飘来纷扬的白雪；忆往昔峥嵘岁月，所有的苦难都化成了甘醇的音乐。
竹影醉婆娑，清风来不歇；遥远的恒河岸边回荡着潮水的低吟，中印的摩揭陀飘来片片的菩提叶；起伏的潮音汇成清凉的旋律，飞舞的光影再现智慧的佛国……
玄奘心中非常清楚唐太宗让自己撰写此书的目的，大唐皇帝的目标是要建立中国历史上最强盛的帝国，所以必然要经略西域。而玄奘，可以说是中国最了解西域的人。所以，唐太宗需要的绝不仅仅是一本佛国游记。玄奘在《大唐西域记》中，综述了自己自贞观元年至贞观十九年的西行见闻，记述了他所亲历的一百一十个国家以及听闻的二十八个国家的基本概况。内容有政治、经济、货币、疆域、气候、山川、风土、语言、宗教、佛寺以及大量的历史典故、神话传说等。
在皇权至上的社会里，君王的个人价值取向，往往决定着宗教、文化的命运。玄奘从他十九年的游历之中，从印度、西域的佛教兴衰史上，深切感悟到：离开国主的支持，佛法的弘扬只能是一种梦想。他明白，雄才大略的李世民极富主见，他认定的道理很难被别人说服。太宗皇帝本来对佛教一直采取抑制的态度，若想让他转变观念、取得他的支持，绝不是一朝一夕的事情。为了尽快满足唐太宗的心愿，玄奘不辞辛劳，仅仅用了十四个月，就完成了《大唐西域记》的撰写。从书名就可以看到玄奘的良苦用心：他所游历的国家，远远超出了大唐的疆域，可是为了满足唐太宗的万丈雄心，他在西域之前冠以“大唐”的名号，好像大唐王朝的势力范围早已遍及中亚、南亚一样。同时，他在文中更是淋漓尽致地歌颂着自己的祖国——大唐。当然，玄奘也十分巧妙地在书中融进了许多佛教圣迹与佛本生故事，意在让阅读者在不知不觉里认识到佛教的灵妙，在潜移默化中影响他们的心灵。
贞观二十年七月的一个晚上，处理完朝政的唐太宗李世民回到寐殿，打开玄奘刚刚呈献的《大唐西域记》，津津有味地读了起来。
仅仅读了一段序文，唐太宗就感到辞美、景美、情更美，可谓字字珠玑，满纸生香。于是他忘记了劳累一天的疲惫，忘了夜深人静的声声更漏，忘了后宫三千佳丽的等待，全部心神都专注在了《大唐西域记》之中。
他一边阅读，一边为玄奘精练而形象的语言文字拍案喝彩。玄奘对大部分国家的描述，只用三两百字，但其基本情况跃然纸上。于是，唐太宗通过书上活灵活现的文字，跟随着玄奘的脚步，宛若亲自行走在辽阔的西域，跋涉在东西南北中五印度，恰似亲手触摸着那些国家的历史、地理、文化、政治……
太宗皇帝一口气读完了十二万言的《大唐西域记》，不知东方之既白。一夜未睡，他却依然感到兴奋异常，又伏案亲笔写信，对玄奘和他的《大唐西域记》大肆褒奖。
第二天，玄奘接到大唐皇帝的亲笔贺信后，在给太宗的谢表中，再次请他为译经赐序。
太宗皇帝与玄奘一样心照不宣，都非常清楚皇帝御笔的分量。如果有了皇帝的亲笔序文，不但对玄奘新译佛经的推广大有裨益，而且可以大大提高佛教的政治地位。这样一来，人们就会知道皇帝支持佛教，上行下效，佛教就会兴盛起来。多年来，为了彰显自己的正统地位，李唐皇族形成了根深蒂固的崇道传统，所以太宗皇帝在回信中再次委婉拒绝了玄奘的请求。
唐太宗李世民虽然出于政治考量，一直抑制佛教，却非常器重玄奘。的确，因为深入修学，佛法的光辉使得玄奘具备了一种十分独特的人格魅力。无论是西突厥信奉拜火教的叶护可汗，也不管是原来就信佛的中印度戒日王，还是尊道的大唐皇帝李世民，都发自内心地尊重玄奘，将他视为知心朋友。
随着时间的推移，唐太宗李世民原来叱咤风云、呼啸江河的英雄气概，渐渐被岁月消磨得差不多了，他的心境也慢慢发生了微妙变化。原先，他崇尚儒家修身、齐家、治国、平天下的道理，他也的确将大唐治理得井井有条，空前强盛；然而，他不但无法在社会上实现儒家的仁爱与伦理秩序，甚至连在自己的家里也做不到。更叫他感到异常悲凉的是，他与同胞兄弟之间同根相煎、手足相残的玄武门之变的悲剧，很有可能再次发生在自己的儿子们之间！李世民有十二个儿子，有的无能软弱，有的玩物丧志，有的穷凶极恶，有的精明过度。为了争夺皇位，他们在家里钩心斗角，在朝廷拉帮结派。
治国容易，治心难。英雄如唐太宗者，每每想到这些总觉得心力交瘁，便生起一种无可奈何的凄凉悲怆之感。他环顾左右，亲朋旧臣一个个凋零故去，没死的也垂垂老矣。自然而然，他对未知的死亡产生了莫大的恐惧。其实，他之所以尊道，除了政治上的原因外，在他的内心深处还有借助道教的养生之术益寿延年、长生不老的期望。自然，那些八面玲珑的道士们很会投其所好，进贡了许许多多据说灵妙无比的丹药。可是，他服用之后，除了短暂的兴奋之外，反倒是汞铅中毒的症状越来越明显。道士们的长生不老之术没法验证，神仙丹药的效果也让他大失所望。心灵多次挣扎之后，正应了那句老话所说：“英雄到老皆皈佛”，唐太宗不得不开始从佛教中寻找心灵的慰藉。
贞观二十二年（公元648年）夏，唐太宗驾幸玉华宫。六月，太宗皇帝下令，召正在弘福寺译经的玄奘前来伴驾。
玄奘马不停蹄，连续赶了三天的路，风尘仆仆来到玉华宫。一见面，太宗皇帝非常高兴地说：“我在这里避暑、处理政务之余，非常想念你。让你赶了这么远的路来和我相见，辛苦你了。”
玄奘赶紧说道：“大唐的百姓仰仗着您才过上富裕安康的日子，您若稍有不安，则天下恓惶。像我这样一个无足轻重的世外之人，能得到皇上的召见，深感荣幸，谈不上什么辛苦。”
两人一如既往，谈得非常投机。于是，唐太宗又想逼劝玄奘归俗，将他网罗在自己左右，共谋朝政。
此时，已进入贞观朝后期，早年跟随唐太宗打天下的那些谋臣良将很多都已去世，一些治国能臣也因为废立太子之争失去了皇帝的信任，连一代名臣房玄龄也卧病在床，看情况很难康复。因此，国家急需补充人才。同时，为了弥合朝中的派系斗争，唐太宗也急需一位公平中正、能力出众、威望超群的人来制衡各方面的势力。而玄奘，无疑是最佳的人选。
玄奘再次委婉拒绝了唐太宗的劝请，他说：“玄奘自幼出家，弘扬佛法是我毕生的心愿。万望陛下大发慈悲，不夺我志。”
太宗毕竟是一位开明的皇帝，再次遭到玄奘的拒绝，他不但不生气，反而对玄奘更加敬佩。唐太宗心中暗暗惊奇：佛教究竟有着怎样的魅力，居然使得玄奘这样一个集天地之灵气的人物，死心塌地地追随其中，连高官厚禄、富贵荣华都不能动其心、撼其志！
于是，两人转换了话题。太宗问：“法师正在翻译哪部经论呢？”
玄奘回答：“五月十五日刚刚译完《瑜伽师地论》，共一百卷。”
太宗皇帝颇为惊讶地说：“哦，一百卷？此论甚大。但不知是何圣所说，主要内容都说些什么？”
“这部大论是弥勒菩萨所说，是一部讨论修行成道的书，把人生修行的历程划分为十七个阶段。故而也称作《十七地论》。”
《瑜伽师地论》的法理玄妙而深奥，讲识论思，体系庞大，术语甚多，玄奘只能举纲提目，陈列大义。不过，大论中也有一些通俗易懂的内容，比如“摄抉择分”的第六十一卷，主要分析了君王的种种过失、功德、衰损等。若君王避免失误、修习功德、远离衰损、掌握领导技巧，就能达到国家长治久安的目的。于是，玄奘着重给太宗皇帝讲解这一章节的内容。
李世民一生忙于军事和政治，虽然与僧人有过一些来往，但多限于礼节，且从心里轻视佛教，所以他刚开始听时，很是有点不以为然。可是，当玄奘讲到大论中所说的君王常犯的十大过失时，他的神情专注了起来。
“君王若出现这样的过失，虽然有雄厚的财力，有贤良的臣辅，有强大的军队，依然不可能得到人民的拥护，且危机重重，国家也将难以维系。”
大唐贞观盛世的出现，最重要的前提就是唐太宗李世民的励精图治、从不放逸，任人唯贤、远离邪佞，从善如流、赏罚分明，避免了佛经之中所列举的那些失误。因此，他现在听来深有体会，倍感亲切，频频颔首称是。
玄奘见状，知道太宗认同了《瑜伽师地论》中的这些精辟分析，于是又讲了君王的五种领导技巧：第一，善于观察、统御群臣，充分发挥每一个人的特长；第二，广行恩德，宽以待人；第三，专注政务，不放纵自己；第四，远离奢靡，勤俭建国；第五，遵守纲纪，专修善行。
李世民心中暗暗吃惊。大唐的基本国策是儒治为主，诸教并容。因为他一直认为，佛教是遁世的学说，于百姓无补，于国家无益。没想到，《瑜伽师地论》的政治理想，与他的治国之术有异曲同工之妙。他立刻派人骑快马回长安，去把《瑜伽师地论》取来。
唐太宗详览《瑜伽师地论》，见其词义宏达、闻所未闻，情不自禁地对身边的大臣说：“朕观佛经，犹瞻天俯海，莫测高深。玄奘法师能于异国他乡取得这样的妙法，真是奇迹。朕原来忙于军政，没有认真研究过佛教。儒家、道教以及其他九流的经典与之相比，就像小池塘与渤海。人们都说三教齐致，真是妄谈。”
从来没有认真读过佛经的唐太宗，一览《瑜伽师地论》便叹为观止。他下令秘书省将玄奘新译的佛经手写九部，分发于九州流通广布。这是唐朝早期官方写经流通规模最大的一次。
七月十三日，唐太宗李世民在玉华殿举行了一个庄严的仪式，赐给玄奘一领袈裟。这件袈裟是后宫费时数年之久的精心之作，用金缕织成，根本看不出缝合的痕迹，美其名曰“天衣无缝”。多年来，太宗皇帝一直在观察全国的高僧，为其寻找最合适的主人。现在他知道了，只有玄奘才配得上这件佛门重宝。于是，他亲自将金缕袈裟披在了玄奘的身上。
七月，在玉华宫还发生了两件让太宗皇帝黯然神伤的丧事：一代名相房玄龄与宋国公萧瑀在这里先后去世。李世民眼睁睁地看着这些与自己出生入死的老臣一个个撒手归西，倍感生命的无常，因而对佛教兴趣大增，精神上更加依赖玄奘，几乎将其当成了自己的心灵导师，一直让他陪伴在自己身边。两人相得益彰，太宗完全放下了皇帝的架子，对待玄奘如同亲人一般。
这样，当玄奘再次请求太宗皇帝为自己的新译佛经写序时，他欣然同意了。八月，太宗亲笔撰写了《大唐三藏圣教序》，并在玉华宫庆福殿举行了宣序仪式：唐太宗尊玄奘为上座，太子李治，重臣长孙无忌、褚遂良、许敬宗等人肃立两侧，令弘文馆学士上官仪当庭宣读。
唐太宗在序文中一反初衷，把佛教誉为“圣教”，并用华丽的言辞对佛教和玄奘大加赞赏。这些都远远超出了玄奘的预料，所以他喜出望外。太宗对他个人的溢美之词，他固然欢欣，更重要的是，有了太宗这篇热情洋溢、霞焕锦绣、褒扬之至的序文，对于他所翻译的佛经流传天下，大有益处。
太宗李世民年轻时期，恰逢隋末战乱，他以卓越的军事才能北征东伐，为大唐创立了不朽的勋业。与一般冷血帝王不同的是，他的内心世界极为丰富，情感细腻、敏锐。一方面，他觉得以战终战、以杀止杀，势在必行；另一方面，他良心发现，自知杀业太重，感到非常后悔。到晚年，这种发自内心的忏悔让他坐卧不宁。而玄武门事变中，兄长李建成与弟弟李元吉的惨死，在太宗的心灵深处留下更深的暗影。多年来，这件说不出口的往事，在胸中累积成了一个大疙瘩，无形的压力与恐惧时时刻刻跟随着他。他内心的苦楚以及寻求解脱的紧迫感，唯有佛教的因果之说和树立福田的办法才能解决。所以，他开始相信佛教，与玄奘几乎形影不离。为了时时能与他相见，太宗专门在玉华宫为玄奘增设了译经院。
晚年的太宗皇帝，自从远征辽东以来，精气神大不如前。再加上前期服用道士丹药的副作用，健康状况急剧恶化。自从六月听从玄奘的劝告，摒弃“长生不老”的灵丹妙药之后，反而神清气爽，体力有所恢复。他理所当然地将之归结为结缘佛教、亲近高僧玄奘的效果，因此对佛法更加虔诚恳切了。十月初的一天，他问玄奘：“作什么功德，利益最大？”
玄奘回答道：“众生迷惑，没有智慧不足以启发，而培植慧根最好的方法就是弘扬佛法。住持正法，仰仗的是寺院僧人，所以度僧的功德最大。”
太宗李世民听了很高兴，随即下诏：“京城及诸州各寺，各度五人，弘福寺度五十人。”当时，大唐各地共有官寺3716所，共度僧尼18500余人。在此之前，因遭到隋末战乱的摧残，国内寺院凋残，僧尼散失。有了这次大规模的度僧，佛教开始再次兴盛起来。此后，尊崇佛教很快成为民间风尚，建寺院、开石窟、造佛像、修佛塔，中唐之后渐成繁盛气象。
皇太子李治每逢阴天下雨，手心即痛。他因此想起自己年幼时，常常看到娘亲腹痛。当时不解，如今自己长大成人了，感同身受，非常思念亡母。于是李治效仿老爹，为报答母亲文德皇后的养育慈恩，在隋代无漏寺的故址上兴建大慈恩寺。
十二月间，寺院落成，皇太子亲自拈香，拜佛像幡华，度三百僧，别请五十大德，迎请玄奘为上座。且于寺的西北部筑造翻经院，安置玄奘所携回的经像舍利，随后玄奘在这里继续译经事业。
玄奘迁居慈恩寺之后，除了译经事业之外，又增添了许多寺务管理工作，超常繁忙，所以没有时间陪伴太宗皇帝。在此期间，大臣王玄策从印度带回了一位婆罗门外道。为迎合皇帝祈求长生的心理，把他献给了李世民。这个印度外道吹嘘自己已两百多岁，有长生不老之术。唐太宗信以为真，将他安置在金飙门客馆为自己炼制丹药。然而，印度外道的长生不老之药与中国道士的仙丹一样，服用之后不但毫无作用，反而大大加深了汞铅中毒的症状，令唐太宗头痛不止！
贞观二十三年（公元649年）四月，太宗皇帝的身体每况愈下，不得不到终南山翠微宫休养。此时的太宗，已经预感到自己来日无多。他几乎每天晚上都做噩梦，梦中形形色色的敌人向他索命。显然，病情日重、中毒已深的太宗皇帝，其心难安。
空前绝后的千古一帝，英勇盖世，智超群伦，一生戎马，征服四方，到临终之时才发现，最难征服的居然是自己的心！然而，他明白得太晚了，已经没有修心的时间与精力了。为了寻求心灵的慰藉，他请玄奘前来，不让他离开左右。唯有玄奘以佛法疏导，才能减轻他心中的痛苦与不安。
无可奈何，玄奘只好将译场搬到翠微宫的安喜殿。白天，太宗处理政务时，玄奘译经。其余时间，两人像亲密无间的老朋友一样，谈经论道。此时的太宗皇帝，对自己早年未能修学佛法而后悔，对玄奘说：“朕与法师相见恨晚，不得广兴佛事。”太宗所说，当是肺腑之言。正如曾子所说：“鸟之将死，其鸣也哀；人之将死，其言也善。”
五月二十四日，太宗皇帝头痛消失，精神大好。然而，心明眼亮的玄奘知道，这不过是回光返照。于是，他将陪伴自己度过了许多苦厄的《心经》，诵给唐太宗听：
观自在菩萨，行深般若波罗蜜多时，照见五蕴皆空，度一切苦厄……无挂碍故，无有恐怖，远离颠倒梦想，究竟涅槃。三世诸佛，依般若波罗蜜多故，得阿耨多罗三藐三菩提……
太宗皇帝心性异常通灵，明白了自己因为牵挂太多，所以心生怖畏。由是，他不再想世俗的烦恼，忘记什么功过是非，不再惦记必将属于他人的江山社稷。放下一切之后，他感受到的是空空明明的清凉。
五月二十六日，中国历史上最杰出的帝王李世民，耳边徐徐回荡着玄奘低沉、舒缓、平静的诵经声，在翠微宫安详而逝。