◎醉不成欢惨将别
陈寅恪前往上海转赴岭南时，胡适、傅斯年等人仍在南京为风雨飘摇的国民政府“抢救学人计划”效力。1948年12月16日，蒋介石与宋美龄夫妇在黄埔路官邸专门设寿筵宴请胡适与江冬秀夫妇，傅斯年陪同。平时请客从不备酒的蒋介石，特为胡适准备了上等好酒，破格示敬，并表示提前一天为其贺寿。尽管胡适对蒋氏夫妇的情谊深为感动，但当自己的助手胡颂平奉蒋氏之意劝他“到外国去替政府做些外援的工作”时，胡未予理会。回到住处，胡极不高兴地对助手胡颂平说：“这样的国家，这样的政府，我怎样抬得起头来向外人说话！”1
12月17日，是北大五十周年校庆日和胡适五十七岁生日，胡适出席了在南京北极阁下中央研究院礼堂大厅举行的北大同学会和校庆会。席间，胡适“发表沉痛演词”，这是胡氏离平前专门赶写的一篇纪念箴言，谓：“北京大学今年整五十岁了。在世界的大学之中，这个五十岁的大学只能算一个小孩子。……我曾说过，北京大学是历代的‘太学’的正式继承者，如北大真想用年岁来压倒人，他可以追溯‘太学’起于汉武帝元朔五年（西历纪元前124年）公孙弘奏请为博士设弟子员五十人。那是历史上可信的‘太学’的起源，到今年是两千零七十二年了。这就比世界上任何大学都年高了！但北京大学向来不愿意承认是汉武帝以来的‘太学’的继承人，不愿意卖弄那二千多年的高寿……”
演讲词中，胡适高度称赞了蔡元培与蒋梦麟主持北大三十年的功绩，谓正是蔡与蒋三十年的不懈努力，才使北大成为“一个继续发展的学术中心”，并称蒋梦麟是“一个理想的校长，有魄力，有担当”的校长。又说：“民国二十年（1931）九月十七日，新北大开学了。蒋校长和全校师生都很高兴。可怜第二天就是‘九一八’！那晚上日本的军人在沈阳闹出了一件震惊全世界的事件，造成了第二次世界大战的序幕！”但自此之后到卢沟桥事变北大南迁的六年国难之中，北大“工作最勤，从没有间断。现在的地质馆、图书馆、女生宿舍都是那个时期里建筑的。现在北大的许多白发教授，都是那个时期埋头苦干的少壮教授……现在我们又在很危险很艰苦的环境里给北大做五十岁生日。我用很沉重的心情叙述他多灾多难的历史，祝福他长寿康强，祝他能安全地度过眼前的危难正如同他度过五十年中许多次危难一样！”2
1946年9月，傅斯年结束代理北大校长，欢迎胡适前来上任。左为傅斯年，中为胡适，右为胡适之子胡祖望
最后，胡适谓自己面临此次灾难“则已如一逃兵”且称“乃一不名誉之逃兵”，言毕“声泪俱下，与会者几同声一哭”。3
胡氏演讲完毕，由傅斯年慷慨致辞。据当时报载称：“傅氏自称悲观，但竟以乐观言之，博得多数人破涕为笑。”4
与南京遥相呼应的是，此时的北平也正在举办北京大学校庆活动，只是比南京更为沉痛悲观，据当日报载称：“北大今在炮声中开始校庆节目，因胡适离平，主持乏人，展览讲演皆不能按预定节目进行，势将悄然度过。在郊外之农院一部学生，今被迫入城，衣物有损失，并饱受虚惊，学生在孑民堂前痛哭流涕。”5
12月21日，清华大学校长梅贻琦率领第二批被“抢救”学人飞离北平抵达南京，同机者有李书华、袁同礼、杨武之、江文锦等24位教授。按计划该机将搭载更多的人南飞，“但以市内新机场跑道松软，只能载重三千磅，下午一时起飞，不离平之教授，决于廿二日成立联合会，并与当局取得联络”。6
就在梅贻琦等抵达南京后的第二天，教育部长朱家骅辞职。国民政府任命梅贻琦继任。梅自称未能将大部分北平教授接运出来，深感惭愧，表示不能从命，旋辞职，梅贻琦由此成了国民党在大陆统治时期最“短命”的教育部长。梅请辞后，暂由陈雪屏代理教育部长职。
未久，蒋介石给胡适冠以“总统资政”头衔，坚持胡适前往美国，既不当大使，也没有具体任务，只是希望胡“出去看看”。胡适在经过一番心灵煎熬后，决定服从这一委派，重返美国为政府“做点面子”。7
1949年元旦，共产党通过新华社发表新年献词，提出“打过长江去，解放全中国”的响亮口号。国民党败局已定，蒋介石正式委任心腹干将陈诚为台湾省政府主席，倾全力经营台湾，为国民党撤退做准备。这道命令，连时任副总统的李宗仁和台湾省主席魏道明事先都毫不知情。
就在这个元旦之夜，南京城一片死寂，胡适与傅斯年聚会一室共度岁末，师徒二人置酒对饮，相视凄然。瞻念前途，满目苍凉，思前想后，两位书生不禁潸然泪下。午夜的钟声响过，二人打起精神，重新抖起了文人的癫狂之态，一边喝酒，一边背诵陶渊明《拟古》第九：
种桑长江边，三年望当采。
枝条始欲茂，忽值山河改。
柯叶自摧折，根株浮沧海。
春蚕既无食，寒衣欲谁待。
本不植高原，今日复何悔！8
抗战胜利，傅斯年、胡适接办战后的北大，此时正好三年。“三年望当采”，正期望北大有所建树和成就之时，“忽值山河改”，由青天白日忽然变成了满地红旗，期望中的“事业”随之付诸东流。柯，枝干也。沧海，指东海。此二句是说桑树的枝干被摧折，根叶漂浮到大海中去，一切希望皆成泡影。“本不植高原”，“种桑”之地本就没在风雨无忧的高原，面对今日这般悲怆凄凉之境，又有什么后悔可言？待把此诗吟过数遍，二人酒劲儿上来，倒在桌旁昏睡过去。
当此之时，与胡傅二人友善的新任台湾省主席陈诚，以雷厉风行的军人作风和惊人的办事效率，于1月5日开始在台北主持政事。同日，陈诚即致电傅斯年：“弟已于今日先行接事，介公深意及先生等善意，恐仍须有识者之共同努力，方能有济。弟一时不能离台，希先生速驾来台，共负巨艰。”9
台湾省主席陈诚以此电力促傅斯年“速驾来台，共负巨艰”（台湾“中研院”史语所傅斯年图书馆“傅档”）
傅斯年接到电报，意识到自己决定何去何从的最后时刻到来了，在命运的重要转折关头，向来干练决断的傅氏再度犹豫起来。此前，随着陈布雷自杀身亡，傅斯年也产生了继之而去的念头。这个念头存在他的心中已有时日，早在1932年他就说过：“国民党固曾为民国之明星者若干年，而以自身组织紊乱之故，致有今日拿不起，放不下之形势。于是一切残余的旧势力蠢蠢思动，以为‘彼可取而代之也’。”又说：“平情而论，果然共产党能解决中国问题，我们为阶级的原故，丧其性命，有何不可。我们虽不曾榨取劳苦大众，而只是尽心竭力忠其所职者，一旦‘火炎昆冈，玉石俱焚’，自然当与坏东西们同归于尽，犹之乎宋明亡国时，若干好的士人，比贪官污吏还死得快些一样子。一从大处设想，即知如此运命真正天公地道，毫无可惜之处。”10
据陈槃回忆：“当首都仓皇之日，时有陈布雷、段锡朋二氏之殁，师因精神上大受刺激，悲观之极，顿萌自杀之念。而师未于此时殉国者，赖傅夫人爱护防范之力也。”11陈氏之说后来得到了俞大綵的证实。当时俞正准备陪母亲去广州、香港就医，傅斯年的弟弟傅斯严（孟博）暗中劝俞不要离开。俞大綵说：“那时我的母亲患严重心脏病住院，大姐大，以南京危在旦夕，决奉母先飞广州，转香港就医，她要我同行，与她共同随机照顾病母。我虑及孟真旧病复发，加以他感时忧国，情绪极劣。母亲重病在身，长途飞行，极感忧虑，左右为难，不知何所适，从商之于孟真。他毫不迟疑地说：‘你母亲病情严重，此行如有不测，你未能尽孝，将遗恨终生。你非去不可，不要顾虑我。’我略整行装，准备隔日启程，当夜孟博赶来痛哭流涕，责备我不该离开孟真。他说：‘你难道不知道哥哥随身带着一大瓶安眠药，一旦共军攻入，他便服毒自尽么？那时，你将何以自处？’骨肉情深，感人肺腑，我们相对涕泣，我便放弃了广州之行。”12
傅斯年之所以没有自杀，除了他的夫人看护有加，与傅本人在心中牵挂着史语所同人和他的故朋亲友亦有极大关系，也正是这一条若隐若现的锁链，最终拴住了他的心并延长了其生命历程。就在傅氏准备赴台之时，胡适已向他透露自己不去台湾而想赴美国的打算，这个选择意味着胡、傅从此分道扬镳，天涯海角再难相见，这对傅斯年而言无疑又是一个极其重大的打击。傅顿感失去了一根庞大的精神支柱，心情更加凄凉与慌乱，不知自己该何去何从。当接到陈诚自台湾发来的电报后，他将自己关在房间里三天三夜，不住地绕室踱步，对脚下的故土越发生出一股难舍难离之情。傅氏反复吟咏、书写宋代著名忠烈辛弃疾《别茂嘉十二弟》之词句：“将军百战身名裂，向河梁，回头万里，故人长绝。易水萧萧西风冷，满座衣冠似雪。正壮士，悲歌未彻。啼鸟还知如许恨，料不啼，清泪长啼血。谁共我，醉明月？”
其时，正是壮年的傅斯年已很清楚，在阵阵悲歌声中，已没有多少人与他共醉明月了。
1949年1月9日夜，被共产党部队围困在徐蚌战场达66个日夜的国民党军队，激战后全面溃败。解放军以伤亡13万人的代价，歼灭俘获国民党军55.5万人，徐州“剿总”副总司令、战场总指挥杜聿明被俘。
1月19日，傅斯年去意已决，决定搭乘军用飞机赴台。这天凌晨，在惨淡的星光照耀下，傅斯年偕夫人走出了史语所大院中的家门，胡适与傅氏夫妇在前，秘书那廉君殿后，一行人在漆黑寒冷的夜色中悄无声息地走着，没有人再说话，千言万语已说尽，最后要道的“珍重”又迟迟不能开口。当那扇宽大厚重的朱红色大门嘎嘎推开时，阴沉的夜色中，把门的老工友接过傅斯年手中的行李，在送向汽车的同时，呜咽着道：“傅先生，今日一别，还能相见吗？”傅听罢，悲不自胜，滚烫的热泪“唰”地涌出眼眶，顺着冰凉的面颊淌过嘴角，又点点滴滴地随着夜风四散飘零。
“好兄弟，等着我，我会回来的。”傅说着，握住老工友的手做了最后道别，然后登车仓皇离去。正可谓：“最是仓皇辞庙日，教坊犹奏别离歌，垂泪对宫娥。”
当天，傅斯年飞抵台北，此一去，竟是“回头万里，故人长绝”了。
1月31日，解放军占领北平城，中共宣布北平和平解放。
随着淮海、平津战役的终结，国民党政府已到了仓皇辞庙之日，再无心力“抢救”学人，这个“抢救大陆学人计划”最终未能像抢运大批的金银国宝一样顺利完成。据后来统计，除胡适、梅贻琦等几十位教授之外，中央研究院81位院士有60余位留在了大陆，各研究所除傅斯年领导的史语所算是较完整迁台，其他的几个如数学所等只有一少部分人员与仪器迁台。而此时被“抢救”出的学人，亦有一部分人最终去了香港和美国而不是台湾。
继蒋介石暂时隐退之后出任国民政府代总统的李宗仁，马上派代表张治中、邵力子等赴北平与中共进行谈判，展开了旨在保住江南半壁江山的和平攻势。为加强社会各界的力量和谈判砝码，李宗仁专门向已赴台湾的傅斯年发电，希望傅能出来助其一臂之力，尽快达到“和平之目的”。但此时的傅斯年对国共和谈已不抱任何希望，当场给予谢绝。在致李宗仁的信中，傅以一贯的处事作风和政治立场，直言不讳地表达了对时局的看法。文曰：
德邻先生赐鉴：
前奉复电感佩之至，我公以民生为念，倡导和平，凡在国人，同声感荷，然共产党之行为，实不足以理喻。共产党本为战争党，以往尚如彼好战，今日走上风，实无法与之获得和平，今看共产党态度，下列数事至为明显：
1.分化敌人，彻底消灭中央政权，只与地方谈和，以实行其宰割之策，绝不以人民为念。
2.绝对走苏俄路线，受苏俄指挥，而以中国为美苏斗争中之先锋队。
3.对多年掌兵符者，必尽量摧毁，介公固彼所不容，而我公及健生宜生诸先生，彼亦一例看待，即我们读书人，不受共产党指挥者，彼亦一样看待也。
在此情形之下，中央倡导和平，忍辱负重，至矣尽矣，受其侮辱亦无以复加矣，凡此情形可以见谅于国人矣。乃共产党既如此，则和平运动恐须适可而止矣。盖如文伯、力子、介侯诸先生之办法，和平既不可得，所得乃下列之结果：
1.江南各省分崩离析，给共产党以扩张势力以方便，而人民亦不能减少痛苦。
2.合法政权既已大明，则权衡轻重，恐须即为下一步之准备，力子、文伯之谈和平，毫无办法，只是投降而已；偏偏共产党只受零星之降，不受具体之降，不知张、邵、甘诸公作何解也？
3.大江以南之局势，如不投降，尚有团结之望（至少不是公开之纷争），如走张邵路线，只有全部解体而已。只要合法之政权不断气，无论天涯海角，支持到一年以上，将来未必绝无希望也。司徒大使实一糊涂人，傅泾波尤不可靠，彼等皆不足代表美国，今日希望以美国之助，与共产党取和乃绝不可能之事也。13
傅斯年这一与中共决绝的强硬态度，并不是一时兴起的妄言，实与他一贯的政治主张相吻合。他认为国民党之所以“半壁万里，举棋中儿戏失之”，则是因为“不能言和而妄言和，不曾备战而云备战”，14直至导致了不可收拾之残局。他在为国民党的败局潸然泪下与“不堪回首”之后，于痛定思痛中决定把全部精力投入到台湾大学的建设上，借以在精神上得到一点儿寄托和安慰。
4月21日，中共中央军委一声令下，百万大军在西起九江东北的湖口，东至江阴，总长达千里的战线上，强渡长江，蒋介石苦心经营达三个半月，号称“固若金汤”的长江防线轰然崩溃。4月23日，解放军占领南京，国民党统治了22年的“首都”失守，国民政府南迁广州。
1949年2月，南京，撤退中的国民党军队
8月14日，毛泽东在为新华社写的《丢掉幻想，准备斗争》一文中，对胡适、傅斯年、钱穆三人进行了点名抨击：“为了侵略的必要，帝国主义给中国造成了数百万区别于旧式文人或士大夫的新式的大小知识分子。对于这些人，帝国主义及其走狗中国的反动政府只能控制其中的一部分人，到了后来，只能控制其中的极少数人，例如胡适、傅斯年、钱穆之类，其他都不能控制了，他们走到了它的反面。”15
1949年10月1日，毛泽东在北京天安门城楼上宣告中华人民共和国中央人民政府成立。
10月14日，广州失守，“国民政府”再迁四川，蒋介石随之出山，匆忙赶到重庆指挥战事，并在此度过了他在大陆的最后一个生日——六十三岁诞辰。
11月30日，重庆陷落，蒋介石逃往成都。12月7日，“行政院长”阎锡山率包括“中央研究院”在内的“国民政府”各机关从成都逃往台湾。12月10日下午2时，一代枭雄蒋介石带着儿子蒋经国，在瑟瑟寒风中，从成都凤凰山机场起飞逃往台湾。此时解放军攻城的炮声正紧，为了逃命，蒋介石都来不及细看一眼大陆河山。此时的蒋介石没有想到，此一去，再也不能回到他眷恋不舍的神州大地。正是：
人生长恨水长东。无限江山，别时容易见时难。
◎退守孤岛
1949年1月20日，傅斯年正式就任台湾大学校长。时台大中文系教授黄得时仰慕傅的声名，请其写几个字留念。一向以齐鲁大汉自居、自豪和自傲的傅斯年，挥毫写下了“归骨于田横之岛”16短幅相赠。众人见之，顿生凄怆之感，更想不到竟一语成谶。
抵台后的傅斯年仍兼任随迁的“中央研究院”史语所所长，但主要精力则投入到台大的兴建改革之中。
台湾大学的前身为“台北帝国大学”，是日本在中日甲午海战之后，强占台湾并于1928年创建的一所综合性大学。1945年抗日战争结束，台湾回归中国，当时国民政府派中央研究院植物研究所所长罗宗洛赴台接管该校，并改名为国立台湾大学，罗任校长。此时的台大经济拮据，举步维艰，刚上任的罗宗洛大有乱杆子扑头——痛中带晕之感，于是很快挂冠回沪，专任他的植物所所长去了。此后国民政府又相继委派中央大学教授陆志鸿和北平研究院研究员庄长恭出任台大校长职，他们又都因地方长官的冷漠和校内种种困难而辞职。当傅斯年执掌台大时，他已是抗战胜利之后的第四任校长。这个时候正是国民党大撤退，台湾地区大动荡、大混乱、大失控时期。学校内部房舍狭小，经费奇缺，校务混乱，学潮迭起。再加上几百万从大陆撤退的国民党军队、政府人员及家眷蜂拥而至，要求入学就读者骤然增加。原在“台北帝大”时代只容几百人的校舍，根本无法容纳狂潮一样汹涌而来的学生，一旦权要显贵人物的子女、亲属有入学者稍不如愿，这些高官大员便凭借手中权力横生枝节，给学校制造麻烦甚至灾难。傅斯年接手后仍是这种令人激愤和无奈的情形。
右为傅斯年手书“归骨于田横之岛”，左为董作宾用甲骨文补写的“既饮旨酒”，其他为史语所人员签名
在“台北帝大”时代，学生大都是富家子弟，全部走读，学校不设宿舍。傅斯年执掌台大后，本着“决不让任何学生因经济拮据而丧失他的学业”的办学宗旨，不论学生出身贫富，一律按招考标准予以录取，从而使贫苦人家的孩子得有入学就读的机会。经此嬗变，出身贫穷且远离家乡的学生不断增多，台大的师资力量更显得异常奇缺。尽管在撤离大陆时，朱家骅、傅斯年已对这一问题有前瞻性的考虑和准备，无奈被“抢救”到台湾的学人实在太少，著名教授只有沈刚伯、钱思亮、毛子水、郑通和、余又荪、台静农、姚从吾、马廷英、王国华、方东美、夏德义、李宗侗、英千里、杨树人、潘贯、萨孟武、彭九生、陈振铎等三十几人，显然无法填补大多数学科一流座椅的空白。所幸的是“中央研究院”史语所、数学所等一批精英迁往台湾，才算把台大各院系勉强充实起来。如史语所抵台的李济、董作宾、凌纯声、芮逸夫、石璋如、劳榦、高去寻、屈万里等著名学者，皆应聘到台大兼课。因为这些条件，台大的师资力量才有所改观。
当然，此时的傅斯年一直没有忘记继续拉拢大陆学人赴台。据留在北大的邓广铭回忆说：傅斯年做了台湾大学校长，“此后便经常以朱家骅的名义给北大郑天挺先生打电报，号召北大教授到台湾大学去任教，有时也指名道姓，说要某某人去。记得点过张政烺先生的名，也点过我的名。当时郑先生问我去不去，我说，要论和傅先生的师生关系，我应该响应他的号召，到台湾去。不过，傅先生与蒋介石关系密切，所以跟他去。我与蒋介石没有什么关系，不愿跟他到那孤岛上去。我还和别人开玩笑说，如今国民党的军队是不战、不和、不守，我的态度是不死、不降、不走。我没有做过蒋介石的官，和国民党没任何关系，用不着为他们尽节殉死。我和共产党没仇恨，我在大学教书，人民政府是否让我继续教下去，当然还很难说，但这并不是一个投降不投降的问题。我不跟傅先生去，也不跟国民党走，决意留在北京大学”。17邓是北大历史系学生，与傅斯年的侄子傅乐焕既是同班同学又是好友，深得傅的赏识。邓毕业后受傅的邀请赴昆明和李庄出任北京大学文科研究所助教，其间一直受傅的提携与关照。两年后，邓广铭离开李庄，受傅斯年之荐任复旦大学副教授，抗战胜利后随傅到北大任校长室不挂名的秘书，直到胡适接掌北大仍任此职。再后来转入北大史学系任副教授、教授，并一度出任过历史系主任一职，算是与北大瓜葛较深的一人。
邓氏所说，是1949年初期事，直到这年年末，甚至1950年的年初，傅斯年也一直未放松努力。像北京方面的郑天挺、罗常培、向达、汤用彤、冯友兰、饶毓泰、叶企孙、曾昭抡、钱三强、周一良、沈从文，特别是转往岭南大学的陈寅恪，多次受到傅的邀请，只是受邀者出于多方面的考虑未做响应，仍留在大陆“静观待变”，或躺在床上打着自己的算盘，做着“走进新生活”的美梦。这特定的历史阶段，还有一些不为人知的明争暗斗和黑幕，据说当时傅斯年很想邀请大陆的美学名家朱光潜到台大任教，但他手下的文学院院长沈刚伯生怕朱到台后，对自己的地位形成威胁，暗中作梗，把邀请信息暗中压下，秘而不宣。按朱后来的说法他没有去台之意，但就当时的情形，纵然想抽身起程已无能为力矣。18
坐在台大校长位子上的傅斯年，再度“聊发少年狂”，施展出当年敢打敢冲、“凡事先骑上虎背”的本领，对台大积习实实在在地来了一番大刀阔斧的改造。不论后台有多硬，凡不合学术水准、滥竽充数的教授，全部驱逐出校门；校内职员，特别是原“帝大”时遗留的医务人员，凡无医疗常识，不知救死扶伤为何事，只想自己的薪水待遇者，一律解聘。未出几个月，傅斯年就抡圆了手中的权力之刀，如同切西瓜一样将70余名不合格教授与职工切掉并赶出校园。自此，台大面貌为之一新，形成了一个蓬勃向上的局面。许多年之后，无论是傅的追捧者还是被赶走的对立者，在回忆这段不堪回首的往事之际，都不得不承认，假如没有傅斯年，台湾大学在那样动荡的时局中，想要在短时间中迅速崛起，奠定一个现代大学的基础是不可能的。据陈雪屏回忆，傅赴台时健康情形已很是令人担忧，“但他一方面心忧大局，同时锐志要把台大建设成一个够世界水准的学府，殚精竭虑，竟无一刻的轻松”19。也正是世事纷乱与劳累过度，导致了傅斯年英年早逝的悲剧。
傅在台大的改革使一部分人为之叫好欢呼的同时，自然触及了许多人的利益，令对方极为不快和恼怒。当时台大师生反对国民党腐败无能、以权谋私等令人激愤的丑行，学潮一浪高过一浪，而傅的对立面借学潮运动趁机发难，有国民党政客在报纸上发表致傅斯年的公开信，指责台湾大学优容共产党，并指名道姓地说法学院院长萨孟武“参共亲共”，某某院长、系主任是“共产党分子或参共分子，他们把持院系，排除异己”，把各院系变成培植亲共势力的温床等。
傅斯年在台大校长室
傅斯年对台大师生特别是台湾土著反蒋倒蒋活动一直深恶痛绝，对学生中有真凭实据的共产党人亦不宽容，每有发现均严惩不贷，其态度与他处理西南联大学潮时并无二致，曾不止一次地喊出了“让布尔什维克滚出台大去”的口号。当时国共之战进入白热化，在社会各阶层极端混乱的情形下，有些学潮的发生可能有中共人员或职业学生暗中鼓动，有的或许是其他一般事件引起，因而当局与学校甄别起来极为困难。但不能排除的是，1948年之后，确有中共党员学生或左派学生以各种渠道进入了台大。早于傅斯年迁台的“中央研究院”史语所研究员芮逸夫，于1948年12月20日在致傅氏函中有所透露。芮氏说：“则学生分子问题，亦颇堪注意。台大学生，过去堪称纯洁无疵。但今夏招生，却有不少职业学生投考而竟被录取（据云，上海若干大学之二、三年级生，今夏考入台大者不少云）。在庄前校长任内，已准成立自治会，或谓赤色职业学生从此得在台大生根云。……又如浦逖生（南按：浦薛凤，原为清华、北大、西南联大教授，国民政府教育部政务次长，时为台湾省政府秘书长）先生对台大之看法，谓首须求台大之安定，而后再谈发展。”20
一个月后，傅斯年飞抵台湾接掌台大，大体按浦氏的路数走了下来，只是具体行动过程中的场面，要比浦氏想象的激烈、惊悚、动人得多，而台大甚至整个台湾社会得以安静的时间也比预期短得多。当然，这个结果首先取决于军事上的保证。对此，王世杰于傅斯年去世后很有感触地回忆说：民国三十八年（1949），大陆撤守，国民党政府播迁台湾，一时人心惶惶，都以为国民党政府的战斗力已失，没有希望了！当时从台北到新竹，甚至有反对蒋先生的标语出现，而“国防部”的次长，居然是一个“匪谍”（南按：指“军令部”决定作战战略的次长刘斐）。在此危急之秋，国民党政府播迁台湾能得以站稳脚跟，有两个重大事件不可不提。一是国民党军在金门前线古宁头之战和舟山群岛之步登岛之战，双双告捷，解放军进攻势头被遏制，台湾军事情势乃得以稳定。当然，这个稳定也令国民党军付出了伤亡惨重的代价。“当舟山的情势十分危急之时，面对共军即将大举进攻，当地之军事指挥官于夜间电话请示，谓在众寡悬殊，弹药不继，情势极端不利之情况下，国军将何以自处？究竟是抵抗还是不抵抗？”时国民党东南军政长官陈诚愤然表示：“我们现在还有什么问的！还有什么选择！就只剩下台湾一省和东南沿海的几个小岛，而这些小岛正是台湾的屏障，倘若再守不住，通通完了，退此一步，即无死所！还说什么抵抗不抵抗！”他拿起电话就说：“你们给我打至最后一人！如果有不听命令的，就军法从事！”国民党军在哀兵的情况下，在步登岛打了一场大胜仗，这一仗与古宁头之役，解除了台湾被围的军事危机。第二是在后方即台湾岛上，“由于左派共党学生渗透到各学校，鼓动风潮，造成社会不安。在金门和舟山两次军事胜利之后，陈辞修将军就采取行动，清除这些制造风潮的左派分子，他得到傅孟真先生的充分合作，从各学校搜捕了一千多名共党学生，用船遣往大陆。这些坏分子一去，台湾内部社会乃趋于安定。”21
尽管傅斯年对左派特别是对潜伏于校园鼓动学潮的共产党极端厌恶与敌视，但他同时认为，如没有真凭实据，当局不能肆意进入校园在师生中搜查共产党，更坚决反对随意指责他人为共产党。当年西南联大爆发学潮，并闹出了人命，他在致俞大綵的信中，谓西南联大学潮“地方当局荒谬绝伦，李宗黄该杀，邱清泉该杀”“学校内部有好些不成话之事”22等等，便是他处事原则。正是缘于这一指导思想，当他读了报上对台湾大学师生的指责后，既恼又怒，毫不顾忌地以“他妈的！”开骂起来，而后采取以牙还牙的战略进攻态势，在报上两次发表措辞强硬的檄文予以反击，文中疾呼：“学校不兼警察任务”，“我不是警察，也不兼办特工”。又说：“若当局有真凭实据说某人是共产党，我将依法查办，但是我办理这种事，绝不能含糊其词，血口喷人。”最后愤然声明道：“贪官污吏及其他既得利益阶级而把事情办坏了的，我不能引以为同志。”23其声色俱厉与咄咄逼人的态势，令对方不得不暂时退却，伺机而动。
1949年4月，在解放军发起渡江战役的前夜，台岛潜流涌动，一股看不见的力量蓄势待发，欲与海峡对岸紧密配合，彻底击溃蒋家王朝。时傅斯年执掌台大未及三月，便发生了著名的“四六学潮”，警备司令部与当地警察于夜间冲进台大校园，大肆拘捕涉“匪谍”案的学生，有72名学生被捕获押走。傅斯年在睡梦中被电话叫醒，对当局不经法律程序径行闯入校园随意逮捕学生极度不满，匆匆披衣，偕秘书那廉君驱车赶往台湾警备司令部，当面向原黄埔军校第五期毕业生，蒋介石迁台后最信任的得力干将，时任副总司令（陈诚兼任总司令）的彭孟缉中将交涉，当场提出三个条件：第一，速办速决；第二，军警不开枪，避免流血事件；第三，被捕的学生先送法院，受冤者，尽速释放。临走，傅斯年再度对彭孟缉警告道：“我有一个请求，你今天晚上驱离学生时，不能流血，若有学生流血，我要跟你拼命！”向来不把黄埔前四期出身的国民党将领放在眼里，时正气焰熏天的彭孟缉被傅氏的凛然正气所震撼，又见傅斯年半挥着紧握的拳头，似想借机揍他一顿的凶悍之相，遂不敢造次，立即双脚并立，挺直腰板和脖颈，如同在老校长蒋介石面前接受训谕一样高声答道：“若有人流血，我便自杀！”24傅斯年见对方态度还算诚恳，将握紧的拳头松开，冲彭孟缉友好地点点头，大手一挥，晃动肥胖的躯体大步走出警备司令部。
未久，台大被捕的学生多数放回，而与台大共同闹事的师范学院不但近百名学生被送进监狱，还有七名学生以“反革命”罪名被枪杀。事件过后，省立台湾师院受到了停课整顿，师生重新登记并接受军训、校园戒严等惩处。而国立台湾大学虽受波及，但比之师院要好得多，此皆得益于傅斯年竭力庇护、斡旋之功。许多年后，台湾师大师生还就这次事件与台大相比，并大骂当年的学校领导者软弱无能，活活葬送了学生的性命，实乃千古罪人，而对傅斯年则夸赞不绝，称其为真正的校长和顶天立地的大丈夫。
军警方面的交涉暂告一段落，学校师生的安抚工作必须立即进行。傅斯年返校后立即召开行政会议，向诸主管与各会负责人报告接洽交涉经过，并迅速刊出布告说明情况，最后表示：“查内中所开，有数名并非本校学生，有数名业经拘逮侦讯。本校当尽量设法使此事成为纯粹法律事件解决，仰各生照常上课，为要。”25随后三天，每天发一布告，表示学校“继续向地方治安当局请求依法处理外，合行通告诸生周知”（7日）、“本校当局自必继续竭力向地方当局请求依法办理。务盼全校诸生，体念环境，力求镇静，有事应立即与学校当局接洽，以免在外发生枝节，并各照常上课，共维艰难，至要至要”。26
傅斯年搭救的台大学生所写谢函（台湾“中研院”史语所傅斯年图书馆提供）
由于傅斯年的人格魅力和在营救学生中的大义凛然与真诚态度，多数无罪与无辜者被释放，风潮迅速平息，校园恢复正常状态。自此，大规模学潮不复再现，但仍有师生涉案被捕事件发生，傅斯年总是一如既往地挺身而出，或亲自到侦讯部门交涉，或函请军警当局释放无辜的教师与学生。许多蒙冤入狱而得到傅斯年关照并成功营救的师生，感动地流下了热泪，并表示对校长的恩情“至死不忘”。
1950年新生入学考试，国文卷由傅斯年亲自命题，其最重要的一题摘自《孟子·滕文公下》中一段：
居天下之广居，立天下之正位，行天下之大道。得志，与民由之；不得志，独行其道。富贵不能淫，贫贱不能移，威武不能屈，此之谓大丈夫。
此题可视作傅斯年赴台后“虽千万人吾往矣”的心志独白，也是对台大学生在精神层面上的殷切寄望。
这年的1月，风浪再起，校内外传言傅斯年将去国辞职，一时人心浮动，有趁机插足捣乱者。针对这一有害台大前途和傅氏本人形象的暗流，傅斯年于1月23日撰写了《致台大同事同学》的公开信，信曰：
诸位同事先生及同学：
近日校外校内传言斯年将去国，将辞职，同事同学频来问讯，敬声明如下：
一、我之身体虽坏（久患血压高），然久病之后转不以为念。绝无于此困难之时，舍同事同学他去之理。
二、去年中华教育文化基金董事会以在美开会，须国内去人方足法定人数，故曾来电约去，期为2月8日。斯年以为此时去开会，必须谣言。明知有此一行，或可为台大募几许钱，然权衡轻重，仍不去，故当时立即电复不去（来往信件均在陈秘书渝生处，愿看可者自由取阅）。
三、半年多，校外攻击斯年者，实不无人，彼等深以不能以台大为殖民地为憾。然彼等原不知大义为何物，故如遂其志，实陷本校于崩溃。鉴于一年来同事同学对斯年之好意，值此困难之时，决不辞职，决不迁就，决倍加努力，为学校之进步而奋斗！
（下次校刊中登出此事有关文件。）
傅斯年
一月二十三日27
正是这种内外交困的局面与傅斯年本人刚烈的性格，导致他血压骤然升高，身体很快垮了下来。1950年夏天，傅身患胆结石，不得不到医院做手术。出院时医生劝他至少要在家中休养一星期，但台大的事务纷乱如麻，根本无法办到。对此，随国民党赴台的朱家骅曾以十分伤感的心情回忆道：“在他（傅斯年）去世的前几天，闲谈之中，他忽然对我说：‘你把我害苦了，台大的事真是多，我吃不消，恐怕我的命欲断送在台大了。’当时我只以为他因感觉办事的辛苦，而出此苦语。不意数日之后，便成谶言，更使我悲痛万分，有负良友。”28
像冥冥中有一种定数，傅斯年于心力交瘁中，生命的步伐戛然而止，一头扎进了烟雨迷蒙的黄泉古道。其情其景，俞大綵有一段深情的回忆：一九五〇年“十二月十九日，他去世的前夕，是一个寒冷的冬夜，我为他在小书室中升炭盆取暖。他穿着一件厚棉袍伏案写作。我坐在对面，缝补他的衣袜。因为他次日要参加两个会议，我催他早些休息，他搁下笔抬头对我说，他正在为董作宾先生刊行的《大陆杂志》赶写文章，想急于拿到稿费，做一条棉裤。他又说，你不对我哭穷，我也深知你的困苦，稿费到手后，你快去买几尺粗布，一捆棉花，为我缝一条棉裤，我的腿怕冷，西装裤太薄，不足以御寒。”29
傅斯年说到这里，俞大綵一阵心碎，欲哭无泪。尽管当时台湾的经济状况极度混乱糟糕，但比抗战时期在昆明和李庄总要好一些，傅斯年作为当时台湾岛内唯一一所大学的校长兼“中研院”史语所所长，一般人也许觉得他不该再像李庄时代那样闹穷了，殊不知当时傅领的只是台大的一份薪水，儿子傅仁轨仍在美国读书，他和时任台大英语系副教授的夫人俞大綵两个人的收入，仅能维持最低限度的生活。此前傅斯年拿到一笔报刊文章的稿费，想托卫生署的官员刘瑞恒出差到香港时买一套现成的西服，但把稿费和家里的存款加起来一算，只能买一件上衣。傅斯年只好说：“幸而我还有没破的裤子。”30
在这个暗伏不祥之兆的冬夜，正当俞大綵为家中的穷苦生活黯然神伤时，傅斯年起身满脸疲倦地打了个哈欠，突然指着壁上的书架说：“这些书，还有存于史语所一房间的书，我死后留给儿子。我要请董作宾先生制一颗图章，上刻‘孟真遗子之书’。”言毕，长叹一声，一反常态地对俞大綵说道：“你嫁给我这个穷书生，十余年来，没有过几天舒服的日子，而我死后，竟无半文钱留给你们母子，我对不起你们。”31俞大綵听到这里，大为惊骇，急忙起身捂住了傅斯年的嘴巴，没让他继续说下去。
后来俞大綵回忆这个夜晚的凶兆时说：“我一向不迷信，难道这几句话就是他的遗言？夜深了，窗外吹起一阵寒风，室内盆中的炭已化成灰，我猛然感到一阵透骨的寒冷。”32
不数日，当董作宾含泪把稿费送到傅家时，俞大綵双手捧着装钱的信封，悲痛欲绝，泣不成声。用心血换取的稿费到了，但此时的傅斯年已命归黄泉，不再需要为自己的双腿做御寒的棉裤了。
◎傅斯年之死
1950年12月20日上午，傅斯年出席由蒋梦麟召集的“农复会”一次会议，讨论农业教育改进和保送台大学生出去深造问题。在这个会上，傅提了不少意见，据在现场的人回忆说，他一会儿用汉语讲话，一会儿用英语和美国人交谈，一会儿汉英交杂，滔滔不绝地大发宏论。两个多小时的会议，他讲的话比任何人都多。午饭后稍事休息，傅又于下午2时许赶往省“议会厅”，列席台湾省“参议会”第五次会议。这一天，“参议会”上所质询的问题全是有关教育行政方面的事务。下午会议开始后，傅斯年登台讲话，但主要由时任台湾省“教育厅厅长”的陈雪屏作答。大约到了5点40分，“参议员”郭国基突然蹦将起来质询有关台大的问题。这郭国基乃台湾省屏东人，生于1900年，曾留学日本。此人好勇斗狠，一生的理想追求就是造反起事，占山为王，或先把天下搞乱，然后再由他出面来个“天下大治”等。在日本留学时，郭氏就开始率领李铁拐、张歪嘴、王拴狗等一帮乌合之众与流氓无产者，打起“苍天已死，国基当立”的大旗或明或暗地闹将起来。抗战胜利后，他对国民政府派员接收台湾极不甘心，再度纠集蒋渭川、王添灯等一批流氓恶棍，与以国民政府接收大员陈仪为代表的台湾省行政长官公署公开叫起板来，对大陆赴台军政官员极尽丑化、污蔑之能事，一度被捕入狱。后来，随着国民党新政策的到来，郭国基出得监狱。未久，又鲤鱼跳龙门，一跃成为具有正义化身的台湾省“参议会”的“议员”和“立法委员”。坐上政府大员专用木头皮椅的郭氏，大有小人得志的做派，无论在什么场合，总是难以收敛流氓无产者的本性，胡乱发一些火药味甚浓的长篇宏论，气焰凶妄，举止轻狂，江湖上人送外号“郭大炮”。
意想不到的是，作为台大校长的傅斯年竟与这样一个流氓恶棍在“议会”大厅遭遇了。
1950年12月20日，傅斯年列席台湾省参议会时做报告场景
当时的台湾大学属台湾省政府拨款，故郭国基便以地头蛇身份，怪叫着向“傅大炮”斯年开起火来。据在场者事后透露，郭的发难主要针对国民党“教育部”从大陆抢运来台并存放于台湾大学的器材如何处理，以及放宽台大招生尺度等问题。此事看起来简单，而又十分敏感、复杂、棘手。如台大之招生，尺度已尽量放宽，招生人数已达最大限度，但各界仍不满意，特别是郭国基辈纠集部分失意政客，以各种方式和手段向学校施加压力，惹得傅氏极其恼火愤怒。今日郭氏之质询，当然须由傅斯年亲自答复，于是傅不得不第二次登台讲话。在回答完上述两个问题之后，郭又提出台湾大学用的是台湾人的钱，就应该多聘台湾教授，多取台湾本地学生，否则便是与台湾人民作对云云。傅针对郭的无知狂妄，开始予以反击，在讲台上大谈其办学的原则、规矩、计划与理想等，并称台大考试对台湾学生已尽量照顾，考虑到台湾学生的国语水平较差，在录取时专门规定国文科分数比大陆学生降低10分录取等。讲着讲着情绪激动起来，傅说道：“奖学金制度，不应废止，对于那些资质好、肯用功的学生，仅仅因为没有钱而不能就学的青年，我是万分同情的，我不能把他们摒弃于校门之外。”最后他高声说道：“我们办学，应该先替学生解决困难，使他们有安定的生活环境，然后再要求他们用心勤学。如果我们不先替他们解决困难，不让他们有求学的安定环境，而只要求他们用功读书，那是不近人情的……”33讲完话时，大约是6时10分，傅斯年满含怨气地慢步走下讲台。就在即将回到座位时，他突然脸色苍白，步履踉跄，坐在台下的陈雪屏见状，赶紧上前搀扶，傅只说了一句：“不好！”便倒在陈雪屏怀中昏厥过去。离得较近的“议员”刘传来赶紧跑上前来，把傅斯年扶到列席人员的座席上，让其躺下，顺便拿陈雪屏的皮包做了枕头。从此傅进入昏迷状态，再也没有醒来。
刘传来本身是台大的医学教授，经他初步诊断，傅是高血压病发作，于是一面用冷毛巾贴其额，一面打电话通知台大附属医院和傅斯年的夫人俞大綵。傅原定当天晚上6点钟在他家中召集有关人员开会，商讨政府和台湾大学合办“血清疫苗制造所”事宜。下午2点多钟，傅斯年还打电话给校长室秘书那廉君，让他把自己亲笔拟定的合作办法准时送到家中，以便开会时用。5点多钟，那廉君来到傅家，俞大綵以为众人在家里开会，自己不便打搅，准备外出去吃饭。不久，傅的司机老杨气喘吁吁地跑进来呼喊：“校长不行了，校长晕倒了！”俞大綵、那廉君等急忙驱车赶到“省议会厅”。
台湾大学校门（作者摄）
大约6时30分，台大附属医院院长魏火曜，台大医学院代院长叶曙、副教授王大杰亦赶到会场。经王大杰诊断，傅斯年得了脑出血，当即采取急救措施，抽血300CC，这时血压尚高至190。7时30分左右，国防医学院院长卢致德、内科教授丁农，台大医学院教授林天赐、严智钟等亦闻讯赶到，诊断结果与前同，于是商议再抽血150CC。此时，陈诚、何应钦、王世杰、程天放、罗家伦、朱家骅等政界要人，以及学术界人士李济、董作宾、毛子水、萨孟武、英千里、劳榦等纷纷赶来探视病情。蒋介石闻讯后，立即指令陈诚动员台湾所有名医，不惜代价抢救傅斯年的生命，并要陈诚每过半个小时打一次电话向自己报告傅斯年的病情。陈诚得令，竭尽全力组织台湾一流的医务人员抢救治疗。病床上的傅斯年一动不动，西装已被剪开，头部堆满了冰块，医生、护士跑前跑后紧张地忙碌着。满脸焦虑之色的陈诚在会议室来回踱步，周围站立的一圈党政要人均不敢坐下，同样满脸焦虑、神态凝重地观望着来自病室的风吹草动。
晚上9时30分左右，傅斯年的血压渐降至180左右，体温亦降至38℃，情况稍有好转。至11时，血压又增至230，体温升至40℃。至11时23分，仰躺着的傅斯年突然睁开了眼睛，床前众人惊喜交加，以为傅氏终于醒了过来。医师急忙走过来按了按脉，抬手合上了傅斯年的眼皮，一声不吭地退后低下了头。这时众人才真正地顿悟——傅斯年走了。门外的俞大綵会意，急步进来抱着傅斯年号啕大哭：“孟真啊，孟真……”陈诚等人闻讯，冲出会议室呼呼隆隆地向病房奔来。傅斯年就此与大家永别。
第二天，台湾省“议会副议长”李万居召开记者招待会，宣布台大傅斯年校长于20日夜“弃世”。李万居乃台湾本地人，国语水平极差，有记者误把“弃世”听成“气死”。于是马上传出消息，说傅斯年参加省“议会”，被“参议员”郭国基活活气死于讲台上。当天台湾报界刊发消息，称“郭大炮”与“傅大炮”两门大炮不幸交火，“大炮议员郭国基骂倒傅斯年，傅氏绝命身亡”。
12月21日，台湾大学宣布停课一天，悼念傅校长，并下半旗致哀，由各院系学生代表联合会组织学生排队前往极乐殡仪馆致唁。当学生们听说傅斯年是被郭国基活活气死的消息后，心中的悲痛立即转成愤怒，纷纷冲出灵堂，打着“失我良师”的白色横幅，向省“议会厅”涌去。学生们聚集在省“议会厅”门口，强烈要求气死傅斯年的郭国基出来述说昨日会场中质询之经过。郭国基隔着门缝看到学生们包围了“参议会”大厅，并听到学生们高声怒吼：“郭国基有种你出来，你出来……”冲在前方的学生喊叫着与“参议会”阻拦人员扭打在一起。躲在门后的郭国基见状，立即意识到事情严重，怕遭到对方的群殴与痛击，往日的张狂之气顿消，急忙溜出后门，老鼠一样逃窜了。“副议长”李万居一看郭氏溜之乎也，万般无奈中，只得硬着头皮出面向学生解释，说郭国基昨天提出的质询没有伤害傅校长处，言辞也不过分等，学生们置之不理。陈雪屏又出面加以解释说：“昨天的质询，总共有六项，我本人回答了四项，傅校长回答了两项，那些问题都不是什么难题……”34但学生坚持要郭国基出来答话。人越聚越多，有人喊出了“杀郭国基以为傅校长报仇雪恨”等口号，开始冲撞“议会”大厅，局面异常紧张，台北市警察局长亲临现场指挥大批警察维持秩序。此时阴风顿起，大雨骤降，风雨交织中现场更加混乱，愤怒的学生终不肯离去，继续冲击“议会”大厅，并与警察发生肢体冲突。直至下午1时20分，台湾大学训导长傅启学冒雨赶来，向群情激愤的学生说：“我跟傅校长一块在北大时，即是好朋友，我到台大也是由于傅校长让我来的，这次出事我十分愤慨。不过现在大家只有百多人，我们回去聚集全校师生开会讨伐他。而且现在是戒严时期……”傅启学转头看了一下眼前全副武装的宪警，又说：“郭国基在议会里讲话，可以不负责任，他所问的问题，都是些没有常识的问题。傅校长是学术界第一流的人物，拿他和一个毫无常识的参议员是不能相比的。今天大家到这里来，是出于对傅校长的敬爱，假如他在世的话，一定不愿大家这样做。如果今天诸位同学出了事，叫我如何对得起地下的傅校长？我们回去吧！”35言毕，傅启学已是泪流满面。学生们见状，悲从中来，同声哭泣，泪水和着雨水在整个“议会”大厦前漫延流淌。眼看已是黄昏时分，傅启学含泪表示会将同学们提出的问题交省“参议会”，由“参议员”做书面答复，尚未吃中午饭的学生们已是饥肠辘辘，又听说郭国基已从后门逃跑，一时难以抓住，只好返校。
12月22日，傅斯年遗体大殓，自早晨7时起，前来吊唁者陆续涌至，而后人越来越多，殡仪馆的屋子和院子几无立足之地。在上千吊唁者中，有台湾学者、名流、国民党高级官员、傅斯年的亲友同事和台湾大学的学生。国民党大佬于右任扶杖前来，陈诚哭得两眼红肿，王宠惠、蒋梦麟、罗家伦、王世杰、朱家骅、李济、董作宾、毛子水等人，另外加上一个刚从香港赴台，与傅斯年生前关系并不融洽的钱穆，都站立在人群中默然相送。10时30分，傅斯年的遗体送往火葬场，上千人冒着大雨，踏着泥泞道路，慢慢行走。热泪横流的学生们手执小旗，上面写着：“校长，回头来瞧瞧我们！”望之令人心碎。目睹此场面的台湾记者于衡，在1973年撰写的回忆采访生涯的长文中说：“傅斯年先生逝世，是我采访二十五年中，所见到的最真诚、最感人的一幕。”36
傅斯年遗体大殓时，于右任等台湾政要人员前往致吊
12月31日，亦即1950年的最后一天，治丧委员会在台湾大学法学院礼堂（当时台湾大学本部尚无大礼堂）举行傅斯年追悼大会。礼堂正中，悬挂着蒋介石亲笔书写的“国失师表”的挽章，国民党高级官员、名人学者的挽章、挽联分挂两旁。蒋介石亲临致祭，各界要人亦皆前来，竟日致祭者达5000余人。据统计，当时各界致送挽联达270余副，挽诗60余首，挽词20余首，祭文6篇，唁电唁函90余封。各报章、杂志、专刊登载纪念文章110余篇。其中“中央研究院”历史语言研究所同人的挽联是：
廿二载远瞩高瞻，深谋长虑，学术方基，忍看一瞑；
五百年名世奇才，闳中肆外，江山如此，痛切招魂。37
台湾大学全体师生的挽联曰：
早开风气，是一代宗师，吾道非欤？浮海说三千弟子；
忍看铭旌，正满天云物，斯人去也，哀鸿况百万苍生。
国民党大佬于右任挽联：
是子路，是颜回，是天下强者；
为自由，为正义，为时代青年。
蒋介石于12月22日发唁函致俞大綵夫人。12月30日又颁布褒奖令，曰：
国立台湾大学校长兼中央研究院历史语言研究所所长傅斯年，性秉刚正，学造渊微。早岁从事文化运动，克树风声；留学欧西，益增渊涉。都讲大庠，成材綦众。主持历史语言研究所，商量邃密，纂记繁丰；绝学昌明，有光盛业。中间历膺国民参政员、立法委员，谠论渊谟，时政多所匡正，清议资以转移。比年膺任台湾大学校长，教学水准，日渐提高；青年思想，入于正轨。其苦心诱导，力挽横流之功，尤堪矜式。揆其生平始末，困学之勇，忧国之忠，嫉恶之严，信道之笃，允为学行并茂之全才，亦民主自由之斗士。方期遗大投艰，更隆厥用，乃以国步艰屯，自忘痼疾，巨细躬亲，卒致脑溢血而逝。缅怀猷绩，痛切良深！应予明令褒扬，交由行政院从优议恤；生平事迹，存备宣付国史馆；用示政府笃念忠贤之至意。38
傅斯年去世后，国民党政权任命钱思亮为台大校长。校方为纪念傅氏开创台大一代先风之功绩，按照弗吉尼亚大学为美国第三任总统杰弗逊（Thomas Jefferson）专门在校园内建造陵墓的成例，特在台大正门旁之热带植物标本园划拨出一块地建造希腊式纪念亭，亭中用大理石砌长方形墓椁一座。墓前立无字方尖碑一座，另有喷水池搭配，形成独特的景观。1951年12月20日，傅氏逝世一周年忌辰，举行安葬仪式。由傅斯年生前同窗加好友罗家伦前导；家属傅乐成、傅乐仁及台大学生代表联合会前后任主席罗锦堂、李德进四人，自温州街傅宅分程捧骨灰盒步行至纪念亭；钱思亮校长主持典礼；傅夫人俞大綵亲手将傅斯年的骨灰安置在大理石墓椁中。现场有2000余人观礼，气氛庄严肃穆。自此，这里被称为“傅园”，墓亭定名斯年堂，静谧地掩映在鲜花翠柏之中，浑然一体，蔚为壮观。从斯年堂轻轻走过，很能令人想起静卧在弗吉尼亚校园的杰弗逊墓碑碑文：“在这里安息的，是美利坚合众国《独立宣言》和弗吉尼亚宗教自由法的执笔人、弗吉尼亚大学创办人，托马斯·杰弗逊。”——这个令世界人类为之景仰的墓志铭，据说是杰弗逊生前所题，死后刻到墓碑上的。他没有提及自己生前曾做过美利坚合众国总统之事，或许认为总统这个职位对人类的贡献和个人的荣耀，都无法与所镌刻的任何一项相提并论吧。而台大傅园的无字方尖碑，虽非死者生前所嘱，但就傅氏一生的人格风范，若地下有知，想来是会为之颔首的吧。
1951年，台大校内纪念傅斯年的傅园落成，傅氏安葬于该地（台湾“中研院”史语所提供）
傅园建成后，兵工署特别捐赠了一座纪念钟，钟上铸有傅斯年提出的“敦品励学，爱国爱人”八字校训。后来，这座钟被架设在行政大楼前的水池和椰林大道之间，名为“傅钟”，是台大的精神象征。
台大校园内的傅园供人瞻仰凭吊，傅钟更成为台大每日上课、下课的鸣钟。每当深沉悠扬的钟声响彻，在激起台大师生工作、学习热情的同时，也从流逝飘散的岁月中唤起对傅故校长斯年的怀念之情。每年的12月20日，台湾大学都在傅园布置鲜花瓜果以示纪念。3月26日，即傅斯年的诞辰之日，则由史语所和台湾大学轮流举行学术演讲纪念活动。自1954年始，此项活动作为一种传统延续下来，历久不辍。傅园内外，那枝叶繁盛、高耸入云的椰子树，既象征自由知识分子的卓然风骨，又如同蔼然慈厚的神祇，宝爱着这一介书生和谔谔之士的高傲灵魂，于天地间永恒地存活。
傅斯年溘然长逝后，胡适从美国发唁电给傅氏遗孀俞大綵：“孟真的去世使中国失去了一位最有天才的爱国者，我自己则失去了最好的朋友、诤友与保护人。……”391952年12月20日，胡适专程由美国乘机赴台，出席教育学术界联合召开的傅斯年去世两周年纪念会。会上，胡氏以“无限的伤感”对傅斯年这位学生、故友做了如下评价：“他无论在什么地方，总是一个力量。在学校里做学生，在新潮社办《新潮》杂志，以及后来在外国留学，都是那些团体中的一股力量。”又说：“他这样的人，无论在什么地方都能发挥其领袖的才干。他有学问，有办事能力，有人格，有思想，有胆量；敢说话，敢说老实话，这许多才性使他到处成为有力量的人。……所以他的去世，是我们最大的损失。”40
相对于海外学人的举动，海峡另一边的大陆寂寂无声，身居南国的陈寅恪辗转得此噩耗，想起与傅的交情，特别是抗战八年傅给予自己的帮助与关怀，悲从中来，于傅去世当年的12月赋诗一首为之追念。陈氏不能直白地剖露心迹，只能采取“曲笔”，以《霜红龛集望海诗云〈一灯续日月不寐照烦恼不生不死间如何为怀抱〉感题其后》为题，吟诗一首，以此表达心中的哀悼之情。诗云：
不生不死最堪伤，犹说扶余海外王。
同入兴亡烦恼梦，霜红一枕已沧桑。41
此乃仿明末著名学者，明亡后毁家纾难、嫠不恤纬，反清复明失败而隐居山寺，并号朱衣道人的傅山（青主）之诗作。原诗云：“关窗出海云，布被裹秋皓。夜半潮声来，鳌抃郁州倒。一灯续日月，不寐照烦恼。佛事冯血性，望望田横岛。不生不死间，如何为怀抱。”42
陈诗通过仿傅青主之意，隐晦地悼念曾自言“归骨于田横之岛”的亡友。——这是当时整个中国大陆对傅斯年唯一的一份文字纪念。正是：
蒿里谁家地，聚敛魂魄无贤愚。鬼伯一何相催促，人命不得少踟蹰。43