不幸的是起义大军的领袖都是书生，其中没有一个人有战阵经验。如果战略运用得宜，起义大军可以像《讨武曌檄》上所说，大军之势可以如火燎原，把武后在迎仙院里活活烧死。但是众人议论纷纷，莫衷一是。如果当时依照几个才智过人的谋士行事，只要大军直取京都，即可获胜，一举即可定大局。那时朝廷的兵马措手不及，地方军队中很多都忠心于大唐，尤以勇武善战的山东健儿为甚，必然望风起义，倒戈来降，于是声讨武氏的武力自然声势浩大起来。但是徐敬业决定要谨慎从事。以金陵为根据，不取攻势，而取守势，意在初步失利之后，可以撤退，然后据有东南，继续作战。如此一来，遂无法把握人心；因为偏安金陵一隅之地，以众寡悬殊之势，行将征战连年，于是人心尽失。武后派左玉钤卫大将军李孝逸率兵三十万来击。两军在江北相遇。江北是一带平原，湖沼河流，纵横交错，离扬州不远。
最初，双方胜负不分，敬业军在金陵西北，半绕湖山为阵，以金陵为战事之枢纽。大将军李孝逸踟蹰不前。武后治事必求万全，决不冒险。李孝逸万一倒戈起义，加入敬业叛军，岂不麻烦。武后于是令曾北征突厥的名将黑齿常之率江南之兵监视李孝逸军。李孝逸的谋士向孝逸献计，请孝逸在黑齿常之到来以前，迅采行动，择敌弱点攻击，因为敌军中各处兵马，亦强弱不同，孝逸方面并非不知。于是两军在河水两岸往复厮杀。这两岸芦苇丛生，触火即燃。朝廷大军纵火烧起芦苇，当时秋高风大，火势蔓延甚速，敬业兵马大乱。敬业见自己兵马溃散，力谋在江南重整武力，终归失败。而朝廷大军已火速追踪前来。
最后，敬业见大势已去，想逃到海滨，乘舟前往高丽。在海滨等船之际，又被风涛所阻，不久，被部下刺杀，其他将领，悉数被俘。起草千古杰作《讨武曌檄》的骆宾王，从此失去踪影，再无消息。各被俘将领都遭斩首，将头送往京都献功。此次朝廷平定叛乱，历时不过两月，至十一月全部肃清。
义军二十五个将领的首级，高高悬在洛阳的城门之上。武后深恨反叛。不但敬业全家被灭门，武后余怒未息，还及敬业的祖父司空李。纵然这位极人臣的开国元老，在她进位为后之时曾经亲奉冠冕，曾经使她得升高位，得揽大权，曾经身为元帅，征服高丽，并且是太宗皇帝的凌烟阁上二十四位功臣之一，他在九泉之下，也无法安宁。武后下令，将李的坟墓掘开，开棺戮尸。（统率大军平定叛乱的两位将领，也在数年之后为武后所杀。）
在战事仍在进行之时，武后已先向众臣发了一次雷霆之怒。裴炎对武后的内侄武承嗣，处处掣肘，步步阻碍。武承嗣向朝廷控告了裴炎一本，武后遂下旨将裴炎处死。只因裴炎的侄子为敬业谋反事株连，武承嗣遂弹劾裴炎，控以同谋。而真正理由却是裴炎曾经向武后奏称，倘武后归政于中宗，叛军再无借口，势必瓦解。只因如此进谏，武后怀恨，纵然裴炎廉介忠贞，人人尽知，亦难免斩首之罪。裴炎身为宰相，身后抄没家产之时，竟发现相府只是家徒四壁，寥寥几件家具而已。
审问裴炎之时，殊为荒唐可笑，当时全体官员争论的，并非裴炎是否真正参与谋反，而是是否有谋反嫌疑。至于证据，则分毫无有。当时争论如下：
凤阁舍人李景谌：“臣深信裴炎大概会参与谋反的。”
凤阁侍郎胡元范：“不然，裴炎一向廉介忠贞。臣相信他不会。”
纳言刘齐贤：“臣与胡元范的看法一样。”
武后：“朕知道裴炎会参与乱党。诸卿并不知情。”
胡元范：“若裴炎谋反，臣辈也谋反了。”
武后：“朕知裴炎反，卿辈不反。”
武后说这种话，心中原有隐秘之意。她的意思是，要使武家代唐室宗族兴起之时，裴炎必反，只是未曾明言而已。她和武承嗣都知道，必须把裴炎处死不可。武后阴狠起来，又将两员大将处死，只控以与叛将有旧，并未审判，仅饬宫中一小臣携带圣旨，驰至两将任所，即将二员大将斩首。一将为左威卫大将军程务挺，程务挺在世时，突厥闻之丧胆，被杀之后，突厥欢呼称快。另一将为王方翼，为王皇后族人。
敬业叛乱平定之后，武后扬扬得意，一天，召群臣于武成殿，御宝座，向群臣怒斥道：
“朕于天下，无所亏负，汝等可知道？”
群臣齐声道：“是的，陛下。”
武后接着又说下去：“朕辅佐先帝，三十余年，为天下忧劳，竭尽忠智。汝等爵禄富贵，全系朕所赐予。天下太平，全系朕休养生息之功。自从先帝弃群臣，朕以社稷为重，不敢自惜，只知爱人。叛军兴起，首魁竟系将相大臣。似伉扈难制，谁能胜似裴炎？将门之子，谁能胜似徐敬业？宿将善战，谁能胜似程务挺？彼等皆系人杰，不利于朕，朕能戮之。汝等如果自以为才略胜过彼等，尽可早日起事；如若不然，忠心事朕，切勿自作聪明，为天下耻笑。”
群臣顿首，不敢仰视，齐声奏道：“陛下，臣不敢，谨遵圣命。”
以事理而论，武后是代子临朝。她可以正言以告天下所行所为，并无失当；并无公然不忠于唐室之举。她的假面具尚未撕破。她仍然是仁慈之主，她“不敢自惜，只知爱人”。她当然正在君临万民。至于将来如何？她仍然是一代人君。她已然下定决心，要做千年万载女中之魁元。她自知有此能力，有此才略。