最后一个思维的特质就是思维自主。
思维自主意味着坚持用合理的标准进行思考。这意味着自己要对事物进行思考而不是不加判断地接受别人的观点。思维自主的思考者在决定接受或者拒绝某观点的时候不依赖于他人。只有证据证明他人的观点是合理的时候，他们才会接受他人的观点。
在形成观点的过程中，批判性思考者不是被动地接受他人的观点，而是自己积极主动地对环境和事件进行思考。他们拒绝不公正权威的影响，能够认识到合理权威的贡献。他们仔细地建立自己思维和行动的准则，而不是盲目地接受他人提供的准则。他们不局限于常规做事的方式，经常批评他人对社会习俗和现实的盲目接受。独立思考者努力探索有深刻见解的观点，不管这些观点是否被社会接受。独立的思考者不是任性的、顽固的、对他人合理的建议不负责任的，他们是自我检视的思考者，审慎地对待自己的错误和思考中的问题，他们能够自由地选择自己认为有价值的观点。
当然，对于思维自主的理解不能局限在其这一特质本身，我们应该将它理解为与思维其他特质互相联系、互相影响的一个维度。
与思维自主性相反的是思维遵从和思维依赖。思维自主是很难培养的，是因为无论是在知识领域、政治领域还是经济领域，在很大程度上，人们总是被动地接受社会现实，自主性思考几乎肯定不会得到社会权威认可的结论，只有简单地遵从社会期望的思维和行为模式才能被社会接受。
因此，大多数人在思维和行为上都是因循守旧的，像镜子一样接受周围人的价值和信念系统，缺少自己独立思考的能力和动力，成为思维遵从的思考者。只要人们不加批判地接受他人的文化价值观，只要人们没有经过自己分析就遵从别人的信念，人们的思维就不是自由的。
即使是经过多年学习获得了博士学位的人也可能是思维依赖的，这种依赖在学业和个人生活上都有体现。他们可能不加批判地接受学科中一些错误的实践，并且以此为基础不加批判地反驳合理的批评。不管接受了多少学校教育，他们依然可能被社会制度和规则所奴役，而又对这些社会规则带来的痛苦和伤害一无所知。
人们不可能在思维遵从的情况下做到思考公正，因为独立思考是多角度看待问题的前提条件。当我们思维遵从的时候，我们仅仅能在“接受”的观点中进行思考；而要做到思考公正就是要拒绝不加判断的接受，没有亲自对这些观点的优缺点进行思考就不能接受这些观点。没有思维自主性的人在思考其他观点时，要么是非常容易被这些观点动摇（因为我们没有能够看穿操纵与宣教），要么会歪曲这些观点（因为这些观点与我们从前形成的信念系统不一致）。