嘉靖四十年（公元1561年），巡按崔栋把一件疑难案子移到淳安县，点名由善断疑案的知县海瑞全权审理。
海瑞了解清这案子的来龙去脉，心里沉甸甸的：“这案子拖了十多年，千头万绪啊！”
十多年前，桐庐县的一条河中发现了一具尸体，身上压着一块大石头。捞上后经人辨认，知是县民徐继的妹夫戴五孙。桐庐县官根据徐继提供的线索。动用大刑，逼吏员潘天麒和戴妻徐某承认是“因奸杀夫”，判徐氏凌迟处死、潘天麒斩首。经杭州府、大理寺（中央最高审判机关）复审，终于驳回。桐庐县、建德县、遂安县三县知县会审，审出徐继为“帮凶”。
于是，“帮凶”徐继拟处绞刑，“淫妇”徐氏仍处凌迟，“奸夫”潘天麒仍处斩首。徐氏、潘天麒屡次告冤，上面屡次难定。整整拖了十多年，这案子终未定下。
半夜三更，海瑞仍借着烛光在细阅卷宗，越往下看，心里疑点越多：徐氏跟戴五孙结婚后，感情一直很好，生了二男一女，怎么会谋杀亲夫？潘天麒有妻室儿女，并非好色之徒，“奸情”从何说起？他又翻翻原判决书，一行字赫然入目：“徐氏串通了他哥哥徐继，潘天麒串通家中仆人潘小毛，掩护他俩通奸。”海瑞更是生疑：“世上哪有这种大事声张的通奸？”
海瑞脱去官服换成便装，深入邻里，细细查访。他找到了一条重要线索：徐继的母亲汤氏曾经借给女婿戴五孙三两银子。后来，徐继多次向戴索付，但都没讨到。
海瑞心中有了底，回衙后再次提审徐继。徐继眼珠骨碌碌转，正欲狡辩，海瑞突然厉声呵责：“大胆刁民，为了三两银子就杀人害命，还想抵赖吗？”
徐继见那形势，是纸包里藏不住火了，颤抖着交代害人经过——
戴五孙借了三两银子久久不还，徐继怀恨在心。那天，潘天麒带着仆人潘小毛因公外出，投宿在戴五孙家。戴五孙外出买酒菜招待，正好碰上徐继。便乐呵呵请徐继一块儿去他家喝酒。
徐继沉下了脸：“三两银子到底什么时候还？”
戴五孙忙请求：“手头较紧，宽限几天吧！”
徐继恶声恶气发怒：“我看你是千年不赖，万年不还了！”
戴五孙气不过，回嘴顶了几句。徐继恼羞成怒，操起身边的石块，砸死了戴五孙，再将尸体扔进河里。
徐继气喘吁吁讲完这些事，口吐白沫，晕死在大堂上。一件十载积案，终于水落石出。徐氏和潘天麒的生命和名誉得以保全。