20世纪70年代中期长沙马王堆汉墓“女尸”的发现震惊中外。其尸骨保存之完好举世罕见。由此，有人推测秦始皇的遗体也会完好地保存下来。
虽然客观上具备保护遗体条件，但秦始皇遗体是否完好地保存下来呢?如果单从遗体保护技术而言，相距秦代不足百年的西汉女尸能很好地保护下来，秦代也应具备保护遗体的防腐技术。
问题是秦始皇死在出巡途中，而且更糟的是正值酷暑时节，“尸体”未运多远，便发出了熏人的腥味，为了防止腥味扩散，走漏 “风声”，赵高、胡亥立即派人从河中捞了一筐筐鲍鱼，将鲍鱼与“尸体”放在一起以乱其臭。
这样，经过50余天的长途颠簸，九月，尸骨终于运回咸陽发丧。秦始皇由死到下葬间隔近两个月。根据当代遗体保护经验，一般遗体保护须在死者死后即刻着手处理。如若稍有延误，尸体本身已开始变化，恐怕再先进的技术也无能为力。
秦始皇遗体途中就开始腐败，尸体运回咸陽等不到处理恐怕早已面目全非了。据此推测秦始皇遗体保存完好的可能性很小。
谜团2：秦陵幽幽地宫深几许?
据最新考古勘探资料表明：秦陵地宫东西实际长260米，南北实际长160米，总面积41，600平方米。秦陵地宫是秦汉时期规模最大的地宫，其规模相当于5个国际足球场。
通过考古钻探进一步证实，幽深而宏大的地宫为竖穴式。司马迁说“穿三泉”，《汉旧仪》则言“已深已极”。说明深度挖至不能再挖的地步，至深至极的地宫究竟有多深呢?神秘的地宫曾引起了华裔物理学家丁肇中先生的兴趣。
他利用现代高科技与陈明等三位科学家研究撰文，推测秦陵地宫深度为500至1500米。
现在看来这一推测近乎天方夜谭。假定地宫挖至1000米，它超过了陵墓位置与北测渭河之间的落差。那样不仅地宫之水难以排出，甚至会造成渭河之水倒灌秦陵地宫的危险。
尽避这一推断悬殊太大，但却首开了利用现代科技手段探索秦始皇陵奥秘的先河。国内文物考古、地质学界专家学者对秦陵地宫深度也作了多方面的研究探索。根据最新钻探资料，秦陵地宫并没有人们想像的那么深。
实际深度应与芷陽一号秦公陵园墓室深度接近。这样推算下来，地宫坑口至底部实际深度约为26米，至秦代地表最深约为37米。这个数据应当说不会有大的失误，这是依据目前勘探结果推算的。但是否如此尚有赖于考古勘探进一步验证。
谜团3：秦陵地宫埋“水银”之谜
始皇陵以水银为江河大海的记载见于《史记》，《汉书》中也有类似的文字。然而，陵墓中究竟有没有水银始终是一个谜。现代科技的发展为验证秦陵地宫埋水银这一千古悬案提供了必要的前题条件。
地质学专家常勇、李同先生先后两次来始皇陵采样。经过反复测试，发现始皇陵封土土壤样品中果然出现“汞异常”。相反其它地方的土壤样品几乎没有汞含量。科学家由此得出初步结论：《史记》中关于始皇陵中埋藏大量汞的记载是可靠的。
谜团4:兵马俑伉被焚之谜
考古人员在清理兵马俑坑时发现，一、二号坑中有很多火烧的痕迹，陵区有大面积的火烧土分布，同样考古人员在对秦陵陪葬坑的挖掘中也发现了大量火烧土和残余焦木，坑中的棚木基本上都被化为灰烬。究竟是谁对兵马俑坑进行了如此巨大的破坏?
从文献资料推测，破坏兵马俑的人应当是项羽。由于项羽的祖父项燕在秦灭楚时被秦将王翦所杀，叔父项梁亦死于秦将手下，因此与秦始皇结下深仇大恨。项羽火烧咸陽城和阿房宫，仍不足以泄愤，于是再破坏秦始皇陵，烧毁了秦始皇陵园中的宫殿建筑。至今陵园的建筑遗址上还有大火焚烧过的红色土块和灰烬。
但如果是项羽火烧了秦陵，陪葬坑里完好保存着精美的铜鹤、铜鹅、铜鸭子等珍宝一件都没有被运走却让人觉得不可思议。
秦始皇陵墓之谜
谜团5：兵马俑诅咒之谜
在秦末乱世，秦始皇兵马俑军团原型的秦京师军下落不明。这个问题不仅涉及到兵马俑军团性质，也涉及到整个帝国秦军的动向，甚至牵涉到秦帝国的灭亡、楚霸王的失败和汉帝国的胜利等诸多问题。
据野史记载，曾经击垮了秦帝国的楚霸王项羽，最后却死于“兵马俑”之手。最后在乌江边斩杀项羽的5位骑兵将士，都是关中地区出身的秦人，也都是旧秦军将士，都是秦兵马俑的原型。
垓下之战，汉军60万，杨喜、杨武、吕胜、王翳、吕马童这5名骑士能够留下名字，已经是奇迹了。在十二万分之一的几率中脱颖而出的5人，却是百分之百的旧秦军的将士，而且官职都合于秦京师军，更是决非偶然了。
谜团6：秦陵地宫有无飞雁之谜
据《三辅故事》记载，楚霸王项羽入关后，曾以三十万人盗掘秦陵。在他们挖掘过程中，突然有一只金雁从墓中飞出，一直朝南飞去。斗转星移过了几百年，有一位三国太守张善还见到了这只金雁。
浏览史书，我们发现司马迁和班固都留下“黄金为凫雁”之说。至于说金雁制作精巧，而且还能飞，这也是有可能的。因为在春秋时期，鲁班已经能制造出木雁，能飞到天空，一直飞到宋国城墙上。
不过一个金属物体在空中飞翔要像风筝和轻气球那样简单易行，如果没有机械动力单靠自然界风力，不要说空中飞行，恐怕连起飞都成问题。再进一步分析，假设秦代有能力制作会飞的金雁，那么金雁埋入地宫之后将会不停地自动飞翔，一直在地宫内飞行了近一千个日日夜夜。当项羽打开地宫墓道时，这个自动飞翔的金雁又沿着墓道顺利地飞出地面，然后又越过秦陵南侧数千米高的山峰飞往遥远的南方。
秦始皇陵墓之谜
谜团7：秦始皇陵暗藏“九层妖塔”?
坐在飞机俯视秦陵封土，可以清清楚楚地看见一个正方形锥体，所以美国人叫它“黄土金字塔”。其实美国人错了，秦始皇陵不是三层台阶式“覆斗形封土”，而是建造在九层夯土之上的中华土木大金字塔，甚至比埃及胡夫金字塔更大。还不仅如此，秦陵地宫也是一个同等规模的“倒金字塔”。更让人难解的是，封土台九层夯土似乎暗合了“九层妖塔”之说，这在世界上是绝无仅有的。
“九层妖塔” 虽是小说之言，但是空穴来风。《老子》讲哲学以建筑作比喻，有“九层之台，始于垒土”之说，可见在春秋就有“九层之台”建筑了，可惜还没有发现东周“九层之台”遗迹。
谜团8：秦始皇陵封土取自何处?
众所周知，皇陵的封土，是用方夯白灰、砂土、黄土掺合成的三合土，又用糯米汤浇固，加了铁钉。不怕风吹雨打，十分的坚固。当时盗墓，一凿子下去就一白点，用炸药都炸不开。体积庞大的秦始皇陵封土堆堪称国内之最，封土堆呈覆斗形，高76米，长和宽各约350米，如此大规模的封土堆在国内堪称之最。但它的土究竟是取自秦始皇墓中，还是挖自鱼池一带?
《史记·秦始皇本纪》：“复土骊山”。《正义》曰：“谓出土为陵，即成，还复其土，故言复土。”意思是说把原来从墓穴中挖出来的土，再回填到墓上去。
秦始皇陵墓之谜
谜团9：地宫设有几道门?
2002年9月17日，世人通过电视直播目睹了考古学家探测金字塔内部空间的过程。当考古学家从第一道石门洞口将机器人放进去之后，想不到机器人又碰上了一道石门。
举世瞩目的金字塔考古工程只好搁浅。金字塔地宫可能不只两道门。那么，秦陵地宫当年建造了几道墓门呢?秦陵地宫门道数量问题，其实《史记》中早有答案。只是未引起学者们的重视罢了。
《史记》清楚的记载：“大事毕，已藏，闭中羡，下外羡门，尽闭工匠藏，无复出者。”棺椁及随葬品全部安置放在中门以内。工匠正在中门以内忙活，突然间“闭中羡门，下外羡门。”工匠“无复出者”，也成了陪葬品。
这里涉及既有中羡门，又有外羡门，其中内羡门不言自明。地宫三道门似乎无可辨驳。值得注意的是司马迁中羡门用了个“闭”字，外羡门则有了个“下”字，说明中羡门是可以开合的活动门，外羡门则是由上向下放置的。
中羡门可能是横向镶嵌在两壁的夹槽中，是一道无法开启的大石门。内羡门可能与中羡门相似。三道羡门很可能在一条直线上。
谜团10：“旁行三百丈”究竟何意?
一说：地宫巡游通道遇阻改了方向;一说：地宫初挖点向北移了700米
史料《汉旧仪》一书中有一段关于修建秦陵地宫的介绍：公元前210年，丞相李斯向秦始皇报告，称其带了72万人修筑骊山陵墓，已经挖得很深了，好像到了地底一样。秦始皇听后，下令“再旁行三百丈乃至”。“旁行三百丈”一说让秦陵地宫位置更是扑朔迷离。
科技人员运用遥感和物探的方法分别进行了探测，证实地宫就在封土堆下，距离地平面35米深，东西长170米，南北宽145米，主体和墓室均呈。